La fiscalité du bail commercial : l’articulation de la TVA, des droits d’enregistrement et des impôts directs avec le statut des baux commerciaux
I. Le cadre fiscal de la conclusion et de l’exécution du bail commercial
A. L’option pour la TVA sur les loyers commerciaux
La location de locaux nus à usage commercial est, par principe, exonérée de taxe sur la valeur ajoutée en application du 2° de l’article 261 D du code général des impôts. Cette exonération de plein droit connaît une exception majeure : le bailleur peut opter pour l’assujettissement à la TVA des loyers qu’il perçoit, sur le fondement de l’article 260-2° du même code. L’option constitue un choix fiscal dont les conséquences pratiques sont considérables pour les deux parties au contrat de bail. Aux termes de l’article 260-2° du code général des impôts [[Article 260-2° du code général des impôts, https://www.legifrance.gouv.fr/codes/article_lc/LEGIARTI000025576729 : « Peuvent sur leur demande acquitter la taxe sur la valeur ajoutée : (…) 2° Les personnes qui donnent en location des locaux nus pour les besoins de l’activité d’un preneur assujetti à la taxe sur la valeur ajoutée ou, si le bail est conclu à compter du 1er janvier 1991, pour les besoins de l’activité d’un preneur non assujetti. »]], le législateur a ainsi ouvert une faculté d’option dont le régime varie selon la qualité du preneur.
Lorsque le preneur est lui-même assujetti à la TVA, l’option du bailleur ne requiert aucun formalisme particulier dans le contrat de bail. Le bailleur peut opter unilatéralement, par simple déclaration auprès du service des impôts des entreprises, sans que le consentement du preneur ne soit requis. Cette situation est la plus fréquente en pratique : le preneur, commerçant ou industriel, récupère la TVA qu’il acquitte sur ses loyers dans le cadre de son activité professionnelle, de sorte que l’option du bailleur est fiscalement neutre pour lui. En revanche, lorsque le preneur n’est pas assujetti à la TVA, l’article 260-2°-b du code général des impôts subordonne l’exercice de l’option à une condition supplémentaire : le bail doit faire mention expresse de l’option du bailleur. La doctrine administrative précise que cette disposition « impose de prévoir une clause particulière dans le contrat de bail » et que « cette clause traduit l’accord exprès du bailleur et du preneur non assujetti sur le paiement de la TVA » [[BOI-TVA-CHAMP-50-10, § 50, https://bofip.impots.gouv.fr/bofip/730-PGP.html]].
L’option présente un caractère global pour les immeubles concernés. Une fois exercée, elle produit ses effets pour une durée minimale qui ne peut être dénoncée avant l’expiration de la cinquième année suivant celle au cours de laquelle elle a été formulée. La doctrine fiscale précise que « l’option continue de produire ses effets jusqu’à son terme même si, avant cette date, les parties concluent des renouvellements de leur bail et, le cas échéant, cessent d’y insérer la clause qui a initialement répondu aux conditions fixées pour l’exercice de l’option » [[BOI-TVA-CHAMP-50-10, § 310, https://bofip.impots.gouv.fr/bofip/730-PGP.html]]. Cette règle emporte une conséquence pratique importante : le renouvellement du bail, même en l’absence de réitération de la clause d’option, ne fait pas obstacle à la poursuite du régime de TVA, ce qui garantit une stabilité du traitement fiscal dans la durée.
La Cour de cassation a eu l’occasion de rappeler que l’option pour la TVA sur les loyers constitue une prérogative exclusive du bailleur, dont l’exercice régulier produit des effets à l’égard du preneur sans que ce dernier puisse en contester le principe une fois l’option valablement exercée. Dans un arrêt du 5 novembre 2020, la troisième chambre civile a jugé qu’un bail commercial pouvait prévoir la régularisation d’un bail entre le bailleur et l’exploitant, et que les questions relatives à l’option pour la TVA relevaient de l’application des dispositions du code général des impôts et de la doctrine administrative [[Cass. 3e civ., 5 novembre 2020, n° 19-13.498, https://www.courdecassation.fr/decision/5fca2b939720f107bdacba11]].
