Depuis le début de l’année 2026, les industriels qui rejettent des substances perfluoroalkylées et polyfluoroalkylées dans l’eau sont entrés dans une ère fiscale inédite : celle du pollueur-payeur appliqué au gramme près. La loi n° 2025-188 du 27 février 2025 visant à protéger la population des risques liés aux substances per- et polyfluoroalkylées, complétée par la loi de finances pour 2026 et le décret n° 2026-545 du 25 juin 2026, a créé une redevance spécifique, aujourd’hui codifiée à l’article L. 213-10-2-1 du code de l’environnement et précisée par l’article D. 213-48-11 du même code assise sur la masse de PFAS rejetée dans le milieu naturel. Le principe est simple à énoncer et redoutable à appliquer : chaque hectogramme compte, et chaque hectogramme se paie 100 euros. Les agences de l’eau, qui présentent le dispositif comme un instrument incitatif visant à réduire les émissions à la source dans une trajectoire nationale de moins 70 % d’ici 2027 et de zéro émission industrielle d’ici 2030, ont publié une foire aux questions détaillée qui sert désormais de référence opérationnelle aux exploitants. Mais entre la liste fermée des rubriques d’activités concernées, les 28 substances taxables, l’autosurveillance devenue obligatoire au 1er septembre 2026 pour les plus gros émetteurs et les titres de recettes qui commenceront à tomber, les entreprises ont besoin d’un mode d’emploi juridique complet : qui est redevable, comment l’assiette se calcule, comment la contester et comment articuler la redevance avec l’autorisation ICPE. C’est l’objet de ce décryptage, fondé sur les textes en vigueur au 29 septembre 2026 et sur la jurisprudence récente des redevances des agences de l’eau.
I. Qui paie la redevance PFAS et sur quelle assiette ?
La redevance PFAS n’est pas un impôt universel sur les polluants éternels : c’est une redevance pour pollution de l’eau, codifiée au article L. 213-10-2-1 du code de l’environnement, qui ne frappe qu’une catégorie précise d’exploitants et une liste fermée de substances. Comprendre son champ, c’est déjà éviter deux erreurs symétriques : se croire à l’abri quand on est redevable, ou provisionner une taxe qu’on ne doit pas.
A. Les ICPE soumises à autorisation des rubriques visées qui rejettent plus de 100 grammes de PFAS par an doivent-elles payer ?
Oui, sous trois conditions cumulatives, et ces trois conditions méritent chacune un examen attentif. Le texte dispose : « Toute personne exploitant une installation soumise à autorisation en application de l’article L. 512-1 dont l’activité entraîne le rejet dans le milieu naturel, directement ou indirectement par un réseau de collecte des eaux usées, de l’une des substances perfluoroalkylées ou polyfluoroalkylées mentionnées au II du présent article est assujettie à une redevance pour pollution de l’eau par des substances perfluoroalkylées et polyfluoroalkylées. » (art. L. 213-10-2-1, I) Chaque mot de cette phrase a une portée pratique.
Première condition : exploiter une installation soumise à autorisation au titre de la législation des installations classées. L’article L. 512-1 du code de l’environnement précise que « Sont soumises à autorisation les installations qui présentent de graves dangers ou inconvénients pour les intérêts mentionnés à l’article L. 511-1 », c’est-à-dire, selon l’article L. 511-1, la commodité du voisinage, la santé, la sécurité et la salubrité publiques, ainsi que la protection de la nature et de l’environnement. Les installations soumises à simple déclaration ou à enregistrement sont donc exclues du champ de la redevance, et c’est un premier point à vérifier avant tout calcul : une PME qui exploite une installation déclarée rejetant des PFAS n’est pas redevable, quand bien même ses rejets seraient mesurables.
