La clôture, le 13 novembre 2026, de la consultation publique ouverte par le ministère de la Transition écologique sur le projet de décret relatif aux modalités de mise en œuvre différée des mesures de compensation des atteintes à la biodiversité marque une étape décisive dans la refonte opérationnelle du droit de l’évaluation environnementale et de l’aménagement du territoire. Ce texte réglementaire, destiné à créer un article R. 163-15 au sein du code de l’environnement, intervient en application de l’article 42 de la loi n° 2026-403 du 26 mai 2026 portant diverses dispositions d’adaptation au droit de l’Union européenne et de l’article 33 de la loi n° 2026-796 du 18 août 2026, qui ont réécrit le premier alinéa de l’article L. 163-1 du code de l’environnement. Désormais, lorsque la complexité technique des opérations de génie écologique ou les délais nécessaires à leur déploiement empêchent d’éviter toute perte nette dès le démarrage des travaux, l’arrêté d’autorisation environnementale peut ménager un délai raisonnable et pertinent d’un point de vue écologique pour atteindre l’absence de perte nette, à condition de compenser les pertes nettes intermédiaires.
Ainsi que l’a relevé la presse spécialisée dans son analyse du décret sur l’application d’un délai différé pour la compensation écologique mis en consultation, cette réforme répond à la tension entre le calendrier des chantiers d’infrastructures, d’énergie ou d’immobilier et la temporalité biologique de la restauration des milieux naturels. Les contributions déposées jusqu’au 13 novembre 2026 sur la plateforme ministérielle par les fédérations professionnelles, les opérateurs forestiers et les associations agréées de protection de l’environnement illustrent l’acuité des enjeux attachés à ce mécanisme : sécuriser le démarrage des opérations sans affaiblir l’effectivité de la compensation devant le juge administratif.
Pour les collectivités territoriales, les aménageurs, les industriels et les propriétaires fonciers confrontés aux contraintes du droit de l’urbanisme et de la construction immobilière, la mise en œuvre différée des mesures compensatoires ne constitue pas un assouplissement de la séquence consistant à éviter, réduire et compenser les impacts. Elle déplace le contrôle préfectoral et juridictionnel vers une double démonstration exigée dès la demande d’autorisation, vers l’exclusion de toute prospection foncière postérieure à l’arrêté et vers la compensation des pertes nettes intermédiaires. L’examen combiné du nouveau cadre normatif, de l’avis du Conseil national de la protection de la nature du 21 octobre 2026 et de la jurisprudence récente du Conseil constitutionnel, du Conseil d’État, des cours administratives d’appel et de la Cour de cassation précise les exigences d’ingénierie foncière, d’instruction administrative et de défense contentieuse applicables aux projets.
I. L’encadrement juridique de la mise en œuvre différée au sein de la séquence ERC
La faculté d’exécuter certaines mesures compensatoires selon un calendrier décalé par rapport au début des atteintes s’inscrit dans une hiérarchie normative stricte, validée par le juge constitutionnel et encadrée par cinq critères réglementaires cumulatifs.
A. La subsidiarité de la compensation différée et l’obligation de compenser les pertes nettes intermédiaires
Toute mesure compensatoire demeure subordonnée au principe d’action préventive et de correction des atteintes à l’environnement. Ainsi que l’a jugé le tribunal administratif de La Réunion le 23 janvier 2026 (n° 2500172), « Il résulte des dispositions du 2° du II de l’article L. 110-1 du code de l’environnement que les mesures compensatoires des atteintes à la biodiversité qui n’ont pu être évitées ni réduites doivent permettre l’absence de perte nette de biodiversité en tenant compte des espèces, des habitats naturels et des fonctions écologiques affectées. Par ailleurs, les dispositions de l’article L. 163-1 du même code posent un principe d’équivalence écologique. » TA La Réunion, 23 janvier 2026, n° 2500172.
Antérieurement à la réforme de 2026, l’article L. 163-1 du code de l’environnement imposait que les mesures compensatoires traduisent une obligation de résultats et soient effectives pendant toute la durée des atteintes, ce qui supposait en principe une plus-value écologique opérationnelle dès le début des travaux. Or, la recréation de zones humides fonctionnelles, la reconstitution de boisements ou la renaturation de cours d’eau requièrent des cycles biologiques et des fenêtres saisonnières qui ne coïncident pas toujours avec l’ouverture d’un chantier autorisé.
