Depuis le 1er septembre 2026, la généralisation de la facture électronique entre entreprises est entrée en vigueur. Toutes les entreprises assujetties à la taxe sur la valeur ajoutée doivent désormais être en capacité de recevoir une facture électronique, tandis que les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire doivent émettre leurs factures au format dématérialisé. Un mois après ce basculement, les difficultés concrètes se multiplient : facture rejetée par la plateforme, client qui prétend ne jamais avoir reçu la facture, dirigeant qui découvre que ses mentions sont incomplètes, trésorerie fragilisée par des règlements qui tardent. L’administration a annoncé une phase d’écoute et de tolérance couvrant toute la fin de l’année 2026, sans application de sanctions aux entreprises qui rencontrent des difficultés de mise en œuvre. Cette tolérance ne suspend ni l’obligation, ni les droits du créancier, ni les sanctions de droit commun en matière de facturation. Cet article explique comment régulariser une facture rejetée, quelles sanctions restent encourues, comment prouver une créance quand le client conteste, comment chiffrer les pénalités de retard et devant quelle juridiction agir, avec un point particulier pour Paris et l’Île-de-France.
I. Facture électronique depuis le 1er septembre 2026 : qui doit recevoir, qui doit émettre et comment corriger une facture rejetée
A. Réception obligatoire pour toutes les entreprises, émission en deux temps et passage par une plateforme agréée
La réforme concerne l’ensemble des acteurs économiques assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée, quel que soit le chiffre d’affaires réalisé, quelle que soit la forme juridique et quel que soit le régime d’imposition. Selon le ministère de l’économie, dans sa communication du 1er septembre 2026, depuis le 1er septembre 2026, la généralisation de la facture électronique interentreprises est entrée en vigueur et toutes les entreprises doivent désormais être en capacité de recevoir une facture électronique. La réception s’effectue par l’intermédiaire d’une plateforme agréée, dont la liste est consultable auprès de l’administration fiscale. Les entreprises qui n’ont pas encore désigné de plateforme doivent engager cette démarche dans les meilleurs délais, directement auprès d’une plateforme agréée ou par l’intermédiaire de leur solution habituelle : logiciel de gestion, logiciel de comptabilité, expert-comptable, banque ou autre prestataire.
Le calendrier distingue ensuite l’obligation d’émettre. Les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire doivent émettre désormais leurs factures au format dématérialisé dès le 1er septembre 2026, tandis que les micro-entreprises, les très petites entreprises et les petites et moyennes entreprises devront être en capacité d’émettre des factures électroniques au 1er septembre 2027. Concrètement, une petite entreprise qui n’émet pas encore au format électronique en septembre 2026 n’est pas en infraction au titre de l’émission, mais elle doit déjà recevoir par ce canal : un fournisseur grand compte peut lui adresser ses factures uniquement sous forme électronique, et elle doit pouvoir les traiter, les comptabiliser et les conserver.
Le fondement fiscal de ces échanges reste l’article 289 du code général des impôts. Ce texte prévoit que les factures électroniques sont émises et reçues sous une forme électronique quelle qu’elle soit. Elles tiennent lieu de factures d’origine pour l’application de l’article 286 et du présent article. Leur transmission et mise à disposition sont soumises à l’acceptation du destinataire. Cette dernière phrase, héritée du régime antérieur, doit être lue à la lumière de la réforme : pour les opérations entre assujettis, la réception par voie électronique devient une obligation, et le refus de recevoir par ce canal n’exonère plus. L’entreprise qui n’a pas désigné de plateforme agréée prend donc un double risque : celui de ne pas recevoir les factures de ses fournisseurs dans les délais, avec les conséquences sur la déductibilité de la taxe et sur le point de départ des délais de paiement, et celui de ne pas pouvoir justifier de sa bonne foi en cas de contrôle.
