Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA établies en France doivent pouvoir recevoir des factures électroniques par une plateforme agréée, et les grandes entreprises comme les entreprises de taille intermédiaire doivent aussi les émettre. Les petites et moyennes entreprises suivront le 1er septembre 2027. Ce changement de tuyau modifie aussi le contentieux : une facture peut désormais être bloquée avant même d’atteindre son destinataire, parce que la plateforme agréée l’a rejetée, ou être contestée après réception, parce que le client la refuse. Dans les deux cas, la facture ne produit pas les effets attendus, et l’incident se propage : le fournisseur n’est pas payé dans les temps, le client ne peut pas récupérer la TVA ni arrêter ses comptes, et le cabinet qui tient les dossiers doit trancher entre plusieurs versions du même document.
La réponse tient en trois constats. D’abord, le rejet et le refus n’obéissent pas au même régime : le rejet est un blocage technique constaté par la plateforme, le refus est une contestation du client sur le fond de la facture. Ensuite, une facture rejetée n’est pas une facture délivrée : tant qu’elle n’a pas été corrigée puis transmise par le circuit électronique, le fournisseur reste tenu de son obligation de facturer et le délai de paiement ne court pas sur un document inexistant. Enfin, les sanctions fiscales et les pénalités commerciales se cumulent sans se confondre : l’amende pour omission ou inexactitude, l’amende pour non-respect du circuit électronique et les pénalités de retard entre professionnels répondent à des conditions différentes, que les pièces du dossier doivent établir séparément.
Cet article ne vise aucune entreprise en particulier et ne se prononce sur aucune situation individuelle. Les contrats signés entre les parties, leurs conditions générales de vente et leurs conditions de règlement priment sur toute analyse générale, et seul le juge saisi d’un litige tranche l’application des textes au cas d’espèce. Les références citées sont celles des textes dans leur version applicable au 28 septembre 2026 et de décisions publiées dont les motifs sont reproduits.
I. Rejet technique ou refus du client : deux blocages, deux régimes
A. La plateforme agréée rejette : le filtre du circuit électronique
L’article 289 bis du code général des impôts dispose que « l’émission, la transmission et la réception des factures relatives aux opérations mentionnées aux a et d du 1 du I dudit article 289 ainsi qu’aux acomptes s’y rapportant s’opèrent sous une forme électronique », et il ajoute que « L’émission, la transmission et la réception des factures électroniques s’effectuent en recourant à une plateforme agréée. » (CGI, art. 289 bis). Le circuit n’est donc plus une simple commodité : c’est la voie légale d’émission et de réception entre assujettis établis en France. La plateforme agréée contrôle chaque fichier au regard des normes de facturation électronique définies par arrêté, et elle rejette ceux qui ne respectent pas les règles de format, de données ou de calcul.
Un guide comparatif des rejets publié le 26 septembre 2026 recense les anomalies les plus fréquentes : format de fichier non conforme, données d’identification manquantes ou incohérentes, totaux qui ne s’additionnent pas, TVA dont le calcul ne correspond pas aux lignes (guide comparatif des rejets publié le 26 septembre 2026 par un comparateur spécialisé de la facturation électronique). Ce guide est édité par l’équipe d’un logiciel commercial de contrôle, ce qu’elle indique elle-même ; ses constats techniques recoupent toutefois les règles publiques de la norme et les jeux de validation du Forum national de la facture électronique et des marchés publics électroniques. Parmi les rejets de calcul les plus courants figurent les règles dites BR-CO, par exemple l’égalité entre le total hors taxe et la somme des lignes, ou entre le total de TVA et la somme des TVA par taux. Une cause fréquente vient de l’arrondi : la norme européenne EN 16931 arrondit la TVA une fois par taux, sur le total de la base, et non ligne par ligne. Un logiciel qui arrondit ligne par ligne produit un écart de quelques centimes, et la plateforme rejette la facture.
Pour le fournisseur émetteur, la décision à prendre est immédiate et pratique. Un rejet n’est ni une validation ni une mise en demeure : c’est l’information que la facture n’est pas partie. Il faut lire le code d’erreur renvoyé par la plateforme, corriger la donnée en cause dans le logiciel de facturation, puis réémettre par le circuit électronique. Il ne faut en revanche ni renvoyer la même facture inchangée, ce qui produirait un nouveau rejet, ni créer une seconde facture de même montant sans annuler la première, ce qui exposerait à un doublon comptable et fiscal. Lorsque l’erreur porte sur le prix, le taux ou la contrepartie, la correction passe le plus souvent par une facture rectificative ou un avoir, selon ce que prévoient le contrat et les usages du secteur. Chaque correction doit être documentée : message d’erreur horodaté, ticket adressé au support de la plateforme, facture corrigée avec son numéro et sa date propres. Ces pièces établiront, en cas de litige ultérieur sur les délais, que le retard de transmission vient d’une anomalie identifiée puis corrigée, et non d’une négligence.
