Le 1er septembre 2026, toutes les entreprises établies en France et assujetties à la TVA devront pouvoir recevoir leurs factures par le nouveau circuit électronique. À quelques jours de l’échéance, beaucoup ont choisi une plateforme agréée, relié leur logiciel de comptabilité et vérifié leur inscription dans l’annuaire. Une question reste pourtant mal comprise : qui conservera réellement les factures après leur transmission ?
La plateforme assure le transport, les contrôles réglementaires, les statuts de traitement et les échanges avec l’administration. Cette fonction ne signifie pas automatiquement qu’elle fournit à l’entreprise un archivage probatoire pendant toute la durée légale. L’entreprise demeure responsable de ses pièces comptables et fiscales. Un simple PDF exporté depuis un portail, une capture d’écran ou l’accès temporaire à un espace client ne remplacent pas nécessairement le fichier d’origine, ses données structurées et les éléments permettant d’en établir l’intégrité.
L’enjeu devient plus sensible avec la loi du 25 juin 2026, qui allonge le délai fiscal de conservation à dix ans à compter du 1er janvier 2027 selon ses règles transitoires. Un défaut d’archivage peut alors produire trois difficultés successives : l’impossibilité de répondre à un contrôle fiscal, la perte de la preuve d’une créance ou d’un paiement, puis un litige avec la plateforme ou le prestataire informatique. Avant la bascule, chaque entreprise doit donc distinguer la transmission réglementaire de l’archivage légal et organiser une copie exploitable, intègre et réversible.
I. Combien de temps une entreprise doit-elle garder ses factures électroniques ?
A. La durée de conservation est-elle de six ans ou de dix ans ?
Deux délais sont souvent présentés comme contradictoires. Ils répondent en réalité à des finalités différentes. Le droit commercial impose déjà une conservation longue des pièces comptables. Le droit fiscal organise, de son côté, la période pendant laquelle l’administration doit pouvoir exercer ses droits de contrôle et de communication.
L’article L. 123-22 du code de commerce énonce sans ambiguïté : « Les documents comptables et les pièces justificatives sont conservés pendant dix ans. » Une facture client ou fournisseur qui sert de pièce justificative doit donc être gardée pendant dix ans au titre des obligations comptables. Le délai se calcule en pratique à partir de la clôture de l’exercice concerné, sous réserve des situations particulières qui peuvent justifier une conservation plus longue, notamment lorsqu’un litige, une garantie ou une opération complexe reste en cours.
Jusqu’au 31 décembre 2026, l’article L. 102 B du livre des procédures fiscales conserve son délai de six ans. Son premier alinéa prévoit que « les livres, registres, documents ou pièces sur lesquels peuvent s’exercer les droits de communication, d’enquête et de contrôle de l’administration doivent être conservés pendant un délai de six ans ». Le même article ajoute une règle décisive pour les factures numériques : « Lorsqu’ils sont établis ou reçus sur support informatique, ces livres, registres, documents ou pièces doivent être conservés sous cette forme pendant le délai prévu au premier alinéa. »
Cette dernière phrase interdit de réduire la conservation à une impression papier ou à un PDF de confort lorsque la pièce a été reçue sous une forme électronique structurée. La société doit garder la forme informatique utile au contrôle. Le document imprimé peut faciliter le classement interne, mais il ne se substitue pas au fichier que l’entreprise devait conserver.
À compter du 1er janvier 2027, la version nouvelle de l’article L. 102 B du livre des procédures fiscales disposera que les mêmes documents « sont conservés pendant un délai de dix ans ». La loi prévoit une application aux documents et pièces dont le délai de conservation expire après le 1er janvier 2027. Une entreprise ne doit donc pas raisonner comme si toutes ses archives antérieures pouvaient être détruites sur la base de l’ancien délai de six ans. Elle doit dater chaque exercice, identifier la règle transitoire applicable et aligner sa politique de suppression sur le délai le plus protecteur.
