Depuis le 1er septembre 2026, la facturation électronique n’est plus un projet : c’est une obligation en vigueur pour toutes les entreprises assujetties à la TVA établies en France. Chaque SAS et chaque SARL doit désormais être capable de recevoir des factures électroniques conformes, et les grandes entreprises comme les entreprises de taille intermédiaire doivent également en émettre depuis cette date. Les petites et moyennes entreprises et les micro-entreprises rejoindront l’obligation d’émission le 1er septembre 2027, selon le calendrier présenté par Service-Public.fr. Pour un président de SAS ou un gérant de SARL, la question n’est donc plus de savoir si la réforme s’applique, mais comment mettre la société en conformité sans bloquer la facturation et sans exposer la société à des sanctions.
Le réflexe le plus fréquent consiste à croire que le logiciel de comptabilité règle tout. Or la réforme repose sur une architecture précise : un article 289 bis du Code général des impôts qui impose le recours à la facturation électronique pour les opérations entre assujettis établis en France, un annuaire central qui « recense les informations nécessaires à l’adressage des factures électroniques », des plateformes aux statuts distincts et des données à transmettre à l’administration même pour des opérations qui ne relèvent pas de la facture électronique. Une société qui envoie encore ses factures en simple PDF par courriel, ou qui reçoit des factures sans passer par le circuit imposé, se place en dehors du cadre légal, avec des conséquences sur la TVA, sur la preuve des créances et sur la responsabilité du dirigeant.
La méthode proposée dans cet article suit l’ordre des urgences d’un dirigeant : d’abord vérifier si la société est soumise à l’obligation et à quel calendrier, ensuite choisir et paramétrer le bon circuit de facturation, puis mesurer les sanctions encourues et organiser les recours en cas de contrôle ou de redressement. Les développements distinguent systématiquement l’obligation de recevoir, qui concerne tout le monde depuis le 1er septembre 2026, et l’obligation d’émettre, qui dépend de la taille de l’entreprise. Les sociétés issues d’une opération récente liront avec profit notre analyse dédiée aux factures électroniques après une fusion-absorption et au SIREN à retenir, qui complète le présent guide pour les groupes en restructuration.
I. Que doit faire une SAS ou une SARL depuis le 1er septembre 2026 pour être en règle ?
A. Quelles factures sont concernées et quel calendrier s’applique à votre société ?
Le point de départ est le champ d’application. L’obligation vise les opérations entre assujettis à la TVA établis en France, c’est-à-dire les ventes de biens et les prestations de services facturées d’une entreprise française à une autre entreprise française. Les opérations avec des particuliers et la plupart des opérations internationales ne relèvent pas de la facture électronique au sens strict, mais elles n’échappent pas pour autant à la réforme : elles entrent dans le champ de la transmission des données à l’administration, appelée e-reporting, organisée par l’article 290 A du Code général des impôts. Un dirigeant doit donc cartographier sa clientèle : clients professionnels français d’un côté, particuliers, clients étrangers et opérations exonérées de l’autre, car chaque catégorie suit un circuit distinct.
Le principe de base de la facturation reste inchangé : « Tout assujetti est tenu de s’assurer qu’une facture est émise », par lui-même, par son client ou en son nom et pour son compte, pour les biens livrés et les services rendus à un autre assujetti. Ce qui change depuis le 1er septembre 2026, c’est le support et le circuit imposés pour cette facture entre professionnels établis en France. La facture doit respecter un format structuré ou mixte, transiter par une plateforme reconnue et comporter les mentions prévues par l’article 290 du Code général des impôts ainsi que par les textes d’application. Un PDF ordinaire joint à un courriel ne satisfait plus à l’obligation, même s’il reprend fidèlement le contenu d’une facture.