Pour le client destinataire, un rejet se traduit par une absence : la facture n’arrive jamais dans sa plateforme, aucun statut de mise à disposition n’est généré, et rien ne peut être validé ni payé. La page officielle de l’administration consacrée à la réforme rappelle que le suivi des factures passe par les statuts accessibles sur la plateforme agréée, qui permettent de savoir, en temps réel grâce à l’horodatage de la facture électronique, à quelle étape de traitement elle en est dans le circuit de transmission (tout savoir sur la facturation électronique pour les entreprises). Tant qu’aucun statut « mise à disposition » n’existe, le client ne peut pas se voir reprocher de ne pas avoir payé : on ne paie pas une facture qui n’existe pas dans le circuit. Sa décision consiste à signaler sans délai au fournisseur l’absence constatée, par un écrit qui fera preuve de sa diligence, et à vérifier avec son propre opérateur que le défaut de réception ne vient pas de son côté, par exemple d’un raccordement ou d’un référencement erroné dans l’annuaire central.
Pour le cabinet d’expertise comptable qui suit les deux côtés, le rejet crée un risque de décalage : le fournisseur a comptabilisé une créance pendant que le client ignore la dette. La décision consiste à rapprocher les journaux d’émission et de réception, à isoler les factures rejetées des factures en attente de paiement, et à veiller à ce que la facture corrigée ne soit ni comptabilisée ni déclarée deux fois. En période de déclaration de TVA, ce travail de rapprochement conditionne la régularité des déductions et des collectes.
Sur le plan fiscal, le rejet n’efface pas l’obligation. L’article 1737 du code général des impôts sanctionne d’une part les inexactitudes et d’autre part le non-respect du circuit : « Toute omission ou inexactitude constatée dans les factures ou documents en tenant lieu mentionnés aux articles 289 et 290 quinquies donne lieu à l’application d’une amende de 15 €. », dans la limite du quart du montant de la facture, et « Le non-respect par l’assujetti de l’obligation d’émission d’une facture sous une forme électronique dans les conditions prévues à l’article 289 bis donne lieu à l’application d’une amende de 50 € par facture, sans que le total des amendes appliquées au titre d’une même année civile puisse être supérieur à 15 000 €. » (CGI, art. 1737). Autrement dit, une facture erronée corrigée à temps évite l’amende pour inexactitude, mais une facture qui contournerait durablement le circuit électronique exposerait à l’amende de 50 euros par facture. La plateforme elle-même n’est pas hors de cause : le même article prévoit une amende de 50 euros par facture mise à sa charge en cas d’omission ou de manquement à ses obligations de transmission de données, dans la limite de 45 000 euros par année civile.
B. Le client refuse : la contestation sur le fond de la facture
Le refus est l’autre versant. La facture a passé les contrôles de la plateforme, elle a été mise à disposition du destinataire, mais celui-ci la conteste : prix non conforme au bon de commande, quantités livrées différentes, taux de TVA inapplicable, mention légale absente. Le refus peut aussi porter sur une facture parfaitement régulière en format mais fiscalement fausse. C’est le cas des erreurs de TVA sectorielles : une facture peut respecter son format, passer tous les contrôles automatiques, et porter une TVA erronée que seule la connaissance de l’activité de l’entreprise permet de détecter.
L’exemple le plus net est celui du bâtiment. Dans le secteur du bâtiment et des travaux publics, l’auto-liquidation de la TVA s’applique lorsque des travaux sont effectués par un sous-traitant pour le compte d’un donneur d’ordre assujetti : la taxe est acquittée par le donneur d’ordre, et le sous-traitant facture hors taxes avec la mention d’autoliquidation. La cour d’appel de Paris l’a illustré le 16 janvier 2023 dans une affaire où les situations établies par un sous-traitant faisaient état de demandes en paiement hors taxes avec mention d’autoliquidation : elle a jugé la facturation régulière, la taxe étant acquittée par le donneur d’ordre assujetti (cour d’appel de Paris, pôle 5, chambre 10, 16 janvier 2023, n° 21/08496). Si le sous-traitant facture néanmoins de la TVA, ou si le donneur d’ordre refuse une facture hors taxes qu’il ne comprend pas, le litige est programmé : l’un réclame un montant toutes taxes comprises indu, l’autre bloque un paiement hors taxes régulier. La décision, des deux côtés, consiste à vérifier le régime applicable avant de contester : le fondement se trouve à l’article 283 du code général des impôts (CGI, art. 283), et les mentions de la facture doivent correspondre au régime réellement applicable à l’opération, non au régime habituel de l’entreprise.