Pour répondre à cette contrainte, l’article 42 de la loi n° 2026-403 du 26 mai 2026 et l’article 33 de la loi n° 2026-796 du 18 août 2026 ont modifié le I de l’article L. 163-1 du code de l’environnement : les mesures de compensation visent désormais à éviter les pertes nettes de biodiversité pendant toute la durée des atteintes ou, à défaut, lorsque la complexité ou les délais nécessaires à leur mise en œuvre ne le permettent pas, à compenser les éventuelles pertes nettes intermédiaires dans un délai raisonnable, pertinent d’un point de vue écologique et indiqué dans l’arrêté d’autorisation environnementale du projet, en visant, à l’expiration de ce délai le cas échéant, une absence de perte nette, voire un gain de biodiversité. Ces mesures ne peuvent jamais se substituer aux mesures d’évitement et de réduction, et si les atteintes ne peuvent être ni évitées, ni réduites, ni compensées de façon satisfaisante, le projet n’est pas autorisé en l’état.
Saisi au titre des articles 1er à 4 de la Charte de l’environnement, le Conseil constitutionnel a validé ce dispositif par sa décision n° 2026-903 DC du 21 mai 2026. Il a d’abord constaté l’objectif poursuivi : « Il ressort des travaux préparatoires que, en adoptant les dispositions contestées, le législateur a entendu tenir compte des difficultés opérationnelles que peuvent rencontrer les maîtres d’ouvrage pour la mise en œuvre, dès le début des atteintes, de certaines mesures de compensation complexes. » Conseil constitutionnel, décision n° 2026-903 DC du 21 mai 2026. Il a ensuite jugé que le texte maintient intégralement l’exigence constitutionnelle de réparation : « Ces dispositions n’ont ainsi ni pour objet ni pour effet de remettre en cause l’existence d’une obligation de compensation pesant sur le maître d’ouvrage afin de garantir l’absence de perte nette de biodiversité. » Conseil constitutionnel, décision n° 2026-903 DC du 21 mai 2026.
Cette validation s’articule avec la séparation stricte entre évitement, réduction et compensation qu’impose le Conseil d’État pour apprécier l’obligation de solliciter une dérogation espèces protégées au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement. Par sa décision du 10 octobre 2025 (n° 495136), la haute juridiction a censuré une cour administrative d’appel qui avait intégré une mesure compensatoire de replantation de haies pour écarter la nécessité d’une dérogation : « En statuant ainsi, alors qu’il lui appartenait de prendre en compte les seules mesures d’évitement et de réduction d’impacts, et non les mesures de compensation, pour déterminer si les risques résiduels induits par le projet sur les espèces protégées ou leurs habitats étaient suffisamment caractérisés, la cour a commis une erreur de droit. » Conseil d’État, 6e chambre, 10 octobre 2025, n° 495136.
La faculté de différer l’exécution d’une mesure compensatoire n’intervient donc qu’au troisième stade de la séquence, après épuisement des mesures d’évitement et de réduction. Si le risque résiduel demeure suffisamment caractérisé pour des espèces protégées, le pétitionnaire doit solliciter la dérogation prévue au 4° du I de l’article L. 411-2 du code de l’environnement. Comme l’a rappelé le Conseil d’État le 8 juillet 2024 (n° 465780), « Toutefois, le 4° du I de l’article L. 411-2 du même code permet à l’autorité administrative de délivrer des dérogations à ces interdictions dès lors que sont remplies trois conditions distinctes et cumulatives tenant à l’absence de solution alternative satisfaisante, à la condition de ne pas nuire » au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle » et, enfin, à la justification de la dérogation par l’un des cinq motifs qu’il énumère limitativement. » Conseil d’État, 6e et 5e chambres réunies, 8 juillet 2024, n° 465780. En outre, la notion légale de pertes nettes intermédiaires oblige à quantifier la dette écologique temporaire entre le début des travaux et la maturité fonctionnelle de la mesure différée, en prescrivant des mesures complémentaires spécifiques ou un dimensionnement majoré.
