À compter du 1er septembre 2026, le passage à la facturation électronique ne concerne pas seulement le choix d’un logiciel ou d’une plateforme. Dans un groupe de sociétés, une facture peut être préparée par un centre de services partagés, émise au nom d’une holding, adressée à une filiale, contrôlée par un cabinet comptable et routée par une plateforme agréée. Cette organisation en chaîne ne fait pourtant pas disparaître les responsabilités propres de chaque société.
La question devient particulièrement urgente lorsqu’une facture de management fees, de prestations informatiques ou de refacturation de frais est rejetée, mal adressée ou bloquée. Qui doit corriger le flux ? La holding peut-elle demander à une filiale de tout reprendre ? Le mandat donné à un prestataire protège-t-il la société émettrice ? Le client peut-il refuser de payer parce que la facture n’a pas suivi le circuit électronique ?
Le guide pratique de démarrage publié par l’administration fiscale rappelle que l’obligation s’applique selon le calendrier légal, tout en organisant la continuité de l’activité, des paiements et de la régularisation. Le guide distingue notamment le rejet technique d’une facture, le refus par l’acheteur et l’indisponibilité d’une plateforme. Cette distinction doit être reprise dans les contrats et dans les procédures internes du groupe.
Le présent article examine donc le cas d’une holding française et de ses filiales françaises qui utilisent une organisation centralisée de facturation. Il expose les règles de TVA, le mandat de facturation, la preuve de l’incident, le maintien du paiement, les pénalités de retard, la mise en demeure et les recours envisageables. Les groupes établis à Paris ou en Île-de-France doivent également préparer dès maintenant un dossier documentaire utilisable par la direction financière, l’expert-comptable, la plateforme et, si nécessaire, le tribunal compétent.
Pour situer cet angle dans l’ensemble des prestations du cabinet, consultez également la page Droit des affaires à Paris, qui présente les principaux contentieux et opérations concernant les sociétés.
I. Qui porte l’obligation de facturation électronique dans un groupe de sociétés ?
A. La holding pure, la holding animatrice et les filiales n’ont pas le même rôle
La première erreur consiste à raisonner en termes de groupe comme s’il s’agissait d’une seule personne juridique. Une holding, une filiale commerciale et une filiale informatique ont chacune leur personnalité morale, leur numéro SIREN ou SIRET, leurs obligations comptables et leur propre relation avec leurs clients ou fournisseurs. Une plateforme peut être choisie au niveau du groupe, mais la centralisation technique ne fusionne pas les sociétés.
Le point de départ est l’article 289 bis du Code général des impôts. Dans sa rédaction relative à la réforme, il prévoit que l’émission, la transmission et la réception des factures entre assujettis établis en France s’effectuent sous forme électronique et par l’intermédiaire du circuit prévu par la réforme. Le texte est consultable sur Légifrance, article 289 bis du Code général des impôts. Le groupe peut donc retenir une architecture commune, mais il doit cartographier les entités qui émettent, celles qui reçoivent et celles qui ne font que fournir un service administratif.
Une holding pure, qui détient des participations et ne fournit aucune prestation taxable à ses filiales, n’est pas analysée comme une holding animatrice qui facture des management fees, des prestations de direction, des fonctions informatiques ou des services administratifs. Dans le premier cas, la réception des factures de fournisseurs reste une question pratique essentielle, même si l’émission de factures taxables n’est pas au centre de son activité. Dans le second, les prestations facturées aux filiales doivent être examinées comme des opérations entre entités distinctes.
Une holding qui facture chaque mois des frais de direction ne peut pas se contenter d’une ligne générale intitulée « frais de groupe ». Il faut identifier la prestation, sa période, son bénéficiaire, sa méthode de calcul et les éléments permettant d’expliquer la contrepartie. L’administration, un commissaire aux comptes ou une filiale contestant la facture pourront demander les conventions de prestations, les relevés de temps, les clés de répartition, les procès-verbaux et les échanges ayant conduit au montant demandé.
La situation diffère encore lorsque les sociétés ont opté pour un groupe TVA. L’article 256 C du Code général des impôts permet, sous conditions, à des assujettis étroitement liés sur les plans financier, économique et organisationnel de constituer un seul assujetti pour l’application du régime de TVA. La définition et les conditions de cette option figurent dans l’article 256 C du Code général des impôts. Cette option ne doit pas être confondue avec une fusion des personnes morales : elle modifie le traitement TVA de certaines opérations internes, sans supprimer les règles de gouvernance, de preuve ou de tenue des comptes propres à chaque société.
