Vous venez de signer un bail rural sur plusieurs hectares, ou vous exploitez depuis des mois des parcelles reprises à un voisin, et un courrier du préfet vous apprend que votre exploitation n’est pas autorisée : il vous met en demeure de déposer une demande d’autorisation d’exploiter, ou il vous notifie un refus parce qu’un concurrent mieux classé revendique les mêmes terres. De l’autre côté, vous êtes bailleur et vous découvrez que votre fermier s’est agrandi sans autorisation, ou qu’un voisin exploite vos terres sans droit alors que vous vouliez les reprendre. Dans les deux cas, la même question commande tout : le bail rural survit-il au refus d’autorisation, qui peut en demander la nullité, dans quel délai, et comment contester la décision du préfet. La réponse tient en deux temps. D’un côté, la validité du bail est subordonnée à l’autorisation quand le preneur y est soumis, et la nullité ne peut être prononcée que par le tribunal paritaire des baux ruraux, après mise en demeure restée sans régularisation. De l’autre, le refus du préfet se conteste devant le juge administratif selon des règles de priorité fixées par le schéma directeur régional, avec un preneur en place protégé même sans demande de sa part. Deux décisions récentes éclairent ce double chemin : l’arrêt de la Cour de cassation du 26 octobre 2023 sur la nullité du bail et la prescription de l’action, et l’arrêt de la cour administrative d’appel de Lyon du 26 mars 2025 sur le refus d’autorisation face à un preneur en place. Cet article explique qui doit demander l’autorisation, ce que la mise en demeure change, qui peut agir en nullité et dans quel délai, puis comment attaquer un refus et quelles chances donne le contentieux.

I. Votre bail rural dépend de l’autorisation d’exploiter : qui doit la demander et ce que la loi en fait

A. Les agrandissements soumis à autorisation et la personne tenue de déposer la demande

Le contrôle des structures ne porte pas sur le bail lui-même mais sur la mise en valeur des terres, quelle que soit la forme juridique de l’exploitation. L’article L. 331-1 du code rural et de la pêche maritime dispose que ce contrôle « s’applique à la mise en valeur des terres agricoles ou des ateliers de production hors sol au sein d’une exploitation agricole, quels que soient la forme ou le mode d’organisation juridique de celle-ci et le titre en vertu duquel la mise en valeur est assurée », avec pour objectif principal de favoriser l’installation des agriculteurs et, entre autres buts, de limiter les agrandissements excessifs au bénéfice d’une même personne. Autrement dit, peu importe que vous exploitiez en nom propre, en GAEC, en EARL ou en SCEA, et peu importe que vous soyez propriétaire, fermier ou occupant sans titre : dès que vous mettez des terres en valeur au-delà des seuils, vous entrez dans le champ du contrôle.

Le cas le plus courant pour un fermier est l’agrandissement au-delà du seuil fixé par le schéma directeur régional des exploitations agricoles. L’article L. 331-2 du code rural et de la pêche maritime dispose : « Les installations, les agrandissements ou les réunions d’exploitations agricoles au bénéfice d’une exploitation agricole mise en valeur par une ou plusieurs personnes physiques ou morales, lorsque la surface totale qu’il est envisagé de mettre en valeur excède le seuil fixé par le schéma directeur régional des exploitations agricoles. » Chaque région fixe donc son seuil de surface dans son schéma, et c’est le dépassement de ce seuil qui déclenche l’obligation de demander une autorisation préalable avant de prendre les terres. Le même article soumet à autorisation, quelle que soit la superficie, les opérations qui supprimeraient une exploitation au-delà du seuil, priveraient une exploitation d’un bâtiment essentiel, ou celles portées par un exploitant sans capacité professionnelle, sans membre exploitant, ou pluriactif au-delà d’un plafond de revenus extra-agricoles. Vérifiez donc le schéma de votre région avant de signer : le seuil applicable à vos parcelles y figure, et il varie d’une région à l’autre.