Deuxième condition : relever de l’une des 28 rubriques d’activité limitativement énumérées. Les agences de l’eau l’indiquent sans ambiguïté : seules sont taxables les substances présentes dans les rejets aqueux des installations autorisées pour l’une ou plusieurs des rubriques 2330, 2345, 2350, 2351, 2567, 2660, 2661, 2760, 2790, 2791, 2795, 3120, 3230, 3260, 3410, 3420, 3440, 3450, 3510, 3531, 3532, 3540, 3560, 3610, 3620, 3630, 3670 ou 4713. Cette liste est exhaustive, et c’est une différence majeure avec l’arrêté du 20 juin 2023 relatif à l’analyse des PFAS dans les rejets aqueux des ICPE relevant du régime de l’autorisation, dont le champ était plus large. Concrètement, une installation autorisée qui ne relève d’aucune de ces rubriques n’est pas assujettie, même si ses rejets contiennent des PFAS. Les exploitants multi-rubriques doivent donc croiser leur arrêté préfectoral d’autorisation avec cette liste avant de se déclarer redevables : l’assujettissement se joue rubrique par rubrique.
Troisième condition : dépasser le seuil de 100 grammes par an. Le texte prévoit deux exonérations : « 1° Au titre de l’exploitation d’une station d’épuration des eaux usées ; 2° Lorsque la masse des substances perfluoroalkylées et polyfluoroalkylées mentionnées au même II rejetées par le redevable dans le milieu naturel en raison de son activité au cours d’une année civile ne dépasse pas cent grammes » (art. L. 213-10-2-1, I). Les stations d’épuration sont donc exclues par nature, ce qui évite de taxer l’aval de la dépollution, et les micro-émetteurs restent hors champ. Attention toutefois : pour sortir durablement du radar annuel de l’agence, un établissement devra démontrer, par trois campagnes de mesures consécutives, l’absence de rejet en PFAS. Un seul exercice sous le seuil ne suffit pas à clore le dossier.
Le rejet peut être direct dans le milieu naturel ou indirect, via un réseau public ou privé de collecte. Cette précision est essentielle pour les sites raccordés : être raccordé au réseau ne met pas hors champ, mais ouvre droit, lorsque les rejets transitent par un traitement d’épuration, à un abattement compris entre 50 % et 90 % selon les performances des procédés employés. Les entreprises raccordées ont donc intérêt à documenter dès maintenant la filière d’épuration de leurs effluents et son efficacité sur les PFAS, car c’est de cette preuve que dépendra l’abattement.
B. Comment l’assiette des 28 PFAS taxables se calcule-t-elle, eau prélevée et abattement déduits ?
L’assiette de la redevance est la masse des PFAS contenues dans l’eau rejetée par le redevable au cours d’une année civile, déduction faite de la masse de ces substances contenue dans l’eau prélevée par le redevable pour son activité au cours de cette période. Cette déduction de l’eau prélevée — dite « bruit de fond » — est un point stratégique : il appartient au redevable de justifier de la masse des substances taxables déjà présente dans l’eau qu’il prélève. Une usine qui pompe une eau de surface déjà chargée en PFAS ne doit être taxée que sur sa pollution ajoutée, à condition de le prouver par des mesures sur l’eau prélevée. Les industriels qui négligent ce poste paieront la pollution des autres.
Seules 28 substances entrent dans l’assiette, et elles sont fixées par l’article D. 213-48-11 du code de l’environnement, créé par le décret du 25 juin 2026. La liste combine les 20 PFAS de la directive sur les eaux destinées à la consommation humaine, dont la mesure est obligatoire depuis le 1er janvier 2026, et 8 autres PFAS dont les incidences environnementales justifient la pleine application du principe pollueur-payeur, comme l’acide trifluoroacétique (TFA). On y trouve par exemple l’« Acide perfluorooctanoïque PFOA 335-67-1 6549 » côtoyant l’« Acide perfluorobutanoïque PFBA 375-22-4 5980 » et l’« Acide perfluorobutanesulfonique PFBS 375-73-5 6025 ». La liste est limitative : les substances suivies au titre de l’arrêté préfectoral ICPE mais absentes de cette liste n’entrent pas dans le calcul, même si l’exploitant les mesure. Inversement, cette liste peut évoluer avec les connaissances scientifiques, et les exploitants doivent s’attendre à des élargissements futurs.
Deux règles de mesure adoucissent le calcul. D’abord, les concentrations inférieures à 100 nanogrammes par litre sont réputées nulles et n’entrent pas dans l’assiette, même si la valeur analytique doit être déclarée. Ensuite, pour le TFA, dont les laboratoires accrédités peinent à atteindre une limite de quantification de 100 ng/L, une limite de 500 ng/L est admise à titre transitoire. Ces seuils analytiques sont autant de moyens de réduire l’assiette, à condition de disposer de bulletins de laboratoire inattaquables.