D’autres secteurs cumulent la même difficulté : les déchets neufs d’industrie et matières de récupération, les agences de voyages soumises au régime de la marge, les locations immobilières selon qu’elles sont exonérées ou taxables, les livraisons intracommunautaires et les prestations reçues de prestataires établis hors de France. Dans tous ces cas, le contrôle de format de la plateforme ne voit rien, parce que le fichier est valide : seule une relecture au regard de l’activité détecte l’erreur. Pour l’émetteur, la décision consiste à faire contrôler ses modèles de factures par secteur avant l’envoi, et non au moment du rejet ou du refus. Pour le destinataire, elle consiste à refuser par écrit motivé, en visant précisément la mention contestée, plutôt que de laisser la facture sans suite : un silence prolongé devant une facture reçue peut être interprété comme une acceptation tacite, alors qu’un refus motivé ouvre la voie à la facture rectificative.
La jurisprudence sur les factures contestées invite à cette rigueur des deux côtés. Devant la cour d’appel de Versailles, des clients poursuivis en paiement d’une facture de travaux soutenaient l’avoir réglée en espèces et produisaient une facture portant la mention d’un paiement, tandis que l’entreprise invoquait une erreur matérielle liée à un changement de taux de TVA et l’émission de deux factures successives pour la même prestation (cour d’appel de Versailles, chambre civile 1-2, 18 novembre 2025, n° 24/07287). L’affaire montre ce que produit une facturation confuse : deux documents concurrents, une mention de paiement ambiguë, et un procès sur la preuve du règlement. Avec le circuit électronique, la leçon est redoublée : chaque facture émise laisse une trace horodatée et un statut, et l’existence de deux factures actives pour la même créance devient immédiatement visible. L’émetteur doit donc s’assurer qu’une facture corrigée se substitue clairement à la précédente, par avoir ou annulation, et le destinataire doit conserver les statuts successifs qui établissent la chronologie.
II. La facture bloquée se propage : paiement, pénalités et preuve
A. Tant que la facture n’est pas valablement transmise, le compteur du paiement est faussé
En droit commercial français, tout achat de produits ou toute prestation de service pour une activité professionnelle fait l’objet d’une facturation : « Tout achat de produits ou toute prestation de service pour une activité professionnelle fait l’objet d’une facturation. », et « Le vendeur est tenu de délivrer la facture dès la réalisation de la livraison ou de la prestation de services », tandis que « L’acheteur est tenu de la réclamer. » (C. com., art. L441-9, dans sa version applicable au 28 septembre 2026). La facture n’est donc pas seulement une demande de paiement : c’est l’exécution d’une obligation légale du vendeur, et sa délivrance conditionne la suite.
Les délais de paiement courent à partir de repères précis. L’article L441-10 du code de commerce prévoit que « le délai de règlement des sommes dues ne peut dépasser trente jours après la date de réception des marchandises ou d’exécution de la prestation demandée. », et que « Le délai convenu entre les parties pour régler les sommes dues ne peut dépasser soixante jours après la date d’émission de la facture. », avec une dérogation possible de quarante-cinq jours fin de mois expressément stipulée (C. com., art. L441-10, dans sa version applicable au 28 septembre 2026). Lorsque la facture a été rejetée par la plateforme, aucune de ces dates ne peut être opposée au client sur la base du document rejeté : la facture rejetée n’a pas été mise à disposition, elle n’a pas de statut dans le circuit, et le délai convenu court à partir de la date d’émission de la facture valable, c’est-à-dire la facture corrigée. Pour le fournisseur, cela signifie qu’un rejet non détecté puis corrigé tardivement décale d’autant l’exigibilité du paiement, sans pour autant lui ouvrir un droit automatique à des intérêts pour la période intermédiaire : le retard de transmission lui est imputable, sauf à démontrer qu’il provient d’un manquement de la plateforme ou d’un tiers, pièces à l’appui.
