Votre demande d’autorisation d’exploiter vient d’être rejetée par le préfet de région, ou l’administration vous a mis en demeure de régulariser des terres que vous mettez déjà en valeur. L’enjeu est immédiat : sans cette autorisation, vous ne pouvez pas exploiter les parcelles visées, votre projet d’installation ou d’agrandissement est bloqué, et le bail rural qui porte sur ces terres peut être annulé par le tribunal paritaire des baux ruraux. Pourtant, un refus n’est jamais le dernier mot. Le code rural organise la contestation de la décision devant le juge administratif, et la jurisprudence récente précise comment protéger le bail pendant le contentieux, qui doit déposer la demande et à quelle date s’apprécient les conditions de la reprise.
Cet article répond aux questions concrètes que se posent l’exploitant évincé, le candidat à l’installation et le bailleur pris entre deux feux : pour quels motifs le préfet peut-il refuser, comment attaquer le refus dans les délais, que risque-t-on si l’on exploite malgré tout, et comment sécuriser un congé pour reprise quand le bénéficiaire doit lui-même obtenir le feu vert administratif. Les règles exposées s’appuient sur les textes en vigueur au 23 septembre 2026, sur deux arrêts publiés au Bulletin de la troisième chambre civile de la Cour de cassation rendus le 26 octobre 2023 et le 7 mai 2025, et sur un arrêt de la cour administrative d’appel de Douai du 31 juillet 2025 qui illustre le contentieux entre candidats concurrents. Pour replacer ces solutions dans l’ensemble du droit des baux ruraux, on pourra aussi consulter le panorama des arrêts 2026 sur le statut du fermage et les droits de préemption.
I. Comprendre le refus d’autorisation d’exploiter et le contester utilement
A. Quand le préfet peut-il refuser l’autorisation
Le contrôle des structures s’applique à la mise en valeur des terres agricoles, quelle que soit la forme juridique de l’exploitation. L’article L. 331-2 du code rural dispose ainsi que « Sont soumises à autorisation préalable les opérations suivantes : 1° Les installations, les agrandissements ou les réunions d’exploitations agricoles au bénéfice d’une exploitation agricole mise en valeur par une ou plusieurs personnes physiques ou morales, lorsque la surface totale qu’il est envisagé de mettre en valeur excède le seuil fixé par le schéma directeur régional des exploitations agricoles. » (article L. 331-2). D’autres opérations restent soumises à autorisation quelle que soit la surface : la suppression d’une exploitation au-delà du seuil, la privation d’un bâtiment essentiel, l’installation d’un exploitant sans capacité professionnelle ou sans associé exploitant, la situation du pluriactif aux revenus extra-agricoles élevés, ou encore les créations d’ateliers hors sol au-delà du seuil fixé par le schéma. Avant tout projet, la première vérification porte donc sur le schéma directeur régional des exploitations agricoles applicable : c’est lui qui fixe les seuils de surface, les rangs de priorité entre candidats et les coefficients d’équivalence entre cultures.
La procédure commence par un dossier établi sur le modèle fixé par le ministre de l’agriculture. Lorsque la demande porte sur des biens qui ne lui appartiennent pas, le candidat doit justifier avoir informé le propriétaire par écrit de sa candidature. Le dossier part en recommandé avec accusé de réception au préfet de la région où se trouve le fonds, ou se dépose auprès du service instructeur. Après vérification des pièces, ce service enregistre le dossier, délivre un accusé de réception et fait procéder à la publicité de la demande : localisation des biens, superficie, identité des propriétaires et du demandeur (article R. 331-4). Cette publicité n’est pas une formalité décorative : elle permet aux candidats concurrents de se manifester et de déposer leur propre demande, et son absence vicie la procédure, comme l’a plaidé un concurrent évincé devant la cour administrative d’appel de Douai en invoquant le défaut de publication de l’accusé de réception (CAA Douai, 31 juillet 2025, n° 24DA01121).
