Le calcul des heures supplémentaires du salarié absent pour maladie dans l’aménagement du temps de travail : la règle prétorienne du 3 juin 2026
L’aménagement du temps de travail sur une période de référence de plusieurs semaines constitue l’un des instruments les plus répandus de flexibilité interne dans les entreprises françaises. Le mécanisme, qu’il prenne la forme d’une modulation, d’une annualisation ou d’un cycle, repose sur un principe simple : la durée du travail varie selon les semaines, à la hausse comme à la baisse, de sorte que les heures effectuées au-delà de la durée légale hebdomadaire durant les périodes de forte activité sont compensées par des semaines de moindre activité, sans donner lieu immédiatement au paiement d’heures supplémentaires. Ce n’est qu’à l’issue de la période de référence, le plus souvent l’année civile, que le seuil de déclenchement des heures supplémentaires est apprécié par comparaison entre le total des heures effectivement travaillées et le plafond annuel de 1 607 heures ou la limite inférieure fixée par l’accord collectif.
Ce dispositif, pour l’essentiel inchangé depuis la loi du 20 août 2008, soulève une difficulté récurrente lorsque le salarié est absent pour maladie au cours d’une période de haute activité. La question est la suivante : le salarié qui, sans cette absence, aurait accompli un volume d’heures excédant le seuil de déclenchement, doit-il être privé du bénéfice des heures supplémentaires au seul motif que son absence a mécaniquement réduit son temps de travail effectif en dessous de ce seuil ? La chambre sociale de la Cour de cassation, par un arrêt du 3 juin 2026 publié au Bulletin et rendu en formation de section, apporte une réponse qui fera date.
L’arrêt, frappé du numéro 509 FS-B, a été rendu sur le pourvoi de la société PSI Grand Sud contre un arrêt de la cour d’appel de Nîmes du 2 juillet 2024. Une agente de sécurité, engagée à temps complet, avait saisi la juridiction prud’homale en résiliation de son contrat de travail et en paiement de diverses sommes, notamment au titre des heures supplémentaires. La cour d’appel avait condamné l’employeur à lui verser 4 429,15 euros brut à ce titre, après avoir procédé à une proratisation du seuil de déclenchement des heures supplémentaires pour tenir compte des absences pour maladie de la salariée. La Cour de cassation censure cette décision, non pour en désapprouver le principe — celui d’une réduction du seuil — mais pour en corriger la méthode. En énonçant, dans un attendu de principe, la règle applicable, la chambre sociale comble un vide normatif et offre aux praticiens un mode d’emploi précis du décompte des heures supplémentaires en cas d’absence du salarié pour maladie dans le cadre d’un aménagement du temps de travail.
L’importance de cet arrêt tient à ce qu’il ne se borne pas à rappeler des principes déjà établis. Il pose une règle nouvelle, dont il convient de mesurer la genèse et la portée, en l’inscrivant dans l’évolution jurisprudentielle récente de la chambre sociale sur l’aménagement du temps de travail. L’étude de cette décision conduit à examiner, dans un premier temps, la consécration de la méthode correctrice du seuil de déclenchement, puis, dans un second temps, sa portée au regard de l’état du droit antérieur et ses conséquences pratiques pour le contentieux des heures supplémentaires.
