Vous venez de recevoir une facture électronique dans votre plateforme agréée ou votre logiciel de facturation et quelque chose cloche : montant qui ne correspond pas au devis, quantité livrée différente, taux de TVA surprenant, numéro de bon de commande absent, voire prestation que vous n’avez jamais commandée. Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA doivent être en mesure de recevoir des factures électroniques, et les grandes entreprises ainsi que les entreprises de taille intermédiaire doivent aussi les émettre sous forme électronique. Dans ce nouveau circuit, le réflexe de payer vite pour être tranquille peut coûter cher : payer une facture fausse, c’est fragiliser votre déduction de TVA, reconnaître une dette contestable et compliquer toute réclamation ultérieure. La bonne nouvelle, c’est que recevoir une facture électronique ne signifie pas l’accepter : le circuit prévoit des statuts de traitement, dont le refus motivé, qui permettent de renvoyer la facture au fournisseur sans la comptabiliser comme une dette certaine. Encore faut-il refuser pour un motif réel, dans le bon canal, avec une trace écrite, puis gérer la suite : relance du fournisseur, facture corrigée, sort de la TVA, délais de paiement et preuve du litige. Cet article explique comment refuser proprement une facture électronique reçue depuis la réforme, quand vous pouvez retenir le paiement sans encourir de pénalités, et comment obtenir une facture correcte et déductible, à Paris comme partout en France.

I. Refuser une facture électronique reçue depuis le 1er septembre 2026 : dans quels cas et comment le notifier

A. Facture électronique reçue : montant faux, prestation non faite, mentions manquantes, comment identifier un motif légitime de refus

Le point de départ reste le droit commun de la facturation entre professionnels. Le Code de commerce dispose que « Tout achat de produits ou toute prestation de service pour une activité professionnelle fait l’objet d’une facturation » et que « Le vendeur est tenu de délivrer la facture dès la réalisation de la livraison ou de la prestation de services au sens du 3 du I de l’article 289 du code général des impôts ». La facture n’est donc due que lorsque la livraison ou la prestation a réellement eu lieu, et elle doit décrire fidèlement l’opération. Le même texte impose un contenu précis : « la facture mentionne le nom des parties ainsi que leur adresse et leur adresse de facturation si elle est différente, la date de la vente ou de la prestation de service, la quantité, la dénomination précise, et le prix unitaire hors TVA des produits vendus et des services rendus ainsi que toute réduction de prix acquise à la date de la vente ou de la prestation de services et directement liée à cette opération de vente ou de prestation de services, à l’exclusion des escomptes non prévus sur la facture ». En pratique, chaque écart par rapport à cette description ouvre un motif de contestation : quantité facturée supérieure à la quantité livrée, prix unitaire différent du contrat, réduction promise qui n’apparaît pas, date de prestation erronée, numéro de bon de commande manquant alors que l’acheteur l’avait imposé, TVA appliquée au mauvais taux, adresse de facturation incorrecte.

Le Code général des impôts complète ce socle. L’article 289 oblige tout assujetti à s’assurer qu’une facture est émise pour les livraisons et prestations effectuées pour un autre assujetti, dans les conditions qu’il décrit (article 289 du code général des impôts). La facture doit donc refléter une opération réelle et imposable. Une facture qui ne correspond à aucune livraison ni à aucune prestation réelle n’est pas une simple erreur formelle : c’est un document qui ne devrait pas exister. Le Code général des impôts sanctionne d’ailleurs lourdement ce cas : constitue une infraction « De la facture, le fait de délivrer une facture ne correspondant pas à une livraison ou à une prestation de service réelle ». De même, « Toute omission ou inexactitude constatée dans les factures ou documents en tenant lieu mentionnés aux articles 289 et 290 quinquies donne lieu à l’application d’une amende de 15 € », avec un plafond par facture égal au quart du montant mentionné. Autrement dit, une facture électronique reçue avec des mentions fausses ou incomplètes expose d’abord son émetteur, mais elle expose aussi son destinataire s’il la paie et la déduit sans réagir.