Une erreur fréquente consiste à faire déposer la demande par la mauvaise personne quand l’opération passe par une société. La Cour de cassation l’a tranchée le 26 octobre 2023 (troisième chambre civile, pourvoi n° 21-24.231, arrêt n° 704 FS-B). Dans cette affaire, un homme qui exploitait déjà plus de 350 hectares au sein d’une société était entré au capital d’une autre société d’exploitation qui détenait deux baux ruraux, et la cour d’appel avait annulé l’un des baux au motif que la société n’avait pas demandé d’autorisation après cette entrée. La Cour de cassation a cassé : le rachat de parts par une personne physique qui participe effectivement aux travaux constitue un agrandissement de l’exploitation de ce nouvel associé, soumis à autorisation si la surface totale qu’il met en valeur dépasse le seuil, et « la demande d’autorisation doit être présentée par le nouvel associé, qui procède ainsi à un agrandissement de son exploitation, et non par la société ». La Cour s’appuie sur deux arrêts du Conseil d’État du 2 juillet 2021 (n° 432801) et du 30 novembre 2021 (n° 439742) qui jugent dans le même sens. Concrètement, si vous entrez comme associé exploitant dans une société qui loue des terres et que vos surfaces cumulées dépassent le seuil régional, c’est vous, et non la société, qui devez déposer la demande, et la mise en demeure de l’administration doit vous viser personnellement.

Le contenu du dossier et sa publicité obéissent à des règles précises. L’article L. 331-3 du code rural et de la pêche maritime prévoit la publicité des demandes (« L’autorité administrative assure la publicité des demandes d’autorisation dont elle est saisie »), puis l’examen de l’opération au regard des motifs de refus (« si les conditions de l’opération permettent de délivrer l’autorisation ») et la décision motivée du préfet (« se prononce sur la demande d’autorisation par une décision motivée »). Cette publicité n’est pas une formalité : elle permet aux concurrents, et notamment au preneur en place, de déposer leur propre demande dans le délai de concurrence, et elle fait courir les délais d’instruction. Déposez un dossier complet dès le premier envoi, car le délai d’instruction de quatre mois court de l’enregistrement du dossier complet (article R. 331-6 du code rural et de la pêche maritime), et un dossier incomplet retarde d’autant la décision dont dépend votre bail.

B. L’obligation de déclarer vos surfaces et la validité du bail subordonnée à l’autorisation

Au moment de signer, le preneur doit informer le bailleur de sa situation d’exploitation, et cette information figure dans le bail. L’article L. 331-6 du code rural et de la pêche maritime dispose : « Tout preneur doit faire connaître au bailleur, au moment de la conclusion du bail ou de la prise d’effet de la cession de bail selon les cas, la superficie et la nature des biens qu’il exploite ; mention expresse en est faite dans le bail. » Cette déclaration n’est pas une clause de style : elle permet au bailleur de savoir si son preneur dépasse les seuils et devra obtenir une autorisation, et son absence fragilise le preneur le jour où le bailleur invoque la nullité. Exigez, comme bailleur, que le bail mentionne les surfaces exploitées par le preneur à la date de signature, avec leur nature, et actualisez cette mention à chaque cession autorisée.

Le même article attache à l’autorisation une conséquence directe sur le bail. L’article L. 331-6 du code rural et de la pêche maritime prévoit que, lorsque le preneur est tenu d’obtenir une autorisation d’exploiter, « la validité du bail ou de sa cession est subordonnée à l’octroi de cette autorisation ». Le bail signé sans l’autorisation requise n’est donc pas nul de plein droit dès sa signature : sa validité est suspendue à l’octroi de l’autorisation, et c’est le refus définitif, ou l’absence de demande après mise en demeure, qui emporte la nullité. Cette nuance change tout en pratique : entre la signature et la décision du préfet, le bail produit ses effets, le fermage est dû, et le preneur exploite. Ne cessez pas de payer le fermage au motif que l’autorisation n’est pas encore accordée, et ne considérez pas, comme bailleur, que vous pouvez reprendre les terres sans jugement au seul motif du défaut d’autorisation.

