Votre fermier agrandit son exploitation sans vous en parler, le préfet refuse l’autorisation d’exploiter qu’il avait sollicitée, ou vous découvrez qu’un bail signé il y a plusieurs années n’a jamais été régularisé au regard du contrôle des structures. Qui doit agir, devant quel tribunal et dans quel délai ? La réponse tient en deux juges : le tribunal administratif pour contester le refus d’autorisation, et le tribunal paritaire des baux ruraux pour tirer les conséquences sur le bail, jusqu’à sa nullité. Entre les deux intervient la mise en demeure du préfet, pièce maîtresse du dispositif, qui conditionne l’action en nullité et fixe le point de départ de sa prescription. Cet article expose d’abord quand l’autorisation d’exploiter est exigée et comment contester son refus, puis ce qui arrive à celui qui exploite sans autorisation et au bail rural lui-même. Les règles citées sont vérifiées à la date du 24 septembre 2026 sur Légifrance, et les décisions commentées ont été lues dans leur texte intégral.
I. Le refus d’autorisation d’exploiter : comprendre quand elle s’impose et comment le contester
A. Les opérations soumises à autorisation et les motifs légaux de refus
Le contrôle des structures porte sur un champ large : « Le contrôle des structures des exploitations agricoles s’applique à la mise en valeur des terres agricoles ou des ateliers de production hors sol au sein d’une exploitation agricole », quels que soient la forme juridique de l’exploitation et le titre d’occupation. Autrement dit, le fermage n’échappe pas au dispositif : un preneur à bail rural qui s’agrandit peut avoir besoin d’une autorisation, même s’il dispose déjà d’un bail en règle sur le plan civil. L’objectif principal affiché par le même article est de favoriser l’installation des agriculteurs, y compris progressive, puis de consolider les exploitations viables, de promouvoir les systèmes combinant performance économique et environnementale, et de maintenir une agriculture diversifiée en limitant les agrandissements et concentrations excessifs.
Concrètement, « Sont soumises à autorisation préalable les opérations suivantes » : les installations, les agrandissements ou les réunions d’exploitations lorsque la surface totale envisagée dépasse le seuil fixé par le schéma directeur régional des exploitations agricoles, dit SDREA. En deçà du seuil, certaines opérations restent soumises quelle que soit la superficie, par exemple celles qui supprimeraient une exploitation au-dessus du seuil ou priveraient une exploitation d’un bâtiment essentiel à son fonctionnement, ou encore celles portées par un exploitant qui ne remplit pas les conditions de capacité professionnelle. La constitution d’une société par simple transformation d’une exploitation individuelle, sans autre modification, échappe en revanche à l’autorisation. Chaque SDREA fixe ses seuils et ses rangs de priorité en application de l’article L. 312-1 du même code, qui confie au schéma régional le soin de déterminer les orientations de la politique d’adaptation des structures : avant tout dossier, il faut donc lire le SDREA de la région concernée, car c’est lui qui donne le seuil déclencheur et l’ordre des priorités entre candidats.
L’administration assure la publicité des demandes dont elle est saisie, puis elle statue par une décision motivée : « L’autorité administrative assure la publicité des demandes d’autorisation dont elle est saisie, selon des modalités définies par décret. » Elle statue ensuite « par une décision motivée », après avoir vérifié si les conditions de l’opération permettent de délivrer l’autorisation au regard des motifs de refus légaux La motivation n’est pas une formalité : en cas de concurrence entre plusieurs candidats sur les mêmes terres, le préfet de région doit comparer les rangs de priorité et expliquer son choix, ce qui ouvre la voie au contrôle du juge administratif.
Les motifs de refus figurent à l’article L. 331-3-1. Le premier d’entre eux joue un rôle central dans les litiges entre candidats : « Lorsqu’il existe un candidat à la reprise ou un preneur en place répondant à un rang de priorité supérieur au regard du schéma directeur régional des structures agricoles », l’autorisation peut être refusée au demandeur moins prioritaire. Les autres motifs visent la protection du preneur en place dont la viabilité serait compromise, les agrandissements ou concentrations excessifs au regard des critères du SDREA, la réduction du nombre d’emplois en cas de mise à disposition à une société, et un cas propre aux outre-mer. Lorsque l’opération conduit à un agrandissement ou une concentration excessifs, l’administration peut suspendre l’instruction huit mois pour laisser émerger un candidat concurrent, puis refuser l’autorisation si un tel candidat s’est manifesté.