Le calendrier applicable dépend ensuite de la taille de l’entreprise, et c’est ici que beaucoup de dirigeants de PME se trompent. Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises, y compris les plus petites SAS et SARL, doivent être en mesure de recevoir des factures électroniques. L’obligation d’émettre des factures électroniques s’applique depuis la même date aux grandes entreprises et aux entreprises de taille intermédiaire, puis s’étendra le 1er septembre 2027 aux petites et moyennes entreprises et aux micro-entreprises. Concrètement, une SARL artisanale ou une SAS de services de quelques salariés doit donc dès aujourd’hui disposer d’une adresse de réception opérationnelle dans le circuit, même si elle continue temporairement à émettre ses propres factures selon les modalités antérieures. Le texte fondateur de cette trajectoire est l’article 26 de la loi n° 2022-1157 du 16 août 2022, dont les calendriers ont été ajustés par les textes ultérieurs pour aboutir aux échéances de 2026 et 2027.
Pour déterminer la catégorie de la société, le dirigeant retient les critères usuels de taille : effectif, chiffre d’affaires et total de bilan, appréciés le cas échéant au niveau du groupe lorsque la société appartient à un ensemble. Une filiale française d’un groupe étranger de grande taille ne peut pas se prévaloir de son seul effectif local pour se classer parmi les PME. De même, une holding animatrice qui facture des prestations à ses filiales françaises entre dans le champ de l’obligation pour ces flux internes. L’audit de démarrage comporte donc quatre vérifications : la qualité d’assujetti et l’établissement en France, la nature des clients, la catégorie de taille et l’existence d’opérations relevant de l’e-reporting. Chacune de ces réponses conditionne le paramétrage décrit dans la sous-partie suivante.
Un point mérite une vigilance particulière : les opérations exonérées de TVA, les livraisons intracommunautaires, les exportations et les ventes aux particuliers doivent faire l’objet d’une transmission de données à l’administration selon des périodicités propres, distinctes de l’émission des factures elles-mêmes. Le dirigeant qui ne facture que des particuliers, par exemple dans une SAS de commerce en ligne grand public, n’a pas d’obligation d’émettre des factures électroniques, mais il reste soumis à l’obligation de transmettre les données de ses transactions. Oublier ce second volet expose la société aux mêmes familles de sanctions que l’oubli du premier. Le logiciel ou le prestataire choisi doit donc couvrir les deux circuits, et pas seulement la dématérialisation des factures entre professionnels.
B. Comment choisir et paramétrer la plateforme sans bloquer la facturation ?
Le choix du circuit est la décision opérationnelle la plus importante. La réforme distingue le portail public de facturation, adossé à Chorus Pro, et les plateformes de dématérialisation partenaires immatriculées par l’administration, auxquelles s’ajoutent les opérateurs de dématérialisation qui agissent par l’intermédiaire d’une plateforme. L’administration précise qu’« l’administration fiscale rend publics la liste des plateformes agréées », et le dirigeant doit vérifier l’immatriculation de son prestataire sur cette liste avant de signer. Confier sa facturation à un opérateur non immatriculé, c’est accepter que les factures émises ne circulent pas dans le circuit légal et que les factures d’achat n’arrivent jamais à la société.
L’inscription dans l’annuaire central constitue la seconde étape. Cet annuaire permet d’« identifier les destinataires des factures électroniques au moyen de l’annuaire central », et les assujettis concernés « sont enregistrés dans l’annuaire central » avec les informations nécessaires à l’acheminement. En pratique, la société y déclare son identité, ses établissements et la plateforme qu’elle a désignée pour recevoir ses factures. Une adresse de réception mal renseignée ou une plateforme désignée sans accord réel provoque des rejets et des factures perdues. Le dirigeant fait donc vérifier par son expert-comptable ou son responsable administratif que le SIREN, les SIRET des établissements et la plateforme de réception inscrits dans l’annuaire correspondent exactement aux informations du registre du commerce et des sociétés.
Le choix entre le portail public et une plateforme partenaire dépend du volume de factures, du nombre d’établissements et du degré d’intégration avec la comptabilité. Une SARL de petite taille avec un flux mensuel limité peut se contenter du portail public gratuit, à condition d’organiser la discipline interne : connexion régulière, traitement des factures reçues, émission dans les formats requis. Une SAS avec plusieurs établissements, des flux importants ou des factures d’acompte complexes a intérêt à retenir une plateforme partenaire qui automatise l’émission, la réception, le rapprochement et l’archivage. Dans les deux cas, la désignation de la plateforme de réception n’est pas une formalité : « la plateforme agréée désignée pour la réception des factures électroniques doit disposer de l’accord formel de l’assujetti destinataire », et « l’accord formel est daté et signé ». Le dirigeant conserve cet accord dans le dossier permanent de la société, car il établit le consentement au circuit choisi.