La masse annuelle se détermine à partir des mesures sur les rejets. Pour les établissements soumis à autosurveillance, on multiplie, pour chaque substance, la concentration mesurée dans l’échantillon moyen journalier par le volume écoulé sur la même période, et le dernier flux mesuré est réputé perdurer jusqu’à la mesure suivante. Pour les établissements non soumis à autosurveillance, le calcul repose sur les concentrations de la plus récente campagne réalisée en application de l’arrêté du 20 juin 2023 et sur les débits de l’année d’activité. Autrement dit, les vieilles campagnes nationales servent de base par défaut : un exploitant qui n’a jamais mesuré depuis 2023 se verra appliquer des chiffres qu’il n’a pas maîtrisés. D’où l’intérêt de mesurer vite et bien, avant que l’agence ne le fasse à sa place.
Le principe pollueur-payeur qui fonde l’ensemble du dispositif n’est pas un slogan : il est inscrit à l’article L. 110-1 du code de l’environnement, au rang des principes généraux du droit de l’environnement, et il irriguait déjà la redevance pour pollution de l’eau d’origine non domestique prévue à l’article L. 213-10-2. L’article L. 213-10-1 range désormais côte à côte la redevance historique des industriels non raccordés et la nouvelle redevance PFAS. Cette continuité est une bonne nouvelle contentieuse : toute la jurisprudence élaborée sur les redevances des agences de l’eau — motivation des titres, autosurveillance, procédure contradictoire — est transposable à la redevance PFAS, comme on le verra.
II. Comment calculer, surveiller et contester la redevance PFAS ?
Connaître son assujettissement ne suffit pas : il faut chiffrer, organiser la surveillance et préparer le contentieux éventuel. C’est là que les entreprises se distinguent entre celles qui subiront les titres de recettes et celles qui les piloteront.
A. Combien coûte chaque hectogramme et quelle autosurveillance mettre en place dès le 1er septembre 2026 ?
Le tarif est fixé par la loi : 100 euros par hectogramme, soit 1 000 euros par kilogramme, avec indexation automatique sur l’inflation. Les agences de l’eau le résument ainsi : Le tarif est national, identique dans les six bassins : « Le montant de la redevance est égal au produit des facteurs suivants : 1° L’assiette définie au II ; 2° Le tarif fixé à 100 euros par hectogramme. » (art. L. 213-10-2-1, V), avec indexation sur l’inflation. Il s’applique à la masse nette après déduction de l’eau prélevée et éventuel abattement pour traitement. Quelques exemples parlent mieux qu’un barème : 300 grammes nets rejetés dans l’année coûtent 300 euros ; 2 kilogrammes coûtent 2 000 euros ; 10 kilogrammes coûtent 10 000 euros ; 50 kilogrammes coûtent 50 000 euros. Les montants deviennent significatifs pour les gros émetteurs, et ils s’ajoutent aux coûts de mesure, d’autosurveillance et d’investissement dans la réduction à la source. La trajectoire affichée — moins 70 % d’émissions industrielles d’ici 2027, zéro d’ici 2030 — indique que le signal prix n’est qu’un marchepied vers des interdictions et des valeurs limites de rejet de plus en plus strictes.
L’autosurveillance est la clé de voûte du dispositif. Lorsque les mesures les plus récentes réalisées entre 2022 et 2025 établissent un rejet annuel supérieur à 2 kilogrammes, le redevable doit mettre en œuvre, à compter du 1er septembre 2026, un dispositif d’autosurveillance portant sur les substances représentatives de ses rejets. La fréquence dépend de la masse : en dessous de 2 kilogrammes par an, la mesure est quinquennale et les campagnes nationales issues de l’arrêté du 20 juin 2023 suffisent sauf mesure nouvelle ; de 2 à 10 kilogrammes, le suivi est trimestriel ; à partir de 10 kilogrammes, il est mensuel. Les fréquences fixées par l’arrêté préfectoral priment si elles sont plus exigeantes. L’article L. 181-12 du code de l’environnement rappelle que l’autorisation environnementale fixe les prescriptions de suivi pendant l’exploitation, et c’est dans ce cadre que l’autosurveillance PFAS viendra s’inscrire, par prescriptions complémentaires si nécessaire.
