La restitution des loyers indûment perçus en exécution d’une clause d’indexation réputée non écrite dans les baux commerciaux : la construction prétorienne de la troisième chambre civile (2023-2026)

I. Le fondement de l’action en répétition de l’indu consécutive à l’anéantissement rétroactif de la clause d’indexation illicite

A. L’imprescriptibilité de l’action en constatation du caractère non écrit de la clause et la prescription quinquennale de l’action en paiement

Le statut des baux commerciaux confère au preneur une protection renforcée contre les clauses contractuelles qui porteraient atteinte aux dispositions d’ordre public du chapitre V du titre IV du livre Ier du code de commerce. L’article L. 145-15 de ce code, dans sa rédaction issue de la loi n° 2026-403 du 26 mai 2026 de simplification de la vie économique, dispose que sont réputés non écrits, quelle qu’en soit la forme, les clauses, stipulations et arrangements qui ont pour effet de faire échec au droit de renouvellement institué par le présent chapitre ou aux dispositions des articles L. 145-4, L. 145-32-1, L. 145-37 à L. 145-41, du premier alinéa de l’article L. 145-42 et des articles L. 145-47 à L. 145-54. La jurisprudence a consacré le principe selon lequel l’action tendant à voir réputer non écrite une clause du bail commercial n’est soumise à aucune prescription extinctive, ainsi que l’a rappelé la troisième chambre civile dans un arrêt du 19 novembre 2020 (pourvoi n° 19-20.405, publié au Bulletin), confirmé par un arrêt du 16 novembre 2023 (pourvoi n° 22-14.091, publié).

Cette imprescriptibilité de l’action en constatation du caractère non écrit de la clause se distingue toutefois du régime de l’action en restitution des sommes indûment versées en exécution de ladite clause. La troisième chambre civile a précisé, dans un arrêt du 23 janvier 2025 (pourvoi n° 23-18.643, publié au Bulletin, formation de section), que « le locataire à bail commercial qui a acquitté un loyer indexé en vertu d’une clause d’indexation ultérieurement réputée non écrite peut agir en paiement des sommes indûment versées dans les cinq ans précédant sa demande en justice ». Cette solution opère une distinction fondamentale entre deux actions autonomes : d’une part, l’action tendant à faire déclarer la clause réputée non écrite, qui échappe à toute prescription en raison de la nature de la sanction qui opère ab initio et sans limitation temporelle, et, d’autre part, l’action en répétition de l’indu fondée sur l’article 1302 du code civil, laquelle se prescrit par cinq ans en application de l’article 2224 du même code à compter du jour où le titulaire d’un droit a connu ou aurait dû connaître les faits lui permettant de l’exercer.

En conséquence, le preneur qui découvre l’illicéité d’une clause d’indexation insérée dans son bail commercial peut, sans limitation de durée, agir en justice pour faire constater le caractère non écrit de cette clause, mais ne pourra obtenir la restitution des sommes indûment versées que dans la limite des cinq années précédant sa demande. Cette articulation entre imprescriptibilité de l’action déclaratoire et prescription quinquennale de l’action en paiement constitue un équilibre juridique remarquable : elle garantit que l’ordre public de protection du statut des baux commerciaux ne puisse être contourné par l’écoulement du temps, tout en préservant la sécurité juridique des paiements anciens que le bailleur a pu légitimement recevoir. Par ailleurs, l’article L. 145-38 du code de commerce, qui régit la révision triennale du loyer, dispose que la majoration ou la diminution de loyer consécutive à une révision ne peut excéder la variation de l’indice trimestriel des loyers commerciaux ou de l’indice trimestriel des loyers des activités tertiaires intervenue depuis la dernière fixation, ce qui constitue le référentiel légal auquel doit se conformer toute clause d’indexation pour échapper à la sanction du réputé non écrit.

B. L’assiette de la restitution : le retour au loyer initial comme conséquence de la fiction d’inexistence ab initio de la clause prohibée

La portée de l’arrêt du 23 janvier 2025 mérite une analyse approfondie en ce qu’il consacre la pleine effectivité de la sanction du réputé non écrit dans les baux commerciaux. Le visa de l’arrêt associe les articles 2224 du code civil et L. 145-15 du code de commerce pour affirmer que « dès lors qu’une stipulation réputée non écrite est censée n’avoir jamais existé, la créance de restitution de l’indu doit être calculée sur la base du montant du loyer qui aurait été dû à défaut d’application d’une telle stipulation ». Cette formulation constitue un apport doctrinal majeur : elle exclut que la restitution puisse être calculée sur la base du dernier loyer acquitté au point de départ de la prescription quinquennale, comme l’avait retenu à tort la cour d’appel de Paris dans son arrêt du 29 mars 2023. La Cour de cassation censure ainsi une pratique qui consistait, dans les faits, à maintenir l’effet persistant de la clause pourtant réputée ne jamais avoir existé.

