Un arrêté du préfet déclare d’utilité publique la protection d’un captage d’eau potable et vos parcelles louées se retrouvent en périmètre de protection rapprochée. Sur ces terres, l’épandage est interdit, le pâturage restreint, toute construction exclue et vos pratiques culturales encadrées. Le fermage reste dû, le bail continue, et personne ne vous a proposé la moindre compensation. Cette situation, fréquente autour des points de prélèvement destinés à la consommation humaine, soulève deux questions distinctes que les plaideurs confondent souvent : qui doit indemniser la perte subie, et ce que devient le bail rural frappé par une servitude d’utilité publique décidée sans le bailleur ni le preneur. Les réponses tiennent en trois constats. D’abord, les restrictions applicables dépendent du périmètre exact et de l’arrêté qui l’institue, lu mot à mot. Ensuite, l’indemnisation profite aux propriétaires comme aux occupants, donc au fermier, mais elle obéit aux règles de l’expropriation et à une prescription de quatre ans au point de départ piégeux. Enfin, la servitude ne résilie pas le bail à elle seule : le preneur peut exiger une jouissance paisible et le bailleur ne peut s’en servir comme motif de reprise ou de résiliation. Le contentieux se joue alors devant trois juges différents selon l’objet de la demande.

I. Identifier le périmètre applicable et mesurer ce qu’il interdit sur les terres louées

A. Trois périmètres aux effets distincts, créés par la déclaration d’utilité publique

La protection des captages destinés à la consommation humaine repose sur un acte précis : l’acte portant déclaration d’utilité publique des travaux de prélèvement, pris par le préfet, qui détermine autour du point de prélèvement les périmètres de protection. L’article L1321-2 du code de la santé publique distingue un périmètre de protection immédiate « dont les terrains sont à acquérir en pleine propriété » et un périmètre de protection rapprochée « à l’intérieur duquel peuvent être interdits ou réglementés toutes sortes d’installations, travaux, activités, dépôts, ouvrages, aménagement ou occupation des sols de nature à nuire directement ou indirectement à la qualité des eaux ». Un périmètre éloigné peut s’y ajouter, à l’intérieur duquel les mêmes objets peuvent être réglementés. Lorsque les conditions hydrologiques permettent une protection limitée au voisinage immédiat, l’acte instaure un simple périmètre immédiat, et les petits captages souterrains de moins de 100 mètres cubes par jour en moyenne annuelle relèvent également de ce seul périmètre, selon des modalités fixées par arrêté ministériel.

Cette gradation commande tout le raisonnement. Le périmètre immédiat emporte acquisition des terrains par la collectivité : le propriétaire est exproprié ou cède à l’amiable et le preneur perd l’assiette de son bail sur la zone. Le périmètre rapprochée, en revanche, laisse la propriété en place mais la grève de servitudes d’utilité publique : interdictions ou réglementations des installations, travaux, activités, dépôts et occupations du sol. Le périmètre éloigné n’autorise que des réglementations. Concrètement, l’arrêté liste parcelle par parcelle ce qui est interdit et ce qui est seulement encadré, et il fixe les délais dans lesquels les installations et activités existantes doivent s’y conformer. Dans l’affaire jugée par la Cour de cassation le 11 septembre 2025, pourvoi n° 23-14.398, l’arrêté du préfet de la Marne du 8 novembre 1999 avait ainsi instauré un périmètre de protection rapprochée sur plusieurs parcelles, et dix-huit ans plus tard les propriétaires en demandaient encore l’indemnisation.

