Le décret publié au Journal officiel du 13 juin 2026 plafonne la durée des arrêts de travail prescrits. Dès le 1er septembre 2026, une première prescription ne pourra dépasser trente et un jours, et une prolongation soixante-deux jours. La mesure applique l’article 81 de la loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025 de financement de la sécurité sociale pour 2026. Présentée comme une réforme budgétaire, elle modifie surtout la gestion quotidienne des absences en entreprise.
Pour le dirigeant et la direction des ressources humaines, l’enjeu n’est pas le plafond lui-même. C’est le changement de rythme qu’il impose. Les arrêts longs seront désormais fractionnés en prescriptions courtes, ce qui multiplie les avis à recevoir, les contrôles possibles et les occasions d’erreur dans le suivi. Cet article expose ce que la réforme change côté employeur, sans rien retirer aux protections du salarié malade.
La réforme vue de l’entreprise
Des prolongations plus fréquentes à gérer
Le décret encadre l’acte de prescription, non la durée de la maladie. Un salarié peut rester en arrêt plusieurs mois, par prolongations successives, chacune limitée aux nouveaux plafonds. L’employeur recevra donc des avis d’arrêt plus nombreux et plus rapprochés. Chaque renouvellement devient un justificatif à enregistrer, à dater et à intégrer au suivi des absences.
Ce fractionnement crée un risque administratif symétrique pour les deux parties. Une rupture entre deux prescriptions peut laisser un salarié sans couverture pour quelques jours. L’employeur doit éviter d’en tirer hâtivement la conclusion d’une absence injustifiée. La prudence impose de vérifier la chronologie des avis avant toute mesure, car une interruption involontaire de la couverture n’est pas une faute du salarié.
Une entrée en vigueur progressive
La réforme s’applique aux arrêts prescrits à compter du 1er septembre 2026. Les arrêts en cours à cette date ne sont pas affectés. En revanche, toute prolongation décidée après le 1er septembre relève du plafond de soixante-deux jours. La bascule se fait au fil des renouvellements. Les services de paie et de gestion sociale doivent adapter leurs procédures de réception et de contrôle des avis dès l’été 2026.
Un signal dans un durcissement plus large
Le plafonnement s’inscrit dans une série de mesures de maîtrise des dépenses d’indemnités journalières. Un second décret encadre la durée maximale de versement des indemnités en cas d’accident du travail et de maladie professionnelle, avec une application annoncée à compter de 2027. Pour l’employeur, ces réformes successives appellent une revue des procédures internes de gestion des absences, plutôt qu’une réaction ponctuelle à chaque texte. La cohérence du suivi documentaire conditionne la sécurité juridique des décisions ultérieures.
Les leviers de contrôle de l’employeur
La contre-visite médicale
L’employeur qui verse un complément de salaire dispose d’un instrument de vérification. L’article L. 1226-1 du code du travail subordonne ce complément à une incapacité « constaté[e] par certificat médical et contre-visite s’il y a lieu ». L’entreprise peut mandater un médecin pour contrôler le bien-fondé de l’arrêt. Si la contre-visite conclut à l’absence de justification, ou si le salarié se dérobe au contrôle, le complément employeur peut être suspendu.
Avec des prescriptions plus courtes, ces contrôles peuvent être plus fréquents, mais ils restent encadrés. La contre-visite agit sur le complément versé par l’employeur, non sur les indemnités journalières de la sécurité sociale au sens strict, ni sur la validité de l’arrêt prescrit par le médecin traitant. L’employeur doit respecter les formes du contrôle et ne peut en faire un outil de pression sur un salarié dont l’absence serait par ailleurs justifiée.
Le suivi des justificatifs et la subrogation
Le complément suppose des conditions précises, dont la transmission de l’arrêt dans les quarante-huit heures et la prise en charge par la sécurité sociale. La multiplication des prolongations rend ce suivi plus sensible. Lorsque l’employeur pratique la subrogation, il perçoit les indemnités journalières à la place du salarié et doit donc s’assurer que chaque renouvellement est correctement déclaré. Une déclaration tardive d’un avis peut désorganiser la paie et générer des indus.
La visite de reprise après un arrêt long
Le fractionnement des prescriptions n’allège pas les obligations liées au retour du salarié. Lorsque l’absence pour maladie atteint au moins trente jours, l’employeur doit organiser une visite de reprise auprès du service de prévention et de santé au travail, en application de l’article R. 4624-31 du code du travail. Cette visite doit intervenir dans un délai de huit jours à compter de la reprise. Son défaut engage la responsabilité de l’employeur et peut priver la reprise de tout effet sur la suspension du contrat.
La réforme renforce indirectement cette vigilance. Des arrêts longs reconstitués par prolongations successives franchissent souvent le seuil déclenchant la visite de reprise. L’employeur doit suivre le cumul des durées d’absence pour ne pas omettre cette obligation. Une reprise sans visite régulièrement organisée expose l’entreprise à un contentieux distinct de celui des indemnités, sur le terrain de l’obligation de sécurité.
Licenciement et absences : ce qui reste interdit, ce qui reste possible
L’interdiction de fonder un licenciement sur l’état de santé
La réforme ne crée aucun droit nouveau de se séparer d’un salarié malade. L’article L. 1132-1 du code du travail interdit toute mesure défavorable prise en raison de l’état de santé. La sanction figure à l’article L. 1132-4 du même code : « toute disposition ou tout acte pris à l’égard d’un salarié en méconnaissance des dispositions du présent chapitre […] est nul ». Le licenciement fondé, même indirectement, sur la maladie encourt la nullité.