Deux décisions récentes de la cour administrative d’appel de Lyon illustrent ce contentieux de la concurrence. Dans l’affaire jugée le 26 mars 2025 sous le numéro 23LY03682, une société propriétaire, la SCAI du Domaine d’Ordon, avait donné congé pour reprise puis demandé l’autorisation d’exploiter une partie des terres ; le préfet de la région Bourgogne-Franche-Comté la lui avait refusée par arrêté du 14 avril 2022, et le tribunal administratif de Dijon avait rejeté son recours le 3 octobre 2023 avant que la cour ne soit saisie en appel : le débat portait sur la comparaison des priorités avec l’exploitant en place et sur la régularité de la procédure préfectorale (CAA Lyon, 26 mars 2025, n° 23LY03682). Dans l’affaire jugée le 5 février 2025 sous le numéro 23LY01639, le GAEC Acajou contestait l’autorisation accordée au GAEC des Gardes sur près de 24 hectares dans le Cantal ; le tribunal administratif de Clermont-Ferrand avait annulé l’arrêté préfectoral du 25 novembre 2019 et enjoint à la préfète de réexaminer les deux demandes concurrentes, et la cour a eu à trancher la façon de calculer les rangs de priorité du SDREA d’Auvergne-Rhône-Alpes (CAA Lyon, 5 février 2025, n° 23LY01639). La leçon pratique est nette : quand plusieurs dossiers se disputent les mêmes parcelles, l’instruction se joue sur les critères du SDREA et sur les pièces comparant les exploitations, et l’arrêté qui néglige cette comparaison s’expose à l’annulation.
Pour le bailleur, un point mérite une vigilance particulière : le contrôle des structures et le bail rural sont deux régimes distincts. Un congé pour reprise validé par le juge judiciaire ne vaut pas autorisation d’exploiter, et une autorisation d’exploiter ne vaut pas congé valable. Dans le dossier du Domaine d’Ordon, les congés délivrés en 2016 et 2020 étaient contestés devant le juge judiciaire pendant que l’autorisation se jouait devant le juge administratif. Mener les deux procédures de front, avec des calendriers différents, fait partie de la stratégie de ces dossiers.
B. Contester le refus : recours gracieux, tribunal administratif et délais à tenir
Le refus d’autorisation est une décision du préfet de région. La voie de contestation comporte en pratique deux marches : un recours gracieux adressé au préfet de région, puis un recours contentieux devant le tribunal administratif territorialement compétent, chacun enfermé dans un délai de deux mois. Le texte qui gouverne le délai contentieux dispose : « La juridiction ne peut être saisie que par voie de recours formé contre une décision, et ce, dans les deux mois à partir de la notification ou de la publication de la décision attaquée. » Le délai court à compter de la notification de l’arrêté au demandeur évincé. Le recours gracieux, formé dans le délai, proroge le délai contentieux, mais il ne faut jamais laisser passer le délai sans avoir exercé au moins l’un des deux recours par écrit et avec preuve de dépôt.
L’intérêt à agir appelle des distinctions. Les candidats agriculteurs, qu’ils aient été refusés ou qu’ils contestent l’autorisation accordée à un concurrent, sont recevables à agir : c’est le cœur du contentieux des concurrences. La situation du propriétaire bailleur est plus discutée et évolue avec la jurisprudence : le juge administratif admet aujourd’hui assez largement le recours du propriétaire contre les autorisations délivrées sur ses terres, tout en examinant de près son intérêt lésé. Ces nuances relèvent du commentaire doctrinal et de la jurisprudence administrative vivante, que nous avons consultées à titre d’information sans les ériger en règle acquise : avant de conclure sur la recevabilité d’un propriétaire dans un cas précis, il faut vérifier l’état le plus récent de la jurisprudence applicable au ressort concerné.
Sur le fond, le juge administratif exerce un contrôle entier sur la qualification des faits au regard du SDREA : calcul des rangs de priorité, prise en compte de l’ensemble des surfaces mises en valeur par le demandeur y compris au sein de sociétés, viabilité compromise du preneur en place, caractère excessif de l’agrandissement. Les moyens de légalité externe comptent aussi : défaut de motivation, consultation irrégulière de la commission départementale d’orientation de l’agriculture quand elle est requise, erreur dans la publicité des demandes ayant privé un concurrent de la possibilité de candidater. Concrètement, le dossier de recours doit réunir l’arrêté attaqué avec sa preuve de notification, la demande initiale et son accusé de réception, les pièces justifiant le rang de priorité revendiqué, les éléments sur les surfaces déjà exploitées, et tout document montrant qu’un concurrent mieux placé a été écarté ou qu’un concurrent ignoré aurait dû être appelé.
Quand le tribunal annule l’autorisation accordée à un concurrent, il enjoint généralement au préfet de réexaminer les demandes, comme dans le jugement clermontois au cœur de l’affaire du 5 février 2025 : le requérant n’obtient pas directement l’autorisation, il obtient un nouveau tour d’instruction dans lequel sa candidature doit être comparée loyalement. Et quand le tribunal annule un refus, le préfet doit statuer à nouveau, sans être tenu d’accorder l’autorisation si un motif légal subsiste. Pendant ce temps, l’exploitation des terres continue le plus souvent au profit de celui qui les détient, ce qui reporte le risque contentieux sur le terrain civil du bail, examiné dans la seconde partie.
