Votre expert-comptable vous appelle un matin de septembre 2026 : plusieurs factures d’achats viennent d’être rejetées par votre plateforme, et le service des impôts vous réclame le reversement de la TVA que vous aviez déduite. Le montant est brutal, parfois plusieurs dizaines de milliers d’euros, assorti d’intérêts et de majorations. Depuis le 1er septembre 2026, les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire doivent émettre leurs factures entre professionnels par voie électronique, via une plateforme agréée, et toutes les entreprises, y compris les plus petites, doivent être capables de recevoir leurs factures par ce canal. Une facture restée au format papier ou PDF simple, une mention manquante, un numéro de TVA erroné ou une facture émise hors plateforme peuvent suffire à faire douter l’administration de la régularité de l’opération. Et quand l’administration doute, elle redresse : elle refuse la déduction, exige le reversement et applique des pénalités. Cet article explique concrètement comment réagir quand votre TVA est rejetée à cause d’une facture électronique non conforme : quels textes l’administration vous oppose, comment prouver la réalité de l’opération malgré le vice de forme, comment régulariser par une facture rectificative, et comment contester le redressement devant l’administration puis devant le juge. Il s’adresse aux dirigeants de SARL, de SAS et de SCI à l’IS, à leurs associés et à leurs responsables administratifs et financiers, en particulier en région parisienne où les contrôles de la direction régionale des finances publiques d’Île-de-France sont nombreux. Le propos est pratique : chaque partie se termine par les pièces à réunir et les délais à respecter, pour transformer une notification anxiogène en plan d’action maîtrisé.
I. Pourquoi votre TVA déduite est rejetée quand la facture électronique n’est pas conforme
L’administration ne rejette jamais une déduction par hasard. Elle s’appuie sur une chaîne de textes précis : l’obligation de facturer, l’obligation de facturer par voie électronique depuis le 1er septembre 2026 pour les opérations concernées, et le lien entre la régularité de la facture et le droit à déduction. Comprendre cette chaîne permet de répondre point par point au vérificateur au lieu de subir le redressement.
A. Facture électronique obligatoire depuis le 1er septembre 2026 : qui doit émettre, qui doit recevoir, et quelles sanctions pécuniaires directes
Le calendrier officiel est public et ne souffre aucune discussion : à compter du 1er septembre 2026, les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire doivent émettre leurs factures domestiques entre assujettis sous forme électronique, par l’intermédiaire d’une plateforme agréée ou d’une solution compatible raccordée à une plateforme agréée. À la même date, toutes les entreprises, sans exception de taille, doivent être en mesure de recevoir leurs factures électroniques par ce même canal. Les factures adressées aux particuliers restent en dehors de l’obligation, mais les opérations entre professionnels assujettis à la TVA entrent dans le champ. Le portail officiel des entreprises précise que la facture transite alors par une plateforme agréée, ou par une solution compatible raccordée à une telle plateforme pour l’émission, la transmission, la réception et la conservation, et que toutes les entreprises doivent pouvoir recevoir par ce canal dès le 1er septembre 2026. Concrètement, une société qui continue d’envoyer de simples PDF par courriel à ses clients professionnels, ou qui refuse de choisir une plateforme pour recevoir ses factures, se place hors des clous.
Les sanctions sont connues depuis la loi de finances pour 2026, publiée le 19 février 2026. Le non-respect de l’obligation d’émettre des factures électroniques est puni de 50 euros par facture, dans la limite d’un plafond annuel de 15 000 euros. Le défaut de choix d’une plateforme pour recevoir les factures suit un mécanisme progressif : mise en demeure de se conformer dans un délai de trois mois, puis une première amende de 500 euros, puis 1 000 euros, puis 1 000 euros tous les trois mois tant que la situation persiste. Ces amendes frappent l’émetteur ou le destinataire défaillant indépendamment du litige de TVA qui peut suivre. Elles s’ajoutent donc au risque principal : le rejet de la déduction chez le client.