Concrètement, distinguez trois familles de motifs de refus. Première famille : l’opération facturée n’existe pas ou n’est pas conforme. Exemples : marchandise jamais reçue, prestation jamais exécutée, acompte facturé alors qu’aucun acompte n’était prévu, doublon d’une facture déjà émise, facture adressée à la mauvaise société du groupe. Deuxième famille : l’opération existe mais ses conditions sont fausses. Exemples : prix différent du devis signé, quantités gonflées, remise contractuelle oubliée, pénalités de retard du fournisseur déduites d’office sans accord, frais de livraison ajoutés alors que le contrat prévoyait franco de port. Troisième famille : la facture est formellement inexploitable. Exemples : numéro SIREN erroné, taux de TVA inapplicable à l’opération, base hors taxe illisible, date d’échéance absente, mentions relatives aux pénalités et à l’indemnité forfaitaire manquantes alors que le Code de commerce les impose sur chaque facture. Dans les trois cas, le refus n’est pas une mesure d’humeur : c’est l’expression de votre droit de ne payer que ce que le contrat met à votre charge. Les contrats tiennent lieu de loi entre les parties puisque « Les contrats légalement formés tiennent lieu de loi à ceux qui les ont faits ». Payer une facture contraire au contrat reviendrait à réécrire le contrat au profit du fournisseur.

Un point de preuve mérite une attention particulière entre commerçants. Devant les juridictions commerciales, la preuve est libre car « A l’égard des commerçants, les actes de commerce peuvent se prouver par tous moyens ». Cette liberté joue dans les deux sens : le fournisseur prouve la livraison par ses bons de livraison, ses relevés d’intervention, ses échanges écrits, et vous prouvez la non-conformité par vos procès-verbaux de réception, vos réserves, vos photographies, vos courriels de réclamation. Celui qui réclame le paiement doit établir le fondement de sa demande puisque « Celui qui réclame l’exécution d’une obligation doit la prouver ». Une facture seule, surtout contestée rapidement et avec des pièces contraires, ne suffit pas à emporter la décision. D’où l’importance de constituer dès la réception le dossier du refus : bon de commande, contrat, conditions générales de vente, bons de livraison annotés, échanges antérieurs sur les prix, captures du statut dans la plateforme. Notre analyse consacrée aux factures non conformes rejetées et à la régularisation de la TVA déductible détaille les pièces à conserver avant de payer (facture électronique non conforme : la faire rectifier et sécuriser la TVA déductible).

Le calendrier de la réforme renforce l’enjeu du tri à la réception. Depuis le 1er septembre 2026, tout assujetti doit pouvoir recevoir des factures électroniques via une plateforme agréée ou un raccordement compatible, tandis que l’obligation d’émettre sous forme électronique s’applique d’abord aux grandes entreprises et aux entreprises de taille intermédiaire, avant son extension aux petites et moyennes entreprises. La loi de finances pour 2026 du 19 février 2026 a clarifié les sanctions, comme l’explique la fiche d’actualité du service public des entreprises (facturation électronique : les sanctions évoluent). Côté émission, « Le non-respect par l’assujetti de l’obligation d’émission d’une facture sous une forme électronique dans les conditions prévues à l’article 289 bis donne lieu à l’application d’une amende de 50 € par facture, sans que le total des amendes appliquées au titre d’une même année civile puisse être supérieur à 15 000 € ». Côté réception, l’administration met d’abord en demeure de se mettre en conformité dans un délai de trois mois avant toute amende. Ce cadre à deux vitesses explique pourquoi vous pouvez recevoir en septembre 2026 des factures encore imparfaites : certains fournisseurs découvrent le format structuré, d’autres envoient en double un PDF par courriel et un flux par plateforme. Votre vigilance à la réception protège votre comptabilité pendant cette période de rodage.