B. Les cinq critères réglementaires du futur article R. 163-15 et le verrou de la maîtrise foncière préalable
Pour encadrer l’appréciation du délai raisonnable et pertinent d’un point de vue écologique, le texte du projet de décret créant l’article R. 163-15 du code de l’environnement soumis à consultation publique jusqu’au 13 novembre 2026 énumère cinq critères cumulatifs au I de ce nouvel article. Le premier critère (1° du I) tient à la nature, à l’étendue, à la durée et au caractère réversible ou irréversible des atteintes. Le deuxième critère (2° du I) porte sur l’état de conservation et la résilience des espèces et habitats affectés, en tenant compte de leurs cycles biologiques et des périodes favorables aux travaux. Le troisième critère (3° du I) vise la nature et la complexité des travaux de restauration ou d’ingénierie écologique requis.
Le quatrième critère (4° du I du projet d’article R. 163-15 du code de l’environnement) cristallise l’enjeu foncier : il autorise à prendre en compte les délais nécessaires à l’établissement des actes avec les propriétaires et exploitants des terrains d’assiette sur des parcelles préalablement identifiées, ou à l’acquisition d’unités de compensation, de restauration ou de renaturation, mais exclut expressément toute phase de recherche ou de prospection foncière. Les parcelles doivent donc être identifiées dès la demande d’autorisation ; seule la finalisation des actes juridiques sur ces parcelles déterminées peut justifier un étalement temporel. Enfin, le cinquième critère (5° du I) impose de vérifier la capacité des mesures prévues et des mesures complémentaires de compensation des pertes nettes intermédiaires à atteindre l’absence de perte nette ou le gain de biodiversité à l’échéance fixée. Dans sa délibération n° 2026-26 du 21 octobre 2026, le Conseil national de la protection de la nature a émis un avis favorable assorti de réserves (treize voix pour, huit contre), recommandant de plafonner ce délai différé à douze mois, d’exiger un rapport sur l’engagement effectif des mesures sous douze mois et de mener des contrôles sur site au moins une fois par an.
Sur le plan contractuel, l’exclusion de toute prospection foncière postérieure à l’autorisation impose d’anticiper les trois modes d’exécution du II de l’article L. 163-1 du code de l’environnement : réalisation directe, contrat avec un opérateur de compensation, ou acquisition d’unités régies par l’article L. 163-2 du code de l’environnement. Faute d’acquisition en pleine propriété, la pérennité des engagements repose sur des servitudes et charges immobilières, notamment l’obligation réelle environnementale régie par l’article L. 132-3 du code de l’environnement. Ce contrat authentique, conclu pour une durée pouvant atteindre quatre-vingt-dix-neuf ans et publié au fichier immobilier, fait naître à la charge du propriétaire et des propriétaires ultérieurs des obligations de maintien, de gestion ou de restauration écologique. Lorsque le fonds est grevé d’un bail rural, l’article L. 132-3 du code de l’environnement exige l’accord préalable du preneur à peine de nullité absolue : à défaut de réponse à une demande écrite dans un délai de deux mois, son silence vaut acceptation, et tout refus doit être motivé.
La jurisprudence administrative confirme l’importance d’une date butoir de contractualisation foncière. Dans son arrêt du 19 mai 2026 (n° 22LY02146), rendu après sursis à statuer sur une autorisation de carrière impactant des zones humides, la cour administrative d’appel de Lyon a validé l’arrêté modificatif en jugeant : « Enfin, l’article 8.3.1 de cet arrêté prévoit que la totalité des conventions à conclure avec les propriétaires de parcelles éligibles aux mesures de compensation doit être signée avant le 1er mai 2026. L’arrêté en litige doit ainsi être regardé comme imposant à la société pétitionnaire une obligation de résultat quant à l’effectivité des mesures compensatoires envisagées. » CAA de Lyon, 3e chambre, 19 mai 2026, n° 22LY02146.