Ce rejet trouve sa base dans le droit commun de la facturation, qui n’a pas disparu avec la réforme. Le code de commerce dispose que « Tout achat de produits ou toute prestation de service pour une activité professionnelle fait l’objet d’une facturation » et que « L’acheteur est tenu de la réclamer ». Le vendeur et l’acheteur conservent chacun un exemplaire de toute facture émise. Autrement dit, le client professionnel qui paie sans réclamer une facture régulière commet déjà une première faute : il se prive de son propre moyen de preuve. En 2026, « réclamer la facture » signifie réclamer une facture électronique conforme, reçue via la plateforme, avec les mentions obligatoires : noms et adresses des parties, numéros d’identification à la TVA, date de l’opération, quantité et dénomination précise des biens ou services, prix unitaire hors taxe, taux et montant de la TVA, date d’échéance, pénalités et indemnité forfaitaire de recouvrement. Quand l’une de ces mentions manque ou quand la facture n’a jamais transité par la plateforme, le vérificateur coche la case « facture non conforme » et enclenche le raisonnement du rejet de TVA.
Le code général des impôts verrouille ce raisonnement. Son article 289 prévoit que « Tout assujetti est tenu de s’assurer qu’une facture est émise, par lui-même, ou en son nom et pour son compte, par son client ou par un tiers » pour les livraisons et prestations réalisées au profit d’un autre assujetti. La facture doit être émise dès la réalisation de l’opération, et elle conditionne l’exercice du droit à déduction : l’article 271 du même code n’ouvre la déduction qu’à « Celle qui figure sur les factures établies conformément aux dispositions de l’article 289 et si la taxe pouvait légalement figurer sur lesdites factures ». La formule est redoutable : une taxe qui ne figure pas sur une facture établie conformément à l’article 289 n’est pas déductible, même si l’opération a réellement eu lieu. Le dirigeant qui découvre un redressement doit donc lire la proposition de rectification en cherchant exactement ce grief : l’administration vise-t-elle l’absence de facture électronique, une mention manquante, ou une taxe qui ne pouvait légalement figurer sur la facture ? La réponse détermine toute la stratégie de défense.
Pièces à réunir dès ce stade : l’avis de mise en demeure de choisir une plateforme si vous l’avez reçu, la liste des plateformes agréées et votre contrat avec la vôtre, un export de votre plateforme montrant les factures émises et reçues sur la période contrôlée, et un exemplaire de chaque facture litigieuse avec ses mentions. Délai à noter : trois mois après la mise en demeure pour régulariser le choix de la plateforme avant la première amende.
B. TVA indûment facturée, TVA non déductible et taxe due du seul fait de sa facturation : les trois textes que le vérificateur vous oppose
Une fois la non-conformité constatée, le vérificateur dégaine trois articles. Le premier est l’article 272 du code général des impôts, qui dispose que « La taxe sur la valeur ajoutée facturée dans les conditions définies au 4 de l’article 283 ne peut faire l’objet d’aucune déduction par celui qui a reçu la facture ». Le second est le paragraphe 3 de l’article 283 du même code, dont la cour d’appel de Toulouse rappelait le 9 décembre 2025, dans l’affaire opposant la société Bureau de Vente de Fruits et Légumes à la société Kuehne + Nagel Road (numéro 23/04457), que « toute personne qui mentionne la taxe sur la valeur ajoutée sur une facture est redevable de la taxe du seul fait de sa facturation ». La cour ajoutait que « Cette disposition vise à éliminer le risque de perte de recettes fiscales que peut engendrer le droit à déduction de la TVA, dans le cas où cette taxe est indûment facturée par l’émetteur d’une facture » (CA Toulouse, 9 déc. 2025, n° 23/04457). Le troisième est l’article 271 déjà cité, qui subordonne la déduction à une taxe figurant sur une facture établie conformément à l’article 289.
