Vous exploitez des terres louées et l’eau vient à manquer en pleine saison. Vous déposez en préfecture une déclaration de forage agricole pour irriguer, puis vous attendez. Deux mois passent sans réponse, et c’est seulement après ce délai que le préfet vous notifie son opposition. Dans le même temps, votre bailleur, qui n’a pas été consulté avant les travaux, menace de saisir le tribunal paritaire pour faire résilier le bail rural. Deux procédures se superposent alors, obéissant à des logiques différentes : la police de l’eau, qui encadre le prélèvement, et le statut du fermage, qui encadre les travaux sur le fonds loué. Chacune possède ses délais, ses formalités et ses sanctions, et une erreur sur l’une fragilise la défense sur l’autre.

La cour administrative d’appel de Nantes a tranché le 19 septembre 2025 une situation de ce type dans un arrêt appelé à servir de référence aux exploitants déclarants : une opposition préfectorale notifiée après l’expiration du délai de deux mois n’empêche pas la naissance d’une décision tacite de non-opposition, et elle s’analyse ensuite comme un retrait soumis à une procédure contradictoire préalable. Cet apport est d’autant plus utile que la jurisprudence civile rappelle, en miroir, la sévérité du statut du fermage pour les ouvrages réalisés sans l’accord du bailleur : aucune indemnité de sortie et aucune prise en compte dans le fermage du bail renouvelé.

Cet article expose la méthode complète pour un fermier sur des terres louées : contester une opposition tardive du préfet en faisant constater la décision tacite, puis sécuriser le forage au regard du bail rural en obtenant l’autorisation du bailleur, en préparant l’indemnité de sortie et en écartant la résiliation. Sur le cadre général du statut du fermage, le bilan des arrêts marquants de 2026 en matière de baux ruraux donne le contexte utile.

I. L’opposition du préfet notifiée après deux mois : faire constater la décision tacite de non-opposition

A. La déclaration de forage, le délai de deux mois et la naissance de la décision tacite

Le point de départ est la police de l’eau, qui s’applique à l’exploitant indépendamment de sa qualité de locataire ou de propriétaire des terres. L’article L. 214-1 du code de l’environnement dispose : « Sont soumis aux dispositions des articles L. 214-2 à L. 214-6 les installations, les ouvrages, travaux et activités réalisés à des fins non domestiques par toute personne physique ou morale, publique ou privée, et entraînant des prélèvements sur les eaux superficielles ou souterraines, restitués ou non, une modification du niveau ou du mode d’écoulement des eaux, la destruction de frayères, de zones de croissance ou d’alimentation de la faune piscicole ou des déversements, écoulements, rejets ou dépôts directs ou indirects, chroniques ou épisodiques, même non polluants. ». Un forage qui pompe dans la nappe pour irriguer des terres louées entre dans ce champ dès lors qu’il sert un usage non domestique : c’est l’ouvrage et le prélèvement qui sont réglementés, pas la personne qui les porte.

Le régime applicable dépend ensuite de la taille et de la dangerosité du projet. L’article L. 214-3 du code de l’environnement dispose : « Sont soumis à autorisation de l’autorité administrative les installations, ouvrages, travaux et activités susceptibles de présenter des dangers pour la santé et la sécurité publique, de nuire au libre écoulement des eaux, de réduire la ressource en eau, d’accroître notablement le risque d’inondation, de porter gravement atteinte à la qualité ou à la diversité du milieu aquatique, notamment aux peuplements piscicoles ». Le même article ajoute : « Sont soumis à déclaration les installations, ouvrages, travaux et activités qui, n’étant pas susceptibles de présenter de tels dangers, doivent néanmoins respecter les prescriptions édictées en application des articles L. 211-2 et L. 211-3 ». L’article L. 214-2 du code de l’environnement précise que ces installations et ouvrages « sont définis dans une nomenclature, établie par décret en Conseil d’Etat », et soumis à autorisation ou à déclaration « suivant les dangers qu’ils présentent et la gravité de leurs effets sur la ressource en eau ». Concrètement, pour les prélèvements issus d’un forage, le volume annuel détermine le régime : dans l’affaire jugée à Nantes, la déclaration portait sur un volume total compris entre 10 000 mètres cubes par an et moins de 200 000 mètres cubes par an, au titre de la rubrique 1.1.2.0 de la nomenclature, pour un volume demandé de 100 000 mètres cubes par an. Le critère distinctif reste l’usage non domestique posé par l’article L. 214-1 du code de l’environnement, l’irrigation des terres louées relevant sans ambiguïté de cet usage.