L’administration vérifie ensuite si l’opération peut être autorisée au regard des motifs légaux de refus. L’article L. 331-3 prévoit qu’elle « Elle vérifie, compte tenu des motifs de refus prévus à l’article L. 331-3-1 , si les conditions de l’opération permettent de délivrer l’autorisation mentionnée à l’article L. 331-2 et se prononce sur la demande d’autorisation par une décision motivée » (article L. 331-3). Les motifs de refus figurent à l’article L. 331-3-1 : « L’autorisation mentionnée à l’article L. 331-2 peut être refusée : 1° Lorsqu’il existe un candidat à la reprise ou un preneur en place répondant à un rang de priorité supérieur au regard du schéma directeur régional des structures agricoles » (article L. 331-3-1). S’y ajoutent la mise en danger de la viabilité de l’exploitation du preneur en place, l’agrandissement ou la concentration excessifs au regard des critères du schéma, et, en cas de mise à disposition à une société, la réduction du nombre d’emplois sur les exploitations concernées. Lorsque l’opération conduit à un agrandissement excessif, le préfet peut même suspendre l’instruction pendant huit mois pour laisser d’éventuels concurrents se présenter ; si un autre candidat dépose une demande dans ce délai, le refus peut suivre, et à défaut l’administration statue au regard du même critère d’excessivité.
Le préfet de région dispose de quatre mois à compter de l’enregistrement du dossier complet pour statuer, délai qu’il peut porter à six mois par décision motivée, notamment en cas de candidatures multiples soumises à l’avis de la commission départementale d’orientation de l’agriculture. « La décision d’autorisation ou de refus d’autorisation d’exploiter prise par le préfet de région doit être motivée au regard du schéma directeur régional des exploitations agricoles et des motifs de refus énumérés » (article R. 331-6). La décision se notifie aux demandeurs, aux propriétaires et aux preneurs en place, s’affiche en mairie et se publie au recueil des actes administratifs. Surtout, le silence gardé pendant quatre mois, ou six en cas de prorogation, vaut autorisation tacite : « A défaut de notification d’une décision dans le délai de quatre mois à compter de la date d’enregistrement du dossier ou, en cas de prorogation de ce délai, dans les six mois à compter de cette date, l’autorisation est réputée accordée. » Concrètement, un candidat sans réponse doit faire constater cette autorisation tacite, conserver l’accusé de réception et veiller à son affichage et à sa publication, car c’est sur ces mesures que courent les délais de recours des tiers.
B. Attaquer le refus dans les délais et avec les bons moyens
Dès la notification du refus, le calendrier devient l’obsession du dossier. Le recours pour excès de pouvoir devant le tribunal administratif se forme dans les deux mois de la notification ou de la publication de la décision : « La juridiction ne peut être saisie que par voie de recours formé contre une décision, et ce, dans les deux mois à partir de la notification ou de la publication de la décision attaquée. » (article R. 421-1 du code de justice administrative). Pour une autorisation tacite, le délai des tiers court à compter de l’affichage en mairie et de la publication au recueil des actes administratifs de la copie de l’accusé de réception, ce qui explique l’importance de vérifier ces mesures de publicité avant de conclure qu’un recours concurrent est tardif. En parallèle du recours contentieux, un recours gracieux devant le préfet ou hiérarchique devant le ministre de l’agriculture reste possible ; déposé dans le délai de deux mois, il proroge le délai du recours contentieux jusqu’à la réponse de l’administration, et il présente un avantage propre puisque le ministre peut non seulement annuler la décision préfectorale mais aussi accorder lui-même l’autorisation, là où le juge administratif se borne à annuler et à renvoyer l’affaire à l’administration, éventuellement sous injonction de réexaminer. Associer le propriétaire à la démarche renforce le dossier, car son intérêt à voir ses terres mises en valeur par le candidat de son choix donne du poids à la contestation.
Sur le fond, les moyens se construisent à partir du dossier d’instruction et du schéma directeur régional. Le vice de procédure couvre l’absence ou l’irrégularité de la publicité de la demande, le défaut de consultation de la commission départementale d’orientation de l’agriculture quand elle était requise, ou une notification incomplète des voies et délais de recours. Le défaut de motivation vise les décisions stéréotypées qui se bornent à citer le rang de priorité sans expliquer en quoi le concurrent est réellement prioritaire au regard des critères du schéma. L’erreur de fait et l’erreur d’appréciation portent sur le coeur du litige : surfaces retenues, rang de priorité attribué à chacun, viabilité prétendument compromise de l’exploitation en place, caractère excessif de l’agrandissement. L’arrêt de la cour administrative d’appel de Douai du 31 juillet 2025 montre le mode d’emploi de ce contentieux : le requérant, évincé au profit d’une autorisation tacite accordée à une concurrente pour seize hectares dans l’Eure, soutenait d’une part que l’accusé de réception n’avait pas été publié régulièrement, de sorte qu’aucun délai ne lui était opposable, et d’autre part que la décision méconnaissait les deux premiers motifs de refus de l’article L. 331-3-1, puisqu’il relevait d’un rang de priorité supérieur et que le projet concurrent compromettait la viabilité de sa propre exploitation (CAA Douai, 31 juillet 2025, n° 24DA01121). C’est exactement la démonstration à produire dans chaque dossier : tableau comparatif des rangs, chiffres de surfaces et d’emplois, incidence concrète sur l’exploitation en place.