Première action pratique : vérifier sans attendre son statut sur la plateforme choisie, tester la réception avec un fournisseur, et conserver toute trace des démarches engagées. L’administration a précisé que pendant la phase de démarrage, il n’y aura pas d’application de sanctions aux entreprises rencontrant des difficultés dans la mise en œuvre de la réforme et que cette phase d’écoute et de tolérance de l’administration couvrira toute la fin de l’année 2026. Cette tolérance vise les difficultés de mise en œuvre de la réforme, pas les fraudes ni les manquements aux mentions obligatoires de fond, qui restent sanctionnés. Les règles de fond existantes en matière de taxe sur la valeur ajoutée, d’obligations déclaratives et de délais de paiement ne changent pas avec la réforme : seul le mode d’échange de la donnée évolue, par transmission via une plateforme agréée.
Deuxième action pratique : distinguer l’émission de la transmission. Une facture peut être régulière sur le fond mais rejetée pour un motif technique : format non reconnu, identifiant de routage erroné, destinataire mal renseigné sur l’annuaire. Dans ce cas, la facture n’est pas parvenue au client, et le délai de paiement ne court pas normalement. Il faut corriger le flux, réémettre, et documenter chaque étape : message de rejet de la plateforme, date de correction, date de remise à disposition. Ces traces serviront si le client invoque plus tard un retard de facturation pour refuser les pénalités. Pour la lecture détaillée des statuts de rejet et la répartition des décisions entre les trois acteurs, voir facture électronique rejetée ou bloquée : ce que doivent décider fournisseur, client et plateforme.
B. Facture rejetée ou incomplète : mentions obligatoires, piste d’audit fiable et sanctions qui restent applicables
Le passage au format électronique ne dispense d’aucune mention obligatoire. En droit commercial, tout achat de produits ou toute prestation de service pour une activité professionnelle fait l’objet d’une facturation, et le vendeur est tenu de délivrer la facture dès la réalisation de la livraison ou de la prestation de services au sens du 3 du I de l’article 289 du code général des impôts. La facture mentionne le nom des parties ainsi que leur adresse et leur adresse de facturation si elle est différente, la date de la vente ou de la prestation, la quantité, la dénomination précise et le prix unitaire hors taxe, les réductions de prix acquises, la date à laquelle le règlement doit intervenir, les conditions d’escompte, le taux des pénalités exigibles le jour suivant la date de règlement inscrite sur la facture ainsi que le montant de l’indemnité forfaitaire pour frais de recouvrement, et le numéro du bon de commande lorsqu’il a été préalablement établi par l’acheteur. L’acheteur est tenu de la réclamer, et chacun conserve un exemplaire dans la limite de durée prévue par les dispositions fiscales.
Les sanctions commerciales attachées à ces mentions sont lourdes. Tout manquement au I est passible d’une amende administrative dont le montant ne peut excéder 75 000 euros pour une personne physique et 375 000 euros pour une personne morale. Le maximum encouru est porté à 150 000 euros pour une personne physique et 750 000 euros pour une personne morale en cas de réitération du manquement dans un délai de deux ans à compter de la date à laquelle la première décision de sanction est devenue définitive. Ces montants visent les mentions du code de commerce. Ils s’ajoutent aux sanctions fiscales propres à la facturation électronique : le non-respect par l’assujetti de l’obligation d’émission d’une facture sous une forme électronique dans les conditions prévues à l’article 289 bis donne lieu à l’application d’une amende de 50 euros par facture, sans que le total des amendes appliquées au titre d’une même année civile puisse être supérieur à 15 000 euros. Les manquements des plateformes agréées elles-mêmes à leurs obligations de transmission de données sont sanctionnés de 50 euros par facture, dans la limite de 45 000 euros par année civile. La tolérance administrative annoncée jusqu’à la fin de l’année 2026 concerne les difficultés de démarrage, et un dossier qui montrerait une absence totale de démarche, des mentions volontairement omises ou des factures de complaisance ne bénéficierait d’aucune mansuétude.
Sur le plan de la preuve, l’article 289 du code général des impôts offre un cadre précis pour sécuriser les factures électroniques. Le texte admet notamment l’émission soit sous forme électronique en recourant à toute solution technique autre que celles prévues aux 2, 3 et 4, ou sous forme papier, dès lors que des contrôles documentés et permanents sont mis en place par l’entreprise et permettent d’établir une piste d’audit fiable entre la facture émise ou reçue et la livraison de biens ou prestation de services qui en est le fondement. Cette piste d’audit fiable constitue la colonne vertébrale du dossier en cas de litige : elle relie le bon de commande, le bon de livraison ou le procès-verbal de réception, la facture et le paiement. Une entreprise qui se contente d’émettre des factures électroniques sans conserver les pièces qui les relient à la prestation réelle se prive de l’essentiel. Conserver les journaux de transmission de la plateforme, les accusés de réception et les messages de rejet fait partie de cette piste.