La nullité n’est pas une résiliation et ne suit pas le même régime. La résiliation du bail rural pour faute du preneur relève de l’article L. 411-31 du code rural et de la pêche maritime, qui énumère limitativement les motifs que le bailleur peut invoquer, comme les défauts de paiement persistants ou les agissements qui compromettent la bonne exploitation du fonds, avec ses propres mises en demeure et son propre contentieux devant le tribunal paritaire. La nullité pour défaut d’autorisation d’exploiter, elle, sanctionne la méconnaissance du contrôle des structures, suppose la mise en demeure administrative préalable, et peut être demandée non seulement par le bailleur mais aussi par le préfet et par la SAFER quand elle préempte. Si vous êtes bailleur et que votre fermier exploite sans autorisation, la voie de la nullité pour défaut d’autorisation est distincte de la résiliation pour mauvaise exploitation : choisissez le fondement dont vous réunissez les conditions, et ne mélangez pas les mises en demeure, car le juge vérifie chacune au regard de son texte.

Pour situer votre bail dans l’ensemble du contentieux rural, les litiges de fermage, de congé et de préemption obéissent à des logiques voisines de preuve et de délais, comme le montre la synthèse des arrêts 2026 sur le statut du fermage et la préemption. L’autorisation d’exploiter s’ajoute à ces contentieux sans les remplacer : un congé pour reprise peut être valable au regard du bail et se heurter ensuite au refus d’autorisation du bénéficiaire, et c’est l’articulation des deux procédures qu’il faut alors organiser, y compris par un sursis à statuer du tribunal paritaire dans l’attente de la décision administrative.

II. Refus du préfet, exploitation sans autorisation et mise en demeure : agir dans les délais et devant le bon juge

A. La mise en demeure préalable, la nullité prononcée par le tribunal paritaire et la prescription de cinq ans

Quand l’administration constate qu’un fonds est exploité en méconnaissance du contrôle des structures, elle ne peut pas faire annuler le bail directement : elle doit d’abord mettre l’exploitant en demeure. L’article L. 331-7 du code rural et de la pêche maritime dispose : « Lorsqu’elle constate qu’un fonds est exploité contrairement aux dispositions du présent chapitre, l’autorité administrative met l’intéressé en demeure de régulariser sa situation dans un délai qu’elle détermine et qui ne saurait être inférieur à un mois. » La mise en demeure ordonne soit de déposer une demande d’autorisation, soit, si un refus est déjà intervenu, de cesser l’exploitation des terres concernées. Si l’exploitant tenu de demander l’autorisation ne dépose rien dans le délai fixé, l’administration lui notifie une seconde mise en demeure, cette fois de cesser d’exploiter dans un délai de même durée, en le mettant à même de présenter ses observations écrites ou orales (article L. 331-7 du code rural et de la pêche maritime). Conservez chaque lettre recommandée et notez ses dates : toute la suite, nullité et sanctions, dépend de ces délais.

La nullité du bail suppose donc toujours cette mise en demeure et l’expiration de son délai. L’article L. 331-6 du code rural et de la pêche maritime dispose : « Le refus définitif de l’autorisation ou le fait de ne pas avoir présenté la demande d’autorisation exigée en application de l’article L. 331-2 dans le délai imparti par l’autorité administrative en application du premier alinéa de l’article L. 331-7 emporte la nullité du bail que le préfet du département dans lequel se trouve le bien objet du bail, le bailleur ou la société d’aménagement foncier et d’établissement rural, lorsqu’elle exerce son droit de préemption, peut faire prononcer par le tribunal paritaire des baux ruraux. » Trois points décisifs ressortent de ce texte. D’abord, seuls le préfet du département de situation des biens, le bailleur et la SAFER préemptrice peuvent agir : un voisin concurrent, même lésé, ne peut pas demander lui-même la nullité du bail de son rival, et doit passer par un signalement au préfet. Ensuite, seul le tribunal paritaire des baux ruraux prononce la nullité : ni le préfet ni le bailleur ne peuvent la constater seuls. Enfin, le refus doit être définitif au sens de l’article L. 331-6 du code rural et de la pêche maritime, c’est-à-dire non contesté dans le délai de recours de l’article R. 421-1 du code de justice administrative ou confirmé par le juge administratif : tant que le recours contre le refus est pendant, le tribunal paritaire peut surseoir à statuer plutôt que d’annuler, comme l’a fait le tribunal paritaire de Sens dans l’affaire jugée par la cour administrative d’appel de Lyon le 26 mars 2025.