La Cour de cassation a tranché dans cet arrêt un point que beaucoup de lecteurs de l’arrêté ignorent : « l’instauration d’un périmètre de protection rapprochée n’emportant pas automatiquement, à la différence d’un périmètre de protection immédiate, l’inconstructibilité des parcelles concernées » (arrêt du 11 septembre 2025). Autrement dit, l’inclusion en zone rapprochée ne rend pas le terrain inconstructible par elle-même ; l’inconstructibilité ne résulte que de prescriptions spéciales de l’arrêté ou d’un classement postérieur au plan d’urbanisme qui en serait la conséquence. Pour le fermier, la leçon est identique : une parcelle en rapprochée n’est pas gelée par principe, elle est soumise aux seules restrictions écrites dans l’arrêté. Celui qui lit l’arrêté trop vite conclut à une interdiction générale qui n’existe pas, tandis que celui qui le néglige ignore une interdiction précise qui lui sera opposée en cas de contrôle. La première démarche consiste donc à se procurer l’acte de déclaration d’utilité publique, son plan parcellaire et les prescriptions applicables à chaque îlot, puis à vérifier la date de leur opposabilité et les délais de mise en conformité des activités existantes.

Deux précisions complètent le tableau. D’une part, les servitudes afférentes aux périmètres ne sont pas publiées aux hypothèques ; un décret en Conseil d’État organise la publicité de l’acte et l’information individuelle des propriétaires. Le preneur, qui n’est pas propriétaire, n’est donc pas toujours destinataire direct de la notification : il doit exiger de son bailleur la copie de l’acte et vérifier l’affichage en mairie. D’autre part, les collectivités peuvent instaurer le droit de préemption urbain dans les périmètres rapprochée, dans les conditions de l’article L211-1 du code de l’urbanisme. Une vente ultérieure des terres peut alors se heurter à ce droit, en plus des préemptions du fermier et de la SAFER : le preneur qui envisage d’acheter les parcelles qu’il exploite doit purger chaque droit dans l’ordre.

B. Traduire les restrictions en obligations d’exploitation et en clauses du bail

Une fois le périmètre identifié, les restrictions se traduisent en contraintes culturales précises : interdiction ou limitation des fertilisants et des produits phytosanitaires, encadrement de l’épandage des effluents, restriction du pâturage et de l’abreuvement, interdiction des dépôts, des affouillements et des constructions, parfois éloignement des bâtiments d’élevage. Chacune de ces mesures renchérit l’exploitation ou ampute le revenu : changement d’assolement, baisse de rendement, achat d’intrants autorisés plus coûteux, déplacement du troupeau, perte d’une parcelle de fauche. Le préjudice du fermier se chiffre à partir de ces postes, pièces à l’appui, et non d’une dépréciation globale du fonds qui appartient au registre du propriétaire.

Le statut du fermage protège ici le preneur contre un réflexe du bailleur : lui reprocher ses nouvelles pratiques. L’article L411-27 du code rural et de la pêche maritime dispose que le fait pour le preneur d’appliquer sur les terres louées « des pratiques ayant pour objet la préservation de la ressource en eau, de la biodiversité, des paysages, de la qualité des produits, des sols et de l’air, la prévention des risques naturels et la lutte contre l’érosion ne peut être invoqué à l’appui d’une demande de résiliation formée par le bailleur ». Le fermier qui réduit ses intrants ou maintient des infrastructures écologiques pour se conformer à l’arrêté ne commet donc pas une faute d’exploitation. Symétriquement, le même article autorise des clauses environnementales dans les baux, notamment pour les parcelles situées dans les espaces visés à l’article L1321-2 du code de la santé publique, à condition qu’un document de gestion officiel existe et que la clause s’y conforme. Le bailleur peut ainsi imposer contractuellement des pratiques protectrices de l’eau, mais seulement dans ce cadre et sans détourner la clause en motif de résiliation déguisé.