Parallèlement, l’acquisition ou la prise à bail de terrains à renaturer commande de vérifier la répartition des charges de remise en état en droit immobilier et foncier. La troisième chambre civile de la Cour de cassation a jugé, le 29 juin 2022 (n° 21-17.502) : « Il en résulte que, si le dernier exploitant a rempli l’obligation de remise en état qui lui incombe, au regard à la fois de l’article L. 511-1 du code de l’environnement et de l’usage futur du site défini conformément à la réglementation en vigueur, en l’espèce un usage déterminé avec le maire de la commune, le coût de dépollution supplémentaire résultant d’un changement d’usage par l’acquéreur est à la charge de ce dernier. » Cour de cassation, 3e chambre civile, 29 juin 2022, n° 21-17.502. Si la mesure compensatoire implique un changement d’usage et une dépollution supplémentaire au sens du 3° du I du projet d’article R. 163-15, son coût pèse sur l’acquéreur à l’initiative de ce nouvel usage, sauf clause expresse contraire.
II. Instruction préfectorale, contrôle de l’exécution et contentieux des mesures compensatoires différées
La sécurisation d’une autorisation assortie d’une compensation différée repose sur la précision du dossier de demande et de l’arrêté préfectoral, ainsi que sur la maîtrise des pouvoirs de police administrative et des règles du contentieux administratif.
A. La double justification dans le dossier de demande, les prescriptions de l’arrêté et les sanctions administratives
Le II du projet d’article R. 163-15 du code de l’environnement impose une double justification dans le dossier de demande : démontrer pourquoi les mesures compensatoires ne peuvent pas être mises en œuvre dès le début des atteintes selon l’article L. 163-1 du code de l’environnement, et justifier la durée du délai sollicité au regard des cinq critères du I de l’article R. 163-15 tout en proposant les mesures complémentaires pour les pertes nettes intermédiaires. En vertu du III du projet d’article R. 163-15, ce régime s’applique aux autorisations environnementales de l’article L. 181-1 du code de l’environnement ainsi qu’à tout arrêté préfectoral autorisant un projet soumis à compensation, tel qu’une dérogation autonome au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement.
L’arrêté préfectoral fixe alors la nature des mesures différées, leurs lieux d’implantation ou la liste des sites naturels de compensation, le délai de mise en œuvre avec des échéances intermédiaires, les résultats visés et les mesures complémentaires dédiées aux pertes nettes intermédiaires. Le bénéficiaire transmet un rapport de réalisation dans un délai de quatre mois suivant leur achèvement selon le projet de décret, et fournit les données destinées à l’outil national de géolocalisation prévu par l’article L. 163-5 du code de l’environnement.
L’exécution de ces prescriptions est garantie par la police administrative rappelée au point 73 de la décision n° 2026-903 DC du 21 mai 2026. Selon l’article L. 163-4 du code de l’environnement, en cas d’inexécution, l’autorité administrative met l’intéressé en demeure d’y remédier dans un délai déterminé selon l’article L. 171-8 du code de l’environnement, puis fait procéder d’office et aux frais du défaillant à l’exécution des mesures par un opérateur de compensation ou un établissement public ; si les mesures mises en œuvre ne produisent pas les résultats attendus du fait du maître d’ouvrage, le préfet prescrit des garanties financières et des prescriptions complémentaires dont l’inobservation est punie de 4 500 euros d’amende. Au titre du II de l’article L. 171-8 du code de l’environnement, l’inexécution d’une mise en demeure expose en outre à la consignation des sommes nécessaires (dont l’opposition à l’état exécutoire n’est pas suspensive), à l’exécution d’office, à la suspension des travaux ou installations, à une amende administrative au plus égale à 45 000 euros prononçable dans un délai de trois ans à compter de la constatation des manquements, à une astreinte journalière au plus égale à 4 500 euros à compter de la notification de la décision la fixant, et à la publication de l’acte de sanction pendant deux mois à cinq ans. Si des travaux sont réalisés sans autorisation, le I de l’article L. 171-7 du code de l’environnement prévoit une mise en demeure de régulariser dans un délai maximal d’un an, avec faculté de suspension et d’amende jusqu’à 45 000 euros et d’astreinte jusqu’à 4 500 euros par jour.
B. Recevabilité des recours, contrôle de plein contentieux et régularisation en cours d’instance
Sur le terrain contentieux, l’insertion dans un arrêté d’autorisation environnementale d’un calendrier différé de compensation ouvre un nouveau champ de débat devant le juge administratif, tant pour les associations de protection de l’environnement et les riverains qui contestent l’autorisation que pour les maîtres d’ouvrage qui en défendent la légalité ou contestent des prescriptions jugées disproportionnées, en lien étroit avec le contentieux des autorisations d’urbanisme et permis de construire.