Les délais de circulation doivent ensuite être intégrés aux procédures internes. Les textes organisent la transmission entre plateformes selon des délais resserrés : « un délai de deux jours ouvrables » pour certaines transmissions et « dans un délai de cinq jours ouvrés » pour d’autres étapes du circuit. Une facture n’est donc plus réputée reçue le jour de son envoi par courriel : elle suit un cycle de statuts, de la mise à disposition au traitement, que la société doit surveiller. Le dirigeant impose à ses équipes une règle simple : aucune facture d’achat ne se paie sans vérification de son statut dans la plateforme, et aucune facture de vente n’est considérée comme émise sans confirmation de dépôt dans le circuit. Cette discipline protège à la fois la trésorerie et le droit à déduction de la TVA.
Enfin, la bascule suppose un plan de transition documenté : inventaire des modèles de factures, mise à jour des mentions obligatoires, tests d’émission et de réception avant la date butoir applicable, formation des personnes qui facturent, archivage des anciennes factures papier et PDF selon les durées légales, et clause de facturation électronique dans les nouveaux contrats avec les clients et les fournisseurs. Les conditions générales de vente des SAS et SARL gagnent à préciser que les factures sont émises et reçues par voie électronique via la plateforme désignée, avec l’adresse de réception correspondante. Ce paramétrage contractuel évite les litiges où un client prétend n’avoir jamais reçu une facture envoyée à une ancienne adresse électronique. Chaque étape de cette bascule doit être datée et conservée : en cas de contrôle, c’est ce dossier de conformité qui démontrera la bonne foi du dirigeant.
II. Quelles sanctions et quels recours si la société n’est pas en conformité ?
A. Quelles sanctions et quelle responsabilité pour le dirigeant de SAS ou de SARL ?
La première sanction est fiscale. L’article 1737 du Code général des impôts prévoit des amendes liées à certains manquements à la facturation électronique, avec un mécanisme de mise en demeure et de régularisation selon la nature de l’infraction. Le dirigeant ne doit pas attendre la mise en demeure pour réagir : dès qu’un manquement est constaté, par exemple des factures émises hors circuit ou des données non transmises, la régularisation spontanée et documentée constitue le meilleur moyen de limiter l’exposition. Les montants, les plafonds et les conditions d’application doivent être vérifiés dans la version du texte applicable à la date du manquement reproché, car les dispositions de la réforme sont entrées en vigueur par étapes.
La deuxième conséquence touche la TVA elle-même. Une facture qui ne respecte pas le circuit et les mentions requis fragilise l’exercice du droit à déduction chez le client et expose l’émetteur à des rappels en cas de contrôle. L’administration peut remettre en cause la déduction sur des factures non conformes, exiger la production de la piste d’audit fiable qui garantit l’authenticité de l’origine, l’intégrité du contenu et la lisibilité de chaque facture, et comparer les données déclarées avec les données transmises via les plateformes. Les écarts entre la comptabilité, les déclarations de TVA et les flux de facturation électronique deviennent ainsi des signaux de contrôle automatiques. Une SAS ou une SARL dont les trois sources divergent s’expose à un examen approfondi de l’ensemble de sa chaîne de facturation.