Dès lors, le bailleur ne saurait conserver les augmentations de loyer résultant de l’application d’une clause d’indexation illicite, même pour la période non prescrite, puisque le loyer de référence pour le calcul de la restitution demeure le loyer initial stipulé au contrat, antérieur à toute indexation. Or, cette solution emporte des conséquences financières considérables pour les bailleurs : la restitution peut porter sur la totalité des indexations pratiquées pendant les cinq années précédant la demande en justice, chacune étant appréciée par référence au loyer initial et non au loyer progressivement indexé, ce qui produit un effet multiplicateur significatif sur le quantum des sommes à restituer, en particulier dans les baux de longue durée où l’indexation a produit un effet cumulatif substantiel sur plusieurs années. La troisième chambre civile a eu l’occasion de préciser, dans un arrêt du 5 février 2026 (pourvoi n° 24-11.584), que la sanction du réputé non écrit peut être limitée à la seule stipulation prohibée lorsque la distorsion indiciaire n’affecte qu’une partie de la clause d’indexation. La Cour y énonce que « lorsque la période de variation indiciaire est supérieure à la durée s’étant écoulée entre deux révisions, la clause était réputée non écrite pour la seule période durant laquelle la distorsion était caractérisée », ce qui circonscrit l’obligation de restitution aux seules périodes affectées par l’illicéité.

Cette construction jurisprudentielle traduit une recherche d’équilibre entre la protection du preneur, fondée sur l’ordre public de direction qui gouverne le statut des baux commerciaux, et la préservation des stipulations contractuelles valides auxquelles les parties ont librement consenti. L’article L. 145-34 du code de commerce, qui encadre le plafonnement du loyer du bail renouvelé en disposant que le taux de variation du loyer ne peut excéder la variation de l’indice trimestriel des loyers commerciaux lorsque la durée du bail n’est pas supérieure à neuf ans, fournit le cadre légal dans lequel s’inscrit cette analyse. Par ailleurs, l’arrêt du 25 janvier 2023 (pourvoi n° 20-20.514) avait déjà affirmé, à propos d’une clause d’indexation stipulée à l’article 20-2 d’un bail commercial, que la cour d’appel ne pouvait déclarer non écrite la clause sans caractériser précisément la distorsion prohibée par l’article L. 112-1 du code monétaire et financier, dont l’alinéa 2 prohibe les clauses qui créent une distorsion entre la période de variation de l’indice et la durée s’écoulant entre deux révisions. La cohérence de cette jurisprudence avec celle rendue postérieurement atteste la volonté constante de la troisième chambre civile de proportionner la sanction à la gravité de l’illicéité constatée.

À cet égard, la loi n° 2026-403 du 26 mai 2026 de simplification de la vie économique, en modifiant l’article L. 145-15 du code de commerce pour y insérer la référence explicite à l’article L. 145-32-1 nouveau relatif à la mensualisation du loyer, a significativement étendu le domaine des clauses réputées non écrites, ce qui laisse présager une augmentation substantielle du contentieux de la répétition de l’indu dans les prochaines années, à mesure que les preneurs à bail commercial prendront la mesure des droits nouveaux que le législateur leur a conférés et solliciteront la restitution des loyers indûment versés en exécution de clauses désormais frappées d’une illicéité rétroactive.

II. Les limites à l’action en restitution : l’autorité de la transaction et la divisibilité de la clause d’indexation

A. L’autorité de la chose jugée de la transaction comme obstacle procédural à l’action en répétition de l’indu

L’action en restitution des loyers indûment perçus se heurte à une limite procédurale déterminante tenant à l’autorité de la chose jugée attachée aux transactions conclues entre les parties antérieurement à la découverte de l’illicéité de la clause. La troisième chambre civile a rendu sur ce point un arrêt important le 16 mai 2024 (pourvoi n° 22-19.830, formation de section), dans lequel elle a jugé, sur le fondement de l’article 2052 alinéa 1er du code civil dans sa rédaction antérieure à la loi du 18 novembre 2016, que l’autorité de la chose jugée attachée à une transaction, dont la nullité n’était pas demandée, rendait irrecevable la demande formée par la locataire sur le fondement de la clause d’indexation. En l’espèce, les parties avaient conclu un protocole transactionnel portant accord global et ayant vocation à régler tous les litiges nés de l’exécution du bail initial, ce qui faisait obstacle à une action ultérieure en restitution fondée sur le caractère prétendument non écrit de la clause d’indexation insérée dans ce même bail.