I. La consécration d’une méthode de calcul correctrice du seuil de déclenchement
A. Le silence des accords collectifs comme condition d’application de la règle prétorienne
La règle posée par la chambre sociale le 3 juin 2026 est énoncée en des termes dont la généralité ne doit pas masquer la précision. Elle ne s’applique qu’« en l’absence de dispositions conventionnelles plus favorables ». Cette réserve liminaire est essentielle : la Cour de cassation n’entend pas se substituer aux partenaires sociaux et laisse entière la faculté pour les accords collectifs de prévoir des modalités particulières de prise en compte des absences pour le décompte des heures supplémentaires. L’article L. 3122-4 du code du travail, dans sa rédaction issue de la loi du 20 août 2008, dispose que lorsqu’un accord collectif organise une variation de la durée de travail hebdomadaire sur tout ou partie de l’année, constituent des heures supplémentaires les heures effectuées au-delà de 1 607 heures annuelles ou de la limite inférieure fixée par l’accord, ainsi que les heures effectuées au-delà de la moyenne de trente-cinq heures calculée sur la période de référence [[Article L. 3122-4 du code du travail, dans sa rédaction issue de la loi n° 2008-789 du 20 août 2008, https://www.legifrance.gouv.fr/codes/article_lc/LEGIARTI000033020174]]. Au sens de l’article L. 3121-28 du même code, les heures supplémentaires sont les heures accomplies au-delà de la durée légale hebdomadaire ou de la durée considérée comme équivalente, et ouvrent droit à une majoration salariale ou à un repos compensateur équivalent [[Article L. 3121-28 du code du travail, https://www.legifrance.gouv.fr/codes/article_lc/LEGIARTI000033021988]].
Or, précisément, l’accord collectif applicable en l’espèce — l’accord du 18 décembre 2009 relatif à l’aménagement et à l’organisation du temps de travail au sein de l’entreprise — ne comportait aucune disposition spécifique régissant le sort des heures supplémentaires en cas d’absence du salarié pour maladie. La chambre sociale relève cette carence conventionnelle comme un élément déterminant de sa motivation, ce qui révèle la nature supplétive de la règle qu’elle édicte. L’accord se bornait à fixer la durée annuelle de référence à 1 607 heures pour les salariés ayant effectué la période complète d’aménagement, la durée moyenne hebdomadaire à 35 heures, et à définir les limites de variation de l’horaire hebdomadaire entre 0 et 48 heures. Il ne disait rien, en revanche, de l’incidence d’une absence pour maladie sur le calcul du seuil de déclenchement.
La cour d’appel de Nîmes avait cru pouvoir combler ce silence en procédant à une proratisation du seuil de 1 607 heures, à proportion des heures d’absence déduites. Elle avait ainsi, pour l’année 2017, soustrait 93,33 heures d’absence du seuil de 1 607 heures pour aboutir à un seuil propre à la salariée de 1 512,67 heures, et, pour l’année 2018, soustrait 1 277,03 heures pour aboutir à un seuil de 329,97 heures. Par ces motifs, que la Cour de cassation censure, la cour d’appel considérait que toute heure d’absence, quelle que soit la période durant laquelle elle était intervenue, devait être déduite du seuil annuel.
C’est précisément cette indifférenciation que la chambre sociale récuse. La règle qu’elle substitue à celle de la cour d’appel introduit une distinction fondamentale entre les périodes de haute activité et les périodes de basse activité, distinction qui est au cœur du mécanisme de l’aménagement du temps de travail. La Cour énonce en effet que « le seuil de déclenchement des heures supplémentaires doit, lorsque le salarié est absent pour maladie en cours de période de haute activité, être réduit de la durée de cette absence, évaluée sur la base de la durée hebdomadaire moyenne de travail applicable dans l’entreprise pendant la période de référence » [[Cass. soc., 3 juin 2026, n° 24-19.545, FS-B, https://www.courdecassation.fr/decision/6a1fbfb7cdc6046d47ea0a9b]].
A cet égard, la solution retenue se distingue nettement de la proratisation opérée par la cour d’appel. Alors que cette dernière traitait de manière uniforme toutes les heures d’absence, la Cour de cassation exige que seules les absences survenues durant les périodes de haute activité soient prises en compte pour la réduction du seuil. Cette distinction est lourde de conséquences pratiques : une absence durant une période de basse activité, où le salarié aurait de toute façon travaillé moins de 35 heures par semaine, n’affecte pas le seuil de déclenchement, car elle ne prive pas le salarié de la possibilité d’accomplir des heures supplémentaires. En revanche, une absence durant une période de haute activité, où le salarié aurait normalement dépassé la durée moyenne, réduit d’autant le seuil de déclenchement.
