L’adoption du règlement européen sur les nouvelles techniques génomiques en deux mille vingt-six marque un tournant historique pour le droit de la propriété intellectuelle appliqué au secteur agricole et biotechnologique. Depuis plus de deux décennies, les organismes obtenus par mutagenèse étaient régis par le cadre rigide de la directive 2001/18/CE relative à la dissémination volontaire d’organismes génétiquement modifiés. Cette assimilation systématique, réaffirmée par la Cour de justice de l’Union européenne dans son arrêt Confédération paysanne du 25 juillet 2018 (affaire C-528/16, accessible sur la plateforme officielle de la juridiction européenne via le lien curia.europa.eu), soumettait toute plante issue de l’édition génomique ciblée à des exigences draconiennes d’évaluation des risques, de traçabilité et d’autorisation préalable de mise sur le marché. L’avènement des nouveaux outils de sélection moléculaire, au premier rang desquels figure le système CRISPR-Cas9 permettant une mutagenèse dirigée ou une cisgenèse d’une précision chirurgicale, a profondément bouleversé ce modèle réglementaire en rendant caduque la frontière technique entre sélection traditionnelle et manipulation transgénique.
Face aux impératifs d’adaptation climatique et de souveraineté alimentaire, les institutions de l’Union européenne ont donc forgé un nouveau compromis législatif visant à alléger considérablement les contraintes administratives pesant sur les végétaux dont les modifications génomiques auraient pu survenir naturellement ou être obtenues par des méthodes conventionnelles de sélection. Cependant, cette ouverture réglementaire a immédiatement soulevé une problématique juridique d’une complexité sans précédent : celle de l’articulation entre le droit des brevets d’invention et le régime du certificat d’obtention végétale. Alors que le Parlement européen plaidait résolument en février deux mille vingt-quatre pour l’exclusion totale de la brevetabilité des plantes issues de ces technologies afin de prévenir toute appropriation monopolistique du vivant, le texte définitif du règlement n’a pas retenu cette interdiction générale, laissant subsister l’application intégrale du droit commun des brevets biotechnologiques.
Cette décision législative crée une situation paradoxale pour l’ensemble des acteurs de la filière semencière. D’un côté, la mise sur le marché des semences éditées est facilitée par un statut allégé qui supprime les barrières historiques propres aux organismes génétiquement modifiés. De l’autre côté, l’exploitation commerciale de ces mêmes semences se heurte à un maillage dense de droits exclusifs de propriété industrielle, détenus par des entreprises de biotechnologie et des multinationales semencières. L’obtenteur traditionnel, habitué à la liberté d’accès aux ressources génétiques garantie par le système du certificat d’obtention végétale, se trouve désormais exposé au risque permanent de contrefaçon de brevet lorsqu’il introduit dans ses programmes de sélection des variétés comportant des séquences ou des caractères brevetés.
L’étude de cette conciliation délicate exige d’analyser en premier lieu le maintien de la brevetabilité biotechnologique à l’épreuve du nouveau statut des plantes issues des nouvelles techniques génomiques, avant d’examiner en second lieu l’articulation conflictuelle entre les prérogatives conférées par le brevet et les exceptions propres au certificat d’obtention végétale dans le contentieux de la filière agricole.