Or, cette solution s’articule de manière délicate avec le principe, dégagé par la Cour de cassation elle-même, selon lequel une clause réputée non écrite est insusceptible de toute renonciation comme de toute confirmation ou ratification, précisément en raison de la nature de la sanction qui opère ab initio et dont l’effet rétroactif interdit aux parties de couvrir la nullité par une manifestation de volonté. Le pourvoi formé par la locataire dans l’affaire du 16 mai 2024 soutenait avec force que « la clause d’indexation illicite en tant qu’elle crée dans un bail commercial une distorsion prohibée par l’article L. 112-1, alinéa 2, du code monétaire et financier est réputée non écrite, en sorte que les parties ne peuvent écarter la rétroactivité des restitutions qui s’attachent à cette sanction par la conclusion d’une transaction ». La Cour de cassation n’a toutefois pas eu à statuer sur la substance de ce moyen, dès lors que la transaction avait été conclue antérieurement à la déclaration judiciaire du caractère non écrit de la clause et que la question de la nullité éventuelle de cette transaction n’avait pas été soumise à l’appréciation des juges du fond, ce qui interdisait à la Cour d’examiner d’office un moyen nouveau en cassation.

Par ailleurs, cet arrêt du 16 mai 2024 comporte un enseignement jurisprudentiel additionnel relatif au formalisme contractuel des baux commerciaux : la Cour censure l’arrêt d’appel qui avait mis à la charge de la locataire la taxe d’enlèvement des ordures ménagères « en l’absence d’une stipulation claire et précise du bail commercial » mettant cette taxe à la charge du preneur, sur le fondement de l’article 1134 du code civil dans sa rédaction antérieure à l’ordonnance du 10 février 2016. Cette solution rappelle, en creux, l’exigence de précision rédactionnelle qui gouverne l’ensemble des clauses du bail commercial et qui conditionne, en amont, la validité des stipulations relatives aux charges et accessoires du loyer, évitant ainsi en pratique le contentieux de la répétition de l’indu. À cet égard, l’article L. 145-40 du code de commerce, dans sa rédaction issue de la loi du 26 mai 2026, a renforcé l’encadrement des sommes versées à titre de garantie par le preneur, désormais plafonnées au montant des loyers dus au titre d’un trimestre, et a imposé au bailleur une obligation de restitution dans un délai raisonnable ne pouvant excéder trois mois à compter de la remise des clés, déduction faite des sommes restant dues.

B. La divisibilité de la clause d’indexation comme tempérament substantiel à la sanction du réputé non écrit

La jurisprudence récente de la troisième chambre civile a construit un tempérament substantiel majeur à l’anéantissement rétroactif de la clause d’indexation, fondé sur la divisibilité des stipulations contractuelles. L’arrêt du 19 juin 2025 (pourvoi n° 23-18.853, publié au Bulletin, formation de section), rendu dans la célèbre affaire Besson Chaussures, énonce le principe selon lequel « est réputée non écrite toute clause d’indexation du loyer ne jouant qu’en cas de variation à la hausse de l’indice de référence mais que seule la stipulation prohibée doit être réputée non écrite, et non la clause en son entier, sauf cas d’indivisibilité ». La Cour valide ainsi le raisonnement de la cour d’appel de Riom qui, après avoir constaté que les baux commerciaux prévoyaient que le loyer serait susceptible de varier uniquement à la hausse en fonction de l’indice du coût de la construction, avait relevé « qu’il pouvait être fait abstraction du seul membre de phrase « uniquement à la hausse » en laissant subsister la clause générale d’indexation à la hausse ou à la baisse ».

En conséquence, la divisibilité de la clause produit un effet déterminant sur l’étendue des restitutions : lorsque seule la stipulation prohibée est réputée non écrite, le mécanisme d’indexation subsiste dans son principe, de sorte que la variation du loyer n’est pas intégralement remise en cause et que les restitutions ne portent que sur l’excédent de loyer résultant de la distorsion prohibée, à savoir la différence entre le loyer tel qu’indexé à la hausse seulement et le loyer qui aurait résulté d’une indexation symétrique. La Cour de cassation a confirmé cette approche dans un arrêt du 22 mai 2025 (pourvoi n° 23-23.336), censurant une cour d’appel qui avait réputé non écrite la clause d’indexation en son entier, au motif que « ce sont toutes les stipulations relatives au mécanisme de l’indexation qui ont déterminé le bailleur à contracter », sans rechercher « si la stipulation prohibée pouvait être retranchée de la clause d’indexation sans porter atteinte à la cohérence de celle-ci ». Cette exigence de motivation impose désormais aux juges du fond de caractériser positivement l’indivisibilité de la clause avant de prononcer son anéantissement total, ce qui restreint corrélativement le quantum des restitutions dans l’hypothèse, la plus fréquente en pratique, où la clause est jugée divisible et où seule la stipulation prohibée est éradiquée du contrat.