Une fois la déclaration complète déposée, le temps joue en faveur de l’exploitant diligent. L’article R. 214-35 du code de l’environnement dispose : « Le délai accordé au préfet par l’article L. 214-3 pour lui permettre de s’opposer à une opération soumise à déclaration est de deux mois à compter de la réception d’une déclaration complète. ». Le même article ajoute toutefois une réserve importante : si le dossier est irrégulier, notamment en raison d’informations manquantes, ou s’il est nécessaire d’imposer des prescriptions particulières, le délai peut être interrompu par l’invitation faite au déclarant à compléter son dossier. Le déclarant doit donc conserver la preuve de la complétude de son dossier et la date de sa réception par l’administration, car tout le contentieux de l’opposition tardive repose sur ce point de départ.

C’est exactement ce mécanisme qu’illustre l’arrêt de la cour administrative d’appel de Nantes du 19 septembre 2025, n° 23NT02591. Une société exerçant une activité agricole de culture et d’élevage avait déclaré l’augmentation de l’exploitation de deux forages existants. Le préfet avait attesté le 11 décembre 2019 avoir reçu un dossier complet le 6 décembre 2019, avec un récépissé précisant que les travaux ne pouvaient être entamés avant l’expiration du délai. Le préfet a pris le 5 février 2020 une décision d’opposition, mais elle n’a été notifiée à la société que le 11 février 2020, soit après l’échéance du délai de deux mois. La cour en a déduit, selon ses propres motifs, que « cette décision n’a pas eu pour effet de faire obstacle à la naissance, le 5 février 2020 à minuit, d’une décision tacite de non-opposition à déclaration ». L’enseignement pratique est direct : lorsque l’opposition est notifiée après deux mois à compter de la réception d’un dossier complet, le fermier déclarant est titulaire d’une décision tacite de non-opposition née à l’expiration du délai, et c’est cette décision tacite qu’il doit faire constater par le juge.

B. L’opposition tardive s’analyse comme un retrait : exiger le contradictoire avant toute décision

La qualification retenue par la cour change toute la suite du contentieux. Puisque la décision tacite de non-opposition était née, la cour a jugé : « que la société Coué était titulaire à compter du 6 février 2020 d’une décision tacite de non-opposition à déclaration, et que la décision préfectorale contestée notifiée le 11 février 2020 s’analyse comme un retrait de cette décision tacite de non-opposition », selon les motifs de l’arrêt de la cour administrative d’appel de Nantes du 19 septembre 2025, n° 23NT02591. Or un retrait n’obéit pas au même régime qu’une opposition exercée dans les délais : la décision tacite de non-opposition est créatrice de droits, et son retrait doit respecter les garanties du code des relations entre le public et l’administration.

La cour rappelle d’abord l’obligation de motivation : doivent être motivées les décisions qui retirent ou abrogent une décision créatrice de droits, en application de l’article L. 211-2 de ce code. Elle rappelle ensuite l’exigence du contradictoire : les décisions individuelles qui doivent être motivées sont soumises au respect d’une procédure contradictoire préalable, et elles n’interviennent qu’après que la personne intéressée a été mise à même de présenter ses observations écrites, en application des articles L. 121-1 et L. 122-1 du même code. Appliquée au contentieux du forage, cette exigence signifie que le préfet qui veut retirer une non-opposition tacite doit informer l’exploitant de la mesure envisagée et de ses motifs, et lui laisser un délai suffisant pour présenter ses observations. La cour précise que ce contradictoire constitue une garantie pour le titulaire de la décision, et que la décision de retrait est illégale s’il ressort des circonstances que le bénéficiaire a été effectivement privé de cette garantie.

En l’espèce, rien ne montrait que la société eût été mise à même de présenter ses observations sur le retrait envisagé, de sorte que le moyen tiré de l’irrégularité de la procédure a été accueilli, et l’arrêté d’opposition annulé avec le jugement qui l’avait validé, le tout assorti d’une somme de 1 500 euros mise à la charge de l’État au titre des frais de litige. Pour le fermier confronté à une opposition tardive, la feuille de route contentieuse est donc la suivante : établir par le récépissé la date de réception du dossier complet et l’absence d’interruption régulière du délai, demander au tribunal administratif de constater la naissance de la décision tacite à l’expiration des deux mois, puis soutenir que l’opposition notifiée après ce terme est un retrait pris sans contradictoire et donc illégal. Deux limites doivent être gardées à l’esprit. D’abord, si le préfet a régulièrement interrompu le délai en invitant le déclarant à compléter un dossier irrégulier, il n’y a pas de décision tacite, et le moyen tombe. Ensuite, la cour nantaise n’a pas eu à trancher les autres moyens soulevés par l’exploitante, tirés de l’erreur de droit et de l’erreur d’appréciation sur la rubrique applicable, sur les captages d’eau potable environnants et sur la compatibilité avec le schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux : ces arguments restent invocables dans un autre dossier, mais l’arrêt du 19 septembre 2025 ne les valide ni ne les rejette. Enfin, l’annulation de l’opposition ne dispense pas de respecter les prescriptions générales applicables au prélèvement ni, en période de sécheresse, les arrêtés préfectoraux de restriction des usages de l’eau, qui relèvent d’une police distincte.

