Une entreprise reçoit une facture papier ou un PDF par courriel alors que la facturation électronique est entrée en vigueur. Faut-il attendre une nouvelle facture avant de payer ? La TVA est-elle automatiquement perdue ? La réponse donnée par la Direction générale des finances publiques est plus nuancée : le seul canal de réception ne suffit pas à écarter une facture correspondant à une opération réelle et comportant les éléments nécessaires à son traitement. La déduction de la TVA reste soumise à ses propres conditions ; elle n’est ni automatiquement refusée, ni automatiquement acquise.
La question revient au premier plan depuis le vote, le 3 novembre 2026, d’un amendement proposant d’écarter certaines petites et moyennes entreprises du dispositif. Le scrutin public n° 9643 de l’Assemblée nationale établit l’adoption de cet amendement en première lecture. Une étape parlementaire ne constitue pas à elle seule une modification du droit en vigueur : le texte définitif du projet de loi et son entrée en vigueur devront être vérifiés avant d’en tirer une conséquence pour une entreprise.
En attendant, l’acheteur doit distinguer quatre questions : la facture correspond-elle bien à sa commande, le fournisseur devait-il utiliser le circuit électronique, les conditions de déduction sont-elles réunies et le document a-t-il déjà été traité par un autre canal ? Voici comment organiser ces vérifications sans confondre une anomalie de transmission avec un désaccord sur la dette elle-même.
I. Facture papier après septembre 2026 : faut-il la payer et peut-on déduire la TVA ?
A. Une facture reçue par courrier ou par PDF reste-t-elle utilisable ?
Examinez d’abord l’opération et ses pièces, puis la manière dont la facture a été reçue. Une facture de fourniture effectivement livrée, adressée à la bonne société et conforme aux conditions de la commande, peut devoir être traitée même si elle arrive par courrier ou dans une pièce jointe. À l’inverse, une facture techniquement transmise par une plateforme ne prouve pas, à elle seule, que la marchandise a été livrée ou que la prestation correspond à ce qui était convenu.
Dans son guide pratique de démarrage de juillet 2026, question 3, la DGFiP distingue expressément les modalités de transmission des règles relatives à la dette, au paiement, à la comptabilisation et à la TVA. Elle indique qu’une facture reçue par courriel, en PDF ou sur papier ne doit pas être écartée pour ce seul motif lorsqu’elle correspond à une opération réelle et comporte les éléments nécessaires à son traitement. Cette précision concerne la situation décrite par l’administration ; elle ne rend pas toute facture exacte ou payable sans examen.
Le cadre de la réforme demeure applicable. L’article 289 bis du code général des impôts vise certaines factures entre assujettis établis en France et prévoit : « L’émission, la transmission et la réception des factures électroniques s’effectuent en recourant à une plateforme agréée. » Un simple PDF envoyé par courriel n’est donc pas, à lui seul, le circuit de facturation électronique exigé pour une opération soumise à cette obligation. Il peut néanmoins constituer le document permettant de poursuivre le traitement d’une opération pendant qu’une difficulté de transmission est examinée.
Il faut aussi identifier qui émet la facture. Le III de l’article 26 de la loi de finances rectificative pour 2022, lu dans sa version applicable, prévoit une entrée en application échelonnée : le principe concerne les factures émises à partir du 1er septembre 2026, avec une application au 1er septembre 2027 pour les microentreprises et PME répondant aux conditions du texte, notamment lorsqu’elles ne sont pas membres d’un assujetti unique mentionné à l’article 256 C du CGI. Ce calendrier concerne l’émission ; il ne faut pas le confondre avec la capacité de réception. Le guide de la DGFiP rappelle que les entreprises concernées doivent pouvoir recevoir des factures électroniques depuis le 1er septembre 2026.
Un petit fournisseur peut ainsi adresser une facture selon ses modalités habituelles alors que son client dispose déjà d’une plateforme de réception. À l’inverse, lorsqu’un fournisseur est déjà tenu d’émettre électroniquement pour l’opération considérée, l’envoi sur papier ne remplace pas cette obligation. Avant de lui demander une correction, vérifiez son identité juridique, la nature de l’opération, le statut de l’émetteur et le circuit réellement utilisé. Une facture peut aussi concerner une opération qui appelle un examen particulier, notamment lorsque l’une des parties est établie hors de France ou lorsque l’opération bénéficie d’une exonération.