Dès lors, l’office du juge en matière de clauses d’indexation illicites se trouve régi par une double exigence prétorienne : d’une part, identifier la stipulation prohibée et en prononcer le caractère non écrit, d’autre part, vérifier si cette stipulation est divisible du reste de la clause, auquel cas seule la partie illicite est anéantie et le surplus de la clause continue de produire ses effets. Cette grille d’analyse a été appliquée avec constance par la troisième chambre civile, notamment dans les arrêts du 18 décembre 2025 (pourvoi n° 24-12.218), qui rappelle que « seule la stipulation prohibée doit être réputée non écrite et non la clause en son entier, à moins qu’elle ne soit indissociable des autres stipulations de la clause », et du 25 janvier 2023 (pourvoi n° 20-20.514), qui confirme cette approche. Par ailleurs, la loi n° 2026-403 du 26 mai 2026 a renforcé l’édifice législatif en étendant le champ de l’article L. 145-15 du code de commerce à de nouvelles dispositions protectrices du preneur, notamment l’obligation de mensualisation du loyer instituée par l’article L. 145-32-1 et l’encadrement renforcé de la clause résolutoire prévu par l’article L. 145-41 modifié, ce qui augmente mécaniquement le nombre de clauses susceptibles d’être déclarées non écrites et, partant, le nombre d’actions en répétition de l’indu que les juridictions auront à connaître.

La troisième chambre civile a également eu l’occasion, dans l’arrêt du 19 juin 2025 précité, de préciser un point de droit connexe relatif à l’obligation du bailleur de garantir la jouissance paisible des locaux loués, en affirmant que « lorsque les locaux loués sont situés dans un immeuble soumis au statut de la copropriété, et que le bailleur est informé de l’existence d’un tel désordre, les diligences par lui accomplies pour obtenir du syndicat des copropriétaires la cessation d’un trouble ayant son origine dans les parties communes de l’immeuble ne le libèrent pas de son obligation de garantir la jouissance paisible des locaux loués », sur le fondement des articles 1719, 3°, et 1720 du code civil. Cette extension de l’obligation de garantie du bailleur, même en présence d’un trouble trouvant sa source dans les parties communes d’un immeuble en copropriété, illustre la cohérence de la construction prétorienne de la troisième chambre civile, qui tend à renforcer les obligations du bailleur chaque fois que l’équilibre contractuel est menacé par son inaction ou sa passivité, de manière analogue à l’obligation de restitution qui pèse sur lui lorsqu’une clause d’indexation a produit des effets illicites.

Conclusion

La construction jurisprudentielle de la troisième chambre civile relative à la restitution des loyers indûment perçus en exécution d’une clause d’indexation réputée non écrite révèle une articulation subtile entre la protection du preneur, consacrée par l’imprescriptibilité de l’action en constatation du caractère non écrit de la clause et par le calcul de la restitution sur la base du loyer initial, et les tempéraments procéduraux et substantiels qui encadrent l’action en répétition de l’indu, tirés de l’autorité de la chose jugée des transactions et de la divisibilité des clauses d’indexation. L’entrée en vigueur de la loi du 26 mai 2026 de simplification de la vie économique, qui a étendu le domaine des clauses réputées non écrites à de nouvelles dispositions protectrices du preneur, devrait amplifier significativement ce contentieux dans les prochaines années, à mesure que les preneurs prendront la mesure des droits nouveaux que le législateur leur a conférés et que les juridictions du fond appliqueront cette grille d’analyse désormais stabilisée par la Haute juridiction. La matière de la répétition de l’indu consécutive à l’annulation rétroactive d’une clause d’indexation illicite apparaît ainsi comme un contentieux en pleine expansion, porteur d’enjeux financiers considérables pour les bailleurs, et dont les principes directeurs, dégagés par les arrêts de principe des années 2023 à 2026, devront être confrontés aux nouvelles dispositions issues de la réforme législative du statut des baux commerciaux.