La fiscalité du bail commercial : la construction prétorienne d’un équilibre entre liberté contractuelle et ordre public du statut

Le statut des baux commerciaux, régi par les articles L. 145-1 et suivants du Code de commerce, encadre minutieusement les rapports entre bailleur et preneur. Pourtant, la dimension fiscale de cette relation contractuelle demeure largement sous-estimée dans la pratique contentieuse, alors même qu’elle conditionne l’équilibre économique du bail. La taxe foncière, la taxe d’enlèvement des ordures ménagères, la TVA sur les loyers et les droits d’enregistrement constituent autant de charges dont la répartition entre les parties a donné lieu, depuis 2023, à une construction prétorienne remarquable de la troisième chambre civile de la Cour de cassation. L’arrêt rendu le 29 janvier 2026 (pourvoi n° 24-17.227, FS-B) dans l’affaire Decathlon contre Epargne Foncière marque une étape décisive de cette construction, en rappelant avec force que le transfert de la taxe foncière au preneur, sans contrepartie, constitue un facteur de diminution de la valeur locative à prendre en compte dans la fixation de l’indemnité d’occupation statutaire. Cette jurisprudence s’inscrit dans une ligne directrice constante : le juge judiciaire entend empêcher que la liberté contractuelle ne serve à contourner les principes d’ordre public du statut des baux commerciaux. La présente analyse se propose d’examiner, en deux temps, le régime de la répartition contractuelle des impositions foncières, puis celui de l’assujettissement à la TVA et de la formalité de l’enregistrement.

I. La répartition contractuelle de l’imposition foncière : un équilibre sous contrôle prétorien

A. Le principe de la charge du bailleur et l’exigence d’une clause expresse et précise

La taxe foncière sur les propriétés bâties, régie par les articles 1380 et suivants du Code général des impôts, est due par le propriétaire de l’immeuble au 1er janvier de l’année d’imposition. Le bailleur, en sa qualité de propriétaire, en est donc le redevable légal. Cette règle de droit commun, qui constitue une obligation incombant normalement au bailleur au sens de l’article R. 145-8 du Code de commerce, ne saurait être écartée que par une stipulation contractuelle expresse. La troisième chambre civile a rappelé ce principe avec une netteté particulière dans son arrêt du 16 mai 2024 (pourvoi n° 22-19.830, FS-D), aux termes duquel « la taxe d’enlèvement des ordures ménagères ne peut être mise à la charge du locataire d’un bail commercial qu’en vertu d’une clause claire et précise ». La Cour de cassation cassait ainsi l’arrêt de la cour d’appel de Versailles qui avait déduit d’une clause générale de remboursement de « la totalité des charges afférentes directement ou indirectement aux locaux loués » que la locataire s’était engagée à supporter la taxe d’enlèvement des ordures ménagères. La motivation de l’arrêt du 16 mai 2024 est sans équivoque : la clause générale de transfert de charges ne satisfait pas à l’exigence de précision requise par l’article 1134 ancien du Code civil, dans sa rédaction antérieure à l’ordonnance du 10 février 2016. L’arrêt précise qu’« en l’absence d’une stipulation claire et précise du bail commercial mettant à la charge de la locataire la taxe d’enlèvement des ordures ménagères, la cour d’appel a violé le texte susvisé ». Par ailleurs, la jurisprudence de la Cour de cassation impose que le transfert conventionnel de la taxe foncière soit assorti d’une contrepartie, à défaut de quoi le transfert est qualifié de clause exorbitante, constitutive d’un facteur de diminution de la valeur locative. Ce mécanisme correctif, fondé sur les articles L. 145-33 et R. 145-8 du Code de commerce, est au cœur de la construction prétorienne récente de la troisième chambre civile.