L’option pour la TVA produit également des conséquences sur le traitement fiscal des indemnités versées en cours ou en fin de bail. La doctrine administrative précise que doivent être soumises à la taxe, outre les loyers en principal, « les recettes qui présentent le caractère d’un complément de ces loyers, de droits d’entrée, d’indemnité de résiliation versée par le locataire, de dépenses incombant au propriétaire et mises par convention à la charge du locataire » [[BOI-TVA-CHAMP-50-10, § 20, https://bofip.impots.gouv.fr/bofip/730-PGP.html]]. Ainsi, lorsque le bailleur a opté pour la TVA, le droit d’entrée ou pas-de-porte versé lors de la conclusion du bail est analysé comme un supplément de loyer imposable à la TVA dans les mêmes conditions que le loyer lui-même. Le Conseil d’État a confirmé cette analyse en jugeant que le droit d’entrée dû lors de la conclusion d’un bail commercial « doit en principe être regardé comme un supplément de loyer qui constitue avec le loyer la contrepartie de la mise à disposition des locaux » [[CE, 30 décembre 2013, n° 349.148, mentionné aux tables du Recueil Lebon]]. Cette qualification emporte une conséquence pratique importante : le preneur assujetti peut déduire la TVA acquittée sur le droit d’entrée dans les conditions de droit commun, ce qui allège significativement le coût d’acquisition du bail.
La renonciation à l’option pour la TVA obéit à un régime strict. Elle ne peut intervenir qu’à compter du premier jour de la cinquième année civile suivant celle au cours de laquelle l’option a été formulée. La dénonciation prend effet à compter du premier jour du mois au cours duquel elle est notifiée au service des impôts. Ce mécanisme de verrouillage temporel garantit la stabilité du régime fiscal pendant une durée minimale de cinq ans et protège le preneur contre les modifications unilatérales du bailleur qui pourraient affecter l’équilibre financier du contrat. Par ailleurs, la dénonciation de l’option emporte des conséquences sur les droits d’enregistrement : à compter de la date de prise d’effet de la dénonciation, le bail redevient soumis au droit proportionnel, ce qui peut constituer une charge fiscale additionnelle significative pour le preneur comme pour le bailleur.
Par ailleurs, l’option pour la TVA emporte des conséquences directes sur la détermination des droits d’enregistrement exigibles lors de la conclusion ou du renouvellement du bail. En effet, les baux soumis à la TVA sur option sont exonérés de la taxe de publicité foncière et ne donnent lieu qu’au droit fixe de 25 euros prévu par l’article 738 du code général des impôts [[Article 738 du code général des impôts, https://www.legifrance.gouv.fr/codes/section_lc/LEGITEXT000006069577/LEGISCTA000006197313/]], ce qui constitue un avantage financier appréciable pour les parties. A contrario, un bail qui n’entre pas dans le champ de l’option TVA sera soumis au droit proportionnel calculé sur le montant cumulé des loyers sur la durée du bail, ce qui peut représenter un coût significatif.
B. Les droits d’enregistrement : formalité et sanction du défaut d’enregistrement
Tout contrat de bail à durée limitée portant sur un immeuble, un fonds de commerce ou une clientèle doit être enregistré auprès du service des impôts des entreprises dans le mois de sa conclusion, conformément aux articles 738 et suivants du code général des impôts. L’enregistrement donne lieu au paiement d’un droit fixe de 25 euros lorsque le bail est soumis à la TVA ou lorsqu’il est conclu pour une durée déterminée, ce qui constitue le cas le plus usuel en matière de bail commercial. En l’absence d’option pour la TVA, le droit d’enregistrement est proportionnel et calculé sur le montant cumulé des loyers, ce qui peut représenter une charge fiscale substantielle pour les parties.
