Depuis le 1er septembre 2026, votre entreprise reçoit des factures électroniques et vos fournisseurs vous demandent d’en émettre. Puis tout se bloque : une facture est rejetée par la plateforme, le format ne passe pas, une mention manque, et votre expert-comptable vous annonce que la TVA de 8 000 euros ne peut pas être déduite. Quelques semaines plus tard, le fournisseur vous réclame des pénalités de retard pendant que l’administration vous menace d’une amende pour facture non conforme. Qui doit corriger ? Pouvez-vous suspendre le paiement ? Comment récupérer la TVA et contester le redressement ? Cet article répond point par point, avec les textes applicables en septembre 2026, deux arrêts récents qui tranchent ces litiges et la marche à suivre à Paris et en Île-de-France. Le ministère de l’Économie consacre à cette entrée en vigueur un dossier complet (tout savoir sur la facturation électronique pour les entreprises).
I. Facture électronique rejetée ou non conforme : pourquoi votre TVA est bloquée et comment contraindre votre fournisseur
A. Facture électronique rejetée depuis septembre 2026 : format, mentions obligatoires et annuaire, comment vérifier ce qui bloque ?
La première étape consiste à identifier la cause exacte du rejet, car le remède dépend du défaut constaté. Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises établies en France et assujetties à la TVA doivent être capables de recevoir des factures électroniques, tandis que l’obligation d’émettre s’applique progressivement selon la taille de l’entreprise, en commençant par les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire. Concrètement, une facture n’est plus un simple PDF joint à un courriel : elle doit transiter par une plateforme agréée ou par le portail public de facturation, dans un format structuré qui autorise un traitement automatisé, comme Factur-X, UBL ou CII. Un PDF ordinaire déposé hors circuit est donc rejeté, même si son contenu est exact.
Le fondement de cette exigence figure dans le Code général des impôts, qui dispose que « Tout assujetti est tenu de s’assurer qu’une facture est émise, par lui-même, ou en son nom et pour son compte, par son client ou par un tiers », et précise que « Les factures électroniques sont émises et reçues sous une forme électronique quelle qu’elle soit ». Le même article ajoute qu’un décret fixe les mentions obligatoires, notamment « les éléments d’identification des parties, les données concernant les biens livrés ou les services rendus et celles relatives à la détermination de la taxe sur la valeur ajoutée ». À compter de septembre 2026, quatre nouvelles mentions obligatoires s’ajoutent aux factures, et leur absence suffit à provoquer un rejet ou un redressement.
Parallèlement, le Code de commerce impose entre professionnels une facturation complète : « Tout achat de produits ou toute prestation de service pour une activité professionnelle fait l’objet d’une facturation ». La facture doit mentionner le nom et l’adresse des parties, la date de la vente ou de la prestation, la quantité, la dénomination précise, le prix unitaire hors TVA des produits vendus et des services rendus ainsi que toute réduction de prix acquise à la date de la vente ou de la prestation et directement liée à cette opération. Vérifiez donc en premier lieu ces mentions sur la facture litigieuse : numéro SIREN du fournisseur, adresse de facturation exacte, date, détail des prestations, taux et montant de TVA. Une erreur sur l’un de ces points rend la facture inexploitable pour votre comptabilité et pour l’administration.
En pratique, distinguez trois situations. Premièrement, le rejet technique : la facture n’arrive pas jusqu’à vous parce que votre fiche annuaire est incomplète, que votre plateforme n’est pas raccordée ou que le fournisseur a saisi un mauvais identifiant. Dans ce cas, connectez-vous à votre plateforme, vérifiez votre fiche dans l’annuaire national, contrôlez le statut des flux des derniers jours et demandez au fournisseur la preuve de dépôt avec l’accusé correspondant. Deuxièmement, le rejet sémantique : la facture arrive mais votre outil la signale comme non conforme, parce qu’une mention manque ou qu’un montant ne correspond pas au bon de commande. Troisièmement, la facture conforme en apparence mais fausse sur le fond, par exemple avec un montant de TVA erroné : c’est le cas le plus dangereux, car le paiement fige le litige. Dans les trois cas, conservez toutes les traces, car le Code général des impôts exige que l’authenticité de l’origine, l’intégrité du contenu et la lisibilité de chaque facture soient garanties de son émission jusqu’à la fin de sa conservation, et ces journaux de rejet constitueront vos preuves.