Pour la vue d’ensemble du dispositif, ce dossier explique les obligations de réception et d’émission des factures électroniques. Pour le sort d’une facture déjà reçue hors plateforme, il faut aussi tenir compte des précisions spécifiques de la DGFiP exposées ici.
La facture n’est pas le contrat entier. L’article 1103 du code civil dispose : « Les contrats légalement formés tiennent lieu de loi à ceux qui les ont faits. » Confrontez donc la facture au devis accepté, au contrat, au bon de commande et aux échanges qui en précisent le prix. Si la facture reprend exactement la commande exécutée, une irrégularité du seul canal ne justifie pas de supposer que la dette a disparu. Si le prix, l’identité du créancier ou l’exécution sont sérieusement contestés, la difficulté porte sur le fond et doit être exposée avec les pièces correspondantes.
Exemple : une société commande des imprimantes, reçoit le bon de livraison signé puis une facture papier conforme au prix convenu. Elle contrôle l’identité du vendeur, la livraison, les coordonnées de règlement et l’absence d’un autre exemplaire dans sa plateforme. Si le fournisseur devait utiliser le circuit électronique, elle peut lui demander de régulariser la transmission de cette même facture. Elle n’a pas besoin de transformer automatiquement la facture en une nouvelle vente pour poursuivre ses vérifications et, si la somme est due, son traitement.
B. TVA sur une facture papier : quelles conditions vérifier avant de la déduire ?
Le seul usage du papier n’interdit pas automatiquement la déduction de la TVA. Dans la réponse 3 de son guide, la DGFiP précise que l’absence de passage par le circuit électronique attendu ne prive pas automatiquement le destinataire de son droit à déduction. Elle ajoute que ce droit reste apprécié au regard des conditions de fond et de forme applicables. L’entreprise doit donc examiner la réalité et l’affectation de l’achat, la qualité de l’émetteur, la taxe indiquée et les autres éléments de la facture.
L’article 271 du code général des impôts subordonne notamment la déduction à l’utilisation des biens ou services pour les besoins d’opérations ouvrant droit à déduction. Pour les livraisons de biens et les prestations de services, il prévoit que la déduction peut être opérée « si les redevables sont en possession des factures ». Le même article vise la taxe figurant sur les factures établies conformément à l’article 289, à condition qu’elle puisse légalement y figurer. Il ne suffit donc pas de lire un montant de TVA sur un document pour conclure que l’entreprise peut l’imputer.
La première vérification porte sur le destinataire : une facture adressée à la personne physique dirigeante, à une autre société du groupe ou à un établissement qui n’est pas l’acheteur doit être rapprochée du contrat et des documents de commande. Une erreur apparente mérite une explication et, si nécessaire, une correction par l’émetteur. Il ne faut pas modifier silencieusement la pièce pour la faire correspondre à l’écriture comptable.
La deuxième vérification porte sur le fournisseur et l’opération. Identifiez le vendeur réellement convenu, la nature des biens ou prestations, leur utilisation pour l’activité et l’existence d’une livraison ou d’un travail identifiable. Un numéro de facture, même cohérent, ne remplace ni une commande ni une preuve d’exécution lorsqu’elles sont nécessaires pour comprendre l’opération. Pour une prestation intellectuelle, le contrat, le livrable et les échanges de validation peuvent éclairer la facture ; pour une marchandise, le bon de commande, le bordereau et les réserves éventuelles ont la même utilité.
La troisième vérification porte sur les mentions. L’article 242 nonies A de l’annexe II au code général des impôts énumère les mentions fiscales et prévoit aussi des adaptations pour certaines factures ou certains assujettis. Selon la situation, contrôlez notamment les parties, la date, le numéro, la description, les quantités, les prix, le taux et le montant de taxe ou la mention correspondant au régime applicable. Une liste de contrôle interne doit tenir compte des exceptions du texte et ne pas imposer indistinctement la même mention à toutes les opérations.
Enfin, vérifiez le régime de votre entreprise. Une microentreprise en franchise de TVA, une société réalisant des opérations exonérées et une société effectuant des opérations taxées ne se trouvent pas nécessairement dans la même situation. La TVA peut être totalement, partiellement ou non déductible selon les conditions applicables à l’achat et à l’activité. Le format du fichier ne tranche aucune de ces questions. Si l’opération implique un fournisseur étranger, une autoliquidation ou une dépense à usage mixte, demandez une analyse adaptée avant de tirer une conclusion sur le montant déductible.