Les règles de procédure gouvernant la recevabilité des recours dirigés contre les autorisations environnementales doivent être observées avec une extrême rigueur. Aux termes de l’article L. 181-17 du code de l’environnement, ces décisions sont soumises à un contentieux de pleine juridiction, et l’auteur du recours est tenu, à peine d’irrecevabilité, de notifier son recours à l’auteur de la décision et au bénéficiaire de la décision. Les délais de recours contentieux sont fixés par l’article R. 181-50 du code de l’environnement : les décisions mentionnées aux articles L. 181-12 à L. 181-15-1 peuvent être déférées à la juridiction administrative, d’une part, par les pétitionnaires ou exploitants dans un délai de deux mois à compter du jour où la décision leur a été notifiée et, d’autre part, par les tiers intéressés en raison des inconvénients ou des dangers pour les intérêts mentionnés à l’article L. 181-3 dans un délai de deux mois à compter de l’accomplissement de la dernière formalité de publicité, à savoir l’affichage en mairie, la publication sur le site internet de la préfecture ou, le cas échéant, la publication au recueil des actes administratifs, le délai courant à compter de la dernière en date de ces formalités. Ce même article R. 181-50 du code de l’environnement précise que les décisions peuvent faire l’objet d’un recours gracieux ou hiérarchique dans le délai de deux mois, mais que ce recours administratif ne proroge pas le délai de recours contentieux.
Cette absence de prorogation du délai de recours contentieux par un recours gracieux ou hiérarchique se combine avec l’obligation formelle de notification édictée par l’article R. 181-51 du code de l’environnement : en cas de recours gracieux ou hiérarchique ou de recours contentieux contre une décision mentionnée aux articles L. 181-12 à L. 181-15-1, l’auteur du recours est tenu, à peine d’irrecevabilité du recours contentieux, de le notifier à l’auteur de la décision et au bénéficiaire de la décision par lettre recommandée avec avis de réception dans un délai de quinze jours francs à compter du dépôt du recours contentieux ou de la date d’envoi du recours administratif. La méconnaissance de ce délai de quinze jours francs ou le défaut de notification préalable d’un recours administratif entraîne l’irrecevabilité automatique de la requête devant le tribunal administratif ou la cour administrative d’appel.
En outre, les tiers personnes physiques ou sociétés civiles immobilières qui entendent contester un arrêté accordant une dérogation espèces protégées ou les mesures compensatoires qui l’accompagnent doivent justifier d’un intérêt leur donnant qualité pour agir. Par sa décision précitée du 8 juillet 2024 (n° 465780), le Conseil d’État a jugé que la simple qualité de voisin immédiat invoquant la perte d’agrément liée à l’interruption du passage d’individus d’une espèce protégée sur sa parcelle ne suffit pas à caractériser un intérêt à agir contre une dérogation délivrée au titre de l’article L. 411-2, dès lors que les requérants n’ont pas démontré d’atteinte directe à leurs conditions d’occupation ou à leur patrimoine.
Lorsque le recours est recevable, le juge du plein contentieux exerce un contrôle approfondi sur l’adéquation des mesures de réduction et de compensation au regard de l’état de conservation des espèces et des fonctionnalités écologiques affectées, en se plaçant, pour les règles de fond, à la date à laquelle il statue. L’arrêt rendu le 9 novembre 2026 par la cour administrative d’appel de Bordeaux (n° 26BX00250) illustre de manière emblématique l’intensité de ce contrôle sous l’empire du nouvel article L. 163-1 du code de l’environnement. Saisie de l’autorisation environnementale d’une centrale hydroélectrique affectant l’habitat du Desman des Pyrénées, espèce classée en danger et en état de conservation défavorable, la cour a d’abord posé la grille d’analyse applicable : « Pour déterminer si une telle dérogation peut être accordée, il appartient à l’autorité administrative, sous le contrôle du juge, de déterminer, dans un premier temps, l’état de conservation des populations des espèces concernées et, dans un deuxième temps, les impacts géographiques et démographiques que les dérogations envisagées sont susceptibles de produire sur celui-ci. » CAA de Bordeaux, 5e chambre, 9 novembre 2026, n° 26BX00250.