Le point central pour votre trésorerie tient à la TVA. Le principe est favorable : « La taxe sur la valeur ajoutée qui a grevé les éléments du prix d’une opération imposable est déductible de la taxe sur la valeur ajoutée applicable à cette opération ». Mais ce droit suppose une facture régulière. Tant que la facture rejetée ou erronée n’est pas corrigée, votre expert-comptable a raison de bloquer la déduction : déduire une TVA sur une facture non conforme expose votre société au rappel de taxe, aux intérêts et à l’amende. La solution ne consiste donc pas à forcer la déduction, mais à obtenir rapidement une facture rectificative, comme l’explique la suite.
B. Fournisseur qui refuse de corriger sa facture : mise en demeure, facture rectificative et preuve du paiement
Lorsque le défaut est établi, la loi place l’acheteur en position de force pour exiger la correction. Le Code de commerce est explicite : le vendeur délivre la facture dès la réalisation de la livraison ou de la prestation, et « L’acheteur est tenu de la réclamer ». Ce droit de réclamer une facture régulière emporte le droit d’exiger une facture rectificative quand la première comporte une erreur sur les mentions, les montants ou la TVA. Adressez au fournisseur une mise en demeure écrite, par courriel suivi d’une lettre recommandée avec accusé de réception, qui décrit précisément le défaut constaté, vise la facture par son numéro et sa date, fixe un délai de correction de huit à quinze jours et annonce qu’à défaut vous suspendrez le paiement du supplément contesté et saisirez le tribunal. Joignez à ce courrier la copie de la facture litigieuse, le message de rejet de la plateforme ou le relevé de votre expert-comptable qui bloque la déduction.
Les juges sanctionnent le fournisseur qui s’abstient de corriger alors que l’erreur est établie. La cour d’appel de Toulouse l’a jugé le 9 décembre 2025 dans un litige où un transporteur avait facturé une TVA erronée après une erreur de déclaration en douane : « La société BVFL conteste le paiement de la facture qui lui a été adressée, dans la mesure où elle comporte une erreur sur la TVA applicable, ce qui la contraint non seulement à payer plus que le montant qui aurait dû lui être facturé, mais qui par ailleurs fait obstacle à toute déduction de la TVA » (cour d’appel de Toulouse, 2e chambre, 9 décembre 2025, RG n° 23/04457). La cour rappelle le fondement de cette solution : « les contrats légalement formés tiennent lieu de loi à ceux qui les ont faits ; ils doivent être négociés, formés et exécutés de bonne foi ». Autrement dit, le fournisseur qui a commis l’erreur et refuse d’émettre une facture rectificative manque à son obligation d’exécution de bonne foi, et le client qui a proposé par écrit de payer une facture au montant exact se trouve dans une position juridiquement solide.
Sur le paiement lui-même, adoptez une position nuancée qui protège vos droits sans vous exposer. Payez sans délai la partie non contestée de la facture, c’est-à-dire le prix hors TVA exacte et la TVA au montant correct, et indiquez par écrit que le solde correspondant à l’erreur restera suspendu jusqu’à réception de la facture rectificative. Cette consignation partielle documentée démontre votre bonne foi si le fournisseur vous assigne en paiement ou vous applique des pénalités de retard. À l’inverse, ne laissez pas passer sans protestation une facture que vous savez fausse : entre commerçants, une facture acceptée sans réserve peut servir de preuve de la créance, alors que « A l’égard des commerçants, les actes de commerce peuvent se prouver par tous moyens à moins qu’il n’en soit autrement disposé par la loi ». Protestez donc par écrit dès la réception, avant toute échéance, et conservez la preuve de chaque envoi.
Si le fournisseur persiste dans son refus après la mise en demeure, deux voies s’ouvrent. La voie rapide consiste à saisir en référé le tribunal des activités économiques de votre ressort pour obtenir sous astreinte l’émission de la facture rectificative, en produisant la facture erronée, la mise en demeure restée sans effet et l’attestation de votre expert-comptable sur le blocage de la TVA. La voie du fond permet de demander au tribunal la condamnation du fournisseur à émettre la facture rectificative, le remboursement du trop-perçu et des dommages-intérêts correspondant au préjudice de trésorerie, comme la TVA indûment avancée ou la perte de la déduction. Agissez vite : « Les obligations nées à l’occasion de leur commerce entre commerçants ou entre commerçants et non-commerçants se prescrivent par cinq ans si elles ne sont pas soumises à des prescriptions spéciales plus courtes », et chaque mois qui passe sans facture rectificative aggrave votre exposition en cas de contrôle fiscal.
II. Amende, redressement TVA et pénalités de retard : calculer ce que vous risquez et contester pas à pas
A. Amende pour facture non conforme, TVA rappelée et pénalités de retard entre professionnels : comment calculer ce que vous devez vraiment ?