La Cour de cassation a rappelé cette condition avec netteté dans son arrêt du 26 octobre 2023 (troisième chambre civile, pourvoi n° 21-24.231). Elle juge que « l’exercice de l’action en nullité du bail rural, ouverte par l’article L. 331-6 du code rural et de la pêche maritime, suppose, dans tous les cas, que le locataire contrevenant au contrôle des structures ait été mis en demeure et que le délai imparti soit expiré », en visant ses précédents du 31 octobre 2007 (pourvoi n° 06-19.350) et du 12 décembre 2012 (pourvoi n° 11-24.384). Si vous demandez la nullité sans mise en demeure préalable, ou avant l’expiration du délai qu’elle impartit, votre demande est rejetée, même si l’exploitation sans autorisation est établie. Vérifiez donc, avant d’assigner, que la mise en demeure existe, qu’elle vise la bonne personne — l’associé entrant et non la société, comme l’enseigne le même arrêt — et que son délai est expiré.

Le même arrêt fixe le point de départ de la prescription de cinq ans, et c’est l’apport le plus utile pour les bailleurs qui découvrent tardivement l’irrégularité. L’article 2224 du code civil dispose : « Les actions personnelles ou mobilières se prescrivent par cinq ans à compter du jour où le titulaire d’un droit a connu ou aurait dû connaître les faits lui permettant de l’exercer. » Appliquant ce texte à l’action en nullité du bail pour défaut d’autorisation, la Cour de cassation juge que « l’action en nullité d’un bail formée sur le fondement de l’article L. 331-6 précité se prescrit par cinq ans à compter du jour où le titulaire de l’action a connu ou aurait dû connaître qu’était expiré le délai imparti au locataire, dans la mise en demeure prévue par l’article L. 331-7 précité, pour régulariser sa situation » (Cass. 3e civ., 26 octobre 2023, n° 21-24.231). Le délai de cinq ans ne court donc ni de la signature du bail, comme le soutenait le preneur dans cette affaire, ni même du jour de la mise en demeure, mais du jour où son destinataire a connu ou aurait dû connaître l’expiration du délai de régularisation (Cass. 3e civ., 26 octobre 2023, n° 21-24.231). Dans l’espèce jugée, l’assignation de 2019 précédait même la mise en demeure de décembre 2019, et l’action n’était pas prescrite. Si vous êtes bailleur, faites constater par écrit la date à laquelle vous avez appris l’expiration du délai : c’est elle qui fait courir vos cinq ans en application de la solution retenue par la Cour de cassation le 26 octobre 2023, et c’est sur elle que portera le débat.

Parallèlement à la nullité, l’exploitation irrégulière qui se prolonge expose à une sanction pécuniaire administrative, indépendante du sort du bail. L’article L. 331-7 du code rural et de la pêche maritime dispose : « Si, à l’expiration du délai imparti pour cesser l’exploitation des terres concernées, l’autorité administrative constate que l’exploitation se poursuit dans des conditions irrégulières, elle peut prononcer à l’encontre de l’intéressé une sanction pécuniaire d’un montant compris entre 304,90 et 914,70 euros par hectare. » La surface retenue est la surface de polyculture-élevage irrégulièrement exploitée, ou son équivalent après application des coefficients d’équivalence par nature de culture, et la mesure peut être reconduite chaque année tant que l’exploitation irrégulière se poursuit. Pour une centaine d’hectares, l’addition annuelle se chiffre donc en dizaines de milliers d’euros, année après année. Si vous recevez la mise en demeure de cesser d’exploiter, ne restez pas sur les parcelles en misant sur la lenteur des procédures : chaque année d’exploitation constatée ajoute une sanction, en plus du risque de nullité du bail.

