La fiscalité indirecte du bail commercial : l’option TVA du bailleur et la répartition conventionnelle des impositions à l’épreuve des jurisprudences récentes
Le statut des baux commerciaux, régi par les articles L. 145-1 et suivants du Code de commerce, encadre avec une précision croissante les rapports entre bailleur et preneur quant à la durée, au loyer et au renouvellement du contrat. Il est en revanche demeuré, pour l’essentiel, silencieux sur le volet fiscal de la relation locative, abandonnant aux stipulations contractuelles et aux textes du Code général des impôts la délicate articulation entre volonté des parties et contraintes fiscales. Cette zone de silence législatif suscite aujourd’hui un contentieux nourri, dont la Cour de cassation et le Conseil d’État s’efforcent, par une construction prétorienne exigeante, de tracer les contours. Deux questions se détachent avec une acuité particulière : celle du régime de l’option pour l’assujettissement à la taxe sur la valeur ajoutée des loyers commerciaux et celle de la répartition conventionnelle de la taxe foncière entre les parties au bail.
L’enjeu financier est considérable. Pour le bailleur ayant opté pour la TVA, la perception de la taxe sur les loyers ouvre un droit à déduction de la TVA grevant les dépenses d’investissement et d’entretien de l’immeuble loué, ce qui constitue un avantage de trésorerie déterminant. Pour le preneur assujetti, la TVA facturée sur le loyer présente un caractère neutre, puisqu’elle est immédiatement déductible de la TVA collectée sur son propre chiffre d’affaires. Mais cette neutralité postule la régularité de l’option exercée par le bailleur : si celle-ci fait défaut, les conséquences sont radicales. Pour la taxe foncière, l’enjeu est plus simple dans son énoncé mais non moins sensible dans son contentieux : la personne du redevable légal étant le propriétaire, la charge ne peut être transférée au preneur que par une clause expresse dont la rédaction et l’interprétation sont la source d’un abondant litige.
L’étude qui suit, adossée aux décisions récentes de la troisième chambre civile de la Cour de cassation et aux arrêts rendus par la juridiction administrative, s’attachera à analyser, en premier lieu, le mécanisme de l’option pour la TVA et les rigueurs de sa sanction prétorienne (I), avant d’examiner, en second lieu, la portée et les limites de la liberté contractuelle dans la répartition des impositions grevant l’immeuble loué (II).
I. L’option pour l’assujettissement à la TVA des loyers commerciaux : un mécanisme conditionné par un formalisme strict et une sanction dissuasive
A. Le principe de l’exonération et les conditions de l’option
Aux termes de l’article 261 D, 2°, du Code général des impôts, les locations de terrains non aménagés et de locaux nus sont exonérées de la taxe sur la valeur ajoutée. Ce principe d’exonération, qui constitue la règle, est assorti d’une faculté d’option prévue par l’article 260, 2°, du même code, lequel dispose que peuvent, sur leur demande, acquitter la taxe sur la valeur ajoutée « les personnes qui donnent en location des locaux nus pour les besoins de l’activité d’un preneur assujetti à la taxe sur la valeur ajoutée ou, si le bail est conclu à compter du 1er janvier 1991, pour les besoins de l’activité d’un preneur non assujetti ».
L’option ainsi ouverte au bailleur présente un caractère global qui a été précisé par le Conseil d’État. Dans un arrêt du 9 septembre 2020, la Haute juridiction administrative a jugé que « lorsqu’une personne, qui donne en location à la fois des locaux nus donnés en location ouvrant droit à l’option en application du 2° de l’article 260 du code général des impôts et d’autres locaux, l’option ne s’étend pas à ces derniers mais elle s’applique globalement à l’ensemble des locaux de la première catégorie » (CE, 9 septembre 2020, n° 439143, publié au Recueil Lebon). Il en résulte que le bailleur ne saurait fractionner son option par immeuble ou par locataire au sein d’une même catégorie de locaux, ce qui impose une prise de décision irréversible pour l’ensemble de son patrimoine locatif de même nature.
Le formalisme de l’option revêt une importance décisive. L’administration fiscale, dans sa doctrine publiée au Bulletin officiel des finances publiques (BOI-TVA-CHAMP-50-10), rappelle que l’option doit faire l’objet d’une déclaration expresse auprès du service des impôts et être formulée de manière suffisamment précise pour identifier le ou les immeubles auxquels elle se rapporte. La cour administrative d’appel de Lyon a, à cet égard, rappelé avec netteté que la simple mention insérée dans le contrat de bail selon laquelle « le bailleur a opté pour l’assujettissement du loyer au régime de la TVA au taux en vigueur au jour de la facturation » « ne saurait valoir option expresse à la taxe sur la valeur ajoutée pour le bien » (CAA Lyon, 2e chambre, n° 20LY00299). Par ailleurs, la cour administrative d’appel de Nancy a précisé que « une telle option peut être exercée à l’occasion de la déclaration d’existence, elle doit alors comporter des indications suffisamment précises pour identifier le ou les immeubles auxquels elle se rapporte » (CAA Nancy, 2e chambre, n° 17NC01994).