Par ailleurs, la Cour précise que la durée de l’absence doit être évaluée « sur la base de la durée hebdomadaire moyenne de travail applicable dans l’entreprise pendant la période de référence », soit, en l’espèce, 35 heures. Cette précision écarte toute référence à la durée qui aurait été effectivement travaillée par le salarié durant la période d’absence — donnée par nature hypothétique — et lui substitue une référence objective, la durée moyenne conventionnelle.
B. La méthode de calcul en trois étapes substituée à la proratisation
L’apport le plus remarquable de l’arrêt du 3 juin 2026 réside dans la méthode de calcul qu’il impose aux juges du fond. La chambre sociale ne se contente pas d’énoncer un principe ; elle détaille, en trois étapes successives, le raisonnement que doit suivre le juge pour déterminer le montant des heures supplémentaires dues au salarié absent pour maladie dans le cadre d’un aménagement du temps de travail.
La première étape consiste à « évaluer la durée de l’absence du salarié au cours des périodes de haute activité, sur la base de la durée hebdomadaire moyenne de travail sur la période de référence ». Il s’agit donc, non pas de retenir la totalité des heures d’absence, mais uniquement celles qui se situent dans des semaines de haute activité, et de les convertir en un équivalent-heures sur la base de 35 heures par semaine. Si, par exemple, un salarié est absent deux semaines durant une période de haute activité, la durée à retenir est de 70 heures.
La deuxième étape commande de « retrancher cette durée du seuil de déclenchement des heures supplémentaires applicable dans l’entreprise, afin de déterminer le seuil de déclenchement spécifique au salarié absent pour maladie ». Le seuil de déclenchement spécifique est donc égal au seuil conventionnel diminué de la durée des absences en période haute. Dans l’affaire soumise à la Cour, le seuil conventionnel était de 1 607 heures, et le seuil spécifique devait être déterminé en retranchant de ce chiffre les seules heures d’absence correspondant aux périodes de haute activité, et non la totalité des heures d’absence comme l’avait fait la cour d’appel.
La troisième étape impose enfin de « décompter le nombre d’heures de travail effectivement travaillées par la salariée, seules les heures accomplies au-delà de ce seuil de déclenchement spécifique constituant des heures supplémentaires ». Cette dernière étape rappelle un principe fondamental : les heures supplémentaires sont des heures de travail effectif. Les heures d’absence, même lorsqu’elles réduisent le seuil de déclenchement, ne sont pas rémunérées comme des heures supplémentaires. Elles ne constituent pas du temps de travail effectif et ne donnent pas lieu à majoration.
En conséquence, la méthode de la chambre sociale aboutit à un résultat sensiblement différent de celui de la cour d’appel. Dans l’hypothèse où un salarié est absent 100 heures au total, dont 40 heures durant des périodes de haute activité et 60 heures durant des périodes de basse activité, la cour d’appel aurait déduit 100 heures du seuil de 1 607 heures (seuil spécifique de 1 507 heures), tandis que la Cour de cassation n’en déduit que 40 (seuil spécifique de 1 567 heures). La différence n’est pas négligeable : elle peut représenter, selon les configurations, plusieurs centaines d’euros de rémunération.
La cour d’appel de Bordeaux, dans un arrêt du 26 mai 2026, avait déjà appliqué une méthode comparable, en énonçant que « sauf dispositions conventionnelles plus favorables, le seuil de déclenchement des heures supplémentaires applicable en cas de modulation annuelle du travail doit, lorsque le salarié est absent pour maladie en cours de période haute, être réduit de la durée de cette absence, évaluée sur la base de la durée hebdomadaire moyenne de travail applicable dans l’entreprise » [[CA Bordeaux, 26 mai 2026, n° 24/00348, https://www.courdecassation.fr/decision/6a168230cdc6046d47116859]]. La similitude des formulations entre l’arrêt de la cour d’appel de Bordeaux et celui de la chambre sociale du 3 juin 2026 suggère que la Cour de cassation a entendu consacrer une solution déjà éprouvée par les juridictions du fond.