La combinaison est implacable en apparence : l’émetteur qui a mentionné une TVA erronée ou non conforme reste redevable de cette taxe envers le Trésor du seul fait de sa facturation, tandis que le destinataire ne peut pas la déduire tant que la facture n’est pas régularisée. Dans l’affaire de Toulouse, le transporteur avait additionné des montants en euros et en rands sud-africains et facturé 6 222 euros de TVA au lieu de 2 219 euros. Le client refusait de payer le trop-facturé en expliquant qu’une TVA erronée ferait obstacle à toute déduction. La cour lui a donné raison sur le principe : « La régularisation de la TVA auprès de l’administration fiscale suppose l’émission préalable d’une facture rectificative adressée au client, afin d’éliminer le risque de perte de recettes fiscales » (CA Toulouse, 9 déc. 2025, n° 23/04457). Et elle a tranché : « Ainsi, le paiement de la facture erronée par le client, sans émission de facture rectificative, n’était pas de nature à permettre à la société BVFL d’obtenir le remboursement de ce qu’elle aurait payé en trop » (CA Toulouse, 9 déc. 2025, n° 23/04457). La facture de 8 126,78 euros n’était donc due qu’à hauteur de 4 123,78 euros, et il appartenait au transporteur « Il appartient toutefois à la société Kuehne + Nagel Road d’éditer une facture conforme à cette somme, dans la mesure où le client condamné au paiement sans nouvelle facturation ne sera pas en mesure de déclarer la TVA effectivement payée » (CA Toulouse, 9 déc. 2025, n° 23/04457).
Transposez ce raisonnement à la facture électronique : une facture émise hors plateforme, sans les mentions obligatoires ou avec une TVA qui ne pouvait légalement y figurer, expose le client au même refus de déduction tant qu’une facture rectificative conforme n’a pas été émise et transmise par la voie électronique régulière. Payer quand même, en espérant régulariser plus tard auprès du fisc sans repasser par le fournisseur, ne fonctionne pas : sans facture rectificative adressée au client, l’administration considère que le risque de perte de recettes subsiste et maintient le rejet. C’est le point que les dirigeants comprennent souvent trop tard, après avoir payé un fournisseur défaillant en pensant acheter la paix.
Le principe général de la déduction confirme cette sévérité. L’article 271 ouvre le droit en posant que « La taxe sur la valeur ajoutée qui a grevé les éléments du prix d’une opération imposable est déductible de la taxe sur la valeur ajoutée applicable à cette opération », mais ce droit « prend naissance lorsque la taxe déductible devient exigible chez le redevable » et la déduction s’opère « par imputation sur la taxe due par le redevable au titre du mois pendant lequel le droit à déduction a pris naissance ». Chaque mois de retard dans la régularisation repousse donc la déduction et peut générer des intérêts. Enfin, l’article 287 impose à « Tout redevable de la taxe sur la valeur ajoutée identifié conformément aux dispositions combinées des articles 286 ter et 286 ter A » de remettre « au service des impôts dont il dépend et dans le délai fixé par arrêté une déclaration conforme au modèle prescrit par l’administration ». Une TVA déduite sur une facture non conforme puis maintenue dans les déclarations mensuelles CA3 devient, mois après mois, un rappel contesté par le vérificateur.
Pièces à réunir : la proposition de rectification avec les articles visés, vos déclarations CA3 de la période, le grand livre de TVA et les justificatifs de paiement des factures litigieuses. Réflexe immédiat : ne payez pas une facture électronique manifestement erronée sans exiger par écrit une facture rectificative conforme transitant par la plateforme ; conservez cet écrit, il prouvera votre diligence.
II. Prouver l’opération réelle, régulariser la facture et contester le redressement sans perdre votre trésorerie
Le rejet de la déduction n’est pas une condamnation définitive. Le droit de la TVA distingue les conditions de forme et les conditions de fond : quand l’opération est réelle, que le fournisseur est identifié et que la taxe a été reversée, le juge admet souvent que la déduction soit conservée ou régularisée malgré une irrégularité formelle initiale, à condition de rapporter la preuve et de corriger la facture. Encore faut-il agir dans l’ordre : prouver, régulariser, puis contester selon la procédure fiscale, sans rater les délais.