I. Le maintien de la brevetabilité biotechnologique face au statut assoupli des nouvelles techniques génomiques
A. La classification dichotomique des végétaux NTG et le rejet de l’exclusion générale de brevetabilité
Le règlement européen établit une distinction fondamentale entre deux catégories distinctes de végétaux issus de nouvelles techniques génomiques, conditionnant l’intensité du contrôle public avant toute dissémination dans l’environnement ou commercialisation. Les végétaux relevant de la catégorie un correspondent aux plantes obtenues par mutagenèse ciblée ou cisgenèse qui satisfont à des critères stricts d’équivalence avec les plantes issues de la sélection conventionnelle. Pour ces végétaux dits NTG un, le législateur européen a levé la majeure partie des contraintes administratives propres au régime des organismes génétiquement modifiés : disparition de l’obligation d’évaluation préalable des risques environnementaux auprès de l’Autorité européenne de sécurité des aliments, dispense de procédure d’autorisation lourde et suppression des obligations de traçabilité tout au long de la chaîne agroalimentaire, sous réserve du maintien d’un étiquetage informatif des semences destinées aux professionnels. En revanche, les végétaux de catégorie deux, qui intègrent des modifications plus substantielles ou complexes excédant le seuil d’équivalence naturelle, demeurent soumis aux exigences rigoureuses du cadre classique de la directive 2001/18/CE.
Lors des débats parlementaires préalables à l’adoption du texte, la question des titres de propriété industrielle a cristallisé les tensions les plus aiguës. Par un vote marquant intervenu le sept février deux mille vingt-quatre, documenté par la résolution du Parlement européen du 7 février 2024, les députés européens avaient expressément exigé une interdiction totale et absolue de délivrance de brevets pour l’ensemble des végétaux obtenus par de nouvelles techniques génomiques, ainsi que pour les matériels végétaux, parties de plantes, informations génétiques et caractéristiques de procédés qui y sont incorporés. Les représentants parlementaires redoutaient en effet qu’en l’absence d’un tel verrou prohibitif, une poignée d’opérateurs technologiques majeurs ne verrouille l’accès aux caractères agronomiques d’intérêt majeur, tels que la tolérance au stress hydrique, la résistance aux agents pathogènes ou l’efficience azotée, privant ainsi les petites et moyennes entreprises semencières de leur liberté d’innover et assujettissant les agriculteurs à des redevances excessives.
Néanmoins, cette position prohibitionniste a été écartée lors des négociations finales entre le Parlement européen, le Conseil de l’Union européenne et la Commission européenne. Le compromis arrêté en deux mille vingt-six a acté le refus d’instaurer une dérogation sectorielle au droit des brevets au sein du règlement matériel sur les semences, maintenant ainsi le cadre juridique préexistant. Les instances européennes ont estimé qu’une modification des règles fondamentales de la brevetabilité ne pouvait s’opérer de manière incidente par le biais d’un règlement technique d’autorisation environnementale, mais relevait exclusivement du champ d’application de la directive 98/44/CE relative à la protection juridique des inventions biotechnologiques, ainsi que de la Convention sur le brevet européen administrée par l’Office européen des brevets à Munich.
Comme l’a souligné l’analyse doctrinale du cabinet Dreyfus du 23 septembre 2026, cette dissociation entre le droit de mise sur le marché et le droit de propriété industrielle constitue la source principale de confusion pour les opérateurs économiques. L’attribution du statut de végétal NTG un confère uniquement à son détenteur une autorisation réglementaire de commercialisation, attestant que la plante ne présente pas de risque sanitaire ou environnemental distinct de celui d’une variété conventionnelle. En aucun cas cette qualification administrative ne constitue un certificat de non-brevetabilité ni une garantie de liberté d’exploitation au regard des tiers. Une plante classée en catégorie un peut parfaitement incorporer une séquence d’acide désoxyribonucléique ou un caractère technique couvert par un brevet en vigueur, exposant quiconque la multiplie ou la commercialise à une action immédiate en contrefaçon.
Cette séparation imperméable entre l’admissibilité réglementaire et la titularité des droits privatifs plonge la filière agricole dans une insécurité juridique tangible. Les semenciers qui espéraient bénéficier d’une liberté d’action comparable à celle prévalant pour les plantes traditionnelles se heurtent à la réalité de la propriété industrielle : la simplification des règles de mise sur le marché n’entraîne nullement l’extinction des monopoles conférés par les brevets délivrés sur les procédés d’édition ou sur les séquences génomiques modifiées.