II. La portée de l’arrêt au regard de l’état du droit antérieur
A. L’alignement sur les principes généraux de l’aménagement du temps de travail
La solution retenue par la chambre sociale le 3 juin 2026 s’inscrit dans la continuité d’une jurisprudence qui, depuis plusieurs années, précise les modalités de décompte des heures supplémentaires dans le cadre des dispositifs d’aménagement du temps de travail. La chambre sociale avait déjà eu l’occasion de se prononcer, le 27 mai 2025, sur les modalités de décompte des heures supplémentaires dans le cadre d’un accord d’annualisation. Dans cet arrêt publié au Bulletin, elle avait jugé que les dispositions d’un accord collectif prévoyant un décompte des heures supplémentaires à la fin de la période de référence, avec un paiement partiel par anticipation en cours d’année et une régularisation en fin de période, n’étaient pas contraires à l’article L. 3122-4 du code du travail [[Cass. soc., 27 mai 2025, n° 23-20.063, PB, https://www.courdecassation.fr/decision/68355bf2eba840c5361d72a6]].
La Cour avait également précisé, le 7 janvier 2026, que le décompte des heures supplémentaires sur une période de deux semaines consécutives devait s’opérer en comparant la durée du travail accomplie à la durée légale hebdomadaire multipliée par le nombre de semaines de la période [[Cass. soc., 7 janv. 2026, n° 24-19.410, https://www.courdecassation.fr/decision/695e108475782d5f060d1901]]. De même, le 11 février 2026, elle a jugé qu’une évolution jurisprudentielle peut constituer un fait nouveau autorisant le salarié à présenter des demandes nouvelles en cause d’appel, le critère déterminant étant celui de la modification des données juridiques du litige [[Cass. soc., 11 fév. 2026, n° 24-14.390, https://www.courdecassation.fr/decision/698c39a2cdc6046d47d9bea0]]. Ces précédents témoignent d’une volonté constante de la chambre sociale de clarifier les règles applicables au décompte des heures supplémentaires dans les dispositifs d’aménagement du temps de travail, en veillant à ce que la flexibilité accordée à l’employeur ne se traduise pas par une réduction des droits des salariés.
L’arrêt du 3 juin 2026 s’inscrit dans cette ligne. En refusant de valider la proratisation uniforme du seuil, qui aurait abouti à réduire le seuil de déclenchement de toutes les heures d’absence sans égard à la période durant laquelle elles étaient intervenues, la chambre sociale préserve la logique intrinsèque de l’aménagement du temps de travail. La modulation repose en effet sur une alternance de périodes hautes et basses. Dès lors, une absence en période basse ne saurait avoir le même effet qu’une absence en période haute sur le droit du salarié au paiement d’heures supplémentaires. La méthode de la Cour de cassation rétablit cette cohérence.
Par ailleurs, l’arrêt du 3 juin 2026 doit être rapproché de l’arrêt rendu le même jour par la chambre sociale dans l’affaire Intel Corporation. Dans cette décision, également publiée au Bulletin et rendue en formation de section, la Cour a jugé que l’accord national du 28 juillet 1998 sur l’organisation du travail dans la métallurgie ne prévoit pas l’acquisition par les salariés en forfait jours de jours de réduction du temps de travail qui constitueraient une rémunération indue en cas d’invalidation du forfait [[Cass. soc., 3 juin 2026, n° 25-13.970, FS-B, https://www.courdecassation.fr/decision/6a1fbfc2cdc6046d47ea0d0e]]. En conséquence, l’employeur ne peut obtenir le remboursement des jours de RTT lorsque la convention de forfait en jours est privée d’effet. Les deux arrêts du 3 juin 2026 manifestent une même préoccupation : celle de ne pas faire peser sur le salarié les conséquences d’une insuffisance du cadre conventionnel applicable.