Dès lors, le bailleur qui entend facturer la TVA sur les loyers de ses locaux commerciaux doit, avant même d’en faire mention dans le bail, avoir accompli les formalités déclaratives auprès de l’administration fiscale. La chronologie n’est pas indifférente : comme l’a rappelé la cour administrative d’appel de Douai, l’option ne peut produire effet qu’à compter de la date à laquelle sont souscrits des engagements contractuels de nature à manifester la volonté non équivoque du propriétaire d’opter pour la taxation (CAA Douai, 4e chambre, n° 22DA01014).
B. L’absence d’option régulière : la sanction de la répétition de l’indu
Lorsque le bailleur perçoit la TVA sur les loyers sans avoir valablement opté pour l’assujettissement, le preneur dispose d’une action en répétition de l’indu fondée sur les articles 1302 à 1302-3 du Code civil. Cette action, qui relève de la compétence du tribunal judiciaire, obéit à un régime autonome par rapport aux voies de recours offertes au contribuable par le livre des procédures fiscales. Elle n’est ni subordonnée à une réclamation préalable auprès de l’administration fiscale, ni enfermée dans le délai de réclamation prévu par l’article R. 196-1 du Livre des procédures fiscales. Son délai de prescription quinquennal, en application de l’article 2224 du Code civil, court à compter du jour où le preneur a connu ou aurait dû connaître les faits lui permettant de l’exercer, c’est-à-dire, en pratique, à compter de la date à laquelle il a eu connaissance de l’absence d’option régulière du bailleur.
La troisième chambre civile de la Cour de cassation a rendu, le 12 septembre 2024, une décision qui illustre avec une particulière clarté la rigueur avec laquelle la Haute juridiction applique cette sanction.
Dans cette affaire (Cass. 3e civ., 12 septembre 2024, n° 23-11.661), une SCI bailleresse avait donné à bail commercial deux locaux contigus destinés à l’exploitation d’une pharmacie, moyennant un loyer majoré de la TVA. La locataire, estimant que la bailleresse n’avait pas opté pour l’assujettissement à la TVA, a assigné celle-ci en remboursement de la taxe indûment versée. La Cour de cassation a rejeté le pourvoi de la bailleresse aux motifs suivants : « Il résulte des articles 1235 et 1376 du code civil, dans leur rédaction antérieure à celle issue de l’ordonnance n° 2016-131 du 10 février 2016, que ce qui a été payé indûment est sujet à répétition. Par motifs propres et adoptés, la cour d’appel a constaté, qu’alors que la bailleresse ne justifiait pas avoir opté pour l’assujettissement à la TVA, les loyers avaient été perçus majorés de celle-ci. Elle en a exactement déduit que, peu important que la locataire n’ait fait l’objet d’un redressement fiscal que pour la période du 1er janvier 2014 au 31 mars 2017, la bailleresse devait restituer la totalité de la somme indûment perçue au titre de la TVA entre le 1er août 2012 et le 30 juin 2017. »
L’enseignement de cet arrêt est double. D’une part, la charge de la preuve de l’option pèse exclusivement sur le bailleur : à défaut pour celui-ci de rapporter la preuve qu’il a valablement opté pour l’assujettissement à la TVA, la perception de la taxe est indue et la répétition de plein droit. D’autre part, l’ampleur de la restitution n’est pas limitée par l’existence ou l’absence d’un redressement fiscal subi par le preneur : la Cour écarte expressément l’argument selon lequel le droit à remboursement du preneur serait cantonné aux seules périodes ayant donné lieu à un redressement fiscal à son encontre. En d’autres termes, la restitution couvre l’intégralité de la période pendant laquelle la TVA a été indûment facturée et perçue, sans que le bailleur puisse se prévaloir du fait que le preneur aurait déduit cette TVA irrégulièrement et sans que l’administration fiscale l’ait redressé.
Cette solution, qui s’inscrit dans la droite ligne de la jurisprudence administrative antérieure, consacre une protection remarquable du preneur, lequel dispose d’une action personnelle en répétition de l’indu à l’encontre du bailleur, indépendante de toute procédure de redressement fiscal et non subordonnée à une quelconque condition de préjudice financier net. La rigueur de cette sanction confère au formalisme de l’option une portée pratique considérable, en incitant le bailleur à vérifier scrupuleusement la régularité de sa situation fiscale avant de facturer la TVA sur les loyers.