B. Les critères de brevetabilité de l’invention biotechnologique et la frontière de la variété végétale
Pour comprendre l’étendue des monopoles industriels susceptibles de s’exercer sur les végétaux issus des nouvelles techniques génomiques, il convient d’examiner les conditions légales de brevetabilité fixées tant par le droit de l’Union que par la législation française. En vertu de l’article L. 611-10 du Code de la propriété intellectuelle, sont brevetables les inventions nouvelles impliquant une activité inventive et susceptibles d’application industrielle, y compris lorsqu’elles portent sur une matière biologique isolée de son environnement naturel ou produite à l’aide d’un procédé technique. Dès lors qu’une modification génomique est obtenue au moyen d’un outil d’ingénierie moléculaire tel que l’adjonction d’une nucléase dirigée, le résultat ne saurait être assimilé à une simple découverte naturelle et peut revendiquer le statut d’invention technique.
La frontière de cette brevetabilité est toutefois circonscrite par les exclusions impératives énoncées à l’article L. 611-19 du Code de la propriété intellectuelle. Ce texte prohibe rigoureusement la délivrance de brevets sur deux objets distincts : d’une part, les variétés végétales en tant que telles, définies par renvoi à l’article cinq du règlement communautaire numéro 2100/94, et d’autre part, les procédés essentiellement biologiques pour l’obtention des végétaux, c’est-à-dire ceux qui font exclusivement appel à des phénomènes naturels comme le croisement ou la sélection, ainsi que les produits exclusivement obtenus par de tels procédés. Cette exclusion vise à empêcher qu’un sélectionneur ne privatise une entité végétale prise dans sa globalité par le biais d’un titre de brevet, le législateur ayant réservé la protection de la variété au régime spécifique du certificat d’obtention végétale.
Néanmoins, le paragraphe deux de ce même article L. 611-19 introduit une exception déterminante : nonobstant l’exclusion des variétés végétales, les inventions portant sur des végétaux sont brevetables si la faisabilité technique de l’invention n’est pas limitée à une variété végétale déterminée. C’est précisément dans cette brèche juridique que s’engouffrent les demandes de brevets relatives aux nouvelles techniques génomiques. Lorsqu’un inventeur met au point une modification génétique conférant une résistance accrue à la sécheresse ou inactivant un gène de sensibilité à un champignon pathogène, la portée technique de cette invention transcende une variété particulière de maïs, de blé ou de colza. Dès lors que la modification est transposable à une pluralité de variétés au sein d’une même espèce, voire à des espèces distinctes, l’exclusion relative à la variété végétale s’efface au profit de la brevetabilité pleine et entière du caractère génétique et des végétaux qui l’expriment.
Cette dualité a été éclairée par la jurisprudence européenne relative aux frontières de la matière biologique. Dans son arrêt Confédération paysanne du 7 février 2023 (affaire C-688/21, consultable sur le portail curia.europa.eu), la Cour de justice a précisé les critères distinguant la mutagenèse aléatoire conventionnelle de la mutagenèse ciblée in vitro, soulignant la dimension éminemment technique et contrôlée des nouvelles approches moléculaires. Sur le plan de la portée des droits, la Cour de justice avait déjà posé un jalon fondamental dans son arrêt Monsanto Technology du 6 juillet 2010 (affaire C-428/08, accessible via curia.europa.eu), en jugeant que la protection conférée par l’article neuf de la directive 98/44/CE à un brevet couvrant une séquence d’acide désoxyribonucléique ne s’applique que si cette séquence fait partie intégrante d’un produit et exerce effectivement la fonction biologique pour laquelle elle a été brevetée.