La coexistence des délais conduit à une règle opérationnelle simple : les factures électroniques utilisées comme pièces comptables doivent être conservées dix ans. Pour les besoins fiscaux, l’entreprise doit tenir compte de l’entrée en vigueur du nouveau délai et de ses dispositions transitoires. Détruire automatiquement une facture au sixième anniversaire, sans contrôle de l’exercice, du litige et du texte applicable, expose à une suppression prématurée.
La conservation doit aussi porter sur les éléments qui donnent un sens à la facture. Une facture isolée peut ne pas suffire si le client conteste la livraison, la prestation, la date d’exigibilité ou le montant. Les bons de commande, contrats, bons de livraison, échanges d’acceptation, statuts de traitement et preuves de paiement doivent suivre une politique cohérente. Leur durée n’est pas toujours identique, mais leur destruction peut rendre la facture inutilisable dans un contentieux.
La Cour de cassation rappelle que la valeur d’une facture dépend du faisceau de preuves qui l’accompagne. Dans un arrêt du 26 juin 2024, chambre commerciale, n° 22-24.487, elle retient que « le principe selon lequel nul ne peut se constituer de titre à soi-même […] n’est pas applicable à la preuve d’un fait juridique tel qu’une livraison ». La créance avait été établie par un relevé de compte, des factures, des bons de livraison et les habitudes antérieures de paiement. L’archive utile ne se limite donc pas à la facture : elle doit permettre de reconstituer l’opération.
Le 24 septembre 2025, chambre commerciale, n° 24-13.732, la Cour a encore jugé : « sans examiner le contenu de la facture, alors que le principe selon lequel nul ne peut se constituer de titre à soi-même n’est pas applicable à la preuve d’un fait juridique, la cour d’appel a violé les textes susvisés ». Cette décision n’accorde pas à toute facture une force automatique. Elle interdit de l’écarter sans examiner son contenu et les circonstances. Une politique d’archivage doit donc préserver ce contenu dans une forme lisible et exploitable.
La facture électronique comporte en outre des données structurées qui peuvent disparaître lors d’une conversion. Factur-X associe, par exemple, une représentation lisible et un fichier de données. D’autres formats, tels que UBL ou CII, sont principalement structurés. Conserver uniquement l’image visible revient parfois à supprimer les données sur lesquelles reposent le routage, les contrôles et le traitement automatique.
L’entreprise doit enfin geler toute suppression lorsqu’un contrôle, une réclamation, une expertise, une procédure collective ou un contentieux est annoncé. Même si le délai ordinaire semble expiré, la destruction d’une pièce nécessaire à une procédure en cours peut compromettre la défense de la société. Le calendrier légal constitue un minimum de conservation, pas une autorisation mécanique de supprimer une preuve encore utile.
B. Faut-il garder le fichier d’origine, un PDF ou toutes les données ?
Le format de conservation répond à une exigence de preuve. Le V de l’article 289 du code général des impôts impose que « l’authenticité de l’origine, l’intégrité du contenu et la lisibilité de la facture doivent être assurées à compter de son émission et jusqu’à la fin de sa période de conservation ». Ces trois conditions doivent durer. Il ne suffit pas qu’elles aient été réunies lors de l’envoi.
L’authenticité permet de rattacher la facture à son émetteur. L’intégrité garantit que le contenu n’a pas été modifié. La lisibilité permet de comprendre et d’utiliser les informations pendant toute la période d’archivage. Une copie dont personne ne peut expliquer l’origine, un fichier altéré lors d’une migration ou une archive enfermée dans un format devenu illisible fragilisent ces trois exigences.
Le droit civil rejoint cette logique. L’article 1366 du code civil précise : « L’écrit électronique a la même force probante que l’écrit sur support papier, sous réserve que puisse être dûment identifiée la personne dont il émane et qu’il soit établi et conservé dans des conditions de nature à en garantir l’intégrité. » Le mot « conservé » montre que la valeur probante ne dépend pas seulement de la création du document. Elle dépend aussi de la chaîne d’archivage.