Si une facture comporte une erreur de taxe ou un mauvais destinataire, adressez une demande précise au fournisseur en identifiant la pièce et l’anomalie. Conservez la réponse et la facture rectificative ou l’avoir qui se rapporte à l’opération. L’article 289 du code général des impôts assimile à une facture le document qui modifie la facture initiale et y fait référence de façon spécifique et non équivoque. Distinguez cette véritable correction d’une simple transmission, par un second canal, de la même facture inchangée.
II. Facture fournisseur reçue sur papier : comment la régulariser et éviter un double paiement ?
A. Que demander au fournisseur et à la plateforme agréée ?
Commencez par vérifier si la facture est déjà disponible sur la plateforme de réception. Une pièce jointe peut être une copie de confort d’une facture également déposée par le canal structuré. Elle peut aussi correspondre à une facture qui n’a pas encore pu être acheminée. La présentation visuelle ne permet pas toujours de distinguer ces hypothèses. Rapprochez la référence, la date, le fournisseur, le client et les montants avant de lancer un second circuit de validation.
Si vous n’avez pas désigné de plateforme alors que votre entreprise est concernée par l’obligation de réception, engagez la démarche auprès d’une plateforme agréée ou vérifiez comment votre outil habituel, votre expert-comptable ou un autre prestataire vous y raccorde. Le répertoire des plateformes agréées publié par la DGFiP permet de vérifier le statut de l’opérateur. Demandez aussi comment l’entreprise sera identifiée dans l’annuaire et comment les personnes chargées des achats et de la comptabilité accéderont aux factures.
Le choix d’une solution n’autorise pas à ignorer les documents déjà reçus. Le guide de démarrage demande de maintenir le traitement des factures et d’éviter une rupture des paiements tout en documentant les démarches de raccordement. Conservez la demande d’ouverture, la confirmation du prestataire, les éventuels messages d’erreur et les échanges sur l’identification de l’entreprise. Un tableau des factures concernées, avec leur référence et leur état de traitement, sera plus utile qu’un dossier regroupant tous les courriels sans classement.
Si le fournisseur est soumis à l’obligation d’émission électronique pour l’opération, vous pouvez lui demander de transmettre ou de régulariser la même facture par le circuit attendu. Selon les questions 3 et 4 du guide de la DGFiP, cette demande n’est pas obligatoire pendant le démarrage et ne constitue pas une condition de validité, de traitement, de paiement ou de déduction de la facture reçue par un autre canal. Cette position ne dispense pas l’émetteur de son obligation propre et ne dispense pas le destinataire de ses vérifications sur la facture.
Une demande claire peut reprendre les éléments suivants : Nous avons reçu votre facture n° [référence] par courrier. Nous procédons aux vérifications habituelles. Si cette opération relève de votre obligation d’émission électronique, merci de vérifier avec votre plateforme la transmission de la même facture vers notre plateforme. Merci de préciser s’il s’agit d’une copie ou d’une facture corrigée. Ce modèle est une proposition de correspondance ; il doit être adapté au contrat et à l’état réel du dossier.
Le message ne doit pas affirmer que toute facture papier est irrégulière. Le régime applicable dépend de la date d’émission, du fournisseur, des parties et de l’opération. Ne demandez pas non plus systématiquement une nouvelle facture portant un autre numéro : une deuxième transmission de la même facture n’est pas nécessairement une nouvelle créance. Si une erreur affecte le montant ou la prestation, il faut en revanche identifier la correction convenue et les documents qui la matérialisent.
Le circuit de facturation et la transmission d’informations à l’administration sont liés mais distincts. L’article 289 E du code général des impôts énonce : « Les données des factures électroniques émises en application du I de l’article 289 bis sont transmises à l’administration par la plateforme agréée choisie par l’assujetti. » Pour l’acheteur, l’enjeu immédiat est de connaître l’état de la facture et d’éviter les doublons ; pour l’émetteur, la mise en conformité du flux et la transmission des données doivent être suivies avec sa plateforme.