B. La sanction du transfert implicite : l’abattement de valeur locative comme mécanisme correcteur

Le transfert conventionnel de la taxe foncière au preneur, lorsqu’il n’est pas assorti d’une contrepartie, constitue une obligation exorbitante du droit commun du bail commercial. La troisième chambre civile en tire une conséquence majeure sur le plan de la fixation du loyer : ce transfert doit être pris en compte comme facteur de diminution de la valeur locative. L’arrêt rendu le 8 février 2024 (pourvoi n° 22-24.268, F-D) dans l’affaire Besson Chaussures rappelle que « sauf disposition expresse, le paiement de la taxe foncière est à la charge du bailleur et les obligations incombant normalement au bailleur, dont celui-ci s’est déchargé sur le locataire sans contrepartie, constituent un facteur de diminution de la valeur locative ». La Cour censurait l’arrêt de la cour d’appel de Montpellier qui avait refusé d’appliquer un abattement au motif que « ce transfert de charges était couramment pratiqué dans le secteur » et que les termes de comparaison retenus par l’expert correspondaient à des baux avec taxe foncière à la charge du preneur. La pratique sectorielle ne saurait donc tenir en échec les dispositions d’ordre public des articles L. 145-33 et R. 145-8 du Code de commerce. L’arrêt du 29 janvier 2026 (pourvoi n° 24-17.227, FS-B) dans l’affaire Decathlon France contre Epargne Foncière a prolongé cette jurisprudence en l’appliquant à l’indemnité d’occupation statutaire due par le preneur ayant exercé son droit d’option. La Cour énonce que « si le bail met à la charge du locataire, sans contrepartie, le paiement de la taxe foncière qui incombe normalement au bailleur, ce transfert constitue un facteur de diminution de la valeur locative à laquelle doit être fixée l’indemnité d’occupation statutaire ». Cette solution s’appuie sur le visa combiné des articles L. 145-33, L. 145-57 et R. 145-8 du Code de commerce et rappelle que l’indemnité d’occupation statutaire, qui se substitue rétroactivement au loyer, doit être fixée selon les mêmes critères que le loyer du bail renouvelé. En conséquence, la Cour de cassation a censuré l’arrêt de la cour d’appel de Grenoble qui avait fixé la valeur locative sans la minorer du fait de la clause mettant la taxe foncière à la charge du preneur. Cette construction prétorienne, qui s’est affinée de 2023 à 2026, impose désormais au juge des loyers commerciaux d’appliquer un abattement systématique lorsque le bail transfère au preneur une charge incombant normalement au bailleur, sauf à ce que ce transfert soit justifié par une contrepartie équivalente.

II. L’assujettissement à la TVA et la formalité de l’enregistrement : un régime dual source de contentieux

A. L’option pour l’assujettissement à la TVA et ses conséquences contentieuses

La location de locaux nus à usage professionnel est, en principe, exonérée de TVA en application de l’article 261 D du Code général des impôts. Toutefois, le bailleur peut opter pour l’assujettissement à la TVA en vertu de l’article 260-5° du même code, ce qui lui permet de déduire la TVA ayant grevé les dépenses de construction, d’acquisition ou de rénovation de l’immeuble. Cette option, qui emporte l’obligation de facturer la TVA sur les loyers, produit des effets significatifs sur l’équilibre financier du bail. Lorsque le bailleur a opté pour la TVA, il doit délivrer au preneur des quittances mentionnant le montant de la taxe facturée, afin de lui permettre d’exercer son droit à déduction. Le défaut de délivrance de ces quittances expose le bailleur à devoir réparer le préjudice subi par le preneur, privé de la possibilité de récupérer la TVA qu’il a acquittée. L’arrêt du 16 mars 2023 (pourvoi n° 21-26.023) illustre cette problématique : un locataire commercial, auquel la bailleresse n’avait pas délivré les quittances de loyer mentionnant la TVA, s’était trouvé dans l’impossibilité de récupérer la taxe acquittée pendant plusieurs années. La cour d’appel de Lyon avait retenu que la parcelle donnée à bail n’était pas soumise de principe à la TVA, l’option en ce sens n’étant pas établie, et que la locataire, ayant versé un loyer augmenté de la TVA « de son propre chef », ne pouvait reprocher à la bailleresse d’être à l’origine de son préjudice. La Cour de cassation a toutefois estimé que le moyen n’était pas de nature à entraîner la cassation et a rejeté le pourvoi. Par ailleurs, la question de l’assujettissement à la TVA peut également avoir une incidence lors de la fixation du loyer du bail renouvelé. En effet, la valeur locative est déterminée hors taxes et hors charges, de sorte que l’option pour la TVA, lorsqu’elle est exercée par le bailleur, ne constitue pas en elle-même un facteur de variation de la valeur locative, mais pèse sur le montant effectivement supporté par le preneur qui ne peut déduire la TVA que s’il est lui-même assujetti. Ainsi, le choix de l’option TVA par le bailleur, bien qu’il relève de sa seule décision, emporte des conséquences qui doivent être mesurées par les parties lors de la conclusion du bail, sous peine de générer des déséquilibres significatifs.