II. Le forage sur des terres louées reste soumis au statut du fermage : autorisation, sanction et sortie

A. Obtenir l’autorisation écrite du bailleur avant de forer, sous peine de perdre toute indemnité

L’autorisation administrative ne règle que la moitié du problème du fermier. Sur des terres louées, le forage est un ouvrage incorporé au sol, donc un travail d’amélioration soumis au statut du fermage, et le preneur doit obtenir l’autorisation du bailleur avant d’engager les travaux. L’article L. 411-73 du code rural et de la pêche maritime dispose : « Pour tous autres travaux d’amélioration, le preneur doit obtenir l’autorisation du bailleur. ». Le même article précise la procédure : le preneur notifie sa proposition au bailleur ainsi qu’à un comité technique départemental, et le bailleur peut décider d’exécuter les travaux à ses frais dans un délai fixé en accord avec le preneur ou, à défaut, par le tribunal paritaire. En cas de refus du bailleur, le tribunal paritaire arbitre donc le différend, ce qui suppose pour le preneur un dossier complet et chiffré ainsi qu’une notification en bonne et due forme. Cette exigence d’un accord écrit préalable n’est pas une formalité : le tribunal paritaire des baux ruraux de Blois a jugé le 28 août 2025, sous le numéro de rôle 24/03073, que la proximité amicale et géographique entre bailleur et preneur ne prouvait pas une autorisation tacite des travaux, tout en admettant l’indemnisation des ouvrages qui présentaient un caractère d’utilité certaine pour l’exploitation. Le preneur doit prouver qu’il a respecté la procédure d’information du bailleur, et le bailleur ne peut pas soutenir après coup qu’il ignorait tout d’un ouvrage visible depuis des années.

À défaut d’autorisation, la sanction civile est lourde et définitive. La troisième chambre civile de la Cour de cassation a jugé le 28 novembre 2024, dans un arrêt de cassation partielle (Cass. 3e civ., 28 novembre 2024, pourvoi n° 23-17.036, ECLI:FR:CCASS:2024:C300632), que les améliorations apportées irrégulièrement au fonds loué par le preneur ne donnent lieu à aucune indemnisation de la part du bailleur et ne peuvent être prises en considération pour la fixation du prix du fermage du bail renouvelé. En l’espèce, des preneurs avaient fait construire sans l’autorisation préalable de la bailleresse divers bâtiments d’exploitation et aménagé une pièce supplémentaire, puis la bailleresse avait demandé la fixation du fermage du bail renouvelé en tenant compte de la valeur locative de ces constructions. La Cour a censuré la cour d’appel qui avait accueilli cette demande. Transposé au forage réalisé sans l’accord du bailleur, l’enseignement est double : le fermier ne touchera aucune indemnité de sortie pour l’ouvrage, et le bailleur ne pourra pas non plus se servir de cet ouvrage irrégulier pour relever le fermage du bail renouvelé. Les deux parties ont donc intérêt à la régularisation préalable plutôt qu’au fait accompli.

Le bailleur qui découvre un forage non autorisé dispose par ailleurs de l’arme de la résiliation, mais dans les conditions strictes du statut. L’article L. 411-31 du code rural et de la pêche maritime n’autorise la résiliation que pour des motifs limitativement énumérés, parmi lesquels : « Des agissements du preneur de nature à compromettre la bonne exploitation du fonds, notamment le fait qu’il ne dispose pas de la main-d’oeuvre nécessaire aux besoins de l’exploitation ». Un forage sauvage qui assèche le fonds, dégrade les sols ou expose l’exploitation à une sanction administrative peut caractériser de tels agissements, mais c’est au bailleur de le démontrer devant le tribunal paritaire, et les motifs tirés de la force majeure ou de raisons sérieuses et légitimes restent opposables. À l’inverse, le même statut protège le preneur qui irrigue dans les règles : l’article L. 411-27 du code rural et de la pêche maritime prévoit que le fait pour le preneur d’appliquer sur les terres louées des pratiques ayant pour objet la préservation de la ressource en eau ne peut être invoqué à l’appui d’une demande de résiliation. Le bailleur ne peut donc pas reprocher au fermier une irrigation conduite conformément aux prescriptions administratives au seul motif qu’elle modifierait ses habitudes d’exploitation.