La Cour de cassation, troisième chambre civile, 5 mars 2026, n° 24-21.034, a repris mot pour mot cette exigence : « l’écrit électronique a la même force probante que l’écrit sur support papier, sous réserve que puisse être dûment identifiée la personne dont il émane et qu’il soit établi et conservé dans des conditions de nature à en garantir l’intégrité ». Elle a cassé l’arrêt d’appel qui n’avait pas recherché si le procédé de signature utilisé répondait aux conditions de fiabilité. Cette solution concernait un bail signé électroniquement, mais son enseignement probatoire dépasse ce contrat : le juge contrôle le procédé, pas seulement l’apparence du fichier.
Pour une facture électronique, l’entreprise devrait donc conserver au minimum le fichier reçu ou émis dans son format d’origine, les données qui lui sont attachées, la date de dépôt ou de réception, l’identité des plateformes intervenantes et les statuts de traitement. Lorsque le contrat ou le système fournit un journal d’événements, un accusé de transmission, un horodatage ou une empreinte, ces éléments doivent rester liés à la facture.
Le PDF seul peut être suffisant lorsqu’il constitue lui-même l’original légal et que les conditions d’authenticité, d’intégrité et de lisibilité sont démontrées. Il ne l’est pas nécessairement lorsque la facture d’origine est un message structuré ou un fichier hybride. La bonne question n’est donc pas « ai-je un PDF ? », mais « puis-je présenter l’original électronique, expliquer son origine et démontrer qu’il n’a pas été altéré ? »
Une capture d’écran du portail apporte encore moins de garanties. Elle peut prouver qu’une information était visible à un moment donné, mais ne restitue pas toujours le fichier, ses métadonnées, son statut complet ni son historique. Elle doit rester un élément complémentaire, jamais le seul mode de conservation.
La preuve du paiement suit une logique souple mais distincte. Dans son arrêt du 7 juillet 2022, deuxième chambre civile, n° 19-25.060, la Cour de cassation énonce : « Selon ce texte, le paiement se prouve par tout moyen. » Elle a censuré un jugement qui avait écarté des données issues du logiciel de gestion au seul motif qu’elles provenaient du demandeur. Les exports comptables, avis d’opération, relevés et journaux peuvent donc être examinés, mais leur conservation doit permettre d’en apprécier la cohérence.
L’article 1353 du code civil répartit la charge de la preuve : « Celui qui réclame l’exécution d’une obligation doit la prouver. Réciproquement, celui qui se prétend libéré doit justifier le paiement ou le fait qui a produit l’extinction de son obligation. » Le fournisseur doit pouvoir prouver sa créance ; le client doit pouvoir prouver qu’il a payé ou que la dette s’est éteinte. Les deux parties ont donc intérêt à conserver la facture et les preuves qui lui correspondent.
Une entreprise peut organiser son archive autour d’un dossier logique par facture. Celui-ci rassemble le fichier d’origine, une représentation lisible si nécessaire, les métadonnées, les accusés, le contrat ou bon de commande, la preuve d’exécution et le paiement. L’accès doit être limité, tracé et régulièrement testé. Une sauvegarde qui n’a jamais été restaurée n’offre qu’une sécurité théorique.
Le nommage et l’indexation comptent aussi. Une archive intègre mais introuvable dans le délai d’un contrôle ne répond pas correctement au besoin. Chaque facture devrait être rattachée à l’exercice, au fournisseur ou client, au numéro, à la date et au statut. Les règles de classement doivent survivre au départ d’un salarié, au changement d’expert-comptable et à la migration d’un logiciel.
Enfin, l’entreprise doit documenter les transformations autorisées. Une conversion destinée à la consultation ne doit pas entraîner la destruction de l’original. Une compression, une migration ou un changement de coffre-fort doit préserver les données utiles et laisser une trace de l’opération. Le protocole interne doit désigner la personne qui valide les migrations et celle qui contrôle périodiquement la restitution.