B. Statut Refusée dans la plateforme, motif écrit et contestation hors plateforme : quelle procédure suivre pour un refus opposable

Recevoir une facture électronique, c’est recevoir un flux avec un cycle de vie : émise, transmise, mise à disposition, prise en charge, puis acceptée, refusée ou en litige selon les statuts proposés par votre plateforme ou votre opérateur. Le statut Refusée n’est pas un simple classement interne : c’est l’information transmise au fournisseur que vous contestez la facture et que vous n’en acceptez pas les termes. Pour qu’il soit opposable, il doit être motivé, daté et confirmé hors plateforme. Un refus sec, sans motif écrit, expose à un débat sans fin sur ce qui était reproché à la facture. Un refus motivé fige le litige et oblige le fournisseur à répondre point par point ou à émettre un avoir puis une facture corrigée.

La méthode fiable tient en cinq gestes accomplis dans les jours qui suivent la mise à disposition. Premier geste : ne pas valider le paiement dans votre chaîne comptable. Isolez la facture en statut en attente de contrôle, sans bon à payer, afin qu’un règlement automatique ne vienne pas contredire votre contestation. Deuxième geste : renseigner le statut Refusée ou l’équivalent proposé par votre plateforme, avec un motif précis et factuel. Écrivez par exemple : refus pour quantité facturée de 120 unités contre 80 unités réceptionnées selon le bon de livraison du 2 octobre, ou refus pour prix unitaire de 95 euros hors taxe contre 82 euros hors taxe convenus au devis signé du 15 septembre, ou refus pour TVA à 20 pour cent appliquée à une prestation éligible au taux réduit selon le contrat. Troisième geste : adresser sans délai au fournisseur une contestation écrite hors plateforme, par courriel avec accusé de réception ou lettre recommandée, qui reprend le numéro de facture, sa date, son montant, le motif détaillé et la pièce qui le prouve. Quatrième geste : demander explicitement l’avoir d’annulation et la facture corrigée, avec un délai de régularisation, par exemple huit ou quinze jours selon l’urgence comptable. Cinquième geste : classer ensemble la facture litigieuse, la trace du statut, la contestation et ses annexes, afin de pouvoir démontrer à tout contrôleur comme à tout juge la rapidité et la cohérence de votre réaction.

Le contenu de la contestation écrite conditionne la suite. Rappelez le contrat applicable et la règle qu’il pose : prix convenu, quantités commandées, délais, taux, modalités de réception. Décrivez l’écart constaté avec des chiffres, pas avec des impressions : tant d’unités commandées, tant de livrées, tant de facturées. Joignez le bon de commande, le devis signé, le bon de livraison annoté, le procès-verbal de non-conformité, les photographies datées, les échanges antérieurs. Formulez une demande claire : annulation par avoir et réémission d’une facture conforme, ou confirmation écrite que la facture initiale est abandonnée. Fixez une date limite de réponse et annoncez que le paiement est suspendu sur la partie contestée jusqu’à régularisation. Cette suspension ciblée est plus solide qu’un refus global de tout payer quand seule une ligne est litigieuse : elle montre votre bonne foi et évite que le fournisseur vous oppose un retard de paiement sur la partie incontestée.

Le double envoi par le fournisseur mérite un traitement à part. Pendant la montée en charge de la réforme, certains émetteurs adressent encore un PDF par courriel en parallèle du flux électronique. Seul le flux transmis via la plateforme agréée vaut facture électronique au sens de la réforme ; le PDF isolé ne régularise pas une émission non conforme et ne doit pas déclencher un second paiement. Si vous recevez les deux, rapprochez-les par le numéro unique de facture, ne comptabilisez qu’une seule occurrence et signalez au fournisseur toute discordance entre les deux versions. Si le fournisseur persiste à facturer hors plateforme alors qu’il y est tenu, rappelez-lui par écrit que son manquement l’expose à l’amende de 50 euros par facture dans la limite annuelle, sans agressivité inutile : l’objectif est d’obtenir une facture régulière, pas d’envenimer une relation commerciale utile.