Si le prestataire indique qu’une facture a été rejetée, demandez si le rejet vient d’un problème technique de format, d’identification ou d’adressage. Une plateforme peut refuser un flux technique alors que la réalité commerciale de la prestation n’est pas en cause. À l’inverse, une facture techniquement reçue peut contenir un prix contesté. Gardez le message de rejet et sollicitez une explication sur la correction attendue : cette distinction évite d’accuser à tort le fournisseur d’une livraison inexistante ou de considérer le problème comme réglé parce qu’un fichier est lisible.
La situation peut concerner un établissement parisien d’une entreprise dont la comptabilité est tenue ailleurs en Île-de-France. Dans ce cas, vérifiez que la commande, l’adresse de facturation et l’identifiant de l’entité qui doit payer concordent. La localisation des équipes ne suffit pas à désigner le débiteur. En présence d’un véritable différend commercial, les pièces peuvent être préparées avec une chronologie pour analyser les recours en cas de litige commercial à Paris ; le juge compétent dépendra des faits, de la qualité des parties et des clauses applicables.
B. Comment éviter les doublons, contester une erreur et conserver les preuves ?
La même facture peut arriver par courrier, par courriel puis sur la plateforme. Le risque n’est pas seulement informatique : deux personnes peuvent chacune valider la même dépense, deux écritures peuvent être enregistrées et deux paiements peuvent partir. La question 5 du guide de la DGFiP recommande de comparer notamment le numéro, le fournisseur, le client, la date, les montants hors taxe, la TVA et le total. Lorsque les documents correspondent à la même opération, l’entreprise désigne une référence de traitement et marque les autres exemplaires comme copies ou doublons.
Organisez ce rapprochement avant toute mise en paiement. Le numéro seul peut être insuffisant : deux sociétés différentes peuvent employer la même numérotation, et une facture rectificative peut porter une référence distincte. Ajoutez l’identité juridique du fournisseur et du client, le montant, la devise si nécessaire, l’objet et le lien avec la commande. Lorsqu’un document diffère sur un de ces points, ne le classez ni comme doublon certain ni comme nouvelle dette certaine avant d’avoir obtenu une explication.
Une grille de suivi peut comporter six colonnes : la référence de facture ; l’identité du fournisseur ; l’opération ou le bon de commande ; les canaux de réception ; l’état de validation et de paiement ; le lien vers les copies, corrections ou avoirs. Ajoutez la personne qui a effectué le rapprochement et la date du contrôle. Si la plateforme apporte un identifiant de flux, rattachez-le à la ligne existante plutôt que de créer automatiquement une nouvelle ligne comptable pour la même vente.
Imaginons une facture de 1 200 euros toutes taxes comprises reçue par courrier et déjà enregistrée. Quelques jours plus tard, un exemplaire électronique portant les mêmes parties, numéro et montants apparaît sur la plateforme. Après vérification de l’opération, l’entreprise relie le flux électronique à l’écriture existante et indique qu’il s’agit du même document. Elle vérifie aussi l’état du règlement et de la TVA avant toute nouvelle saisie. Si la seconde pièce indique au contraire 1 080 euros, il faut rechercher une remise ou une correction avant de traiter l’écart : l’apparence de doublon ne suffit plus.
Si le montant ou la prestation est contesté, formulez le désaccord précisément. Indiquez les lignes litigieuses, le prix prévu dans la commande, les quantités effectivement reçues et les pièces disponibles. Une contestation documentée facilite le dialogue, mais elle n’annule pas à elle seule la facture ni ne règle automatiquement la question du paiement. Il faut apprécier séparément l’éventuelle partie admise, les stipulations du contrat et les conséquences de l’inexécution alléguée.
La charge de la preuve joue dans les deux sens. L’article 1353 du code civil dispose : « Celui qui réclame l’exécution d’une obligation doit la prouver. » Il ajoute : « Réciproquement, celui qui se prétend libéré doit justifier le paiement ou le fait qui a produit l’extinction de son obligation. » Le fournisseur qui réclame une somme doit donc pouvoir établir sa créance ; l’acheteur qui soutient l’avoir déjà réglée doit conserver ses justificatifs. L’article 1358 du code civil prévoit, hors les cas où la loi en dispose autrement, que la preuve peut être apportée par tout moyen.