II. La répartition conventionnelle des impositions grevant l’immeuble loué : entre liberté contractuelle et exigence de clauses expresses
A. La taxe foncière : une clause expresse impérative
Si l’option pour la TVA relève du seul bailleur, qui en supporte l’initiative et les conséquences, la taxe foncière obéit à une logique différente, articulant le droit fiscal et le droit contractuel. En application de l’article 1400 du Code général des impôts, la taxe foncière sur les propriétés bâties est due par le propriétaire de l’immeuble, c’est-à-dire par le bailleur. Cette désignation légale du redevable n’interdit toutefois pas aux parties de convenir, dans le contrat de bail, que la charge économique de l’impôt sera supportée par le preneur, à charge pour celui-ci d’en rembourser le montant au bailleur.
La troisième chambre civile de la Cour de cassation exige, à cet égard, que la clause mettant la taxe foncière à la charge du preneur soit rédigée de manière expresse et dépourvue d’ambiguïté. Dans un arrêt du 28 septembre 2022 (Cass. 3e civ., 28 septembre 2022, n° 21-20.294), la Cour a censuré l’arrêt d’une cour d’appel qui avait refusé de faire droit à la demande du bailleur en paiement des taxes foncières au motif que « le bail commercial ne mentionne pas explicitement le remboursement au propriétaire de cette taxe particulière ». La Cour de cassation énonce au contraire que, « alors que le bail mettait expressément à la charge du locataire l’impôt foncier, la cour d’appel, qui en a dénaturé les termes clairs et précis, a violé le principe susvisé ». Cette décision rappelle que, lorsque la clause du bail est dépourvue d’ambiguïté, le juge ne saurait en écarter l’application.
En revanche, en l’absence de stipulation expresse en ce sens, la taxe foncière demeure à la charge exclusive du bailleur. Dans un arrêt du 25 mars 2021 (Cass. 3e civ., 25 mars 2021, n° 20-13.325), la Cour de cassation a rejeté le pourvoi d’un bailleur qui soutenait que le preneur était tenu au remboursement de la taxe foncière en vertu d’une clause générale du bail mettant à la charge du preneur l’ensemble des charges et contributions. La Haute juridiction a implicitement mais nécessairement considéré qu’une clause générale ne saurait suffire à opérer un tel transfert, qui requiert une stipulation spécifique et explicite.
La même exigence de précision contractuelle se manifeste à propos d’autres impositions. Dans un arrêt du 24 novembre 2021 (Cass. 3e civ., 24 novembre 2021, n° 19-26.174), la Cour a rappelé le principe selon lequel les parties peuvent librement organiser la répartition des « impôts, taxes et redevances liés à ce bail, comportant l’indication de leur répartition entre le bailleur et le preneur ». Par ailleurs, dans un arrêt du 8 décembre 2021 (Cass. 3e civ., 8 décembre 2021, n° 19-26.010), la Cour a jugé que le défaut de paiement de la taxe foncière ne peut constituer une faute imputable au preneur dès lors que la clause du bail ne mettait pas expressément cette imposition à sa charge.
B. La portée de la liberté contractuelle et ses limites
Le principe de la liberté contractuelle en matière de répartition des charges fiscales entre bailleur et preneur trouve son fondement dans l’article 1102 du Code civil, aux termes duquel « chacun est libre de contracter ou de ne pas contracter, de choisir son cocontractant et de déterminer le contenu et la forme du contrat dans les limites fixées par la loi ». S’agissant des impositions grevant l’immeuble loué, la loi ne prohibe pas le transfert de la charge fiscale du bailleur au preneur, de sorte que les parties demeurent libres d’organiser conventionnellement cette répartition.
Cette liberté connaît toutefois deux séries de limites. La première, d’ordre probatoire, tient à l’exigence d’une clause expresse et non équivoque, dont la jurisprudence précitée démontre qu’elle est strictement appliquée. La seconde, d’ordre fiscal, résulte de l’impossibilité pour le preneur de déduire certaines impositions de son propre résultat, ce qui peut accroître le coût économique du transfert conventionnel de la charge fiscale.
En tout état de cause, la pratique contractuelle contemporaine dans le domaine des baux commerciaux révèle que les clauses de répartition des impositions constituent, avec les clauses de répartition des travaux et des charges, l’un des principaux foyers contentieux entre bailleurs et preneurs. L’arrêt du 7 janvier 2021 (Cass. 3e civ., 7 janvier 2021, n° 19-12.818) illustre cette conflictualité : la Cour y a jugé que le bailleur ne pouvait imputer à faute au preneur le défaut de paiement de la taxe foncière, dès lors qu’une clause du bail imputait expressément au bailleur les « impôts, contributions et taxes de toute nature auxquels les propriétaires sont personnellement tenus ».