A. Rapporter la preuve de l’opération réelle et obtenir la facture rectificative qui ouvre la régularisation
Le premier travail est probatoire. L’administration qui rejette une déduction affirme implicitement que la taxe ne pouvait légalement figurer sur la facture ou que la facture n’établit pas la réalité de l’opération. Pour renverser cette présomption, constituez un faisceau de preuves : bon de commande, devis accepté, contrat, bons de livraison signés, procès-verbaux de réception, relevés de la plateforme attestant du dépôt ou du rejet, échanges écrits avec le fournisseur, preuves de paiement par virement avec références de facture, comptabilisation en achats et en TVA déductible, et attestation de votre expert-comptable. Si le fournisseur a reversé la TVA, demandez-lui une attestation et une copie de sa déclaration. Si la facture a été rejetée par votre plateforme, conservez le message de rejet : il prouve que vous n’avez pas été négligent et que vous avez détecté l’anomalie.
La jurisprudence récente illustre l’exigence de rigueur sur les délais et les formes. Par arrêt du 1er octobre 2025 (pourvoi numéro 24-14.456, arrêt numéro 495 F-D, ECLI:FR:CCASS:2025:CO00495), la chambre commerciale, financière et économique de la Cour de cassation a jugé, au visa des articles 271 du code général des impôts et 208 et 242-0 A à 242-0 G de l’annexe II du même code : « Il résulte de la combinaison de ces textes que le client d’un assujetti, lorsque cet assujetti a opté pour le paiement de la TVA d’après les débits, doit déclarer la TVA déductible figurant sur les factures dans le mois de leur réception et au plus tard le 31 décembre de la deuxième année suivante. A défaut de déclaration dans ces délais, le crédit de TVA ne peut donner lieu ni à imputation ni à remboursement. » L’affaire concernait un remboursement de crédit de TVA afférent à des factures reçues entre octobre 2000 et juillet 2003 et payées en 2012, déclaré irrecevable pour cause de prescription. La leçon pour 2026 est directe : même avec une opération réelle, une déduction déclarée hors délai est perdue. Vérifiez donc immédiatement si vos factures électroniques litigieuses ont été déclarées dans le mois de leur réception et, en tout état de cause, avant le 31 décembre de la deuxième année suivante. Si le délai court encore, régularisez vos déclarations sans attendre la fin du contrôle.
Le deuxième travail est la régularisation par le fournisseur. Seule une facture rectificative émise par le fournisseur et adressée au client, transitant par la plateforme agréée, permet d’effacer le vice initial. Écrivez au fournisseur en recommandé avec accusé de réception, en visant précisément les anomalies : absence de passage par la plateforme, mention manquante, numéro de TVA erroné, taux ou montant de TVA inexact. Fixez un délai de quinze jours, rappelez que sans facture rectificative vous suspendez le paiement du solde litigieux, et annoncez que vous répercuterez les rappels et pénalités issus de son manquement. Si le fournisseur a disparu ou refuse, faites constater le refus par huissier et saisissez le tribunal judiciaire ou le tribunal de commerce d’une action en délivrance d’une facture conforme, sur le fondement de l’obligation de facturer. L’assignation elle-même constitue une preuve de diligence que l’administration et le juge examinent avec attention.