Avant de choisir une plateforme pour le groupe, la direction doit donc établir une matrice comprenant, pour chaque entité :
- la qualité d’assujetti à la TVA et l’existence éventuelle d’un groupe TVA ;
- la nature des opérations réalisées avec les autres sociétés du groupe ;
- le rôle d’émetteur, de destinataire, de centre de services partagés ou de simple utilisateur ;
- le SIREN, le SIRET, le numéro de TVA et les adresses de facturation à utiliser ;
- la personne qui valide la facture et celle qui suit le rejet ou la demande de régularisation ;
- le contrat applicable entre la holding, la filiale et le prestataire technique.
Cette matrice doit être cohérente avec les mentions de la facture. L’article 242 nonies A de l’annexe II au Code général des impôts fixe notamment les informations à faire figurer sur les factures, comme l’identité et l’adresse des parties et les numéros d’identification nécessaires. Les exigences peuvent être vérifiées sur la section Légifrance consacrée aux articles 242 nonies et 242 nonies A de l’annexe II. Une facture envoyée avec le mauvais SIRET ou le mauvais numéro de TVA peut être techniquement rejetée, mais elle crée aussi un risque de preuve et de comptabilisation qui dépasse la simple difficulté informatique.
Le droit à déduction de la TVA repose de son côté sur les conditions prévues par l’article 271 du Code général des impôts, dont le texte est accessible sur Légifrance, article 271 du Code général des impôts. Le défaut de routage électronique ne permet pas, à lui seul, de décider mécaniquement qu’une opération réelle n’existe pas ou que la facture doit être ignorée. Il faut distinguer la conformité du canal, les conditions de fond de la dépense, les mentions de la facture et le traitement comptable de l’incident.
Le guide administratif de démarrage adopte la même logique : une difficulté technique ne doit pas provoquer une interruption automatique de l’activité ou des paiements. Cette tolérance pratique ne dispense pas le groupe de mettre en place le dispositif légal. Elle impose au contraire de pouvoir démontrer que l’entreprise a identifié le problème, engagé les corrections et évité de transformer un incident en fonctionnement permanent hors circuit.
B. Le mandat de facturation ne transfère pas automatiquement la responsabilité
La facturation centralisée est possible, mais elle doit être juridiquement organisée. Une filiale peut confier l’émission de ses factures à la holding. Une holding peut utiliser un centre de services partagés. Le groupe peut aussi recourir à un expert-comptable, à un prestataire de facturation ou à une plateforme qui fournit des fonctions de mandat. Ces situations ne produisent pas les mêmes effets.
L’article 289 du Code général des impôts admet que la facture soit émise par l’assujetti lui-même, en son nom et pour son compte, ou par son client ou un tiers. Le texte est disponible sur Légifrance, article 289 du Code général des impôts. Le mandat doit être analysé avec précision : qui agit au nom de qui, pour quelles opérations, avec quelles données, pendant quelle période et selon quel processus de validation ?
Pour la facturation par un tiers, l’article 242 nonies de l’annexe II au Code général des impôts indique qu’« un mandat écrit et préalable doit être établi ». Le même article prévoit une information de l’administration lorsque le client ou le tiers établit régulièrement les factures au nom et pour le compte de l’assujetti. Le texte peut être consulté sur Légifrance, article 242 nonies de l’annexe II au Code général des impôts.
Le mandat doit donc être signé avant les flux concernés. Il doit désigner les parties, définir les factures visées et organiser les contrôles. Un document intitulé « procédure groupe » qui ne précise ni la société mandante ni le périmètre des factures risque de ne pas suffire. Une délégation de connexion à la plateforme ne vaut pas nécessairement mandat d’émission. Une autorisation donnée à la holding de préparer les données ne signifie pas non plus qu’elle peut modifier librement le prix, la date de prestation, le taux de TVA ou l’identité du fournisseur.
La convention devrait au minimum traiter les points suivants :
- la liste des sociétés concernées et leurs numéros d’identification ;
- les prestations couvertes et les opérations exclues ;
- le pouvoir de créer, corriger, annuler ou réémettre une facture ;
- la validation de la facture par la société qui a réalisé la prestation ;
- la conservation des statuts de transmission, des journaux et des messages d’erreur ;
- la répartition du coût des plateformes, des développements et des corrections ;
- la procédure d’alerte en cas de rejet, d’indisponibilité ou de mauvais adressage ;
- la responsabilité de chaque partie et l’assurance applicable ;
- la réversibilité des données et la restitution des archives à la fin de la relation.
La question est contractuelle avant d’être technique. L’article 1103 du Code civil dispose que « les contrats légalement formés tiennent lieu de loi à ceux qui les ont faits ». Le texte est accessible sur Légifrance, article 1103 du Code civil. Si la holding s’est engagée à contrôler les données, à surveiller les rejets ou à maintenir la plateforme, la filiale pourra rechercher sa responsabilité en cas de manquement prouvé. Si la convention laisse la validation à la filiale, celle-ci ne pourra pas imputer à la holding une erreur qu’elle avait la charge de corriger.