En cas de contrôle de la direction générale de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes, la procédure administrative est strictement encadrée. Avant toute décision, l’administration informe par écrit la personne mise en cause de la sanction envisagée à son encontre, en lui indiquant qu’elle peut prendre connaissance des pièces du dossier et se faire assister par le conseil de son choix et en l’invitant à présenter, dans le délai de soixante jours, ses observations écrites et, le cas échéant, ses observations orales. Ce délai de soixante jours doit être utilisé pour régulariser ce qui peut l’être, produire les factures corrigées, démontrer la piste d’audit et, le cas échéant, contester la matérialité des manquements. La décision peut ensuite être publiée, ce qui ajoute un enjeu de réputation à l’enjeu financier, en particulier pour les entreprises qui répondent à des appels d’offres ou qui dépendent de la confiance de leurs donneurs d’ordre.
Troisième action pratique : auditer ses modèles de factures sans attendre un contrôle. Vérifier que chaque modèle comporte la date d’émission, la date de la vente ou de la prestation, la date limite de règlement, le taux des pénalités, le montant de l’indemnité forfaitaire de 40 euros, le numéro de bon de commande quand il existe, et les identifiants exigés par la plateforme pour le routage. Le montant de l’indemnité forfaitaire pour frais de recouvrement prévue au II de l’article L. 441-10 est fixé à 40 euros. Une facture qui omet la date limite de règlement ou le taux des pénalités affaiblit le recouvrement ultérieur : le débiteur contestera le point de départ des intérêts, et le juge devra reconstituer l’échéance à partir des conditions générales ou des usages.
II. Client qui refuse ou tarde à payer une facture électronique : comment prouver la créance, chiffrer les pénalités et obtenir le paiement
A. Prouver la livraison quand le client conteste, calculer les pénalités au taux légal et engager le recouvrement sans attendre
Le principe de preuve est posé par le code civil : celui qui réclame l’exécution d’une obligation doit la prouver. Réciproquement, celui qui se prétend libéré doit justifier le paiement ou le fait qui a produit l’extinction de son obligation. En matière de facture impayée, cela signifie que le fournisseur doit d’abord établir l’existence et le montant de sa créance, après quoi il appartient au client qui affirme avoir payé d’en rapporter la preuve. Le contrat, une fois formé, s’impose : les contrats légalement formés tiennent lieu de loi à ceux qui les ont faits. Un client ne peut donc pas se contenter d’ignorer une facture électronique régulièrement transmise via la plateforme agréée ; encore faut-il que le fournisseur démontre la réalité de la livraison ou de la prestation.
La jurisprudence récente illustre l’exigence des juges sur ce point. Dans un jugement du 4 février 2025, le tribunal judiciaire de Saint-Étienne a rappelé que l’article 1353 du code civil dispose que celui qui réclame l’exécution d’une obligation doit la prouver. Réciproquement, celui qui se prétend libérer doit justifier le paiement ou le fait qui a produit l’extinction de son obligation. Le tribunal a ensuite examiné précisément les factures produites, leurs dates, leurs montants et l’adresse de facturation, en les confrontant aux pièces contractuelles. L’enseignement est direct : produire la seule facture ne suffit pas toujours, il faut l’accompagner des pièces qui l’ancrent dans la réalité de l’échange. Dans le même sens, la cour d’appel d’Aix-en-Provence, dans un arrêt du 6 novembre 2025, a jugé que la preuve d’une prestation ne peut résulter exclusivement de la facture du prestataire lorsqu’il existe une contestation de la part du débiteur. Quand le client conteste la réalité ou la qualité de la prestation, la facture seule, même électronique et même transmise par plateforme agréée, ne fait pas preuve à elle seule.