B. L’obligation d’enregistrement du bail commercial et les droits de mutation

Le bail commercial est soumis à la formalité de l’enregistrement dans le mois de sa signature, en application de l’article 635-2-4° du Code général des impôts. Le défaut d’enregistrement ne prive pas le bail de sa validité entre les parties, mais il emporte deux conséquences principales : d’une part, il rend le bail inopposable à l’administration fiscale, ce qui prive le preneur de la possibilité de déduire fiscalement les loyers versés au titre de ses charges d’exploitation ; d’autre part, il empêche le bailleur de se prévaloir de la date certaine du contrat à l’égard des tiers, notamment en cas de vente de l’immeuble loué. Les droits d’enregistrement sont liquidés sur le prix exprimé augmenté des charges imposées au preneur, au taux proportionnel applicable selon la nature du bien et la durée du bail. La jurisprudence de la Cour de cassation a eu l’occasion de préciser que l’enregistrement du bail commercial constitue une formalité substantielle, dont le défaut peut avoir des conséquences procédurales notables. La troisième chambre civile rappelle régulièrement que l’obligation d’enregistrement pèse solidairement sur les deux parties, bien que la pratique attribue souvent cette charge au seul preneur. En toute hypothèse, le défaut d’enregistrement du bail ne saurait être invoqué par le bailleur pour se soustraire à ses obligations contractuelles. Cette règle est le corollaire du principe selon lequel l’enregistrement est une formalité fiscale, et non une condition de validité du contrat. Enfin, il convient de rappeler que la cession du droit au bail est elle-même soumise à des droits d’enregistrement distincts, liquidés au taux proportionnel sur le prix de cession, en application de l’article 719 du Code général des impôts. Cette imposition, qui s’ajoute à la fiscalité applicable au bail en cours, représente un coût non négligeable pour les parties, que la pratique contractuelle doit anticiper.

Conclusion

La construction prétorienne de la troisième chambre civile de la Cour de cassation, sur la période 2023-2026, a considérablement renforcé le contrôle judiciaire de la répartition des charges fiscales dans le bail commercial. Le principe posé par l’arrêt du 29 janvier 2026 est clair : le transfert conventionnel d’une imposition incombant normalement au bailleur ne peut produire ses effets que s’il est expressément stipulé et assorti d’une contrepartie équivalente. À défaut, ce transfert constitue un facteur de diminution de la valeur locative dont le juge des loyers commerciaux doit tenir compte dans la fixation du loyer renouvelé ou de l’indemnité d’occupation statutaire. La pratique devra intégrer cette grille de lecture, qui impose aux rédacteurs de baux commerciaux une rigueur accrue dans la rédaction des clauses de transfert de charges fiscales, et aux parties une anticipation des conséquences contentieuses de ces clauses. L’équilibre du bail commercial ne se mesure pas seulement au montant du loyer facial, mais également à la charge réelle supportée par chaque partie au titre des impositions attachées à l’immeuble loué.