En droit interne, les dispositions de l’article L. 613-2-2 du Code de la propriété intellectuelle prévoient que la protection conférée par un brevet relatif à une matière biologique dotée de propriétés déterminées par l’effet de l’invention s’étend à toute matière biologique obtenue à partir de cette matière biologique par reproduction ou multiplication sous forme identique ou divergente et dotée de ces mêmes propriétés. De surcroît, selon l’article L. 613-2-3 du Code de la propriété intellectuelle, la protection d’un produit contenant une information génétique ou consistant en une telle information s’étend à toute matière dans laquelle ce produit est incorporé et dans laquelle l’information génétique est contenue et exerce sa fonction. Dès lors, le titulaire d’un brevet couvrant une séquence éditée par un outil NTG peut faire valoir son droit exclusif non seulement sur le procédé moléculaire employé, mais également sur l’ensemble des plantes, graines, cellules et tissus végétaux dans lesquels le caractère édité est présent et opérationnel.
Cette interprétation rigoureuse de la portée des revendications techniques a été confirmée par la jurisprudence commerciale de la Cour de cassation. Ainsi, dans son arrêt du 19 décembre 2000 (Chambre commerciale, pourvoi numéro 98-10.968, disponible sur courdecassation.fr), la juridiction suprême a rappelé, au sujet d’inventions biotechnologiques complexes portant sur l’expression de protéines par des cellules modifiées, que « l’objet même de l’invention visée par cette revendication consiste en ce que le produit, qui y est défini, permet d’exprimer une hormone de croissance humaine \ » pure \ » sans conjugaison avec une autre protéine ». Ce raisonnement prétorien consacre l’idée que la protection du brevet s’attache à la fonctionnalité technique précise revendiquée dans la matière vivante, conférant au breveté un droit de regard direct sur les organismes dans lesquels cette fonction est répliquée.
II. L’articulation conflictuelle entre droits de brevet et certificats d’obtention végétale dans la filière semencière
A. L’asymétrie protectrice entre le brevet exclusif et l’exception légale en faveur de l’obtenteur
La coexistence au sein d’une même plante d’une pluralité de titres de propriété intellectuelle engendre une asymétrie juridique redoutable pour la filière semencière. Le système du certificat d’obtention végétale, institué en droit français par l’article L. 623-1 du Code de la propriété intellectuelle et au niveau européen par le règlement communautaire numéro 2100/94, repose sur une philosophie fondamentalement ouverte. L’obtenteur qui crée une variété nouvelle, distincte, homogène et stable obtient un droit exclusif sur celle-ci, mais ce monopole est tempéré par l’exception du sélectionneur. En vertu de cette règle d’ordre public semencier, tout tiers peut librement utiliser une variété protégée par un certificat d’obtention végétale pour créer de nouvelles variétés, sans solliciter d’autorisation préalable ni verser la moindre rémunération au titulaire initial, et commercialiser ensuite librement ces nouvelles créations dès lors qu’elles ne sont pas essentiellement dérivées.
Le droit des brevets obéit à une logique radicalement opposée. Le brevet d’invention accorde à son titulaire un monopole d’interdiction opposable erga omnes, interdisant à quiconque de fabriquer, d’utiliser, de commercialiser ou d’importer le produit breveté sans licence contractuelle préalable. Afin d’éviter une paralysie complète de la recherche agronomique, le législateur français a certes introduit à l’article L. 613-5-3 du Code de la propriété intellectuelle une exception spécifique en faveur de l’obtenteur, disposant que les droits conférés par le brevet ne s’étendent pas aux actes accomplis en vue de créer ou de découvrir et développer d’autres variétés végétales. Cependant, cette exception demeure strictement circonscrite au stade expérimental et de la recherche variétale.
L’écueil majeur réside dans la phase de commercialisation ultérieure de la variété nouvelle. Si la variété nouvellement créée contient encore le caractère breveté ou la séquence génétique modifiée issue du végétal parental, son exploitation économique requiert impérativement le consentement du titulaire du brevet. L’obtenteur qui a valablement bénéficié de l’exception de sélection pour concevoir sa variété se trouve donc juridiquement bloqué au moment de la vente des semences : il ne peut commercialiser sa propre variété végétale, pourtant protégée par son propre certificat d’obtention végétale, sans négocier une licence d’exploitation auprès du breveté tiers. Ce phénomène de dépendance technologique crée un risque d’éviction pour les sélectionneurs traditionnels qui, ignorant la présence d’une séquence brevetée dans un parent utilisé pour un croisement, découvrent tardivement qu’ils sont tributaires du bon vouloir d’un tiers.