Le dossier de recouvrement doit donc être construit comme un faisceau. Rassembler le devis accepté ou le bon de commande signé, les bons de livraison émargés ou les procès-verbaux de réception sans réserve, les échanges écrits dans lesquels le client reconnaît la livraison ou discute seulement du montant, les relevés de plateforme attestant la transmission et la mise à disposition de la facture électronique, et les relances déjà adressées. Chaque pièce compte, car le juge apprécie l’ensemble. Un procès-verbal de réception signé sans réserve suivi, plusieurs semaines plus tard, d’une contestation de pure opportunité sur la qualité, ne pèse pas le même poids qu’une réserve émise dès la livraison. De même, un client qui a partiellement payé sans protester reconnaît implicitement le principe de la dette, même s’il en discute le solde.
Le chiffrage de la créance obéit à des règles d’ordre public commercial. Sauf dispositions contraires figurant aux conditions de vente ou convenues entre les parties, le délai de règlement ne peut dépasser trente jours après la date de réception des marchandises ou d’exécution de la prestation. Le délai convenu entre les parties ne peut dépasser soixante jours après la date d’émission de la facture, avec une dérogation possible à quarante-cinq jours fin de mois, expressément stipulée par contrat et sans abus manifeste à l’égard du créancier. Ces plafonds figurent à l’article L. 441-10 du code de commerce. Toute clause qui dépasserait ces plafonds serait réputée non écrite dans cette mesure, et le créancier pourrait calculer ses pénalités sur le délai légal. Le taux des pénalités, sauf disposition contraire qui ne peut fixer un taux inférieur à trois fois le taux d’intérêt légal, est égal au taux d’intérêt appliqué par la Banque centrale européenne à son opération de refinancement la plus récente majoré de 10 points de pourcentage. Surtout, les pénalités de retard sont exigibles sans qu’un rappel soit nécessaire. Aucune mise en demeure préalable n’est donc requise pour faire courir les pénalités : elles courent de plein droit dès le lendemain de la date de règlement figurant sur la facture. S’y ajoute l’indemnité forfaitaire de 40 euros pour frais de recouvrement, due de plein droit à tout professionnel en retard de paiement, avec une indemnisation complémentaire possible sur justification si les frais exposés dépassent ce montant.
La stratégie de recouvrement doit être graduée et rapide. Adresser d’abord une relance écrite rappelant l’échéance, le montant principal, les pénalités qui courent et l’indemnité forfaitaire, en joignant la preuve de transmission électronique de la facture. Faire suivre, en l’absence de paiement, une mise en demeure par lettre recommandée ou par commissaire de justice, qui interrompt la prescription et marque le sérieux de la démarche. Engager ensuite la procédure adaptée : obtenir une injonction de payer depuis la réforme du 1er septembre 2026 lorsque la créance est contractuelle, liquide et exigible, ce qui est le cas d’une facture régulière impayée à l’échéance. Si l’obligation n’est pas sérieusement contestable mais que le débiteur organise son insolvabilité, le référé provision offre une voie rapide : dans les cas où l’existence de l’obligation n’est pas sérieusement contestable, ils peuvent accorder une provision au créancier, ou ordonner l’exécution de l’obligation même s’il s’agit d’une obligation de faire. Sur le cas particulier du client qui refuse une facture au format PDF, voir client qui refuse votre facture PDF : comment recouvrer et obtenir une provision. Chaque semaine perdue après l’échéance affaiblit la position du créancier : le débiteur en difficulté paie d’abord ceux qui agissent.
B. À Paris et en Île-de-France : juridiction compétente, interlocuteurs fiscaux et pièces à réunir pour agir vite
À Paris et en Île-de-France, la densité des échanges interentreprises donne à ces litiges un tour particulier : volumes de factures importants, plateformes et logiciels variés, clients multi-sites qui contestent la réception sur tel ou tel établissement. La première question est celle de la juridiction compétente. En matière commerciale, le tribunal de commerce du domicile du défendeur est en principe compétent, ce qui conduit souvent au tribunal de commerce de Paris pour un client parisien, ou au tribunal de commerce du département du siège du client dans les autres départements franciliens. Les clauses attributives de juridiction insérées dans les conditions générales de vente entre commerçants peuvent désigner un autre tribunal et doivent être vérifiées avant toute assignation. Pour une créance modeste et non contestée, la requête en injonction de payer se porte devant le tribunal compétent sans audience préalable, ce qui en fait la voie la plus rapide et la moins coûteuse. Quand la contestation est prévisible ou déjà formulée, mieux vaut assigner au fond ou en référé provision plutôt que de subir une opposition qui renverra de toute façon les parties devant le juge.