Dès lors, la chambre sociale du 3 juin 2026 confirme et amplifie un mouvement jurisprudentiel qui tend à encadrer strictement les modalités de calcul des droits des salariés dans les dispositifs de flexibilité du temps de travail, en refusant que le silence des accords collectifs ou les défaillances du cadre conventionnel se retournent contre les intérêts des salariés.
B. Les conséquences pratiques pour le contentieux des heures supplémentaires
La portée pratique de l’arrêt du 3 juin 2026 est considérable, tant pour les employeurs que pour les salariés et leurs conseils. En premier lieu, l’arrêt invite les entreprises à examiner leurs accords collectifs d’aménagement du temps de travail pour vérifier s’ils comportent des dispositions spécifiques relatives au traitement des absences pour maladie dans le calcul du seuil de déclenchement des heures supplémentaires. A défaut, la règle supplétive posée par la chambre sociale s’appliquera, avec la méthode de calcul en trois étapes qu’elle impose.
En deuxième lieu, l’arrêt modifie sensiblement la stratégie probatoire dans le contentieux des heures supplémentaires. Le salarié qui sollicite le paiement d’heures supplémentaires dans le cadre d’un aménagement du temps de travail devra, au soutien de sa demande, identifier les périodes de haute activité durant lesquelles il a été absent pour maladie, et produire un décompte précis des heures effectivement travaillées au-delà du seuil de déclenchement spécifique calculé conformément à la méthode de la Cour de cassation. Il appartient au salarié, conformément à la règle de partage de la charge de la preuve applicable en matière d’heures supplémentaires, de présenter des éléments suffisamment précis quant aux heures qu’il prétend avoir accomplies, l’employeur devant ensuite fournir les éléments de nature à justifier les horaires effectivement réalisés [[Cass. soc., 18 mars 2026, n° 24-17.246, FS-B, https://www.courdecassation.fr/decision/6a1fc14ecdc6046d47ea4b2a]].
En troisième lieu, l’arrêt pourrait avoir un effet rétroactif significatif. La règle posée étant une règle d’interprétation du droit existant — et non une règle nouvelle qui ne vaudrait que pour l’avenir —, elle est susceptible de s’appliquer à tous les litiges en cours, y compris ceux portant sur des périodes antérieures au 3 juin 2026. Les salariés actuellement engagés dans un contentieux prud’homal portant sur des heures supplémentaires dans le cadre d’un aménagement du temps de travail pourraient ainsi trouver dans cet arrêt un fondement nouveau à leurs prétentions.
En quatrième lieu, il convient de souligner que la méthode de la chambre sociale, pour novatrice qu’elle soit, laisse subsister plusieurs zones d’incertitude. L’arrêt ne définit pas précisément ce qu’il faut entendre par « période de haute activité », notion que les accords collectifs ne qualifient pas toujours de manière explicite. Dans les faits, la détermination des périodes de haute activité pourrait elle-même devenir un objet de contentieux, le salarié et l’employeur pouvant diverger sur la qualification des semaines concernées. La Cour laisse aux juges du fond le soin de trancher cette question au cas par cas, ce qui pourrait engendrer une certaine hétérogénéité jurisprudentielle.
En cinquième lieu, la question de l’articulation entre la règle prétorienne du 3 juin 2026 et les dispositions relatives à la preuve des heures supplémentaires mérite une attention particulière. On sait que, depuis plusieurs arrêts de principe, la chambre sociale a considérablement assoupli le régime probatoire applicable aux heures supplémentaires, en rappelant qu’il ne pèse pas sur le seul salarié d’en rapporter la preuve et que le juge forme sa conviction au vu des éléments fournis par l’une et l’autre des parties. La combinaison de ce régime probatoire assoupli et de la nouvelle méthode de calcul du seuil de déclenchement pourrait faciliter les demandes des salariés, en leur permettant de se concentrer sur la preuve des heures effectivement travaillées plutôt que sur le calcul complexe du seuil de déclenchement. L’article L. 3171-4 du code du travail prévoit en effet que le juge forme sa conviction au vu des éléments fournis par le salarié à l’appui de sa demande et de ceux fournis par l’employeur de nature à justifier les horaires effectivement réalisés, ce partage de la charge probatoire trouvant à s’appliquer pleinement dans le cadre de la nouvelle méthode de calcul [[Article L. 3171-4 du code du travail, https://www.legifrance.gouv.fr/codes/article_lc/LEGIARTI000033022034]].