II. La plateforme agréée doit-elle archiver les factures à la place de l’entreprise ?
A. Que garantit réellement une plateforme agréée ?
Le nouveau circuit impose l’intervention d’une plateforme agréée, mais les missions réglementaires de cette plateforme ne se confondent pas avec un service contractuel d’archivage probatoire de dix ans. L’article 289 bis du code général des impôts prévoit que « l’émission, la transmission et la réception des factures électroniques s’effectuent en recourant à une plateforme agréée ». Le texte organise le passage obligatoire par cette infrastructure. Il ne transfère pas à la plateforme l’ensemble des obligations comptables de son client.
L’article 242 nonies E de l’annexe II au code général des impôts détaille les services réglementaires. La plateforme doit notamment « permettre à leurs utilisateurs de saisir, déposer, émettre ou transmettre leurs factures électroniques », effectuer les contrôles, identifier les destinataires, assurer la transmission, recevoir les factures et gérer leurs statuts. Elle doit aussi assurer ces transmissions « dans des conditions de nature à en garantir l’authenticité de l’origine, l’intégrité du contenu et la lisibilité à compter de leur émission jusqu’à la fin de la période de conservation ».
Cette exigence sécurise la chaîne réglementaire. Elle ne dispense pas l’entreprise de vérifier ce que son contrat lui permet de récupérer, pendant combien de temps et sous quelle forme. Une plateforme peut proposer un coffre-fort ou un archivage légal comme service distinct. Une autre peut maintenir les fichiers pendant une durée opérationnelle plus courte, puis ne conserver que certaines traces nécessaires à ses propres obligations. Seul le contrat, les conditions de service et la documentation technique permettent de trancher.
La société doit poser des questions écrites avant la bascule. Le service inclut-il un archivage pendant dix ans ? Porte-t-il sur le fichier structuré d’origine, la représentation lisible et les métadonnées ? Les accusés et statuts sont-ils conservés ? L’archive répond-elle à une norme ou à une certification identifiée ? Quel est le délai de restitution après résiliation ? Dans quel format les données sont-elles exportées ? Le prix couvre-t-il la restitution massive ?
La mention « stockage illimité » ne répond pas à ces questions. Un espace documentaire peut permettre une consultation prolongée sans garantir l’intégrité, l’horodatage ou la réversibilité attendus. Inversement, un service d’archivage électronique peut remplir une fonction probatoire précise sans être l’outil quotidien de consultation. Les fonctions doivent être décrites séparément.
La réforme n’efface pas non plus la responsabilité de l’assujetti. Le 4 du I de l’article 289 du CGI dispose que « l’assujetti doit conserver un double de toutes les factures émises ». L’entreprise reste donc au centre de l’obligation, même lorsqu’un tiers émet matériellement la facture en son nom ou qu’une plateforme assure sa transmission.
Les sanctions confirment cette répartition. L’article 1737 du code général des impôts prévoit des amendes propres à l’assujetti et d’autres propres à la plateforme. Pour la réception, il institue une mise en demeure de se conformer à l’obligation de recourir à une plateforme agréée, puis une amende de 500 euros, portée ensuite à 1 000 euros en cas de persistance. La défaillance du prestataire peut fonder un recours contractuel, mais elle n’empêche pas l’administration de demander à l’entreprise de se mettre en conformité.
Cette distinction impose une double sécurité. L’entreprise surveille la conformité du circuit réglementaire et maintient sa propre capacité de preuve. Elle peut confier matériellement l’archivage à un prestataire, mais doit pouvoir contrôler le service, récupérer ses données et organiser une solution de remplacement.
Le contrat devrait définir un niveau de service pour l’accès aux archives, les sauvegardes, les incidents, la restauration et la restitution. Il devrait préciser le sort des factures après la fin du contrat, le retrait d’agrément, une fusion, une liquidation ou un changement de plateforme. Une clause qui autorise la suppression immédiate à la résiliation est incompatible avec une migration sereine.