Une disposition propre aux captages mérite une lecture attentive car elle déplace la compétence juridictionnelle. Le dernier volet de l’article L1321-2 prévoit que les collectivités publiques ayant acquis des terrains en périmètre rapprochée peuvent, « lors de l’instauration ou du renouvellement des baux ruraux visés au titre Ier du livre IV du code rural et de la pêche maritime portant sur ces terrains, prescrire au preneur des modes d’utilisation du sol afin de préserver la qualité de la ressource en eau » (article L1321-2), et que « le tribunal administratif est seul compétent pour régler les litiges concernant les baux renouvelés en application de l’alinéa précédent » (article L1321-2). Autrement dit, lorsque la collectivité devenue propriétaire loue ou renouvelle un bail sur ces terres avec des prescriptions de protection de l’eau, le contentieux de ce bail relève du juge administratif et non du tribunal paritaire. En revanche, le bail rural ordinaire conclu avec un propriétaire privé reste soumis au tribunal paritaire, même si les terres sont grevées par la servitude : la compétence administrative ne joue que pour les baux instaurés ou renouvelés par la collectivité dans les conditions de l’alinéa. Cette frontière décide du juge à saisir et une erreur d’aiguillage coûte des mois de procédure.

En pratique, le fermier et le bailleur ont intérêt à consigner par écrit, dès la notification de l’arrêté, l’état des restrictions parcelle par parcelle, les délais de mise en conformité et les prescriptions ajoutées au bail, le cas échéant. Le bailleur qui tait l’existence de la servitude lors de la conclusion ou du renouvellement s’expose à un contentieux sur son obligation d’information et de délivrance. Le preneur qui poursuit sans les respecter une pratique interdite s’expose aux sanctions de police de l’eau et fournit au bailleur un grief réel, distinct de la servitude elle-même. La servitude de captage n’est ni une page blanche ni une condamnation du bail : c’est un cahier des charges d’origine administrative qu’il faut articuler avec le contrat.

II. Obtenir l’indemnisation et régler le sort du bail rural

A. Qui est indemnisé, par qui et dans quel délai

Le code de la santé publique ouvre l’indemnisation aux deux parties du bail. L’article L1321-3 du code de la santé publique énonce que « Les indemnités qui peuvent être dues aux propriétaires ou occupants de terrains compris dans un périmètre de protection de prélèvement d’eau destinée à la consommation humaine, à la suite de mesures prises pour assurer la protection de cette eau, sont fixées selon les règles applicables en matière d’expropriation pour cause d’utilité publique », et que les indemnités dues pour un périmètre rapprochée sont à la charge du propriétaire du captage. Le fermier, occupant des terres au sens du texte, dispose donc d’un droit propre à indemnisation, distinct de celui du bailleur : la perte d’exploitation s’indemnise sur sa tête, la dépréciation du fonds sur celle du propriétaire. Cette dualité commande de présenter deux mémoires chiffrés séparés plutôt qu’une demande globale au nom du seul propriétaire, qui laisserait le préjudice d’exploitation sans titulaire.

La jurisprudence confirme que le preneur évincé ou amputé relève des règles de l’expropriation pour ses droits propres. Dans son arrêt du 23 novembre 2023, pourvoi n° 22-20.866, la troisième chambre civile a jugé que « le preneur, qui bénéficie des règles applicables en matière d’expropriation, a droit à l’indemnisation des constructions édifiées par lui sur le bien, même en présence d’une clause de nivellement applicable en fin de bail », dès lors qu’à la date de l’éviction anticipée il en était propriétaire. L’espèce concernait des terrains acquis par préemption par une ville pour une opération d’aménagement, le 12 septembre 1990, avec fixation par le juge de l’expropriation d’une indemnité d’éviction au profit des titulaires du droit au bail. La solution se transpose aux captages : le fermier privé d’une partie des terres ou contraint d’abandonner des aménagements qu’il a financés, drains, clôtures, adduction d’eau, voirie d’exploitation, fait évaluer ses biens propres et son trouble, indépendamment du sort des constructions en fin de bail rural. Celui qui omet ce poste dans sa réclamation le perd, car le juge de l’expropriation statue sur les chefs qui lui sont soumis.