Lorsque la facture valable est émise et reste impayée, les sanctions commerciales s’appliquent de plein droit. « Sauf disposition contraire qui ne peut toutefois fixer un taux inférieur à trois fois le taux d’intérêt légal, ce taux est égal au taux d’intérêt appliqué par la Banque centrale européenne à son opération de refinancement la plus récente majoré de 10 points de pourcentage. » (C. com., art. L441-10) « Les pénalités de retard sont exigibles sans qu’un rappel soit nécessaire. » (C. com., art. L441-10) Tout professionnel en retard est en outre « de plein droit débiteur, à l’égard du créancier, d’une indemnité forfaitaire pour frais de recouvrement, dont le montant est fixé par décret. » (C. com., art. L441-10) Le décret fixe ce montant : « Le montant de l’indemnité forfaitaire pour frais de recouvrement prévue au II de l’article L. 441-10 est fixé à 40 euros. » (C. com., art. D441-5).
Ces sanctions ne sont pourtant ni automatiques ni inconditionnelles, et deux décisions récentes le montrent. Le 20 janvier 2026, le tribunal judiciaire de Valence, saisi par une entreprise de travaux qui réclamait à une société civile immobilière le paiement de factures assorties des pénalités et des indemnités forfaitaires, a condamné la débitrice au principal avec intérêts au taux légal, mais il a écarté le régime commercial au motif que la qualité de professionnel de la débitrice n’était pas démontrée (tribunal judiciaire de Valence, chambre contentieuse générale, 20 janvier 2026, n° 25/02085). Il a également refusé les indemnités de 40 euros facturées séparément, faute de preuve qu’elles figuraient dans les conditions générales de vente et que la débitrice serait un professionnel. La leçon pour le fournisseur est directe : les pénalités au taux Banque centrale européenne majoré et l’indemnité de 40 euros supposent un rapport entre professionnels et des conditions de règlement qui les prévoient ; à défaut, le juge retombe sur les intérêts au taux légal. Avant d’émettre, il faut donc vérifier que les conditions générales et les factures mentionnent le taux et l’indemnité, et avant de poursuivre, il faut s’assurer de la qualité de professionnel du débiteur.
Le 28 octobre 2025, le tribunal judiciaire de Paris a condamné une société de commercialisation immobilière, qui n’avait pas constitué avocat, au paiement de deux factures de rémunération émises en 2022 et restées impayées malgré mise en demeure, en appliquant les intérêts de retard au taux de l’article L441-10 (tribunal judiciaire de Paris, 2e chambre, 2e section, 28 octobre 2025, n° 24/11000). La décision illustre le cas simple : facture valable, créance établie par les actes de vente authentiques, débitrice professionnelle, mise en demeure restée sans effet. Transposée à l’ère électronique, elle rappelle que la mise en demeure écrite et la preuve de la créance sous-jacente, contrat, bons de commande, procès-verbaux, actes, restent le socle du recouvrement : le statut de mise à disposition dans la plateforme prouve la transmission de la facture, pas l’existence de la dette.
Pour le client destinataire qui refuse une facture au fond, la décision symétrique consiste à payer ce qui n’est pas contesté et à motiver le refus du surplus. Le refus total d’une facture partiellement justifiée expose au reproche de mauvaise foi et aux pénalités sur la partie incontestée, tandis que le paiement sous réserve préserve les droits. Pour le cabinet comptable, la décision consiste à provisionner distinctement les factures rejetées, les factures refusées et les factures litigieuses, car leur traitement fiscal et leur probabilité de recouvrement diffèrent.
B. Prouver la transmission, la signature et la chronologie dans le circuit électronique
Le passage au circuit électronique déplace la preuve sans la supprimer. L’administration reçoit désormais les données des factures et de l’e-reporting, ce qui rend visibles, opération par opération, des incohérences de TVA autrefois noyées dans une déclaration globale. Cette visibilité accrue protège l’entreprise rigoureuse et expose l’entreprise négligente : une erreur systématique de taux sur des centaines de factures devient détectable par rapprochement automatisé. La conservation des pièces prend donc une importance nouvelle : facture émise, codes de rejet, facture corrigée, statuts de transmission, refus motivés du client, avoirs. Le vendeur et l’acheteur conservent chacun un exemplaire de toute facture émise, et cette conservation doit désormais inclure les traces du circuit, messages d’erreur et statuts horodatés, qui seuls permettront de reconstituer la chronologie en cas de contrôle ou de litige.