L’entreprise doit aussi vérifier la localisation des données et les modalités d’accès pour l’administration. Lorsque plusieurs prestataires interviennent — logiciel de facturation, solution compatible, plateforme agréée, expert-comptable et coffre-fort — un tableau des responsabilités évite les zones aveugles. Pour chaque acteur, ce tableau indique les données détenues, la durée, le format, la sauvegarde, le droit d’accès et le mécanisme de sortie.
Le contrôle doit porter sur un échantillon réel. Avant le 1er septembre, l’entreprise peut déposer ou recevoir des factures de test, exporter leur version d’origine, récupérer les statuts, puis vérifier qu’un autre poste ou utilisateur autorisé peut relire l’ensemble. Cette répétition révèle les dépendances à un compte personnel, les exports incomplets et les métadonnées absentes.
Le site du cabinet contient déjà des analyses sur les clauses du contrat de plateforme agréée, les erreurs de routage dans l’annuaire et la panne d’une plateforme agréée. L’archivage complète ces risques : une facture correctement transmise aujourd’hui peut devenir inexploitable demain si personne n’a organisé sa conservation.
B. Que faire si les factures ne sont plus accessibles ou si le fichier a été altéré ?
La première urgence consiste à préserver ce qui existe. L’entreprise doit suspendre les suppressions automatiques, exporter les fichiers encore accessibles, sauvegarder les journaux et demander au prestataire une confirmation écrite de la situation. Elle évite toute manipulation qui écraserait les métadonnées ou modifierait les dates. Une copie de travail peut être créée, tandis que l’original disponible reste conservé à part.
La demande adressée à la plateforme doit être précise. Elle identifie la période, les comptes concernés, les numéros de facture, les formats attendus, les statuts, les accusés et le délai de restitution. Elle demande aussi si une sauvegarde, une réplication ou un plan de reprise permet de récupérer les éléments manquants. Une demande générale de « remettre les factures » produit souvent une réponse partielle.
L’entreprise doit ensuite reconstituer le dossier auprès des autres acteurs. Le fournisseur peut transmettre son fichier d’émission et ses accusés. Le client peut posséder la version reçue. Le logiciel comptable peut conserver un export ou une écriture liée. La banque fournit la preuve du paiement. Les courriels, contrats et bons de livraison complètent l’opération. Chaque élément doit être identifié comme original, copie ou reconstitution.
Cette reconstitution ne doit pas devenir une fabrication silencieuse. Une facture recréée après coup doit être distinguée du fichier initial et accompagnée d’une note expliquant l’incident, la source des données et la date de reconstitution. La transparence protège davantage que la présentation d’un fichier apparemment original dont l’historique ne peut être démontré.
La jurisprudence montre pourquoi la traçabilité compte. Dans l’arrêt du 25 juin 2025, chambre criminelle, n° 23-84.452, les juges avaient relevé que « les factures datées de 2011, produites initialement par la partie civile au magistrat instructeur à l’appui de sa plainte, diffèrent de celles transmises ultérieurement aux enquêteurs par les responsables des services comptables ». La Cour rapporte aussi que ces différences démontraient la capacité de produire « des documents […] qui évoluent avec le temps ». Dans un litige, plusieurs versions non expliquées peuvent créer un doute sur la pièce elle-même.
Si la plateforme ou le prestataire a manqué à une obligation contractuelle d’archivage, de sauvegarde ou de restitution, la société peut engager sa responsabilité. Elle doit alors prouver le contrat, le manquement, le dommage et le lien entre les deux. Le préjudice ne correspond pas automatiquement à la totalité des factures perdues. Il peut inclure les coûts de reconstitution, les honoraires techniques, l’interruption d’activité, une perte de chance de recouvrer une créance ou les conséquences d’un contrôle, à condition de les documenter.
Le contrat peut contenir un plafond de responsabilité, une exclusion des pertes indirectes, une obligation de déclaration rapide ou une procédure d’escalade. Ces clauses doivent être lues avant l’incident, pas au moment du contentieux. Certaines peuvent être discutées selon le régime juridique applicable, la faute invoquée et l’économie du contrat, mais aucune contestation ne remplace la constitution immédiate des preuves.