La répartition entre propriétaire et exploitant a été éprouvée dans un litige de captage jugé au fond par la cour administrative d’appel de Bordeaux le 6 novembre 2018, requête n° 16BX02698, disponible sur Legifrance. Des propriétaires demandaient 50 000 euros à une commune des Pyrénées-Atlantiques après l’installation en 2007 d’ouvrages de protection d’un captage et de clôtures sur leur terrain, le tribunal administratif de Pau ayant rejeté leur demande le 7 juin 2016. La commune objectait que les terres étaient exploitées par un groupement agricole d’exploitation en commun et que, par suite, « seul ce groupement avait intérêt à agir en réparation du préjudice d’exploitation » (CAA Bordeaux, 6 novembre 2018). La cour a suivi cette distinction : les requérants, non exploitants des terres, « ne peuvent donc être regardés comme ayant subi un préjudice lié aux difficultés d’exploitation de leurs terres », tandis qu’elle leur a reconnu un trouble de jouissance personnel pour la privation de 321 mètres carrés entre novembre 2007 et l’expropriation du 24 janvier 2014, évaluée à 277 euros par le juge de l’expropriation, en fixant à 1 000 euros l’indemnisation des troubles de jouissance et du préjudice moral, plus 1 500 euros au titre des frais de procédure. Trois enseignements pour le bail rural : le fermier en place, lui, subit bien le préjudice d’exploitation et doit le porter lui-même ; le bailleur ne peut capter à son profit la part liée à l’exploitation ; et chaque chef mal prouvé est écarté, comme la perte de jouissance d’une source dont la localisation sur la propriété des requérants n’était pas établie, ou la dégradation d’un chemin non démontrée.

La même affaire illustre la responsabilité encourue par la collectivité qui installe les ouvrages sans suivre la procédure. La cour rappelle que : « Le maître d’ouvrage est responsable, même en l’absence de faute, des dommages que les ouvrages publics dont il a la garde peuvent causer aux tiers tant en raison de leur existence que de leur fonctionnement » (CAA Bordeaux, 6 novembre 2018), et que l’obligation légale d’instaurer des périmètres, assortie pour l’immédiate d’une obligation d’acquérir les terrains, « n’est pas de nature à l’exonérer de sa responsabilité » (CAA Bordeaux, 6 novembre 2018), faute de force majeure l’ayant empêchée de respecter la procédure. Le fermier dont les parcelles sont occupées ou dégradées par des travaux de captage menés sans titre dispose donc d’un fondement autonome, cumulable avec la demande d’indemnité de servitude, à condition de dater l’occupation et de la prouver par constats, photographies et témoignages.

Reste le délai, qui a fait échouer plus d’une demande. Les créances contre les collectivités se prescrivent par quatre ans à compter du premier jour de l’année suivant celle de l’acquisition des droits, en application de la loi n° 68-1250 du 31 décembre 1968. La Cour de cassation, dans l’arrêt du 11 septembre 2025 précité, fixe le point de départ applicable aux périmètres rapprochée : « le point de départ de la prescription quadriennale de la demande d’indemnités dues aux propriétaires ou occupants de ces parcelles est le premier jour de l’année suivant celle au cours de laquelle ils ont eu ou auraient dû avoir connaissance des restrictions d’usage résultant de la servitude d’utilité publique les affectant » (arrêt du 11 septembre 2025). La cour d’appel de Reims avait déclaré la demande prescrite en retenant comme fait générateur la création de la servitude elle-même ; la Cour casse et renvoie devant la cour d’appel d’Amiens, en jugeant que la connaissance des restrictions concrètes d’usage, et non la seule existence du périmètre, fait courir le délai. En l’espèce, les propriétaires soutenaient que l’inconstructibilité ne résultait pas de l’arrêté de 1999 lui-même mais du classement ultérieur en zone naturelle par les documents d’urbanisme de 2017, porté à leur connaissance par une lettre de préemption de 2016 : la date du certificat d’urbanisme de 2008, qui mentionnait seulement l’existence d’une servitude attachée à la protection des eaux, ne suffisait pas à les informer.