En pratique, les exploitants doivent engager dès maintenant cinq chantiers. Premièrement, cartographier leurs rubriques d’autorisation et vérifier l’appartenance à la liste fermée. Deuxièmement, rassembler les résultats des campagnes 2022-2025 et calculer une première estimation de la masse annuelle sur les 28 substances, avec déduction du bruit de fond de l’eau prélevée. Troisièmement, dimensionner l’autosurveillance applicable au 1er septembre 2026 et missionner un laboratoire accrédité capable de tenir les limites de quantification. Quatrièmement, documenter la filière d’épuration pour l’abattement de 50 à 90 %. Cinquièmement, provisionner la redevance et intégrer la trajectoire de réduction dans le plan d’investissement, car payer chaque année sans réduire les émissions reviendra de plus en plus cher, à mesure que l’indexation jouera et que les contrôles se resserreront.
Pour les sites franciliens, l’interlocuteur est l’agence de l’eau Seine-Normandie, compétente pour Paris et l’Île-de-France : c’est elle qui émettra les titres, instruirera les déclarations et appliquera l’abattement pour rejet indirect. Les spécificités locales comptent : raccordement fréquent aux réseaux collectifs, eau prélevée en Seine ou en nappe avec un bruit de fond à mesurer, arrêtés préfectoraux parisiens et franciliens qui peuvent imposer des suivis renforcés. Le tribunal administratif de Paris et la cour administrative d’appel de Paris seront les juges naturels des contestations des industriels d’Île-de-France, et c’est au regard de leur jurisprudence sur les redevances qu’il faut calibrer les recours.
B. Comment contester le titre de recette : procédure contradictoire, motivation et juge administratif ?
La redevance des agences de l’eau est recouvrée par titre de recettes, et c’est ce titre qui fait l’objet du contentieux. La jurisprudence récente des cours administratives d’appel sur la redevance historique éclaire la stratégie à adopter pour la redevance PFAS, car les règles de procédure et de preuve sont les mêmes.
Premier levier : la procédure contradictoire préalable. L’article L. 213-11-3 du code de l’environnement dispose : « Lorsque l’agence constate une insuffisance, une inexactitude, une omission ou une dissimulation dans les éléments servant de base au calcul des redevances, elle adresse au contribuable une proposition de rectification motivée de manière à lui permettre de formuler ses observations ou de faire connaître son acceptation dans un délai de trente jours. » La cour administrative d’appel de Lyon vient d’en faire application dans un litige opposant l’agence de l’eau Rhône-Méditerranée-Corse à un redevable : « La société coopérative agricole (SCA) Les Vignerons des Soubergues a demandé au tribunal administratif de Lyon de la décharger de la somme de 6 096 euros acquittée au titre de la redevance pour pollution de l’eau d’origine non domestique mise à sa charge par un titre de recettes émis le 5 octobre 2020 par le directeur général de l’agence de l’eau Rhône-Méditerranée-Corse. » (CAA Lyon, 3e ch., 13 juin 2025, n° 23LY01916). Le tribunal avait fait droit à la demande au motif que la redevance avait été établie à l’issue d’une procédure irrégulière, et l’agence soutenait devant la cour que le jugement était insuffisamment motivé sur les données jugées inexactes ou omises. L’enseignement pour les redevables PFAS est direct : exiger la proposition de rectification motivée, répondre dans les trente jours avec des mesures contradictoires, et soulever l’irrégularité de la procédure devant le tribunal si l’agence l’a escamotée. L’irrégularité procédurale est un moyen qui peut emporter la décharge, sans même discuter le fond du calcul.