Faisant ensuite application de l’article L. 163-1 du code de l’environnement dans sa rédaction issue des lois de mai et août 2026, la cour administrative d’appel de Bordeaux a censuré successivement les deux mesures compensatoires retenues par l’arrêté préfectoral : la première, qui consistait à rétablir la continuité écologique au droit d’un seuil aval par une passe à poissons, a été écartée faute d’additionnalité dès lors qu’elle était déjà imposée par la loi indépendamment du projet et ne comportait pas un gain écologique équivalent à la perte d’habitats ; la seconde, portant sur la restauration de quatre-vingt-quinze mètres linéaires de berges face à un tronçon affecté de deux virgule six kilomètres, a été jugée manifestement sous-dimensionnée au vu des avis défavorables de l’Office français de la biodiversité et du Conseil national de la protection de la nature. Transposée au mécanisme de mise en œuvre différée du futur article R. 163-15, cette jurisprudence démontre qu’aucun délai différé ne saurait être légalement accordé lorsque l’espèce affectée se trouve en mauvais état de conservation et que les mesures compensatoires proposées ne présentent ni additionnalité normative ni équivalence écologique certaine pour prévenir toute aggravation durant la période transitoire.
Enfin, la question de la régularisation en cours d’instance au titre de l’article L. 181-18 du code de l’environnement constitue le point d’équilibre du procès environnemental. Ce texte permet au juge administratif, même après l’achèvement des travaux, soit de limiter l’annulation à une phase de l’instruction ou à une partie de l’autorisation (1° du I), soit de surseoir à statuer jusqu’à l’expiration d’un délai qu’il fixe pour permettre la notification d’une mesure de régularisation lorsque le vice entraînant l’illégalité est susceptible d’être régularisé (2° du I), son refus devant être motivé. La confrontation des arrêts de la cour administrative d’appel de Lyon du 19 mai 2026 (n° 22LY02146) et de la cour administrative d’appel de Bordeaux du 9 novembre 2026 (n° 26BX00250) trace la ligne de partage exacte en matière de compensation écologique : lorsqu’un vice procède d’une insuffisance méthodologique de l’étude d’impact sur les fonctionnalités d’une zone humide ou d’un défaut de précision du calendrier de signature des conventions foncières sur un parcellaire éligible, le juge sursoit à statuer et valide l’arrêté modificatif qui complète l’évaluation fonctionnelle et fixe une échéance ferme de contractualisation ; à l’inverse, lorsque la localisation même du projet compromet de façon irrémédiable l’état de conservation défavorable d’une espèce protégée sans qu’aucune mesure compensatoire puisse y remédier sans bouleversement substantiel du projet, le vice est jugé non régularisable et entraîne l’annulation sèche de l’autorisation environnementale.
Conclusion
L’achèvement, le 13 novembre 2026, de la consultation publique sur le projet de décret créant l’article R. 163-15 du code de l’environnement parachève la mise en place d’un régime juridique exigeant pour la mise en œuvre différée des mesures de compensation des atteintes à la biodiversité. Loin d’alléger la charge probatoire qui pèse sur les maîtres d’ouvrage au titre de l’article L. 163-1 du code de l’environnement, ce dispositif subordonne tout décalage temporel à l’identification préalable du foncier de compensation, à l’exclusion formelle de toute prospection postérieure à l’arrêté, à une double justification technique et temporelle dans le dossier de demande et à la compensation intégrale des pertes nettes intermédiaires.
Sous le contrôle du juge constitutionnel et des juridictions administratives, la cohérence de la séquence ERC sort renforcée de cette évolution normative : les mesures compensatoires, fussent-elles différées, ne peuvent jamais pallier une carence d’évitement ou de réduction ni dispenser un projet présentant un risque résiduel caractérisé de solliciter une dérogation espèces protégées. La sécurisation des projets d’aménagement, d’infrastructures et d’immobilier exige ainsi d’articuler, dès la phase de conception, l’ingénierie écologique des compensations intermédiaires, la contractualisation foncière par voie de conventions ou d’obligations réelles environnementales et le respect scrupuleux des échéances préfectorales et des règles de recevabilité contentieuse.