Les interlocuteurs fiscaux franciliens doivent être identifiés tôt. La direction régionale des finances publiques d’Île-de-France et de Paris instruit les questions de taxe sur la valeur ajoutée liées à la facturation électronique, notamment la régularité des mentions et la conservation des factures d’origine sous forme électronique. En cas de contrôle sur les mentions commerciales, la direction régionale de l’économie, de l’emploi, du travail et des solidarités et les directions départementales de la protection des populations conduisent les investigations et proposent, le cas échéant, les sanctions au préfet ou à l’autorité compétente. Conserver les échanges avec ces administrations, répondre dans les délais impartis et produire la piste d’audit complète évite l’aggravation : une entreprise parisienne qui démontre soixante jours d’observations circonstanciées, des modèles corrigés et une plateforme désormais opérationnelle se place dans le champ de la tolérance de fin d’année 2026, tandis qu’une entreprise qui ignore les courriers s’expose à la sanction maximale et à sa publication.
Les pièces à réunir pour un dossier francilien efficace tiennent en une liste courte. Le contrat ou les conditions générales acceptées, avec la clause de juridiction et les délais convenus. Le bon de commande comportant son numéro, repris sur la facture comme l’exige le code de commerce. Les preuves d’exécution : bons de livraison émargés par l’établissement francilien destinataire, procès-verbaux de réception, rapports d’intervention, relevés de temps. Les journaux de la plateforme agréée : transmission, mise à disposition, accusés de réception, messages de rejet et corrections. La facture électronique elle-même avec l’ensemble des mentions, la date d’émission, la date de la vente ou de la prestation et la date limite de règlement. Les relances et la mise en demeure avec leurs preuves d’envoi. Le décompte chiffré : principal, pénalités calculées au taux contractuel ou au taux légal majoré, indemnité forfaitaire de 40 euros, frais complémentaires justifiés. Présenté ainsi, le dossier permet au juge parisien de statuer vite, et au débiteur de mesurer le coût d’une résistance prolongée.
Les délais pratiques doivent être anticipés. Une injonction de payer devant le tribunal de commerce parisien s’obtient en quelques semaines si le dossier est complet, mais l’opposition du débiteur dans le mois de la signification rouvre les débats au fond. Un référé provision se plaide en quelques semaines également, à condition que l’obligation ne soit pas sérieusement contestable, ce qui suppose le faisceau de preuves décrit plus haut. Au fond, les délais se comptent en mois. Pendant toute cette période, les pénalités continuent de courir sans rappel nécessaire, et l’indemnité forfaitaire reste due. Pour les entreprises franciliennes dont la trésorerie est tendue à l’automne 2026, engager le recouvrement dès la première échéance impayée, plutôt qu’après trois relances téléphoniques non tracées, fait souvent la différence entre une créance recouvrée et une créance compromise par la défaillance ultérieure du débiteur.
Conclusion
Un mois après l’entrée en vigueur de la généralisation, la facture électronique est devenue le canal normal des échanges entre entreprises assujetties : réception obligatoire pour toutes dès le 1er septembre 2026, émission obligatoire pour les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire, puis pour les petites structures au 1er septembre 2027, le tout via une plateforme agréée. La tolérance administrative annoncée jusqu’à la fin de l’année 2026 donne aux entreprises de bonne foi le temps de se mettre en conformité sans sanction pour leurs difficultés de démarrage, mais elle ne couvre ni les mentions obligatoires du code de commerce, ni les factures de complaisance, ni l’inertie totale. Une facture rejetée pour un motif technique doit être corrigée et réémise avec une piste d’audit complète, une facture incomplète expose à des amendes commerciales et fiscales cumulables, et un client qui refuse de payer doit être confronté sans délai à un faisceau de preuves, à des pénalités qui courent de plein droit et à une procédure adaptée. Les entreprises qui auditent leurs modèles, sécurisent leurs journaux de plateforme et agissent dès la première échéance impayée traverseront cette transition sans dommage durable pour leur trésorerie.