Le recours contentieux n’étant pas suspensif, le candidat qui a besoin des terres rapidement doit envisager le référé-suspension : il lui faut démontrer l’urgence, par exemple une campagne culturale qui s’ouvre ou un financement conditionné à l’autorisation, et un doute sérieux sur la légalité du refus. Lorsque le juge des référés suspend l’exécution du refus, le contentieux au fond suit son cours devant le tribunal, puis éventuellement devant la cour administrative d’appel. Si le tribunal annule le refus, le préfet doit réexaminer la demande, cette fois en tenant compte de l’autorité de la chose jugée ; une nouvelle demande concurrente déposée entre-temps complique la donne, d’où l’intérêt de redéposer sans attendre dès que la situation le permet et de maintenir la pression procédurale sur tous les fronts. Symétriquement, le candidat autorisé dont un concurrent attaque l’autorisation doit intervenir à l’instance pour défendre son rang et la régularité de la procédure, car l’annulation de son autorisation le renvoie à la case départ pendant que les terres restent en jeu.
II. Préserver le bail rural pendant et après le refus
A. Exploiter sans autorisation expose le bail à la nullité
Beaucoup d’exploitants découvrent le contrôle des structures après avoir pris les terres, par un bail signé, une entrée dans une société ou un simple accord verbal avec le propriétaire. L’administration, lorsqu’elle constate une exploitation irrégulière, « met l’intéressé en demeure de régulariser sa situation dans un délai qu’elle détermine et qui ne saurait être inférieur à un mois » (article L. 331-7). Cette mise en demeure ordonne soit de déposer une demande d’autorisation, soit, si un refus est déjà intervenu, de cesser l’exploitation des parcelles. Faute de demande dans le délai, une seconde mise en demeure de cesser d’exploiter suit, après mise à même de présenter des observations. Si l’exploitation irrégulière se poursuit, le préfet peut infliger « à l’encontre de l’intéressé une sanction pécuniaire d’un montant compris entre 304,90 et 914,70 euros par hectare », calculée sur la surface de polyculture-élevage en cause ou son équivalent, et reconductible chaque année tant que l’irrégularité dure. La mise en demeure n’est donc pas un courrier à classer : elle déclenche un compte à rebours dont dépend la survie du bail.
Car le texte attache à l’irrégularité une sanction civile redoutable. « Si le preneur est tenu d’obtenir une autorisation d’exploiter en application de l’article L. 331-2 , la validité du bail ou de sa cession est subordonnée à l’octroi de cette autorisation. » (article L. 331-6). Et « Le refus définitif de l’autorisation ou le fait de ne pas avoir présenté la demande d’autorisation exigée en application de l’article L. 331-2 dans le délai imparti par l’autorité administrative en application du premier alinéa de l’article L. 331-7 emporte la nullité du bail que le préfet du département dans lequel se trouve le bien objet du bail, le bailleur ou la société d’aménagement foncier et d’établissement rural, lorsqu’elle exerce son droit de préemption, peut faire prononcer par le tribunal paritaire des baux ruraux. » Trois demandeurs seulement ont qualité pour agir, et seul le tribunal paritaire peut prononcer la nullité : le bailleur ne peut pas se faire justice lui-même en expulsant le preneur. En pratique, l’action vient souvent du bailleur qui veut reprendre ses terres ou les louer à un autre, parfois du préfet, parfois de la SAFER préemptrice qui veut purger un bail irrégulier.