La cour administrative d’appel de Bordeaux complète le régime par le jeu des interruptions. Le délai quadriennal est interrompu par toute réclamation écrite relative au fait générateur, à l’existence, au montant ou au paiement de la créance, ainsi que par toute communication écrite de l’administration sur ces objets. Dans l’affaire du captage, le courrier du 18 décembre 2009 demandant un échange de terrains, puis celui du 22 février 2012 et la réponse communale du 24 février 2012, avaient interrompu successivement la prescription, de sorte que la réclamation préalable du 17 juillet 2014 restait recevable alors que les travaux dataient de 2007. La cour précise en outre que la créance indemnitaire d’un préjudice évolutif se rattache à chacune des années où il est subi, tandis que le simple caractère continu du dommage est sans incidence sur le départ du délai. Concrètement, le fermier adresse dès les premières restrictions une réclamation écrite chiffrée à la collectivité propriétaire du captage, renouvelle ses écrits à chaque aggravation et conserve les réponses : chaque échange fait repartir un délai de quatre ans. Attendre la fin des travaux ou la vente du fonds, c’est laisser la prescription se consommer.

B. Le bail rural continue : ni résiliation automatique ni fermage réduit d’office

La servitude de captage ne met pas fin au bail rural par elle-même. Le statut du fermage enferme la résiliation à l’initiative du bailleur dans des motifs limitatifs : l’article L411-31 du code rural et de la pêche maritime dispose que, « Sauf dispositions législatives particulières, nonobstant toute clause contraire », le bailleur ne peut demander la résiliation que pour les motifs qu’il énumère, défauts persistants de paiement après mise en demeure, agissements compromettant la bonne exploitation, non-respect des clauses environnementales ou contraventions aux règles de cession, de sous-location et d’association, et il ajoute que ces motifs « ne peuvent être invoqués en cas de force majeure ou de raisons sérieuses et légitimes ». Une restriction administrative qui ampute l’exploitation relève du fait du prince, pas d’une faute du preneur : le bailleur ne peut ni s’en prévaloir pour résilier ni reprocher au fermier une baisse de rendement qui en résulte. Symétriquement, le preneur ne peut pas non plus déposer les clés au motif que l’arrêté complique son travail : la résiliation à son initiative obéit à ses propres conditions et la simple difficulté d’exploitation n’équivaut pas à une impossibilité. Chacune des parties qui souhaite sortir du bail doit donc emprunter les voies ordinaires, résiliation amiable écrite, congé ou demande judiciaire, en intégrant la servitude dans le compte de sortie plutôt qu’en la brandissant comme une cause extinctive automatique.

Le bailleur reste tenu de ses obligations fondamentales malgré la servitude. L’article 1719 du code civil lui impose « D’en faire jouir paisiblement le preneur pendant la durée du bail » et d’entretenir la chose en état de servir à l’usage convenu, tandis que l’article 1721 du même code dispose qu’« Il est dû garantie au preneur pour tous les vices ou défauts de la chose louée qui en empêchent l’usage, quand même le bailleur ne les aurait pas connus lors du bail ». Lorsque le bailleur occupe lui-même une partie des terres, y fait passer des engins, y stocke des matériaux pour des travaux liés au captage ou laisse un tiers y intervenir de son chef, il commet une faute dans l’exécution du bail et doit réparation au preneur pour le trouble de jouissance. La chambre des baux ruraux de la cour d’appel d’Amiens, par arrêt du 28 janvier 2025, RG n° 23/04859, statuant sur l’ordonnance de référé du tribunal paritaire d’Amiens du 20 novembre 2023, en fournit une illustration nette dans un litige d’emprise : la bailleresse avait fait occuper irrégulièrement plusieurs parcelles et planter une trentaine d’arbres sans en aviser le preneur, et la cour a confirmé la provision de 1 000 euros à valoir sur les dommages et intérêts pour trouble de jouissance, enjoint la libération des parcelles sous astreinte de 200 euros par jour pendant trois mois après un délai de deux mois, tout en rejetant l’arrachage des jeunes arbres et la réduction du fermage pour la période contestée. La faute de la bailleresse était établie, mais le preneur, qui continuait à faire pâturer son troupeau, ne prouvait pas l’ampleur du trouble allégué, notamment le lien entre les blessures de deux bovins et les fils posés autour des tuteurs. La leçon vaut pour les captages : le fermier gêné par des travaux ou une occupation fait constater immédiatement par huissier, fait examiner sans retard les animaux ou les cultures atteints, chiffre la perte et saisit le tribunal paritaire, y compris en référé pour obtenir provision et injonction sous astreinte, sans attendre que le trouble devienne irréversible.