Le cas des factures impayées devenues définitivement irrécouvrables mérite une mention particulière, car il croise la facture électronique et l’affacturage. L’article 272 prévoit que la TVA perçue à l’occasion de ventes ultérieurement annulées ou résiliées, ou dont les créances sont devenues définitivement irrécouvrables, est imputée ou remboursée, mais « L’imputation ou la restitution est subordonnée à la justification, auprès de l’administration, de la rectification préalable de la facture initiale » (CGI, art. 272). Par arrêt du 22 octobre 2025 (pourvoi numéro 24-19.201, arrêt numéro 527 F-B), la chambre commerciale de la Cour de cassation a statué dans un litige où un affactureur réclamait à son adhérent la TVA restituée par l’administration après cession de factures impayées : « le liquidateur a établi un certificat d’irrécouvrabilité des créances précisant qu’en application des dispositions de l’article 272 du code général des impôts, la TVA réglée par l’adhérent au Trésor public pouvait être récupérée ». Autrement dit, la récupération de la TVA sur créance irrécouvrable suppose un certificat d’irrécouvrabilité et la rectification préalable de la facture initiale, exactement comme la régularisation d’une facture électronique erronée suppose une facture rectificative. Si vos factures électroniques litigieuses concernent un client en redressement ou en liquidation, articulez les deux procédures : rectifiez la facture, déclarez la créance au passif, puis demandez l’imputation de la TVA sur production du certificat d’irrécouvrabilité.
Pièces à réunir : dossier de preuve de l’opération réelle, courrier de demande de facture rectificative, preuve du passage par la plateforme, certificat d’irrécouvrabilité si le débiteur est en procédure collective. Délai pratique : exigez la rectificative sous quinze jours et déclarez la TVA régularisée sur la prochaine CA3 dès réception.
B. Contester le redressement devant l’administration et le juge, et sécuriser votre facturation à Paris et en Île-de-France
Quand la proposition de rectification arrive, ne la laissez pas dormir. La procédure fiscale est écrite et rythmée : vous disposez de trente jours pour répondre à la proposition de rectification, en contestant point par point chaque facture et en joignant vos preuves et vos factures rectificatives déjà obtenues. Demandez systématiquement l’interlocution avec le supérieur hiérarchique du vérificateur, puis saisissez la commission départementale des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires si le litige porte sur la réalité de l’opération. Si le désaccord persiste, l’administration émet un avis de mise en recouvrement : vous devez alors former une réclamation contentieuse auprès du service des impôts des entreprises dont vous dépendez, puis, en cas de rejet explicite ou implicite après six mois, saisir le tribunal administratif dans les deux mois de la décision de rejet. Chaque étape exige la copie de la facture rectificative électronique, la preuve de son passage par la plateforme et le détail chiffré de la TVA contestée, mois par mois, avec les CA3 rectificatives.
Devant le juge, l’argument décisif est la distinction entre le fond et la forme. Quand l’opération est réelle, que le fournisseur est un assujetti identifié, que la livraison ou la prestation est prouvée et que la TVA a été reversée au Trésor, le rejet fondé sur la seule irrégularité formelle initiale, régularisée depuis par une facture rectificative électronique conforme, devient disproportionné. À l’inverse, si la taxe ne pouvait légalement figurer sur la facture, par exemple parce que l’opération était exonérée ou que le taux appliqué était inexistant, ou si vous saviez participer à une fraude, la déduction reste perdue : l’article 272 écarte toute déduction quand l’acquéreur savait ou ne pouvait ignorer qu’il participait à une fraude consistant à ne pas reverser la taxe. Ne plaidez donc jamais la bonne foi dans un dossier où les alertes s’accumulaient : fournisseurs sans existence physique, prix anormalement bas, paiements en espèces, factures interchangeables. Dans ces dossiers, la stratégie consiste à négocier les pénalités et à engager la responsabilité du fournisseur plutôt qu’à exiger une déduction impossible.
Parallèlement au contentieux fiscal, engagez la responsabilité du fournisseur défaillant devant le juge judiciaire. L’obligation de délivrer une facture conforme pèse sur le vendeur, et l’acheteur est fondé à en exiger une. Assignez en paiement des sommes correspondant aux rappels, intérêts et amendes de 50 euros par facture que son manquement vous a fait subir, ainsi qu’en indemnisation de votre préjudice de trésorerie. La décision de la cour d’appel de Toulouse précitée offre un modèle : le juge réduit le paiement au montant de la facture conforme et renvoie l’émetteur à sa propre régularisation. Demandez au tribunal de condamner le fournisseur à émettre la facture rectificative sous astreinte, ce qui accélère considérablement les régularisations. Si le fournisseur est en procédure collective, déclarez cette créance indemnitaire au passif et informez le mandataire : la créance née du manquement à l’obligation de facturer suit le sort des créances antérieures ou postérieures selon sa date de naissance, point que votre avocat vérifiera avec le jugement d’ouverture.