Un dernier point de procédure mérite d’être signalé aux exploitants pressés : exploiter les parcelles litigieuses en dépit d’un refus devenu définitif expose à des sanctions administratives et interdit de solliciter la régularisation comme si de rien n’était. La tentation de « prendre date » en cultivant sans attendre l’issue du recours se paie ensuite devant le tribunal paritaire des baux ruraux, car le défaut d’autorisation fragilise le bail lui-même.
II. Exploiter sans autorisation : mise en demeure, sanctions et sort du bail rural
A. La mise en demeure du préfet et les sanctions administratives
Lorsqu’un fonds est exploité en violation du contrôle des structures, le préfet du département ne prononce pas la nullité du bail lui-même : il met en demeure. Le code dispose : « l’autorité administrative met l’intéressé en demeure de régulariser sa situation dans un délai qu’elle détermine et qui ne saurait être inférieur à un mois. » Cette mise en demeure ordonne à l’intéressé « soit de présenter une demande d’autorisation, soit, si une décision de refus d’autorisation est intervenue, de cesser l’exploitation des terres concernées. » Si l’exploitant tenu de demander l’autorisation ne le fait pas dans le délai, une seconde mise en demeure lui ordonne de cesser d’exploiter, après qu’il a été mis à même de présenter ses observations écrites ou orales.
La poursuite de l’exploitation malgré l’ordre de cesser expose à une sanction pécuniaire administrative : « une sanction pécuniaire d’un montant compris entre 304,90 et 914,70 euros par hectare », assise sur la surface de polyculture-élevage exploitée illégalement ou son équivalent, reconductible chaque année tant que l’irrégularité persiste. À cela s’ajoute une sanction économique souvent plus dissuasive : « Celui qui exploite un fonds en dépit d’un refus d’autorisation d’exploiter devenu définitif ne peut bénéficier d’aucune aide publique à caractère économique accordée en matière agricole. » Perdre les aides pendant que l’on risque une amende par hectare et la nullité du bail rend l’occupation sans droit particulièrement coûteuse.
Qui reçoit la mise en demeure ? L’exploitant contrevenant, c’est-à-dire celui qui met en valeur sans l’autorisation requise. Dans les montages sociétaires, la question de savoir qui doit déposer la demande a donné lieu à un apport important de la Cour de cassation dans son arrêt du 26 octobre 2023 : lorsqu’une personne déjà associée d’une société agricole devient associée d’une autre société agricole et que les surfaces cumulées dépassent le seuil du SDREA, la demande doit être présentée par le nouvel associé, qui réalise ainsi un agrandissement de son exploitation, et non par la société dont il a racheté des parts (Cass. 3e civ., 26 octobre 2023, n° 21-24.231). En pratique, l’associé qui cumule des participations dans plusieurs structures doit additionner les surfaces et déposer sa propre demande : l’oubli de cette démarche personnelle est une cause fréquente d’irrégularité dans les GAEC, EARL et SCEA.
Le bailleur n’est pas destinataire de la mise en demeure, mais il n’est pas démuni pour autant. D’une part, le preneur doit lui déclarer, dès la conclusion du bail, la superficie et la nature des biens qu’il exploite déjà, avec mention expresse dans le bail : cette déclaration permet au bailleur de détecter l’agrandissement soumis à autorisation. D’autre part, une fois la mise en demeure restée sans effet, le bailleur compte au nombre des titulaires de l’action en nullité, aux côtés du préfet du département et de la SAFER préemptrice. La SAFER ne peut agir que lorsqu’elle exerce son droit de préemption, ce qui limite son intervention aux ventes du fonds loué.
B. La nullité du bail devant le tribunal paritaire et sa prescription de cinq ans
Le lien entre le contrôle administratif et le contrat de bail est posé par l’article L. 331-6 : « la validité du bail ou de sa cession est subordonnée à l’octroi de cette autorisation » dès lors que le preneur est tenu d’obtenir l’autorisation, et le refus définitif ou le défaut de demande dans le délai imparti « emporte la nullité du bail ». Seul le tribunal paritaire des baux ruraux peut prononcer cette nullité, à la demande du préfet du département, du bailleur ou de la SAFER préemptrice. Ni le préfet saisi au titre de la police des structures ni le bailleur de sa propre autorité ne peuvent anéantir le bail : il faut un jugement.