Cette tension est illustrée par la jurisprudence relative à la défense des titres et à la preuve de la titularité dans les contentieux de contrefaçon de propriété industrielle. Par un arrêt marquant du 24 juin 2026 (Chambre commerciale, pourvoi numéro 24-14.680, publié sur courdecassation.fr), la Cour de cassation a réaffirmé avec fermeté l’autonomie et la puissance du titre de brevet face aux contestations de propriété, soulignant que « La circonstance que le demandeur sait ne pas avoir droit au titre de propriété industrielle au moment où il dépose la demande de brevet n’affectant ni la brevetabilité de l’invention ni la validité du brevet qui la protège, le demandeur a, jusqu’au succès de l’action en revendication éventuellement dirigée contre lui, qualité et intérêt à agir en contrefaçon à l’égard de tout tiers » (Cass. com., 24 juin 2026, n° 24-14.680). La haute juridiction a rappelé que le déposant inscrit conserve la qualité et l’intérêt pour agir en contrefaçon contre tout tiers tant qu’une action en revendication n’a pas triomphé. Cette solution prétorienne consolide considérablement la position du titulaire du brevet, renforçant l’efficacité de ses poursuites judiciaires à l’encontre des exploitants de matériel végétal incorporant l’invention.
Parallèlement, la rigueur probatoire imposée dans le contentieux du certificat d’obtention végétale a été mise en lumière par la Cour d’appel de Paris dans un arrêt du 21 janvier 2026 (Pôle 5, Chambre 1, numéro 24/09551, accessible sur courdecassation.fr). Les magistrats parisiens y ont jugé que « la vente de plants dont la variété n’est pas protégée ne constitue une contrefaçon de certifications d’obtention végétale que dans les cas où la preuve d’une acquisition régulière n’est pas rapportée » (CA Paris, Pôle 5 – Chambre 1, 21 janvier 2026, n° 24/09551). Cette décision met en exergue l’impératif pour chaque maillon de la filière de tracer rigoureusement l’origine juridique et contractuelle des matériels biologiques manipulés, sous peine de voir engager sa responsabilité civile.
B. Les mécanismes de transparence déclarative et les risques contentieux de contrefaçon pour les sélectionneurs
Conscient des périls que l’enchevêtrement des droits exclusifs fait peser sur la diversité variétale, le législateur européen a inséré dans le règlement de deux mille vingt-six un dispositif de transparence déclarative. Aux termes des articles six, sept et neuf du règlement, toute personne physique ou morale sollicitant la reconnaissance du statut de végétal NTG de catégorie un est tenue de déclarer, lors du dépôt de sa notification auprès de l’autorité compétente, la liste des brevets d’invention dont elle a connaissance concernant le matériel génétique utilisé ou les modifications techniques apportées. Ces informations sont ensuite publiées dans un registre centralisé accessible au public sur le portail de la Commission européenne.
Si ce mécanisme constitue une avancée certaine en matière de publicité des titres, sa portée juridique demeure strictement informative et ne saurait être assimilée à une garantie de sécurité juridique pour les tiers. En premier lieu, la déclaration ne lie nullement l’Office européen des brevets ni les juridictions nationales saisies d’une action en validité ou en contrefaçon. En deuxième lieu, l’obligation ne pèse que sur les brevets dont le déclarant a une connaissance effective au moment de la demande, excluant les demandes de brevets publiées postérieurement ou celles détenues par des tiers non identifiés. En troisième lieu, la présence d’une mention dans ce registre public n’emporte aucune présomption de liberté d’exploitation et ne saurait dispenser les sélectionneurs d’entreprendre des études approfondies d’antériorités et de liberté d’exploitation préalablement à toute dissémination.