Le premier risque chiffré vise le fournisseur, mais il peut rejaillir sur vous. Le Code général des impôts sanctionne lourdement les manquements à la facturation : l’amende frappe notamment « De la transaction, le fait de ne pas délivrer une facture ou la note prévue à l’article 290 quinquies et de ne pas comptabiliser la transaction », ainsi que « De la facture, le fait de délivrer une facture ne correspondant pas à une livraison ou à une prestation de service réelle ». Le texte ajoute une mise en garde directe pour les clients : « Le client professionnel est solidairement tenu au paiement de cette amende », avec une atténuation importante, car « lorsque la transaction a été comptabilisée, l’amende est réduite à 5 % ». Concrètement, si vous avez comptabilisé l’opération réelle et conservé les preuves de la livraison ou de la prestation, vous échappez à l’essentiel du risque d’amende, même si la facture du fournisseur est défectueuse. C’est une raison supplémentaire de tenir une comptabilité rigoureuse et de garder les bons de livraison, les procès-verbaux de réception et les échanges avec le fournisseur.
Le deuxième risque est le rappel de la TVA déduite à tort. Lorsque l’administration constate au cours d’un contrôle que la TVA a été déduite sur une facture irrégulière, elle rappelle la taxe et applique des intérêts de retard, outre une majoration dont le taux dépend du comportement relevé. La parade légale figure dans le Code général des impôts : « L’imputation ou la restitution est subordonnée à la justification, auprès de l’administration, de la rectification préalable de la facture initiale ». Présentez donc au vérificateur, dès le début du contrôle, la facture rectificative obtenue du fournisseur ou, à défaut, la preuve de vos démarches écrites pour l’obtenir, comme la mise en demeure et les relances. Cette diligence démontre l’absence de manœuvre et limite la majoration au minimum. Si la rectification intervient en cours de contrôle, demandez expressément au vérificateur d’en tenir compte avant la proposition de rectification définitive.
Le troisième poste concerne les relations entre vous et le fournisseur : les pénalités de retard et l’indemnité de recouvrement. Le Code de commerce encadre strictement les délais : « le délai de règlement des sommes dues ne peut dépasser trente jours après la date de réception des marchandises ou d’exécution de la prestation demandée », et le délai convenu ne peut dépasser soixante jours après l’émission de la facture, ou quarante-cinq jours fin de mois s’il est expressément stipulé sans abus manifeste. Les conditions de règlement doivent préciser le taux des pénalités : « Les conditions de règlement mentionnées au I de l’article L. 441-1 précisent les conditions d’application et le taux d’intérêt des pénalités de retard exigibles le jour suivant la date de règlement figurant sur la facture ». À défaut de taux conventionnel, le taux légal s’applique, avec un plancher égal au taux directeur de la Banque centrale européenne majoré de dix points, et l’indemnité forfaitaire pour frais de recouvrement s’ajoute de plein droit : « Le montant de l’indemnité forfaitaire pour frais de recouvrement prévue au II de l’article L. 441-10 est fixé à 40 euros ».
Les juges appliquent ces textes sans hésitation quand les factures impayées sont établies. La cour d’appel de Rennes a ainsi condamné le 7 janvier 2025 un donneur d’ordre à payer le solde des factures « assortie des intérêts au taux légal BCE majoré de 10 point à compter du 7 février 2022 ainsi que le montant de l’indemnité forfaitaire de 40 euros pour frais de recouvrement » (cour d’appel de Rennes, 3e chambre commerciale, 7 janvier 2025, RG n° 24/01009). Pour chiffrer votre risque ou votre créance, prenez un exemple simple : une facture de 20 000 euros hors TVA payée avec quarante-cinq jours de retard, avec un taux BCE de 2 % retenu à titre d’exemple, produit un taux de pénalités de 12 % l’an, soit environ 295 euros d’intérêts pour la période, auxquels s’ajoutent 40 euros d’indemnité forfaitaire par facture impayée, sans préjudice d’une indemnisation complémentaire sur justification. Vérifiez donc ligne par ligne le décompte du fournisseur : date d’échéance réelle, taux appliqué, nombre d’indemnités réclamées, et opposez-lui par écrit votre propre décompte quand la facture initiale était erronée, car le retard provoqué par sa faute ne saurait vous être imputé.
B. Redressement TVA contesté et litige fournisseur à Paris et en Île-de-France : où agir, dans quel délai et avec quelles pièces ?