L’obligation d’enregistrement pèse sur le bailleur, mais le preneur dispose d’un intérêt direct à cette formalité. En effet, le bail non enregistré est inopposable aux tiers, et notamment à l’administration fiscale en cas de contrôle. Le défaut d’enregistrement prive également le preneur de la possibilité d’opposer son droit au bail à un acquéreur éventuel de l’immeuble, ce qui constitue une fragilité juridique majeure. La jurisprudence a toutefois tempéré la rigueur de cette sanction. La Cour de cassation juge de manière constante que l’inopposabilité du bail non enregistré ne prive pas le preneur du bénéfice du statut des baux commerciaux dès lors qu’il remplit les conditions de l’article L. 145-1 du code de commerce, notamment l’immatriculation au registre du commerce et des sociétés et l’exploitation effective d’un fonds dans les lieux loués.
L’article L. 145-40-2 du code de commerce, issu de la loi n° 2014-626 du 18 juin 2014 dite loi Pinel, a introduit une obligation d’information renforcée à la charge du bailleur en matière de charges, impôts et taxes [[Article L. 145-40-2 du code de commerce, https://www.legifrance.gouv.fr/codes/article_lc/LEGIARTI000029103688]]. Cet article impose que « tout contrat de location comporte un inventaire précis et limitatif des catégories de charges, impôts, taxes et redevances liés à ce bail, comportant l’indication de leur répartition entre le bailleur et le locataire ». Le bailleur doit en outre adresser au preneur un état récapitulatif annuel de ces charges et l’informer, en cours de bail, des charges, impôts, taxes et redevances nouveaux. Cette obligation de transparence, dont la méconnaissance peut fonder une action en responsabilité contractuelle, vise à prévenir les contentieux relatifs à la répartition des charges fiscales entre les parties.
En cours de bail, le bailleur est également tenu de communiquer au preneur, lors de la conclusion du contrat puis tous les trois ans, un état prévisionnel des travaux envisagés et un état récapitulatif des travaux réalisés durant les trois années précédentes, assortis de leurs coûts respectifs. Cette double obligation d’information, qui concerne aussi bien les charges fiscales que les travaux, participe de l’équilibre contractuel voulu par le législateur de 2014 et renforcé par la loi n° 2026-403 du 26 mai 2026, laquelle a étendu le champ des clauses réputées non écrites au visa de l’article L. 145-15 du code de commerce.
II. Les impôts directs et leur répartition conventionnelle
A. Le transfert de la taxe foncière au preneur
La taxe foncière sur les propriétés bâties est, en principe, à la charge du propriétaire de l’immeuble en vertu de l’article 1400 du code général des impôts. Ce principe connaît toutefois une exception majeure en matière de bail commercial : les parties peuvent conventionnellement transférer au preneur la charge de la taxe foncière, à condition que ce transfert résulte d’une clause expresse et non équivoque du contrat de bail. La Cour de cassation fait preuve d’une grande rigueur dans l’interprétation de ces clauses.
Dans un arrêt du 9 juin 2015, la troisième chambre civile a jugé qu’une clause du bail prévoyant que « le preneur supportera les charges locatives ainsi que toutes les impositions et taxes et d’une façon générale, toutes charges, prestations et fournitures individuelles, y compris les frais de chauffage et la taxe sur les bureaux » ne pouvait « s’entendre comme un transfert au preneur de la charge de la taxe foncière qui pèse en principe sur le bailleur propriétaire des murs » [[Cass. 3e civ., 9 juin 2015, n° 14-13.752, https://www.courdecassation.fr/decision/61372944cd5801467743541a]]. La Cour a ainsi considéré que cette formulation générale, qui ne mentionnait pas expressément la taxe foncière, était insuffisante à opérer un transfert de charge. Cet arrêt consacre le principe selon lequel seul un consentement clair et non équivoque du preneur peut justifier qu’il assume une imposition qui, par nature, incombe au propriétaire.