Réunissez dans un dossier accessible la facture telle que reçue, l’enveloppe ou le courriel utile pour comprendre son origine, la commande, le contrat, la preuve de livraison ou le livrable, les échanges sur l’anomalie, les statuts de plateforme et la preuve du paiement. Si le document a été corrigé, gardez le lien entre l’initial et la correction. Si plusieurs exemplaires coexistent, une note de rapprochement doit permettre de comprendre lequel a été traité. Ne présentez pas une copie fabriquée après coup comme un original reçu du fournisseur.
La conservation du document s’inscrit dans les exigences de l’article 289 du code général des impôts : « L’authenticité de l’origine, l’intégrité du contenu et la lisibilité de la facture doivent être assurées à compter de son émission et jusqu’à la fin de sa période de conservation. » Le même texte prévoit notamment, pour certaines modalités, des contrôles documentés et permanents établissant une piste d’audit fiable entre la facture et l’opération. Une impression rangée dans un classeur et une écriture isolée dans le logiciel doivent pouvoir être reliées aux éléments qui expliquent l’achat.
Le code de commerce, article L. 441-9, rappelle que tout achat de produits ou prestation pour une activité professionnelle fait l’objet d’une facturation et que « L’acheteur est tenu de la réclamer. » Il prévoit aussi la conservation d’un exemplaire par le vendeur et par l’acheteur dans la limite de durée applicable. Réclamer la facture ne revient pas à exiger qu’une facture correcte soit systématiquement remplacée par une nouvelle pièce pour la même opération.
Lorsque le paiement est dû, vérifiez les conditions convenues et la facture. L’article L. 441-10 du code de commerce prévoit notamment que, sauf dispositions contraires figurant aux conditions de vente ou convenues entre les parties, le délai de règlement ne peut dépasser trente jours après la réception des marchandises ou l’exécution de la prestation demandée. Il fixe aussi des limites aux délais convenus et des règles particulières selon les cas. Ces dispositions doivent être rapprochées du contrat, des pièces et de la situation précise.
Les manquements à l’obligation de réception ont un régime propre. Selon le IV bis de l’article 1737 du code général des impôts, lorsque l’administration constate un manquement à l’obligation de recourir à une plateforme agréée pour recevoir les factures concernées, elle met l’assujetti en demeure de s’y conformer dans un délai de trois mois ; la persistance du manquement à l’expiration de ce délai donne lieu à une amende de 500 euros. Le même texte organise une nouvelle mise en demeure puis, si le manquement persiste, une amende de 1 000 euros et le mécanisme applicable ensuite. Ce régime vise l’obligation du destinataire ; il ne doit pas être confondu avec l’amende d’émission du fournisseur prévue au III du même article.
La DGFiP précise dans son guide qu’elle appréciera les difficultés réelles, documentées et suivies d’actions de correction pendant la phase de démarrage. Cette position administrative n’est pas une suspension générale de la réforme. Conservez donc les preuves du choix de plateforme, les tickets d’assistance, les flux affectés et les mesures de correction. Si un acte de l’administration arrive, lisez son objet et ses motifs avant de répondre ; une anomalie de réception, une erreur sur une facture et une facture sans opération réelle sont des situations différentes.
Enfin, si un fournisseur et un acheteur ne parviennent pas à résoudre le différend, relisez les clauses de leur contrat et conservez toutes les versions des échanges. L’article 1104 du code civil prévoit que « Les contrats doivent être négociés, formés et exécutés de bonne foi. » Une demande d’explication circonstanciée, une réponse sur les pièces reçues et une proposition de correction traçable permettent de clarifier la situation sans préjuger de l’issue d’un éventuel contentieux.
Conclusion
Une facture papier ou un PDF reçu d’un fournisseur appelle un contrôle réel, pas un refus automatique fondé sur le seul canal. Le destinataire examine l’opération, les mentions, le contrat et les conditions propres à la TVA ; il vérifie en parallèle si le fournisseur était tenu de passer par une plateforme et si la même facture existe déjà dans le circuit électronique.
La méthode tient dans un dossier cohérent : une facture de référence, les pièces qui établissent l’opération, la trace du rapprochement des éventuelles copies et les échanges de correction. La réception d’un document hors plateforme et la mise en conformité de la transmission sont deux sujets à traiter ensemble, sans transformer une seule opération en deux paiements ou deux déductions.