Le risque contentieux le plus insidieux pour la profession semencière réside dans la contrefaçon dite involontaire ou silencieuse. En vertu de l’article L. 623-25 du Code de la propriété intellectuelle, toute atteinte portée aux droits du titulaire d’un certificat d’obtention végétale constitue une contrefaçon qui engage la responsabilité civile de son auteur, la bonne foi étant inopérante pour exonérer le contrefacteur de l’obligation de réparer le dommage causé. De manière symétrique, l’action en contrefaçon de brevet prévue aux articles L. 615-1 et suivants du même code n’exige pas la démonstration d’une faute intentionnelle pour ordonner la cessation des actes d’exploitation et la saisie des matériels litigieux. Dès lors, un obtenteur qui croise ses variétés avec une variété commerciale NTG un non expressément signalée comme brevetée peut disséminer sans le savoir une séquence brevetée au sein de son catalogue, s’exposant à des demandes indemnitaires massives, à des mesures de destruction de récoltes ou à des interdictions de vente prononcées par le tribunal judiciaire de Paris.
Face à ces risques contentieux majeurs, la filière semencière doit impérativement adapter ses pratiques contractuelles et ses protocoles de conformité industrielle. La sécurisation des transferts de semences et de ressources génétiques impose la négociation d’accords de transfert de matériel rigoureux, incluant des clauses de garantie d’éviction et des déclarations expresses relatives à l’absence de brevets non divulgués. L’intervention d’un conseil aguerri en contentieux commercial permet d’anticiper les litiges complexes opposant titulaires de brevets et détenteurs de certificats d’obtention végétale, notamment lors de saisies-contrefaçons portant sur des semences en cours de germination.
De même, la formalisation de licences croisées et de contrats de consortium technologique requiert une expertise pointue en matière de rédaction de contrats commerciaux, afin de définir avec précision le périmètre des autorisations d’usage de séquences éditées et les modalités de calcul des redevances proportionnelles. La pratique reconnue du cabinet d’avocats Kohen Avocats dans la défense des droits de propriété intellectuelle et des actifs incorporels des entreprises agricoles offre une assistance stratégique essentielle, relayée par les analyses juridiques régulières publiées sur son site officiel.
Conclusion
Le règlement européen de deux mille vingt-six sur les nouvelles techniques génomiques a réussi le pari de l’ouverture agronomique tout en laissant en suspens le défi le plus redoutable de la propriété intellectuelle moderne. En allégeant les obligations administratives pour les végétaux de catégorie un sans exclure la brevetabilité biotechnologique, le législateur de l’Union a créé un marché semencier où la liberté réglementaire de mise en circulation cohabite avec la contrainte rigoureuse des brevets d’invention. Loin d’apaiser les tensions entre le modèle ouvert du certificat d’obtention végétale et le modèle exclusif du brevet, cette réforme accentue la polarisation économique au profit des détenteurs de portefeuilles technologiques majeurs.
Dans cet environnement juridique mouvant, la survie et la compétitivité des sélectionneurs indépendants et des exploitations semencières dépendront de leur capacité à maîtriser le paysage des brevets appliqués au vivant. La réalisation systématique d’audits de liberté d’exploitation, l’audit approfondi de la chaîne des droits des géniteurs utilisés dans les programmes de croisement et la négociation d’accords contractuels protecteurs constituent désormais des impératifs absolus de gouvernance d’entreprise. Alors que la Commission européenne doit remettre un rapport d’évaluation stratégique à l’horizon deux mille vingt-huit sur l’impact des brevets sur la filière végétale, le respect scrupuleux des critères d’admissibilité fixés par les juridictions nationales et européennes demeure le seul rempart efficace contre l’asphyxie contentieuse de l’innovation agricole.