La preuve de l’incident est également essentielle. Entre commerçants, « les actes de commerce peuvent se prouver par tous moyens à moins qu’il n’en soit autrement disposé par la loi », selon l’article L. 110-3 du Code de commerce. Les courriels, tickets de support, journaux de connexion, captures de statut, exports XML, contrats, procès-verbaux de validation et relevés comptables peuvent se compléter. Une capture isolée ne permet pas toujours d’identifier l’origine du rejet ; un dossier daté doit relier l’erreur, la facture, l’acteur responsable et la correction réalisée.
Lorsque le retard ou le rejet cause une perte, l’article 1231-1 du Code civil prévoit que le débiteur peut être condamné à des dommages et intérêts en cas d’inexécution ou de retard, sauf force majeure. La règle figure sur Légifrance, article 1231-1 du Code civil. Elle n’instaure pas une responsabilité automatique du prestataire ou de la holding : il faut établir l’obligation, le manquement, le préjudice et le lien de causalité, en tenant compte des clauses contractuelles.
Une action fondée sur l’article 1240 du Code civil peut également être discutée lorsqu’un comportement fautif distinct du contrat cause un dommage. Le texte dispose que « tout fait quelconque de l’homme, qui cause à autrui un dommage, oblige celui par la faute duquel il est arrivé à le réparer » et figure sur Légifrance, article 1240 du Code civil. Dans un groupe, cette qualification doit être maniée avec prudence : la simple appartenance au même groupe ne suffit pas à rendre la holding responsable des dettes ou erreurs de la filiale.
II. Que faire si la facture est bloquée, rejetée ou non payée ?
A. Identifier la cause, conserver les preuves et continuer le paiement
Une facture « bloquée » recouvre plusieurs événements. Une plateforme peut refuser le fichier pour une erreur de format. Elle peut détecter un SIRET absent, un numéro de TVA incohérent, une adresse de routage inconnue ou une donnée obligatoire manquante. La plateforme du destinataire peut aussi rejeter le flux alors que la plateforme de l’émetteur l’a accepté. Enfin, l’acheteur peut recevoir la facture et la refuser pour un motif commercial : prestation contestée, quantité discutée, bon de commande manquant ou prix non conforme.
Ces situations doivent être séparées dans le registre des incidents. Le guide administratif de démarrage formule une règle opérationnelle claire : « Le rejet d’une facture doit être traité comme un incident à corriger, non comme une raison de suspendre durablement la facturation ». Il distingue ensuite le rejet par la plateforme, qui relève de la transmission ou du contrôle, du refus par l’acheteur, qui correspond à un statut différent du cycle de vie de la facture.
Le groupe doit ouvrir une fiche d’incident pour chaque facture concernée. Cette fiche comprend le numéro de facture, l’entité émettrice, l’entité destinataire, le montant hors taxe et TTC, la date de prestation, la date et l’heure de l’émission, le statut retourné par la plateforme, le message d’erreur, l’identification de l’opérateur concerné et les actions entreprises. Il faut y joindre la facture originale, les données structurées, la version corrigée, les échanges avec le client et les tickets ouverts auprès de la holding, de l’expert-comptable, de l’éditeur ou de la plateforme.
La procédure peut suivre six étapes :
- qualifier l’événement : rejet technique, refus de l’acheteur, indisponibilité ou erreur de données ;
- identifier l’entité qui avait la charge de la saisie, du contrôle et de la transmission ;
- vérifier le contrat de mandat et la convention de services entre les sociétés ;
- corriger la donnée ou demander une correction au prestataire sans créer une nouvelle créance par erreur ;
- maintenir le traitement comptable et le paiement lorsqu’une dette réelle est établie ;
- conserver une preuve de la régularisation et rapprocher la facture, l’encaissement et la comptabilité.
Le premier enjeu financier est la date de paiement. L’article L. 441-9 du Code de commerce impose la facturation de tout achat de produits ou de toute prestation de services pour une activité professionnelle et rappelle que le vendeur doit délivrer la facture lors de la réalisation de la livraison ou de la prestation. Le texte, qui fixe aussi les mentions liées au règlement, est consultable sur Légifrance, article L. 441-9 du Code de commerce.
La facture électronique ne modifie pas la réalité de la prestation. Une filiale qui a fourni un service ne perd pas automatiquement sa créance parce que le fichier a été rejeté par la plateforme. Inversement, une facture techniquement acceptée ne prouve pas que la prestation a été exécutée, que le prix est dû ou que le client a renoncé à contester. Le statut technique doit donc être rapproché du contrat, du bon de commande, du procès-verbal de réception et des échanges commerciaux.