B. Contester le refus d’autorisation : motivation, priorités du schéma régional, preneur en place et autorisation tacite

Le préfet de région ne refuse pas librement : il applique les motifs légaux de refus et l’ordre des priorités du schéma directeur régional. L’article L. 331-3-1 du code rural et de la pêche maritime prévoit que l’autorisation « peut être refusée » « Lorsqu’il existe un candidat à la reprise ou un preneur en place répondant à un rang de priorité supérieur ». Les autres motifs visent l’atteinte à la viabilité de l’exploitation du preneur en place, l’agrandissement excessif au regard des critères du schéma, et, en cas de mise à disposition à une société, la réduction du nombre d’emplois. Le schéma de chaque région, établi en application de l’article L. 312-1 du code rural et de la pêche maritime, classe les opérations par rangs de priorité et pondère les critères d’intérêt économique et environnemental, dont le degré de participation du demandeur à l’exploitation directe des biens. Lisez le schéma de votre région avant tout recours : le rang de priorité attribué à votre demande et à celle de votre concurrent y est déterminant, et plusieurs refus se gagnent ou se perdent sur une erreur de classement.

La cour administrative d’appel de Lyon a illustré ce contrôle le 26 mars 2025 (CAA de Lyon, 3e chambre, n° 23LY03682). Une société propriétaire avait donné congé pour reprise et demandé l’autorisation d’exploiter près de 96 hectares, que le préfet de Bourgogne-Franche-Comté lui avait refusée au profit de l’EARL en place, exploitée par le fils de l’ancien fermier. La cour confirme le refus : le préfet avait comparé les deux situations au regard du schéma régional, classé la société demanderesse au dernier rang de priorité dès lors qu’elle était portée par une personne morale sans associé exploitant majoritaire, et reconnu à l’EARL en place un rang supérieur. La cour écarte l’exception d’illégalité du schéma, juge que la priorité basse des sociétés sans associé exploitant majoritaire ne leur interdit pas d’exploiter mais leur donne seulement un rang inférieur en cas de concurrence, et valide la comparaison avec le preneur en place. Si vous demandez des terres déjà exploitées par un autre agriculteur, préparez votre dossier comme une comparaison : votre rang de priorité, vos critères de départage point par point, et la démonstration que le preneur en place ne vous prime pas.

Le même arrêt pose une règle que les repreneurs méconnaissent souvent : le préfet doit comparer votre demande à la situation du preneur en place même si celui-ci n’a déposé aucune demande. La cour énonce que « le préfet, saisi d’une demande d’autorisation d’exploiter des terres déjà mises en valeur par un autre agriculteur, doit, pour statuer sur cette demande, d’une part, observer l’ordre des priorités établi par le schéma directeur régional des structures agricoles entre la situation du demandeur et celle du preneur en place, alors même que celui-ci n’a déposé aucune demande en ce sens et, d’autre part, le cas échant, mettre en œuvre les critères de départage en cas d’égalité » (CAA de Lyon, 26 mars 2025, n° 23LY03682). Vous ne pouvez donc pas obtenir l’autorisation au seul motif que personne d’autre n’a déposé de dossier : le preneur en place est pris en compte d’office, avec son rang. Inversement, si vous êtes le preneur en place, vous n’avez pas besoin de déposer une demande pour faire échec à celle d’un repreneur : votre situation est examinée, et votre rang de priorité joue en votre faveur sans formalité de votre part.

La motivation de la décision est votre premier moyen de contestation. L’article R. 331-6 du code rural et de la pêche maritime dispose que « La décision d’autorisation ou de refus d’autorisation d’exploiter prise par le préfet de région doit être motivée au regard du schéma directeur régional des exploitations agricoles », au regard également des motifs de refus énumérés à l’article L. 331-3-1. Le préfet doit tenir compte de l’ensemble des critères de départage du schéma sous le contrôle du juge, même s’il peut se borner à mentionner ceux qu’il estime pertinents. Dans l’affaire lyonnaise, le moyen tiré de l’insuffisance de motivation a été écarté parce que l’arrêté mentionnait les rangs et les éléments de fait correspondants. Pour votre recours, demandez la communication du tableau de notation et des pièces du dossier concurrent : les erreurs de points, les surfaces mal comptées, les emplois omis ou une qualité d’associé exploitant mal appréciée sont des moyens qui prospèrent quand ils sont chiffrés, et qui échouent quand ils restent affirmés sans pièce.