La Cour de cassation a verrouillé le régime de cette action dans un arrêt publié au Bulletin du 26 octobre 2023. Elle juge que « l’exercice de l’action en nullité du bail rural, ouverte par l’article L. 331-6 du code rural et de la pêche maritime, suppose, dans tous les cas, que le locataire contrevenant au contrôle des structures ait été mis en demeure et que le délai imparti soit expiré » (Cass. 3e civ., 26 octobre 2023, n° 21-24.231). Autrement dit, sans mise en demeure préalable restée sans effet, la demande en nullité est irrecevable, même si l’irrégularité est flagrante. Le même arrêt fixe le point de départ de la prescription quinquennale : « l’action en nullité d’un bail formée sur le fondement de l’article L. 331-6 précité se prescrit par cinq ans à compter du jour où le titulaire de l’action a connu ou aurait dû connaître qu’était expiré le délai imparti au locataire, dans la mise en demeure prévue par l’article L. 331-7 précité, pour régulariser sa situation. » Le bailleur qui attend des années avant d’agir doit donc dater précisément sa connaissance de l’expiration du délai ; à l’inverse, le preneur assigné vérifie si cinq ans se sont écoulés depuis cette connaissance, auquel cas l’action est prescrite.
Le même arrêt tranche une question qui piège beaucoup de sociétés agricoles : qui doit déposer la demande quand un nouvel associé entre au capital. Un exploitant déjà à la tête de plus de 350 hectares était devenu associé exploitant d’une société d’exploitation détenant un bail de trente hectares, sans qu’aucune demande ne soit déposée, et le bailleur poursuivait la nullité du bail. La Cour de cassation casse la décision qui avait retenu la société comme débitrice de l’obligation : « la demande d’autorisation doit être présentée par le nouvel associé, qui procède ainsi à un agrandissement de son exploitation, et non par la société. » (Cass. 3e civ., 26 octobre 2023, n° 21-24.231). Dès lors, une mise en demeure adressée à la seule société, ou une action en nullité construite sur l’idée que la société aurait dû demander l’autorisation, repose sur une erreur de débiteur. En pratique, l’associé qui participe effectivement et en permanence aux travaux et qui, par son entrée, accroît la superficie totale qu’il met en valeur au-delà du seuil du schéma, doit déposer personnellement la demande ; la société n’est pas le bon guichet. Cette solution, adossée à la jurisprudence du Conseil d’État sur le rachat de parts sociales, commande de vérifier dans chaque dossier d’agrandissement par voie sociétaire qui exploite réellement et qui doit signer le formulaire.
B. Congé pour reprise et autorisation du repreneur : la date qui décide de tout
Le bailleur qui veut reprendre ses terres pour lui-même, son conjoint, son partenaire de pacte civil ou un descendant doit aussi composer avec le contrôle des structures, côté repreneur cette fois. Si la reprise est subordonnée à une autorisation, « le tribunal paritaire peut, à la demande d’une des parties ou d’office, surseoir à statuer dans l’attente de l’obtention d’une autorisation définitive » (article L. 411-58). Le sursis est même de droit quand l’autorisation a été suspendue en référé. « Lorsque le sursis à statuer a été ordonné, le bail en cours est prorogé de plein droit jusqu’à la fin de l’année culturale pendant laquelle l’autorisation devient définitive », avec une année de plus si la décision tombe dans les deux derniers mois de l’année culturale. Lorsque les terres reprises doivent être exploitées dans le cadre d’une société et que l’opération est soumise à autorisation, c’est la société elle-même qui doit l’obtenir. Et le bénéficiaire de la reprise n’est pas quitte une fois installé : « Le bénéficiaire de la reprise doit, à partir de celle-ci, se consacrer à l’exploitation du bien repris pendant au moins neuf ans », sans pouvoir « se limiter à la direction et à la surveillance de l’exploitation », car il « doit participer sur les lieux aux travaux de façon effective et permanente, selon les usages de la région et en fonction de l’importance de l’exploitation » (article L. 411-59). Il doit en outre justifier de sa capacité professionnelle ou d’une autorisation d’exploiter, occuper lui-même l’habitation du bien ou un logement proche permettant l’exploitation directe, et détenir le cheptel et le matériel nécessaires ou les moyens de les acquérir.