La signature électronique des documents commerciaux mérite la même attention. L’article 1367 du code civil dispose que « Lorsqu’elle est électronique, elle consiste en l’usage d’un procédé fiable d’identification garantissant son lien avec l’acte auquel elle s’attache. », et que « La fiabilité de ce procédé est présumée, jusqu’à preuve contraire, lorsque la signature électronique est créée, l’identité du signataire assurée et l’intégrité de l’acte garantie, dans des conditions fixées par décret en Conseil d’Etat. » (C. civ., art. 1367). La présomption ne bénéficie donc qu’aux signatures créées dans ces conditions, en pratique la signature qualifiée ; la signature simple doit voir sa fiabilité démontrée par celui qui s’en prévaut, au moyen du dossier de preuve du prestataire, horodatage, étapes du consentement, code d’authentification.
La cour d’appel de Grenoble en a tiré les conséquences le 11 mars 2025 dans un litige où une société reprochait à une vendeuse à domicile le non-paiement de marchandises : la signature électronique apposée sur le contrat et le mandat était une signature simple, et la société ne produisait ni fichier de preuve retraçant les étapes du processus, ni documents horodatés, ni références de la transaction réalisée par l’organisme de certification. La cour a jugé que le procédé ne garantissait pas la fiabilité de la signature imputée. Pour autant, elle a condamné la vendeuse au paiement, parce que la société produisait des pièces comptables, des bons de livraison et des factures afférentes aux ventes réalisées : la cour a jugé que ces éléments extrinsèques établissaient le contrat et l’obligation de paiement, et que la seule contestation de la fiabilité de la signature ne suffisait pas à établir l’inexistence du contrat dès lors que des ventes de marchandises facturées avaient bien été réalisées par l’intéressée (cour d’appel de Grenoble, 1re chambre, 11 mars 2025, n° 23/02149). La leçon vaut pour la facturation électronique : le fichier signé ne fait pas tout, et l’exécution documentée, livraisons, réceptions, paiements partiels, échanges écrits, peut suppléer une preuve électronique fragile, comme une preuve électronique solide ne supplée jamais l’absence de créance.
Reste la question des responsabilités dans la chaîne. Quand une facture est rejetée à cause d’un paramétrage du logiciel du fournisseur, la charge de la correction pèse sur lui. Quand elle est rejetée à cause d’une règle nouvelle mal documentée par l’opérateur, ou quand les statuts ne remontent pas du fait de la plateforme du destinataire, le fournisseur doit établir l’origine externe du blocage pour écarter tout reproche de retard : page de statut de l’opérateur, notification d’incident, ticket de support. Quand le client refuse abusivement une facture valable pour retarder le paiement, le fournisseur dispose des pénalités et de l’indemnité forfaitaire, à condition d’avoir prévu les mentions et d’agir contre un professionnel. Et quand l’erreur de TVA est découverte après transmission, par exemple une autoliquidation oubliée dans le bâtiment, la régularisation passe par la facture rectificative et, si nécessaire, par des déclarations rectificatives, avant que l’administration ne rapproche les données. Dans chaque cas, le contrat signé et ses conditions de règlement priment, car « Les contrats légalement formés tiennent lieu de loi à ceux qui les ont faits. » (C. civ., art. 1103) : c’est à leur lecture que le juge vérifiera qui devait quoi, quand, et à quel taux. Les entreprises confrontées à ces enchaînements peuvent utilement recourir à un accompagnement des entreprises face aux litiges de facturation et de paiement pour auditer leurs modèles de factures, leurs mentions obligatoires et leurs procédures de recouvrement avant que le premier rejet ne se transforme en impayé.
Une facture rejetée se corrige, une facture refusée se discute, une facture impayée se recouvre : trois verbes, trois dossiers de preuves, trois calendriers. Depuis septembre 2026, le circuit électronique ajoute à chacun une trace objective, le statut horodaté, qui profite à la partie diligente et dessert la partie négligente. Le fournisseur qui surveille ses rejets, corrige sans créer de doublon et conserve les codes d’erreur ; le client qui signale les absences, refuse par écrit motivé et paie l’incontesté ; le cabinet qui rapproche les journaux et isole les rejets des impayés : chacun détient une part de la preuve, et c’est l’assemblage de ces pièces, confronté aux contrats signés, qui permettra au juge de dire qui doit quoi à qui.