Deuxième levier : la motivation du titre et la preuve de l’autosurveillance. Devant la cour administrative d’appel de Versailles, une société contestait un titre de 38 120 euros : « La société Brient a demandé au tribunal administratif d’Orléans d’annuler le titre 2020-TR2025569 d’un montant de 38 120 euros émis par l’agence de l’eau Loire-Bretagne le 7 décembre 2020 au titre de la redevance pour pollution de l’eau d’origine non domestique pour 2019, ainsi que la décision du 18 juin 2021 rejetant son recours préalable. » (CAA Versailles, 2e ch., 3 avril 2025, n° 23VE01856). La requérante soutenait que le titre était insuffisamment motivé, qu’il ne permettait pas de comprendre le calcul, que la non-conformité de son autosurveillance n’était pas prouvée et que les modalités de détermination de la redevance méconnaissaient l’égalité devant les charges publiques et la proportionnalité. Transposée à la redevance PFAS, cette grille donne le plan d’un recours : vérifier que le titre détaille les substances retenues, les concentrations, les volumes et le tarif appliqué ; contester toute extrapolation à partir d’une autosurveillance présentée comme non conforme sans preuve ; et, à titre subsidiaire, discuter la proportionnalité au regard des efforts de réduction engagés. Les redevables PFAS qui tiennent une autosurveillance rigoureuse dès septembre 2026 se donneront les moyens de ce débat ; ceux qui la négligent s’exposeront à une taxation d’office sur des bases qu’ils n’auront pas choisies.
Troisième levier : l’articulation avec l’autorisation ICPE. Le Conseil d’État juge que le préfet peut et doit assortir l’autorisation de prescriptions contraignantes sur les émissions diffuses : dans l’affaire d’un centre de traitement de matières souillées, le tribunal avait annulé l’arrêté « en tant qu’il ne comporte pas de dispositif contraignant permettant de sanctionner l’exploitant de l’installation du fait des émissions diffuses liées à son exploitation », et le Conseil d’État a eu à trancher le pourvoi du ministre (CE, 6e-5e ch. réunies, 23 sept. 2021, n° 436502). Pour les PFAS, cela signifie que les prescriptions de suivi et de réduction des rejets aqueux relèveront de plus en plus de l’arrêté préfectoral, et que la redevance ne sera que le volet financier d’un encadrement global. Les exploitants avisés traiteront les deux volets ensemble : négocier des prescriptions réalistes et mesurables avec la DREAL, car ce sont ces mêmes mesures qui serviront d’assiette à la redevance, et contester séparément, devant le tribunal administratif, le titre de recette d’une part et, le cas échéant, l’arrêté de prescriptions de l’autre, dans leurs délais propres.
En pratique, le calendrier contentieux s’articule ainsi : réception de la proposition de rectification, observations dans les trente jours avec pièces de mesure, réception du titre de recettes, recours gracieux préalable auprès de l’agence, puis recours devant le tribunal administratif dans les deux mois de la décision de rejet, avec demande de sursis à exécution si le montant menace la trésorerie. Chaque étape doit être documentée : bulletins de laboratoire accrédité, justificatifs du bruit de fond de l’eau prélevée, preuves de l’abattement d’épuration, échanges avec l’agence. La redevance PFAS se gagnera ou se perdra sur la métrologie bien avant de se plaider à l’audience.
Conclusion
La redevance PFAS pour pollution de l’eau est désormais un pilier du principe pollueur-payeur à la française : une assiette assise sur 28 substances précisément listées, un seuil de 100 grammes, un tarif national de 100 euros par hectogramme indexé sur l’inflation, une autosurveillance exigible dès le 1er septembre 2026 pour les émetteurs significatifs et des titres de recettes contestables devant le juge administratif selon une jurisprudence éprouvée. Les entreprises concernées ne peuvent plus se contenter d’attendre : elles doivent vérifier leur assujettissement rubrique par rubrique, mesurer leurs rejets avec des laboratoires accrédités, déduire le bruit de fond de l’eau prélevée, faire valoir l’abattement pour épuration et organiser la traçabilité de chaque chiffre, car chaque gramme non justifié sera taxé. La trajectoire vers moins 70 % en 2027 et zéro émission en 2030 annonce des tours de vis successifs, et les premiers contentieux fixeront les règles du jeu pour la décennie. Sur ce terrain neuf où la chimie analytique rencontre le droit fiscal de l’environnement, l’exploitant le mieux mesuré sera aussi le mieux défendu.