La doctrine administrative du BOFiP apporte un éclairage complémentaire sur l’articulation entre la fiscalité indirecte et les stipulations contractuelles. Le BOI-TVA-CHAMP-50-10 précise que « l’option est possible si les locaux nus sont donnés en location pour les besoins de l’activité d’un preneur assujetti, ou d’un preneur non assujetti à la condition que le bail fasse mention expresse de l’option par le bailleur ». Cette condition cumulative — option déclarée à l’administration et mention expresse dans le bail lorsque le preneur est non assujetti — illustre la double dimension, fiscale et contractuelle, du dispositif.
Par ailleurs, l’arrêt de la cour administrative d’appel de Nancy du 27 décembre 2019 (CAA Nancy, 2e chambre, n° 18NC02185) a précisé que l’option formulée par le bailleur « doit comporter des indications suffisamment précises pour identifier le ou les immeubles auxquels elle se rapporte ». La simple mention, dans un contrat de bail, que le bailleur a opté pour la TVA ne satisfait pas à cette exigence si la déclaration enregistrée auprès de l’administration fiscale est inexistante ou insuffisamment précise. Cette jurisprudence administrative, combinée à la jurisprudence judiciaire sur la répétition de l’indu, dessine un dispositif à double détente : l’option irrégulière expose le bailleur à la restitution de la TVA au preneur sur le fondement du droit civil, indépendamment de tout redressement fiscal pour l’une ou l’autre des parties.
La cour administrative d’appel de Lyon a également eu l’occasion de préciser, dans un arrêt du 18 avril 2024 (CAA Lyon, 2e chambre, n° 21LY03607), que la validité de l’option postule des engagements contractuels de nature à manifester la volonté non équivoque du propriétaire d’opter pour la taxation, à peine de nullité de l’option ainsi formulée. Cette exigence de concomitance entre l’option déclarative et l’existence d’un bail en cours, déjà esquissée par la cour administrative d’appel de Douai, impose au propriétaire souhaitant opter pour la TVA de le faire avant la conclusion du bail commercial, et non postérieurement, sauf à s’exposer à une remise en cause de la validité de l’option.
En pratique, le bailleur qui envisage de consentir un bail commercial sur des locaux nus à usage professionnel doit, s’il souhaite facturer la TVA sur les loyers, accomplir les démarches suivantes : déposer une déclaration d’option expresse auprès du service des impôts des entreprises dont il relève, en identifiant avec précision le ou les immeubles concernés, puis mentionner cette option dans le contrat de bail lui-même, notamment lorsque le preneur n’est pas assujetti à la TVA. La méconnaissance de l’une ou l’autre de ces étapes expose le bailleur, d’une part, à la remise en cause de la validité de l’option par l’administration fiscale et, d’autre part, à l’action en répétition de l’indu du preneur, dont les effets patrimoniaux peuvent s’avérer considérables sur plusieurs années de loyers perçus. Pour le conseil du bail commercial comme pour le praticien du droit des baux commerciaux, la vérification de la régularité de l’option TVA du bailleur constitue désormais un préalable indispensable à toute opération locative.
La sécurité juridique commande, en définitive, que le bailleur vérifie, préalablement à la signature du bail commercial, la régularité de sa situation au regard de l’option pour l’assujettissement à la TVA et qu’il insère dans le contrat une clause expresse et non équivoque quant à l’identité du débiteur de la taxe foncière et des autres impositions grevant l’immeuble loué. La rigueur de la jurisprudence tant judiciaire qu’administrative ne laisse guère de place à l’approximation contractuelle en ce domaine.
Conclusion
L’examen des jurisprudences récentes en matière de fiscalité indirecte du bail commercial révèle une double dynamique. D’une part, la Cour de cassation et le Conseil d’État imposent un formalisme rigoureux pour l’exercice de l’option pour l’assujettissement à la TVA, dont la méconnaissance expose le bailleur à la restitution intégrale des sommes indûment perçues, indépendamment de tout préjudice financier net subi par le preneur. D’autre part, la répartition conventionnelle de la taxe foncière demeure gouvernée par le principe de la liberté contractuelle, sous la réserve d’une clause expresse et non équivoque, dont l’absence interdit au bailleur de se prévaloir d’un transfert implicite de la charge fiscale.
Ces exigences, qui concourent à la sécurité juridique des relations locatives commerciales, imposent aux praticiens une vigilance accrue lors de la rédaction des clauses fiscales du bail et, en amont, lors de la vérification de la situation du bailleur au regard de ses obligations déclaratives. Le contentieux nourri que ces questions continuent de susciter atteste, s’il en était besoin, de leur importance pratique pour l’ensemble des opérateurs du marché locatif commercial. La combinaison de la jurisprudence judiciaire relative à la répétition de l’indu et de la jurisprudence administrative relative aux conditions de validité de l’option dessine, au-delà de la spécificité de chaque matière, une cohérence d’ensemble propre à guider la pratique contractuelle et à prévenir les litiges les plus fréquents en ce domaine.
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