À Paris et en Île-de-France, plusieurs spécificités pratiques renforcent ce plan d’action. Les sociétés franciliennes dépendent de services des impôts des entreprises fortement sollicités, où les délais de réponse aux réclamations approchent souvent le maximum légal : anticipez en déposant une réclamation complète, chiffrée et pièces jointes, plutôt qu’une lettre d’attente qui fera perdre six mois. Le tribunal administratif de Paris et la cour administrative d’appel de Paris exigent des mémoires rigoureux, avec un tableau facture par facture indiquant le vice initial, la date de la rectificative, son identifiant de plateforme et le montant de TVA concerné. Les juridictions judiciaires parisiennes, tribunal de commerce de Paris pour les litiges entre sociétés commerciales et tribunal judiciaire de Paris pour les autres, connaissent bien ces contentieux de factures : une assignation en délivrance de facture conforme sous astreinte y est instruite efficacement si votre dossier de preuve est complet. Enfin, les entreprises parisiennes travaillent souvent avec des plateformes et des prestataires informatiques : conservez les journaux de connexion, les accusés de dépôt et les messages de rejet, car ils établissent votre diligence devant le vérificateur comme devant le juge. Une société qui démontre qu’elle avait choisi une plateforme agréée, qu’elle a détecté les rejets et qu’elle a relancé ses fournisseurs par écrit obtient plus facilement la décharge des pénalités, même quand une partie du rappel en principal subsiste.
Pour sécuriser l’avenir, formalisez une procédure interne de facturation électronique : un responsable désigné pour la plateforme, un contrôle des mentions avant validation, un rapprochement mensuel entre les factures reçues sur la plateforme et les factures comptabilisées, et une revue trimestrielle des rejets. Faites auditer votre paramétrage avant la clôture de l’exercice, car une erreur systématique de taux ou de numéro de TVA se multiplie par centaines de factures et transforme une simple négligence en redressement majeur. Et conservez chaque facture électronique et chaque rectificative dans votre plateforme pendant la durée légale : en cas de contrôle, l’administration vous demandera de justifier la piste d’audit fiable, c’est-à-dire le lien entre la facture, la commande, la livraison et le paiement.
Conclusion
Depuis le 1er septembre 2026, une facture électronique non conforme n’est plus un simple incident administratif : elle expose directement votre TVA déduite. L’administration s’appuie sur une mécanique simple, dont chaque maillon doit être contesté avec méthode : l’article 289 impose une facture émise régulièrement, l’article 271 n’ouvre la déduction qu’à la taxe figurant sur une facture établie conformément à cet article 289, l’article 283 rend l’émetteur redevable de la taxe du seul fait de sa facturation, et l’article 272 interdit au destinataire de déduire la taxe facturée dans ces conditions. La cour d’appel de Toulouse l’a rappelé le 9 décembre 2025 : sans facture rectificative adressée au client, le paiement de la facture erronée ne permet pas d’obtenir le remboursement du trop-payé. Mais cette sévérité n’est pas une fatalité : quand l’opération est réelle, la régularisation par une facture rectificative électronique conforme, transmise via la plateforme, rouvre la déduction, et la Cour de cassation sanctionne les déductions tardives plutôt que les déductions prouvées et régularisées à temps. Agissez donc dans l’ordre qui protège votre trésorerie : exigez immédiatement la facture rectificative, déclarez la TVA régularisée sur la prochaine échéance, répondez à la proposition de rectification dans les trente jours avec un dossier de preuve complet, puis contestez chaque euro maintenu à tort devant l’administration et le juge. Les dirigeants qui traitent la facture électronique comme un sujet informatique perdent leurs redressements ; ceux qui la traitent comme un sujet de preuve les gagnent.
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