L’arrêt de la Cour de cassation du 7 mai 2025, publié au Bulletin, montre que tout se joue sur la date d’appréciation (Cass. 3e civ., 7 mai 2025, n° 22-16.518). Des bailleurs avaient délivré en 2014 un congé pour reprise au profit de leur fils, à effet en septembre 2015. Le preneur contestait le congé, un sursis à statuer avait été ordonné en attendant le contentieux administratif sur le refus d’autorisation opposé à la société du fils, et la cour administrative d’appel avait définitivement rejeté le recours en 2020. Le preneur soutenait que le bail, prorogé par l’effet du sursis, devait s’apprécier à une date où le refus définitif privait la reprise de toute base. La Cour de cassation rejette le pourvoi : « S’il apparaît, fût-ce rétrospectivement, qu’à la date d’effet du congé, la reprise n’était pas soumise à autorisation, le sursis à statuer qui aurait cependant été prononcé n’a pu entraîner la prorogation du bail et, par suite, le report de la date d’appréciation des conditions de la reprise. » En l’espèce, à la date d’effet du congé, le seuil de surface du schéma régional exigé par la loi nouvelle n’avait pas encore été fixé par arrêté préfectoral, de sorte que le fils remplissait les conditions du régime déclaratif alors applicable et que la reprise n’était pas soumise à autorisation. Le congé était donc valable malgré le refus administratif ultérieur, qui portait sur un régime juridique différent.
La leçon pratique est double. Pour le bailleur, il faut qualifier le régime applicable à la date d’effet du congé, en reconstituant le droit en vigueur ce jour-là : loi applicable, schéma régional publié ou non, seuils fixés ou non, régime déclaratif ou autorisation. Un refus administratif postérieur, statuant sous un régime plus sévère, ne contamine pas rétroactivement un congé régulier au jour de son effet, mais l’inverse est vrai aussi : une reprise soumise à autorisation à la date d’effet exige que le bénéficiaire obtienne cette autorisation définitive, faute de quoi le congé tombe. Pour le preneur qui conteste, l’angle d’attaque consiste à démontrer que la reprise était bien soumise à autorisation à la date d’effet et que le bénéficiaire ne l’a jamais obtenue, ou qu’il ne remplit pas les conditions de fond de l’article L. 411-59 : absence de participation effective aux travaux, défaut de capacité professionnelle, habitation éloignée du fonds, défaut de cheptel et de matériel. Dans les deux camps, déposer la demande d’autorisation tôt, avant la date d’effet du congé, et suivre l’instruction de près évite de subir le calendrier au lieu de le maîtriser.
Au-delà du congé, la même vigilance vaut pour la cession du bail à un descendant, pour l’entrée d’un nouvel associé exploitant et pour toute mise à disposition de terres à une société : chaque opération s’analyse isolément au regard du contrôle des structures, avec son propre seuil, son propre rang et sa propre demande. Confondre ces régimes, ou supposer que l’autorisation obtenue pour l’un vaut pour l’autre, conduit droit au refus, à la mise en demeure, puis à l’action en nullité. Le dossier solide est celui qui distingue chaque opération, identifie le véritable demandeur, compare les rangs de priorité dans le schéma et anticipe le contentieux administratif avant que le juge des baux ruraux ne soit saisi.
En résumé, face à un refus d’autorisation d’exploiter, cinq réflexes protègent l’exploitation. D’abord, dater : noter la notification, calculer le délai de deux mois et déposer dans ce délai un recours gracieux ou hiérarchique puis, si besoin, un recours devant le tribunal administratif, avec un référé-suspension en cas d’urgence culturale. Ensuite, comparer : extraire du schéma régional les seuils et les rangs, et bâtir un tableau chiffré qui prouve la priorité sur le concurrent ou l’absence d’atteinte à la viabilité de l’exploitation en place. Puis, régulariser vite : répondre à toute mise en demeure dans le délai, déposer la demande au nom du bon demandeur, associé ou société selon l’opération réelle, et conserver chaque accusé de réception. Par ailleurs, surveiller la prescription : côté bailleur, agir dans les cinq ans de la connaissance de l’expiration du délai de mise en demeure ; côté preneur, vérifier ce point de départ avant de conclure que l’action est recevable. Enfin, caler la reprise : apprécier le régime applicable à la date d’effet du congé, faire déposer la demande par le bénéficiaire ou sa société avant cette date, et préparer la preuve des neuf ans d’exploitation personnelle et effective. Menée avec cette méthode, la contestation cesse d’être une course perdue d’avance et devient l’instrument normal de défense du droit d’exploiter.
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