Gardez aussi la preuve du calendrier. Les plateformes horodatent la mise à disposition, la prise en charge et le changement de statut. Exportez ces journaux et conservez-les avec votre contestation. En cas de litige sur les pénalités de retard ou sur la prescription, le juge vérifiera qui a réagi quand. Un refus motivé dans les quelques jours de la réception, suivi d’une contestation détaillée, pèse beaucoup plus lourd qu’une protestation vague émise trois mois plus tard après une mise en demeure du fournisseur. La rapidité ne signifie pas la précipitation : prenez le temps de vérifier les pièces, mais ne laissez pas la facture contestable vieillir dans votre système sans statut ni courrier.

II. Facture électronique refusée : retenir le paiement sans pénalités, protéger la TVA et obtenir une facture correcte

A. Retenir le paiement d’une facture contestée, calculer les pénalités et éviter l’indemnité forfaitaire : ce que permet vraiment le droit des délais entre entreprises

Refuser une facture ne dispense pas de raisonner en termes de délais de paiement. Le Code de commerce fixe un cadre impératif : « le délai de règlement des sommes dues ne peut dépasser trente jours après la date de réception des marchandises ou d’exécution de la prestation demandée » en l’absence de stipulation contraire, et « Le délai convenu entre les parties pour régler les sommes dues ne peut dépasser soixante jours après la date d’émission de la facture », avec la variante possible de quarante-cinq jours fin de mois expressément stipulée. Ces plafonds s’appliquent aux sommes dues, c’est-à-dire aux sommes qui correspondent à une livraison ou à une prestation réellement exécutée conformément au contrat. Une somme facturée à tort, pour une prestation inexistante ou non conforme, n’est pas due au sens de ce texte tant que le désaccord porte sur l’existence même ou l’étendue de l’obligation. Retenir le paiement de la partie contestée, pour un motif sérieux et notifié par écrit, n’est pas un retard au sens des pénalités.

Le Code civil conforte cette analyse. Il permet à une partie de suspendre sa propre exécution lorsque l’autre n’exécute pas correctement la sienne : « Une partie peut refuser d’exécuter son obligation, alors même que celle-ci est exigible, si l’autre n’exécute pas la sienne et si cette inexécution est suffisamment grave ». Une livraison partielle, une prestation inutilisable, un prix majoré sans accord constituent des inexécutions suffisamment graves pour justifier la suspension du paiement à hauteur du litige. Si l’inexécution est confirmée et grave, la résolution peut être envisagée : « La résolution résulte soit de l’application d’une clause résolutoire soit, en cas d’inexécution suffisamment grave, d’une notification du créancier au débiteur ou d’une décision de justice ». Concrètement, pour une facture électronique refusée, cela signifie trois conduites possibles : suspension du paiement de la totalité quand l’opération est inexistante ou entièrement non conforme, suspension partielle quand une ligne est litigieuse et le reste est dû, puis, si le fournisseur ne corrige pas, résiliation du contrat pour l’avenir et règlement du seul dû incontesté.

En revanche, le paiement partiel de l’incontesté doit intervenir à l’échéance. C’est le point qui sépare une suspension légitime d’un retard sanctionné. Payez dans le délai contractuel ou légal la partie que vous reconnaissez devoir, en précisant dans votre courrier l’affectation du règlement à telle facture et à telles lignes. Cette discipline vous met à l’abri du régime des pénalités : « Les pénalités de retard sont exigibles sans qu’un rappel soit nécessaire » dès que l’échéance d’une somme due est dépassée, au taux prévu par vos conditions générales ou, à défaut, au taux de la Banque centrale européenne majoré de dix points. De même, « Tout professionnel en situation de retard de paiement est de plein droit débiteur, à l’égard du créancier, d’une indemnité forfaitaire pour frais de recouvrement, dont le montant est fixé par décret », avec une indemnisation complémentaire possible sur justification. Un acheteur qui retient tout, y compris l’incontesté, sans motif offre au fournisseur le terrain des pénalités et de l’indemnité. Un acheteur qui paie l’incontesté à temps et motive par écrit la retenue sur le contesté prive la réclamation de pénalités de sa base.