La troisième exposition pèse directement sur le dirigeant. En SAS, les règles de responsabilité des administrateurs s’appliquent au président et aux dirigeants désignés par les statuts ; en SARL, le gérant répond des infractions aux dispositions législatives, des violations des statuts et de ses fautes de gestion, selon les dispositions du Code de commerce sur la responsabilité des dirigeants, illustrées notamment par l’article L. 225-251 du Code de commerce. Un défaut organisé de mise en conformité, maintenu plusieurs mois après l’échéance applicable alors que les sanctions étaient prévisibles, peut être qualifié de faute de gestion. Si la société fait ensuite l’objet d’un redressement fiscal assorti de pénalités, puis d’une procédure collective, le dirigeant s’expose à une action en responsabilité pour insuffisance d’actif. Le raisonnement des tribunaux est constant : le dirigeant qui laisse sciemment la société accumuler des dettes fiscalesavoidables manque à son devoir de gestion diligente.
À cette responsabilité devant la société et les créanciers s’ajoute la responsabilité de droit commun. L’article 1240 du Code civil, dans sa version en vigueur, fonde l’obligation de réparer le dommage causé par sa faute. Un associé, un cocontractant ou un repreneur qui démontre que le défaut de conformité l’a privé d’un droit à déduction, a retardé un paiement ou a fait échouer une cession peut rechercher la responsabilité du dirigeant fautif. Les contentieux les plus probables opposeront des partenaires commerciaux : un fournisseur dont les factures hors circuit ont été rejetées et payées avec retard, un client redressé pour avoir déduit une TVA sur des factures non conformes, ou un cédant dont la valorisation a été réduite après la découverte d’un passif fiscal lié à la facturation. Chacun de ces litiges se joue sur pièces, et la société la mieux documentée l’emporte le plus souvent.
Face à ces risques, le dirigeant organise sa protection sans attendre le contrôle. Il fait établir un diagnostic écrit de conformité par l’expert-comptable, avec la catégorie de taille retenue, la date d’échéance applicable, la plateforme choisie et l’état de l’inscription à l’annuaire. Il fait inscrire la décision de bascule au procès-verbal des décisions de la présidence ou de la gérance, avec le budget correspondant. Il conserve les accords formels avec les plateformes, les confirmations d’enregistrement, les journaux de transmission et les preuves de traitement des rejets. Et il souscrit ou vérifie l’assurance responsabilité civile des mandataires sociaux, en s’assurant que les fautes fiscales non intentionnelles ne sont pas exclues de la garantie. Ce dossier n’efface pas les manquements, mais il établit la diligence du dirigeant et fonde utilement toute demande de modération des pénalités.
B. Comment contester et régulariser à Paris et en Île-de-France ?
Lorsqu’un contrôle survient, la première règle est de qualifier exactement ce qui est reproché. L’administration peut viser l’absence d’émission électronique, l’absence de réception dans le circuit, le défaut de transmission des données, des mentions incomplètes ou une plateforme non conforme. Chaque grief relève d’un fondement distinct et appelle une réponse distincte. Le dirigeant exige donc la communication précise des relevés d’infraction, rapproche chaque facture litigieuse de son statut dans la plateforme et identifie les cas où la régularisation est encore possible. Une facture réémise correctement dans le circuit avant la clôture des débats, avec traçabilité complète, ne présente pas le même visage qu’une facture définitivement perdue. La réponse au contrôle doit être chronologique, chiffrée et pièces à l’appui : calendrier de bascule, captures de l’annuaire, journaux de transmission, échanges avec le prestataire et attestations de l’expert-comptable.
La voie gracieuse constitue le deuxième levier. Avant tout contentieux, la société peut solliciter la modération des pénalités en démontrant sa bonne foi : bascule engagée avant l’échéance, difficultés techniques imputables au prestataire, régularisation spontanée dès la découverte du manquement, montant limité des opérations concernées. Les demandes de rescrit et les prises de position formelles de l’administration sur la catégorie de taille ou le périmètre des opérations prennent ici toute leur valeur. Un dirigeant qui a interrogé l’administration par écrit avant d’agir se place dans une position incomparablement plus forte que celui qui a choisi seul une interprétation audacieuse. Chaque échange avec le service des impôts doit être écrit, daté et classé : la charge de la preuve de la bonne foi pèse sur le contribuable.