Le fermage, lui, ne se réduit pas d’office à proportion des restrictions. La cour d’Amiens a débouté le preneur de sa demande de réduction du prix pour la période de trouble, faute de preuve de la privation. Le fermier amputé d’une partie de ses terres ou contraint à des pratiques moins rentables doit donc rapporter la mesure exacte de la privation de jouissance, parcelle par parcelle et campagne par campagne, et la porter devant le tribunal paritaire s’il veut une minoration ou des dommages et intérêts. Les barèmes départementaux d’encadrement du fermage servent de référence pour chiffrer la valeur locative des surfaces neutralisées, et les indemnités versées par le propriétaire du captage au titre du trouble d’exploitation viennent s’imputer sur le préjudice sans se confondre avec le loyer. Pour une vision d’ensemble des remèdes ouverts en cas de trouble de jouissance, de manquement du bailleur et de contestation du congé ou de la résiliation, on se reportera utilement à la synthèse des arrêts 2026 du bail rural sur le statut du fermage et la préemption devant la troisième chambre civile, qui rappelle les contrôles exercés par les tribunaux paritaires sur les demandes de résiliation et de fixation du fermage.

Enfin, l’articulation des juges doit être réglée dès l’ouverture du dossier. Le tribunal paritaire des baux ruraux connaît des demandes relatives au bail : résiliation, congé, fermage, trouble de jouissance, indemnité de sortie du preneur. Le juge administratif connaît des demandes d’indemnité de servitude dirigées contre la collectivité propriétaire du captage, ainsi que des litiges des baux instaurés ou renouvelés par une collectivité en périmètre rapprochée avec prescriptions de protection de l’eau. Le juge de l’expropriation fixe les indemnités dues selon les règles de l’expropriation lorsque les parties ne s’accordent pas. Saisir le tribunal paritaire d’une demande d’indemnité de servitude contre la commune, ou le tribunal administratif d’une résiliation de bail rural privé, expose au rejet pour incompétence. Le dossier complet comporte donc l’arrêté et son plan, la preuve de sa notification, les constats de trouble, les comptes d’exploitation comparés avant et après restrictions, les réclamations écrites avec leurs dates et les réponses reçues : c’est sur ces pièces, et dans ces délais, que se gagnent l’indemnité et le maintien ou la sortie ordonnée du bail.

Un arrêté de protection de captage ne condamne ni le bail rural ni son fermier. Il impose des restrictions mesurables, ouvre une indemnisation propre à chaque titulaire de droits et laisse le contrat se poursuivre sous le contrôle du juge. Le propriétaire fait reconnaître la dépréciation de son fonds, l’occupant fait évaluer sa perte d’exploitation et ses aménagements, chacun devant la juridiction compétente et avant l’expiration du délai de quatre ans. Le bailleur qui entretient la jouissance paisible et le preneur qui respecte les prescriptions écrites traversent la servitude sans contentieux ; à défaut, le tribunal paritaire sanctionne le trouble et ordonne la libération sous astreinte, tandis que le juge administratif et le juge de l’expropriation chiffrent la charge publique. Vérifier l’arrêté, réclamer par écrit, prouver poste par poste : ces trois gestes décident de l’issue.