La mise en demeure adressée au prestataire doit rappeler ses obligations exactes, décrire l’incident, fixer un délai proportionné et réserver les droits de l’entreprise. Elle peut demander une copie des journaux, le rapport d’incident, les mesures de restauration, la liste des fichiers touchés et l’identité des sous-traitants impliqués. Elle ne doit pas affirmer une faute technique que l’entreprise n’est pas encore en mesure de démontrer.
Une expertise amiable contradictoire peut être utile lorsque les données sont nombreuses ou que l’intégrité est contestée. Chaque partie conserve alors ses images système, journaux et procédures. Si une disparition imminente des preuves est redoutée, une mesure judiciaire d’instruction peut être envisagée avant le procès au fond. Le choix dépend de l’urgence, du contrat, de la valeur des créances et de la coopération du prestataire.
L’entreprise doit parallèlement informer son expert-comptable et, selon la nature de l’incident, son assureur cyber ou responsabilité professionnelle. Elle vérifie les délais de déclaration. Si l’incident implique un accès non autorisé ou une violation de données personnelles, une analyse distincte au regard du RGPD devient nécessaire. La perte d’une facture et la violation de confidentialité sont deux risques qui peuvent se cumuler.
Pour éviter la répétition, le plan de correction doit prévoir une copie indépendante de la plateforme, un export périodique automatisé, un contrôle d’intégrité, un test de restauration et une procédure de sortie. La fréquence dépend du volume et de la criticité. Une société qui facture quotidiennement ne peut pas attendre la fin de l’année pour découvrir que les exports sont incomplets.
La réversibilité doit être testée avant tout changement de prestataire. L’entreprise récupère un échantillon puis un export complet, vérifie les nombres de fichiers, les totaux, les dates, les identifiants et les statuts. Elle conserve les preuves de cette vérification. L’ancienne plateforme ne doit être résiliée qu’après validation de la reprise et de la nouvelle chaîne.
À Paris et en Île-de-France, les entreprises disposent souvent de plusieurs intervenants techniques ou comptables. Cette organisation ne répartit pas spontanément la responsabilité. Le dirigeant doit désigner un pilote, tenir un registre des accès et vérifier que les mandats accordés à l’expert-comptable ou à l’intégrateur couvrent réellement les opérations nécessaires. Le mandat de gestion ne transfère pas, à lui seul, toutes les obligations légales de conservation.
Avant le 1er septembre 2026, un audit court peut suivre une séquence concrète : identifier les formats reçus, lire le contrat de plateforme, obtenir un export complet, tester sa restauration, aligner les durées de conservation, documenter les responsables et prévoir la sortie. Cette vérification traite l’archive comme une preuve future, non comme un simple espace de stockage.
Conclusion
La plateforme agréée transporte, contrôle et met à disposition les factures électroniques. Elle ne devient pas, par ce seul rôle, le dépositaire légal unique des archives de l’entreprise. Les pièces comptables doivent être conservées dix ans. Le délai fiscal, encore fixé à six ans jusqu’au 31 décembre 2026, passera à dix ans selon le nouveau texte et ses dispositions transitoires. Les fichiers reçus sous forme informatique doivent rester conservés sous une forme qui préserve leur authenticité, leur intégrité et leur lisibilité.
Chaque entreprise doit donc vérifier trois éléments avant la bascule : ce que la plateforme garde réellement, ce que le contrat permet d’exporter et ce que l’entreprise conserve indépendamment. Le dossier utile comprend le fichier d’origine, ses données structurées, les statuts, les accusés et les preuves commerciales liées à l’opération. Un PDF de consultation ou une capture d’écran ne suffisent pas toujours.
Si des factures ont disparu, la priorité est de préserver les journaux, demander une restitution écrite, reconstituer les pièces auprès des cocontractants et documenter chaque version. Le recours contre le prestataire se prépare ensuite à partir du contrat, du manquement et du préjudice prouvé.
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