Le juge recherche la cause véritable de la rupture. La Cour de cassation a censuré une cour d’appel pour avoir statué « sans rechercher si la cessation d’activité de l’entreprise invoquée à l’appui du licenciement ne constituait pas la véritable cause du licenciement » (Cass. soc., 26 octobre 2022, n° 20-17.501, publié au Bulletin, disponible ici). Ce contrôle protège le salarié, mais aussi l’employeur dont la décision repose sur un motif réel et étranger à la santé.
La voie étroite du licenciement pour désorganisation
Une rupture demeure possible, à des conditions strictes. L’employeur ne licencie pas le salarié pour sa maladie, mais pour la situation objective créée par son absence. Deux conditions cumulatives sont exigées. L’absence prolongée ou les absences répétées doivent perturber le fonctionnement de l’entreprise, et cette perturbation doit imposer le remplacement définitif du salarié.
Le remplacement définitif est le point de fragilité le plus fréquent. La Cour de cassation a approuvé une cour d’appel qui, « ayant constaté que l’employeur n’avait pas procédé au remplacement définitif de Mme [J], en a exactement déduit que le licenciement était dépourvu de cause réelle et sérieuse » (Cass. soc., 27 janvier 2016, n° 14-10.084, publié au Bulletin, disponible ici). Le remplacement doit être réel, par un contrat à durée indéterminée et sur un poste équivalent, dans un délai raisonnable après le licenciement.
Le risque accru lorsque l’absence procède de l’entreprise
La voie de la désorganisation se referme si l’absence trouve son origine dans un manquement patronal. La Cour de cassation juge que « lorsque l’absence prolongée du salarié est la conséquence du harcèlement moral dont il a été l’objet, l’employeur ne peut se prévaloir de la perturbation que l’absence prolongée du salarié a causé au fonctionnement de l’entreprise » (Cass. soc., 30 janvier 2019, n° 17-31.473, publié au Bulletin, disponible ici). Une absence liée aux conditions de travail neutralise donc l’argument de la perturbation.
Cette ligne jurisprudentielle invite à un audit préalable. Avant d’envisager une rupture pour absences, le dirigeant doit vérifier que l’arrêt ne résulte pas d’un défaut de sécurité, d’une surcharge ou d’un conflit interne imputable à l’entreprise. La due diligence sociale menée lors d’une acquisition doit, pour les mêmes raisons, cartographier les arrêts longs et les contentieux de santé en cours, qui constituent un passif latent.
Sécuriser la procédure de licenciement pour absences
Lorsque la rupture est envisageable, la procédure mérite une préparation rigoureuse. La lettre de licenciement ne doit jamais viser l’état de santé ou la maladie comme motif. Elle doit énoncer la perturbation objective du fonctionnement de l’entreprise et la nécessité d’un remplacement définitif. Un motif maladroitement rédigé suffit à exposer l’employeur à une nullité, car le juge contrôle la cause réelle au-delà des termes employés.
Le remplacement définitif doit être effectif et démontrable. L’employeur doit pouvoir produire le contrat à durée indéterminée du remplaçant, conclu dans un délai raisonnable après la rupture et portant sur un poste équivalent. L’embauche d’un intérimaire ou la répartition provisoire des tâches entre les équipes ne satisfait pas cette exigence. La constitution du dossier de preuve doit précéder, et non suivre, la décision.
Le risque indemnitaire d’une rupture mal sécurisée
L’enjeu financier varie fortement selon la qualification retenue par le juge. Un licenciement jugé sans cause réelle et sérieuse ouvre droit à une indemnité encadrée par le barème de l’article L. 1235-3 du code du travail, fonction de l’ancienneté du salarié. La sanction reste prévisible et plafonnée. Elle correspond à une erreur d’appréciation sur la perturbation ou sur le remplacement, sans atteinte à un droit fondamental.
La nullité change radicalement l’exposition. Lorsque le licenciement est jugé discriminatoire en raison de l’état de santé, le barème est écarté. Le salarié peut demander sa réintégration ou, à défaut, une indemnité qui ne peut être inférieure à six mois de salaire, sans plafond, en application de l’article L. 1235-3-1 du code du travail. À ce coût s’ajoutent les rappels de salaire et, le cas échéant, des dommages et intérêts distincts. La différence de régime justifie, à elle seule, une vérification minutieuse du motif avant toute notification.
Conclusion
La limitation de la durée des arrêts maladie ne renforce pas le pouvoir de l’employeur sur le salarié malade. Elle déplace la charge vers une gestion plus fine des prescriptions courtes et des contrôles. L’entreprise gagne des points de vérification plus fréquents, mais elle s’expose aussi à des erreurs de suivi si ses procédures ne sont pas adaptées avant le 1er septembre 2026.
Trois recommandations s’imposent à la direction. Adapter les circuits de réception et de contrôle des avis pour absorber le fractionnement des arrêts. Encadrer strictement le recours à la contre-visite, qui agit sur le complément et non sur l’arrêt lui-même. Et sécuriser toute rupture pour absences par la preuve d’une perturbation réelle et d’un remplacement définitif, après vérification que l’absence ne procède pas d’un manquement de l’entreprise. Pour une analyse complète des droits du salarié face à cette réforme, voir notre décryptage dédié. La sécurisation des décisions sensibles relève aussi de la responsabilité du dirigeant, dont la prudence conditionne la maîtrise du risque contentieux.
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