Le silence du préfet vaut parfois autorisation, et c’est une arme à double tranchant. L’article R. 331-6 du code rural et de la pêche maritime dispose : « A défaut de notification d’une décision dans le délai de quatre mois à compter de la date d’enregistrement du dossier ou, en cas de prorogation de ce délai, dans les six mois à compter de cette date, l’autorisation est réputée accordée. » Le préfet peut, selon l’article R. 331-6 du code rural et de la pêche maritime, proroger le délai à six mois par décision motivée, notamment en cas de candidatures multiples soumises à l’avis de la commission départementale d’orientation de l’agriculture, et il doit en aviser les intéressés. Si vous avez déposé un dossier complet et que quatre mois passent sans notification ni prorogation, conservez l’accusé d’enregistrement du dossier complet, qui fait courir l’autorisation tacite prévue par l’article R. 331-6 du code rural et de la pêche maritime : il vaut preuve de votre autorisation tacite, et une copie en est affichée en mairie et publiée au recueil des actes administratifs. Mais vérifiez qu’aucune prorogation ne vous a été notifiée et que votre dossier était bien complet : une autorisation que vous croyez acquise par silence, alors qu’une prorogation régulière court encore, ne vous protège ni de la nullité ni de la sanction.

Le recours contre le refus se porte devant le tribunal administratif, dans un délai bref qu’il ne faut pas manquer. L’article R. 421-1 du code de justice administrative dispose : « La juridiction ne peut être saisie que par voie de recours formé contre une décision, et ce, dans les deux mois à partir de la notification ou de la publication de la décision attaquée. » Le refus d’autorisation est une décision qui vous est notifiée par lettre recommandée : le délai de deux mois prévu par l’article R. 421-1 du code de justice administrative court de cette notification, et son expiration rend le refus définitif, avec l’effet que l’on a vu sur le bail. Formez votre recours dans ce délai de deux mois à compter de la notification du refus (article R. 421-1 du code de justice administrative), en visant la motivation, le rang de priorité et, le cas échéant, l’illégalité du schéma. Et si un procès est déjà pendant devant le tribunal paritaire sur le congé ou sur la nullité, demandez-lui de surseoir à statuer dans l’attente du jugement administratif : dans l’affaire lyonnaise, le tribunal paritaire de Sens avait sursis à statuer sur le congé contesté en attendant l’issue du contentieux de l’autorisation, ce qui évite des décisions contradictoires entre les deux juges.

Enfin, l’administration peut suspendre l’instruction de votre demande pour laisser émerger des concurrents, et il faut occuper ce temps utilement. L’article L. 331-3-1 du code rural et de la pêche maritime prévoit que si l’opération conduit à un agrandissement excessif, « l’autorité administrative peut, après avis de la commission départementale d’orientation de l’agriculture, suspendre l’instruction de la demande d’autorisation pour une durée de huit mois », avec publicité et information des parties, et que si un autre candidat dépose une demande dans ce délai de huit mois, l’autorisation peut vous être refusée à son profit. Pendant cette suspension, surveillez la publicité, complétez votre dossier sur les critères de départage — participation effective à l’exploitation, dimension économique viable, performance environnementale, emploi — et préparez la comparaison avec les candidatures qui pourraient surgir. Les décisions consultées ne tranchent pas la question de savoir si un concurrent qui se révèle après la suspension mais avant la décision doit être pris en compte : les textes lus dans ce dossier ne le disent pas, et il faut plaider ce point au regard du dossier plutôt que l’affirmer.

En synthèse, le fermier qui reçoit une mise en demeure dépose sa demande dans le délai fixé, en la faisant porter par la bonne personne, et conteste un refus dans les deux mois de sa notification en attaquant le rang de priorité et la notation ; le bailleur qui découvre une exploitation sans autorisation fait constater la mise en demeure et l’expiration de son délai, agit en nullité devant le tribunal paritaire dans les cinq ans de la connaissance de cette expiration, et ne confond pas cette action avec une résiliation pour faute ; le preneur en place menacé par une reprise oppose son rang sans avoir à déposer de demande, et chacun articule les deux juges par le sursis à statuer. Le contrôle des structures protège l’installation et les exploitations viables, mais il ne pardonne ni les dossiers incomplets, ni les demandes portées par la mauvaise personne, ni les délais manqués : à chaque étape, la pièce qui manque est celle que le juge vous reprochera.