Enfin, l’arrêt du 3 juin 2026 invite à une réflexion plus large sur l’évolution du droit de la durée du travail. La chambre sociale, par cette décision, manifeste sa volonté de ne pas laisser les salariés sans protection lorsque le cadre conventionnel est silencieux sur des questions essentielles. Cette démarche, qui n’est pas sans rappeler celle qui a conduit la Cour de cassation à imposer à l’employeur une obligation de sécurité de résultat en matière de protection de la santé et de la sécurité des travailleurs, illustre la fonction normative que la chambre sociale entend exercer lorsque les textes ou les accords collectifs sont défaillants.
Or, cette fonction normative, pour légitime qu’elle soit, n’est pas sans soulever des interrogations quant à l’équilibre des pouvoirs entre le juge et les partenaires sociaux. La chambre sociale prend soin de réserver l’hypothèse de dispositions conventionnelles plus favorables, ce qui préserve formellement la primauté de la négociation collective. Mais en pratique, la règle qu’elle édicte s’appliquera à toutes les entreprises dont l’accord collectif est silencieux sur ce point, ce qui représente une proportion significative du tissu économique français.
La décision du 3 juin 2026 constitue également un signal adressé aux partenaires sociaux. En énonçant une règle supplétive précise, la Cour de cassation les invite à se saisir de cette question dans le cadre de la négociation collective, qu’elle soit de branche ou d’entreprise, afin de prévoir des modalités de calcul du seuil de déclenchement des heures supplémentaires en cas d’absence pour maladie qui soient à la fois protectrices des droits des salariés et adaptées aux spécificités de chaque secteur d’activité.
Des lors, l’arrêt du 3 juin 2026 s’analyse comme une décision de principe qui, en clarifiant une question jusqu’alors incertaine, contribue à la sécurité juridique tout en renforçant la protection des salariés absents pour maladie dans le cadre des dispositifs d’aménagement du temps de travail. Sa publication au Bulletin et le soin apporté à la formulation de l’attendu de principe témoignent de la volonté de la chambre sociale d’en faire une référence incontournable pour le contentieux à venir.
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Conclusion
L’arrêt rendu par la chambre sociale de la Cour de cassation le 3 juin 2026 pose une règle prétorienne d’une portée considérable en matière de calcul des heures supplémentaires dans le cadre de l’aménagement du temps de travail. En énonçant que le seuil de déclenchement des heures supplémentaires doit, en l’absence de dispositions conventionnelles plus favorables, être réduit de la durée de l’absence pour maladie survenue en période de haute activité, évaluée sur la base de la durée hebdomadaire moyenne de travail, la Cour de cassation comble un vide normatif et offre aux praticiens une méthode de calcul en trois étapes. Cette solution, qui se distingue nettement de la proratisation uniforme à laquelle procédaient certaines cours d’appel, préserve la logique intrinsèque de l’aménagement du temps de travail en opérant une distinction entre les périodes de haute et de basse activité. Elle s’inscrit dans un mouvement jurisprudentiel plus large de renforcement des droits des salariés face aux dispositifs de flexibilité du temps de travail, mouvement dont l’arrêt Intel Corporation rendu le même jour constitue une illustration complémentaire. Les conséquences pratiques de cette décision, tant pour les contentieux en cours que pour la négociation collective à venir, ne manqueront pas de se faire sentir dans les prochains mois.
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