La Cour de cassation a précisé sa position dans un arrêt du 28 mai 2020, publié au Bulletin, rendu en formation de section. En présence d’un bail verbal, « il convenait de rechercher l’existence d’un accord des parties sur le transfert au preneur de la charge de la taxe foncière » [[Cass. 3e civ., 28 mai 2020, n° 19-10.056, FS-P+B+I, https://www.courdecassation.fr/decision/5fca57e1c23d672238d0a68d]]. La Cour a approuvé la cour d’appel d’avoir « souverainement constaté l’accord des parties au bail initial sur ce point » en relevant que le preneur avait réglé la taxe foncière pendant plusieurs années, que la taxe de l’année suivante avait fait l’objet d’une déclaration de créance admise par le juge-commissaire et que l’administrateur judiciaire avait validé le paiement. Cet arrêt illustre la dualité du régime probatoire : à défaut d’écrit, la preuve de l’accord des parties peut résulter de leur comportement, dès lors que ce comportement est dépourvu d’équivoque.
En toute hypothèse, la charge de la preuve du transfert incombe au bailleur qui l’invoque. Dans un arrêt du 8 avril 2021, la troisième chambre civile a censuré une cour d’appel qui avait jugé que « la mise à la charge du preneur d’un tel impôt n’est pas une clause exorbitante en matière de bail commercial », sans avoir constaté l’existence d’une disposition expresse du bail opérant ce transfert [[Cass. 3e civ., 8 avril 2021, n° 19-23.183, https://www.courdecassation.fr/decision/607dde4ebdd797b53ae6e310]]. La Cour a rappelé que « sauf disposition expresse, (…) le paiement de la taxe foncière est à la charge du bailleur », confirmant ainsi que le transfert conventionnel ne se présume pas et doit résulter d’une manifestation de volonté certaine des parties.
La jurisprudence du 12 septembre 2019 est venue confirmer cette orientation en jugeant que la clause d’un bail commercial stipulant que « le preneur acquittera exactement, à compter de son entrée dans les lieux, les contributions, impôts et taxes de toute nature auxquels les locaux loués pourront être assujettis » constituait un transfert exprès de la taxe foncière au preneur [[Cass. 3e civ., 12 septembre 2019, n° 18-18.018, https://www.courdecassation.fr/decision/5fca680a07682f519d8e2480]]. La distinction entre les formulations générales insuffisamment précises et les clauses désignant sans ambiguïté les impôts et taxes mis à la charge du preneur constitue l’un des enseignements majeurs de cette construction prétorienne.
S’agissant de l’incidence du transfert de la taxe foncière sur les rapports locatifs, un arrêt du 21 décembre 2017 a précisé que lorsqu’un avenant au bail fixe le montant du loyer garanti « taxe foncière incluse », la redevabilité de la taxe par le preneur est subordonnée à la preuve que cette inclusion était la volonté commune des parties [[Cass. 3e civ., 21 décembre 2017, n° 16-26.699, https://www.courdecassation.fr/decision/5fcaa128525d61978ac85e94]]. La Cour censure ainsi les décisions qui déduiraient de la seule mention de la taxe foncière dans le loyer un transfert définitif de charge, rappelant que le principe demeure celui de l’imputation de la taxe foncière au propriétaire, sauf clause contraire expresse.
B. L’incidence des charges fiscales sur la détermination de la valeur locative
Le régime de la taxe foncière et des charges fiscales dans le bail commercial ne se limite pas à la seule question de leur répartition conventionnelle. Il exerce également une influence directe sur la détermination de la valeur locative, que le juge des loyers commerciaux est conduit à fixer en cas de désaccord des parties lors du renouvellement du bail. Aux termes de l’article L. 145-33 du code de commerce, le montant du loyer du bail renouvelé doit correspondre à la valeur locative, laquelle est déterminée au regard de plusieurs critères, parmi lesquels figurent « les obligations respectives des parties ».