Si le contrôle fiscal débouche sur une proposition de rectification qui rappelle la TVA déduite sur la facture litigieuse, réagissez dans le délai indiqué par le courrier, généralement trente jours pour présenter vos observations écrites. La première réponse doit joindre la facture rectificative si vous l’avez obtenue entre-temps, ou le dossier complet de vos diligences : mise en demeure au fournisseur, relances, preuve du paiement de la partie non contestée, attestation de l’expert-comptable sur le blocage de la déduction et justificatifs de la réalité de la livraison ou de la prestation. Demandez parallèlement un entretien avec l’interlocuteur départemental ou un recours hiérarchique auprès du supérieur du vérificateur, car ces voies internes permettent souvent de faire constater que l’erreur vient du fournisseur et que votre société a agi de bonne foi. Si le désaccord persiste, déposez une réclamation contentieuse auprès du service des impôts des entreprises dont vous dépendez, puis saisissez le tribunal administratif en cas de rejet : pour une entreprise parisienne, le tribunal administratif de Paris est compétent, tandis que les sociétés de la petite et de la grande couronne relèvent des tribunaux de Montreuil, Cergy-Pontoise, Melun ou Versailles selon le siège. Le délai de recours contentieux est de deux mois à compter de la décision de rejet, et la requête doit chiffrer précisément le rappel contesté, mois de TVA par mois de TVA.
Pour le litige contre le fournisseur, le tribunal compétent à Paris et en Île-de-France est le tribunal des activités économiques de Paris pour les sociétés dont le siège se trouve dans la capitale, ou le tribunal de commerce du siège du défendeur dans les autres cas, sauf clause attributive de juridiction valable entre commerçants. En cas d’urgence, quand le fournisseur menace de suspendre ses livraisons ou vous assigne en paiement du supplément erroné, le juge des référés peut ordonner sous astreinte l’émission de la facture rectificative et suspendre provisoirement les poursuites sur la part contestée. Au fond, demandez la condamnation du fournisseur à émettre la facture rectificative sous astreinte, le remboursement du trop-perçu majoré des intérêts, le remboursement des pénalités et majorations fiscales que son erreur vous a fait subir, ainsi que des dommages-intérêts pour le préjudice de trésorerie et le coût de mobilisation de vos équipes et de votre conseil. Chiffrez chaque poste avec des pièces : avis de contrôle, proposition de rectification, relevés bancaires montrant la TVA avancée, factures d’honoraires de l’expert-comptable pour le retraitement des déclarations.
Constituez dès maintenant un dossier en six blocs, que votre avocat pourra exploiter devant l’administration comme devant le tribunal. Premier bloc : la facture litigieuse, le message de rejet de la plateforme ou le signalement de non-conformité, et la facture rectificative si elle existe. Deuxième bloc : le contrat ou le bon de commande, les bons de livraison ou les procès-verbaux de réception, et toute preuve de la réalité de la prestation. Troisième bloc : la mise en demeure au fournisseur, les relances et leurs accusés de réception, avec la preuve du paiement de la partie non contestée. Quatrième bloc : l’attestation de l’expert-comptable sur le blocage de la déduction et les déclarations de TVA rectifiées ou en attente. Cinquième bloc : les courriers de l’administration, proposition de rectification, réponses et réclamation. Sixième bloc : le décompte chiffré des préjudices, TVA avancée, intérêts, honoraires et perte d’exploitation. Les entreprises parisiennes et franciliennes gagnent à centraliser ces pièces dans un classeur numérique partagé avec leur conseil, car les calendriers du contrôle fiscal et du litige commercial courent en parallèle et les mêmes documents servent dans les deux procédures. Si votre fournisseur est lui-même établi à Paris ou en Île-de-France, une convocation à une médiation interentreprises ou une mise en demeure remise par commissaire de justice à son siège accélère souvent la délivrance de la facture rectificative sans passer par un procès complet.
Conclusion
Une facture électronique rejetée ou non conforme depuis septembre 2026 n’est pas une fatalité comptable : la TVA bloquée se récupère par une facture rectificative exigée par écrit, l’amende se neutralise par une comptabilité probante et des diligences documentées, et le redressement se conteste mois par mois devant l’administration puis devant le tribunal administratif. Le fournisseur qui a commis l’erreur et refuse de corriger s’expose à une condamnation sous astreinte et au remboursement de tous les surcoûts qu’il vous a causés, tandis que les pénalités de retard qu’il vous réclame doivent être vérifiées ligne par ligne au regard du taux légal et de sa propre faute. Gardez chaque preuve, payez ce qui n’est pas contesté, écrivez ce que vous contestez, et faites vérifier le décompte final avant de signer un protocole. Pour approfondir le traitement comptable de la facture manquante, vous pouvez aussi consulter notre analyse sur la facture électronique non reçue et la TVA bloquée.
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