B. Chiffrer l’indemnité de sortie, respecter la forclusion de douze mois et anticiper la fin du bail

Lorsque le forage a été régulièrement autorisé, il ouvre droit à indemnité au départ du preneur. L’article L. 411-69 du code rural et de la pêche maritime dispose : « Le preneur qui a, par son travail ou par ses investissements, apporté des améliorations au fonds loué a droit, à l’expiration du bail, à une indemnité due par le bailleur, quelle que soit la cause qui a mis fin au bail. ». Le droit existe donc même si le bail s’achève par un congé, une résiliation ou un non-renouvellement, dès lors que l’ouvrage a été réalisé conformément aux procédures. Le calcul obéit ensuite à des règles précises : l’article L. 411-71 du code rural et de la pêche maritime prévoit que pour les bâtiments et les ouvrages incorporés au sol, l’indemnité est égale au coût des travaux évalué à la date de l’expiration du bail, réduit de 6 % par année écoulée depuis leur exécution, et qu’elle n’est due que dans la mesure où les aménagements conservent une valeur effective d’utilisation. Un forage ancien et amorti, ou un ouvrage devenu inutilisable parce que la nappe s’est épuisée ou que le prélèvement est désormais interdit, peut donc ne plus rien valoir à la sortie malgré son coût initial. Symétriquement, l’article L. 411-72 du code rural et de la pêche maritime donne au bailleur droit à une indemnité égale au montant du préjudice s’il apparaît une dégradation du bien loué : un forage qui a affaissé un chemin, pollué un point d’eau ou laissé des installations abandonnées expose le preneur sortant à une demande reconventionnelle.

Le contentieux de l’indemnité se joue presque toujours sur l’expertise et sur le délai d’action. Le jugement du tribunal paritaire des baux ruraux de Blois du 28 août 2025 (rôle n° 24/03073) l’illustre : après une expertise judiciaire ordonnée en 2021, le tribunal a condamné les bailleurs à payer au preneur sortant 96 000 euros au titre de l’indemnité de sortie, outre les intérêts légaux, 3 000 euros de préjudice moral et 5 000 euros au titre des frais de procédure. L’expertise technique est donc l’instrument décisif pour établir l’utilité de l’ouvrage, son coût actualisé et l’amortissement applicable. Mais l’action elle-même est enfermée dans un délai couperet : l’article L. 411-69 du code rural et de la pêche maritime dispose : « La demande du preneur sortant relative à une indemnisation des améliorations apportées au fonds loué se prescrit par douze mois à compter de la date de fin de bail, à peine de forclusion. ». Passé ce délai de douze mois à compter de la fin du bail, la demande est forclose et le juge ne l’examinera pas, quel que soit le soin apporté aux pièces produites. Le preneur qui prépare son départ doit donc faire expertiser l’ouvrage avant la fin du bail, chiffrer l’indemnité selon le barème applicable et saisir le tribunal paritaire dans l’année.

En pratique, le fermier qui veut forer sur des terres louées gagne à traiter les deux fronts dans l’ordre : déposer d’abord une déclaration complète et conserver le récépissé avec sa date de réception, notifier ensuite au bailleur et au comité technique départemental la proposition de travaux avant tout commencement, puis n’engager les travaux qu’après l’accord écrit du bailleur ou l’autorisation du tribunal paritaire, et l’expiration du délai d’opposition du préfet. Si le préfet s’oppose après deux mois, contester l’opposition comme un retrait sans contradictoire devant le tribunal administratif ; si le bailleur refuse sans motif, saisir le tribunal paritaire sur le fondement de l’article L. 411-73. Et si le bail s’achève, faire constater l’état de l’ouvrage, réunir les factures et l’expertise, et réclamer l’indemnité de sortie dans les douze mois de la fin du bail. Menée dans cet ordre, la procédure transforme un forage contesté des deux côtés en un investissement défendable, indemnisable et compatible avec la ressource en eau.

En conclusion, l’opposition préfectorale notifiée après le délai de deux mois n’a pas le dernier mot : elle laisse subsister une décision tacite de non-opposition que le juge administratif peut constater, et elle ne vaut comme retrait que si le contradictoire a été respecté, comme l’a jugé la cour administrative d’appel de Nantes le 19 septembre 2025. Côté bail rural, aucune autorisation administrative ne remplace l’accord du bailleur : sans lui, l’ouvrage est irrégulier, non indemnisé et sans effet sur le fermage renouvelé, comme l’a jugé la Cour de cassation le 28 novembre 2024. Entre ces deux exigences, la voie sûre passe par la déclaration complète avec récépissé daté, la notification au bailleur et au comité technique, l’attente des délais et, à la sortie, l’expertise et l’action dans les douze mois. Le forage devient alors ce qu’il aurait toujours dû être : une amélioration du fonds, utile à l’exploitation et payée à sa juste valeur.