L’article R. 145-8 du même code précise que « les obligations incombant normalement au bailleur dont celui-ci s’est déchargé sur le locataire constituent un facteur de diminution de la valeur locative ». Il en résulte que lorsque le preneur supporte, en vertu d’une clause expresse du bail, la charge de la taxe foncière normalement supportée par le bailleur, cette circonstance doit être prise en compte pour minorer le montant du loyer de renouvellement. La Cour de cassation l’a rappelé avec une netteté particulière dans son arrêt du 8 avril 2021 précité : « les obligations incombant normalement au bailleur, dont celui-ci s’est déchargé sur le locataire, constituent un facteur de diminution de la valeur locative » [[Cass. 3e civ., 8 avril 2021, n° 19-23.183, https://www.courdecassation.fr/decision/607dde4ebdd797b53ae6e310]]. La Cour a censuré l’arrêt d’appel qui, pour écarter toute minoration, avait retenu que le transfert de la taxe foncière n’était pas « exorbitant en matière de bail commercial s’agissant de grandes surfaces de vente ».
Ce principe de minoration connaît toutefois des limites pratiques. La Cour de cassation contrôle avec rigueur les clauses de charges fiscales et leur incidence sur la valeur locative. Dans un arrêt du 13 septembre 2018, elle a jugé que la clause d’un bail commercial stipulant que « le preneur paiera en outre sa quote-part du total des charges, taxes et dépenses de l’immeuble » était suffisamment précise pour opérer un transfert à la charge du preneur [[Cass. 3e civ., 13 septembre 2018, n° 17-22.498, https://www.courdecassation.fr/decision/5fca8740a53765784725098e]]. Cette solution illustre le pragmatisme de la troisième chambre civile, qui refuse d’imposer un formalisme excessif tout en exigeant une précision minimale dans la rédaction des clauses.
L’arrêt rendu par la troisième chambre civile le 25 mars 2021 confirme cette approche équilibrée en approuvant une cour d’appel qui avait retenu que « les clauses susvisées du bail mettent expressément à la charge du preneur l’impôt foncier » [[Cass. 3e civ., 25 mars 2021, n° 20-13.325, https://www.courdecassation.fr/decision/607dde47bdd797b53ae6e0e5]]. La décision confirme que la redevabilité de la taxe foncière par le preneur est subordonnée à l’existence d’une clause expresse, dont l’interprétation relève du pouvoir souverain des juges du fond, sous le contrôle de la Cour de cassation quant à la dénaturation.
Il convient de souligner que l’économie générale du statut des baux commerciaux a été substantiellement modifiée par la loi n° 2026-403 du 26 mai 2026, laquelle a redéfini les contours de l’article L. 145-15 du code de commerce en étendant la liste des dispositions d’ordre public dont les clauses contraires sont réputées non écrites. Les articles L. 145-40-1 et L. 145-40-2, relatifs respectivement à l’inventaire des charges et à l’état récapitulatif annuel, figurent désormais au nombre des dispositions auxquelles il ne peut être dérogé par convention. Cette extension du périmètre de l’ordre public statutaire confère une protection accrue au preneur contre les clauses de transfert de charges fiscales qui n’auraient pas fait l’objet d’un consentement éclairé.
Conclusion
La fiscalité du bail commercial constitue une dimension trop souvent négligée de la négociation et de la gestion des baux, alors même qu’elle conditionne l’équilibre économique du contrat pour les deux parties. L’option pour la TVA sur les loyers, les droits d’enregistrement et le transfert de la taxe foncière forment un tryptique de règles dont l’articulation avec le statut des baux commerciaux a été progressivement précisée par la Cour de cassation au cours de la dernière décennie. La troisième chambre civile a construit un corps de solutions qui concilie le respect de la liberté contractuelle avec les exigences de l’ordre public statutaire, en subordonnant le transfert de la charge fiscale au preneur à une manifestation de volonté claire et non équivoque, et en tirant les conséquences de ce transfert sur la détermination de la valeur locative. La réforme du 26 mai 2026, en élargissant le domaine des dispositions impératives du statut, a renforcé cette protection jurisprudentielle en l’inscrivant dans le marbre législatif. La vigilance des praticiens dans la rédaction des clauses fiscales du bail commercial demeure, plus que jamais, le premier rempart contre le contentieux.
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