La facture doit d’ailleurs comporter elle-même ces informations, ce qui fournit un contrôle immédiat à la réception : « La facture mentionne la date à laquelle le règlement doit intervenir » et elle précise le taux des pénalités et le montant de l’indemnité forfaitaire pour frais de recouvrement. Si ces mentions manquent, signalez-le dans votre contestation : l’omission est sanctionnée par une amende administrative pouvant atteindre 75 000 euros pour une personne physique et 375 000 euros pour une personne morale, portée au double en cas de réitération dans les deux ans. Sans faire de cette sanction votre argument principal, son rappel écrit accélère souvent la régularisation.

Lorsque le fournisseur conteste votre refus et exige le paiement sous menace de pénalités, répondez par un second écrit qui récapitule le litige chiffré : montant total facturé, montant reconnu et déjà payé avec sa date, montant contesté avec son motif et ses pièces, demande d’avoir et de facture corrigée. Proposez une issue opérationnelle : expertise amiable de la non-conformité, remplacement ou reprise du matériel, réexécution de la prestation, médiation. Si le fournisseur assigne ou dépose une requête en injonction de payer, votre dossier de refus rapide et motivé devient votre moyen de défense central. L’injonction suppose une créance non sérieusement contestable ; une contestation documentée antérieure à la requête fragilise la demande. Pour le recouvrement des factures que vous émettez vous-même et qui restent impayées, notre dossier sur l’injonction de payer, les pénalités et l’opposition décrit la procédure miroir côté créancier (facture impayée entre professionnels : injonction de payer, pénalités et opposition).

B. TVA sur facture refusée, avoir d’annulation et facture corrigée : sécuriser la déduction et agir vite à Paris et en Île-de-France

Le volet fiscal du refus est décisif. La taxe qui a grevé le prix d’une opération imposable est déductible de la taxe due, puisque « La taxe sur la valeur ajoutée qui a grevé les éléments du prix d’une opération imposable est déductible de la taxe sur la valeur ajoutée applicable à cette opération ». Encore faut-il que l’opération soit réelle, que la taxe soit exigible et que vous déteniez une facture régulière. Déduire la TVA d’une facture électronique refusée pour inexécution ou pour mentions fausses, c’est prendre le risque d’un redressement : l’administration pourra considérer que la taxe n’était pas déductible faute d’opération ou faute de pièce probante. La conduite prudente consiste à ne pas déduire la TVA afférente à la partie contestée tant que l’avoir et la facture corrigée n’ont pas été reçus, et à passer en comptabilité une provision du litige plutôt qu’une charge définitive.

Lorsque l’opération est ultérieurement résiliée, annulée ou définitivement impayée, la taxe déjà déduite ou collectée se régularise : « La taxe sur la valeur ajoutée qui a été perçue à l’occasion de ventes ou de services est imputée ou remboursée dans les conditions prévues à l’article 271 lorsque ces ventes ou services sont par la suite résiliés ou annulés ou lorsque les créances correspondantes sont devenues définitivement irrecouvrables ». Pour l’acheteur qui aurait déduit à tort, cela signifie reverser la TVA ; pour le fournisseur qui a annulé par avoir, cela signifie imputer la taxe. Dans un circuit de facturation électronique, l’avoir transite lui aussi par la plateforme : vérifiez qu’il mentionne la référence exacte de la facture initiale, les montants annulés ligne par ligne et la TVA correspondante. Sans cet avoir, votre contestation reste une correspondance commerciale ; avec cet avoir, elle devient une régularisation fiscale traçable.