Si le désaccord persiste, la contestation suit la procédure fiscale de droit commun : réclamation préalable auprès du service, puis recours devant le tribunal administratif en cas de rejet explicite ou implicite, dans les délais de recours contentieux. Le dossier contentieux s’articule autour de trois axes : la régularité de la procédure de contrôle, le bien-fondé du grief au regard des textes applicables à la date des faits, et la proportionnalité des pénalités. La démonstration la plus efficace consiste à établir que la société disposait d’un circuit conforme pour l’essentiel des flux et que les manquements résiduels, identifiés et corrigés, ne justifient pas le maintien intégral des sanctions. Les pièces décisives sont les journaux de la plateforme, les confirmations d’enregistrement à l’annuaire, les accords formels datés et signés et les attestations du prestataire sur les incidents techniques.
À Paris et en Île-de-France, plusieurs spécificités pratiques renforcent l’exigence de conformité. Les sociétés franciliennes concentrent les sièges sociaux, les directions financières et les prestataires informatiques : un contrôle du service des impôts des entreprises de Paris ou des Hauts-de-Seine porte fréquemment sur des volumes importants et des flux intragroupe complexes, où chaque anomalie se multiplie. Les tribunaux administratifs de Paris, Montreuil, Cergy-Pontoise et Melun connaissent un contentieux fiscal nourri, avec des délais de jugement qui imposent d’anticiper la trésorerie : les sommes contestées peuvent rester exigibles pendant l’instruction du recours, sauf sursis de paiement obtenu sous garanties. Les entreprises qui facturent des clients publics franciliens connaissent déjà Chorus Pro pour les marchés publics : elles doivent veiller à ne pas confondre ce circuit historique avec le nouveau circuit interentreprises, qui repose sur des règles et des plateformes distinctes. Enfin, les groupes dont le siège parisien centralise la facturation de filiales régionales doivent vérifier que chaque SIREN facturant est correctement enregistré dans l’annuaire avec sa propre adresse de réception.
La check-list opérationnelle du dirigeant francilien tient donc en sept actions : confirmer la catégorie de taille et l’échéance applicable, vérifier l’immatriculation de la plateforme sur la liste publiée par l’administration, contrôler l’enregistrement exact dans l’annuaire central, sécuriser l’accord formel daté et signé avec chaque plateforme, mettre les conditions générales et les contrats en cohérence avec le circuit électronique, former les équipes aux statuts des factures et aux délais de transmission, et constituer le dossier permanent de conformité avec l’ensemble des preuves. Chacune de ces actions fait l’objet d’une date, d’un responsable et d’une pièce justificative. Menée avec rigueur, cette régularisation transforme un risque de sanctions en démonstration de gestion diligente, opposable à l’administration comme aux associés.
Conclusion
Depuis le 1er septembre 2026, une SAS ou une SARL établie en France ne peut plus facturer comme avant : elle doit recevoir des factures électroniques dans le circuit légal et, si elle atteint les seuils des grandes entreprises ou des entreprises de taille intermédiaire, elle doit déjà en émettre. Les PME et les micro-entreprises disposent d’un délai supplémentaire jusqu’au 1er septembre 2027 pour l’émission, mais elles sont tenues dès aujourd’hui à la réception et à la transmission des données de leurs autres opérations. Le dirigeant qui organise maintenant la bascule, avec une plateforme immatriculée, un annuaire correctement renseigné et un dossier de conformité complet, protège la trésorerie, le droit à déduction et sa propre responsabilité.
À l’inverse, l’attentisme expose la société à un cumul redoutable : amendes fiscales assises sur les manquements, rappels de TVA sur des factures non conformes, litiges commerciaux sur des paiements retardés et mise en cause personnelle du président ou du gérant pour faute de gestion. Aucune de ces conséquences n’est une fatalité : chacune se prévient par des mesures concrètes, datées et conservées. Le coût d’une bascule bien conduite reste sans commune mesure avec celui d’un redressement assorti de pénalités, puis d’un contentieux qui mobilise la direction pendant des mois. Les dirigeants qui traitent la réforme comme un projet de gouvernance, et non comme une simple mise à jour informatique, en font un avantage : une chaîne de facturation fiable accélère les paiements, sécurise les déductions et rassure les partenaires, les banques et les repreneurs.
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