L’arrêt de la troisième chambre civile du 26 octobre 2023 a fixé les deux règles qui gouvernent aujourd’hui cette action. D’abord, sa recevabilité suppose toujours une mise en demeure préalable restée sans effet : la Cour juge que l’exercice de l’action en nullité suppose dans tous les cas que le locataire contrevenant ait été mis en demeure et que le délai imparti soit expiré. Un bailleur qui saisirait directement le tribunal paritaire sans mise en demeure préfectorale verrait sa demande déclarée irrecevable, même si l’absence d’autorisation est établie. Ensuite, la prescription quinquennale ne court pas à compter de la signature du bail, mais à compter de l’expiration du délai de mise en demeure : « l’action en nullité d’un bail formée sur le fondement de l’article L. 331-6 précité se prescrit par cinq ans à compter du jour où le titulaire de l’action a connu ou aurait dû connaître qu’était expiré le délai imparti au locataire, dans la mise en demeure prévue par l’article L. 331-7 précité, pour régulariser sa situation. » Ce rattachement au droit commun de l’article 2224 du code civil, selon lequel « Les actions personnelles ou mobilières se prescrivent par cinq ans à compter du jour où le titulaire d’un droit a connu ou aurait dû connaître les faits lui permettant de l’exercer. », avait été plaidé par le pourvoi, qui soutenait que le délai courait depuis la conclusion du bail en 2011 ; la Cour l’a rejeté et a retenu comme point de départ l’expiration du délai fixé par la mise en demeure de décembre 2019. Pour les baux anciens, la solution rouvre donc des actions que l’on croyait prescrites, à condition qu’une mise en demeure récente soit intervenue.
Les effets de la nullité prononcée doivent être distingués de la résiliation pour faute du statut du fermage. La nullité anéantit le bail rétroactivement et prive le preneur de tout droit au maintien, sans indemnité de preneur sortant assise sur un bail valable ; le juge règle les restitutions et l’occupation indue selon les circonstances. La résiliation, elle, suppose une faute limitativement énumérée : « le bailleur ne peut demander la résiliation du bail que s’il justifie de l’un des motifs suivants », parmi lesquels les défauts répétés de paiement, les agissements compromettant la bonne exploitation ou la contravention aux règles de cession et de sous-location. Le défaut d’autorisation d’exploiter ne figure pas dans cette liste : il relève de la nullité de l’article L. 331-6, pas de la résiliation de l’article L. 411-31. Confondre les deux voies expose le bailleur à un rejet : demander la résiliation pour un motif inexistant au lieu de faire constater la nullité après mise en demeure fait perdre des mois.
En pratique, le chemin du bailleur se déroule en cinq temps. Premier temps, vérifier le champ : le preneur dépasse-t-il le seuil du SDREA, la déclaration de surfaces du bail est-elle sincère, l’opération entre-t-elle dans les cas soumis quelle que soit la surface ? Deuxième temps, signaler la situation au préfet du département et solliciter la mise en demeure, tout en conservant la preuve des échanges. Troisième temps, laisser expirer le délai de régularisation, puis constater l’échec : demande non déposée, ou refus devenu définitif après épuisement des recours administratifs. Quatrième temps, saisir le tribunal paritaire des baux ruraux en nullité sur le fondement de l’article L. 331-6, en joignant le bail, la mise en demeure avec sa notification, la décision de refus définitive le cas échéant et les pièces établissant le dépassement de seuil. Cinquième temps, articuler avec les autres procédures : congé en cours, préemption SAFER lors d’une vente, aides perdues par le preneur. Pour une vision d’ensemble du contentieux récent des baux ruraux, notre synthèse des arrêts 2026 sur le statut du fermage et la préemption replace ces questions dans leur contexte jurisprudentiel. Côté preneur visé par une mise en demeure, la priorité est inverse : déposer vite une demande complète, contester le refus dans les deux mois devant le tribunal administratif, et négocier avec le bailleur plutôt que de laisser l’action en nullité prospérer.
Conclusion
Un refus d’autorisation d’exploiter se conteste devant le tribunal administratif dans les deux mois, avec un dossier centré sur le SDREA et la comparaison des priorités ; l’exploitation sans autorisation se traite par la mise en demeure préfectorale, avec amende par hectare et perte des aides à la clé ; et le bail rural irrégulier s’anéantit par la nullité prononcée par le tribunal paritaire, dans les cinq ans de l’expiration de la mise en demeure. Trois erreurs reviennent sans cesse : saisir le tribunal paritaire sans mise en demeure préalable, confondre nullité du bail et résiliation pour faute, et calculer la prescription depuis la signature du bail au lieu de l’expiration du délai préfectoral. Éviter ces trois pièges, vérifier le SDREA applicable et conserver chaque notification avec sa date : à ces conditions, le contrôle des structures devient un instrument prévisible au lieu d’une menace obscure.
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