En pratique francilienne, le calendrier comptable resserre les délais. Les entreprises parisiennes arrêtent souvent leur TVA mensuellement, avec des équipes comptables externalisées et des plateformes multiples selon les filiales. Organisez un circuit hebdomadaire de traitement des factures électroniques reçues : rapprochement automatique avec les bons de commande et les bons de réception, alerte sur les écarts de prix et de quantité, affectation d’un responsable du refus motivé, modèle de contestation prêt à l’emploi. Conservez chaque facture électronique et chaque statut dans un archivage qui garantit l’authenticité de l’origine, l’intégrité du contenu et la lisibilité, pour la durée exigée par le Code général des impôts, et gardez l’exemplaire papier ou PDF quand il existe en parallèle, sans le comptabiliser deux fois. À Paris, la juridiction compétente pour un litige entre commerçants reste en principe le tribunal de commerce, avec une attention particulière aux clauses attributives de juridiction souvent stipulées dans les contrats-cadres des grands donneurs d’ordre : vérifiez avant d’assigner si votre contrat vous renvoie au tribunal de commerce de Paris ou à une autre juridiction.

Quatre situations appellent une réaction renforcée. Première situation : le fournisseur reste silencieux après votre refus motivé et vous relance pour paiement avec pénalités. Adressez une mise en demeure de régulariser sous huit jours, rappelez le montant incontesté déjà payé, joignez à nouveau vos pièces et indiquez que toute procédure engagée sur la partie contestée se heurtera à votre dossier de contestation antérieure. Deuxième situation : le fournisseur émet un avoir partiel insuffisant. Contestez le solde par écrit, sans valider l’avoir comme solde de tout compte, et demandez le complément d’avoir avec le détail ligne par ligne. Troisième situation : le fournisseur refuse tout avoir et maintient une facture manifestement fausse. Faites constater la non-conformité par un commissaire de justice si la preuve risque de disparaître, par exemple pour des marchandises périssables ou un chantier qui avance, puis envisagez l’assignation en annulation du solde et en restitution de l’éventuel trop-perçu. Quatrième situation : vous avez déjà payé puis découvert l’erreur. Agissez comme pour un refus a posteriori : contestation écrite immédiate, demande d’avoir et de remboursement, imputation sur les prochaines factures seulement si le contrat l’autorise, à défaut recouvrement du trop-payé avec intérêts.

Le passage à la facturation électronique ne change ni la définition d’une facture régulière ni les sanctions des mentions fausses, mais il change la traçabilité : chaque refus motivé laisse une empreinte horodatée que le juge comme le vérificateur pourront relire. Tirez-en parti en standardisant vos motifs, en chiffrant chaque écart et en liant chaque statut de la plateforme à un courrier hors plateforme. Une entreprise qui refuse vite, qui paie l’incontesté à l’échéance, qui ne déduit pas la TVA litigieuse et qui réclame par écrit l’avoir puis la facture corrigée se présente en créancier de la régularisation, pas en débiteur de mauvaise foi. C’est cette posture, documentée dès la première semaine de réception, qui permet ensuite d’obtenir sans procès une facture correcte ou, à défaut, de gagner le procès sur la partie contestée.

Conclusion

Depuis le 1er septembre 2026, recevoir une facture électronique ne vaut pas acceptation. Une facture qui ne correspond à aucune livraison réelle, qui majore les prix convenus ou qui oublie des mentions obligatoires peut et doit être refusée : statut Refusée motivé dans la plateforme, contestation écrite détaillée au fournisseur, suspension du paiement limitée à la partie contestée, règlement à l’échéance de l’incontesté, absence de déduction de la TVA litigieuse, demande d’avoir puis de facture corrigée. Ce circuit, mené dans les premiers jours de la réception avec le contrat, les bons de commande et les preuves de livraison, neutralise les menaces de pénalités et prépare une régularisation fiscale propre. À Paris et en Île-de-France comme ailleurs, les entreprises qui traitent chaque semaine leurs flux reçus, qui chiffrent leurs écarts et qui conservent les journaux de leur plateforme transforment la réforme en protection : elles paient ce qu’elles doivent, ni plus ni moins, et elles détiennent les pièces qui l’établissent.