Le délai de paiement doit être calculé selon les règles applicables au contrat. L’article L. 441-10 du Code de commerce prévoit notamment que le délai convenu entre les parties ne peut dépasser soixante jours après la date d’émission de la facture, sous réserve des modalités et exceptions prévues par le texte. Il organise aussi les pénalités de retard et l’indemnité forfaitaire pour frais de recouvrement. Le texte officiel est disponible sur Légifrance, article L. 441-10 du Code de commerce.
Une filiale ne devrait donc pas retarder le paiement d’une facture réelle au seul motif qu’une seconde transmission électronique est attendue. La régularisation du canal et l’exécution de la dette sont deux questions liées mais distinctes. Le groupe doit choisir une facture de référence, éviter le double paiement et enregistrer le duplicata comme tel. Une seconde émission portant un nouveau numéro peut créer une confusion sur la naissance de la créance, la TVA, le délai de règlement et la justification d’un avoir.
Pour le fournisseur, la réponse dépend du statut retourné. Si le rejet provient d’une donnée qu’il a mal renseignée, il doit corriger rapidement. Si le routage dépend de la plateforme du destinataire, il doit notifier cette plateforme et son client, conserver la preuve de l’échec et proposer la régularisation prévue par le guide de démarrage. Si l’acheteur refuse la facture pour un motif commercial, il faut traiter le désaccord sur la prestation, et non le masquer sous une nouvelle émission technique.
Pour la holding ou le centre de services partagés, l’enjeu est de démontrer les diligences accomplies. Un tableau de suivi doit préciser qui a reçu l’alerte, à quelle date, quelle réponse a été apportée, si le client a été contacté, si une copie de continuité a été envoyée, quand la plateforme a été rétablie et si l’écriture comptable a été rapprochée. Cette traçabilité permet d’expliquer une anomalie à l’administration et de préparer une discussion contractuelle avec le prestataire.
Les obligations de transmission des données à l’administration doivent aussi être distinguées de la créance entre les sociétés. L’article 289 E du Code général des impôts prévoit que les données des factures électroniques sont transmises à l’administration par la plateforme agréée choisie par l’assujetti. L’article est consultable sur Légifrance, article 289 E du Code général des impôts. Un incident de transmission peut imposer une correction ou un rattrapage, sans effacer automatiquement la dette commerciale ni autoriser le client à différer indéfiniment le paiement.
La preuve doit enfin rester lisible pour un tiers. Les fichiers doivent être archivés avec une convention de nommage stable, l’identifiant de l’entité émettrice, le numéro de facture, la version du document et l’historique des statuts. Les personnes qui traitent les incidents doivent pouvoir expliquer la différence entre facture initiale, duplicata, avoir, facture corrigée et transmission de régularisation. Cette discipline est particulièrement importante lorsque plusieurs sociétés utilisent un même ERP ou une même adresse de support.
B. Quelle mise en demeure et quel recours à Paris et en Île-de-France ?
Lorsque le blocage se transforme en impayé, la mise en demeure doit viser la bonne société et le bon problème. Une mise en demeure adressée à la holding alors que la facture est émise par une filiale peut être inefficace. À l’inverse, une filiale qui reproche à la holding un incident de mandat doit distinguer la créance due par le client de la demande d’indemnisation dirigée contre le prestataire interne. Ces créances peuvent avoir des parties, des contrats et des délais différents.
La première lettre doit rappeler l’opération, la facture, la date d’échéance, le contrat, le statut électronique connu et le montant restant dû. Elle doit demander le paiement de la facture lorsqu’aucune contestation sérieuse de la prestation n’est formulée. Si le destinataire affirme que le flux a été rejeté, la lettre peut joindre le document et indiquer la régularisation accomplie ou proposée. Si la contestation porte sur la qualité ou le prix, elle doit demander une réponse précise sur les éléments contestés, les pièces manquantes et le montant éventuellement reconnu.
La mise en demeure peut également être adressée à la plateforme ou au prestataire lorsqu’un manquement contractuel est identifié. Il faut alors préciser l’obligation violée : disponibilité, transmission, notification du rejet, conservation des données, assistance, sécurité, réversibilité ou respect du mandat. Une formule générale reprochant « le blocage de la facture » ne permet pas toujours d’établir la cause du dommage. Le dossier doit montrer le chemin du flux et le point exact auquel l’incident est intervenu.
Les conséquences financières doivent être chiffrées séparément :
- principal de la facture ou solde restant dû ;
- pénalités de retard prévues par les conditions de règlement et la loi ;
- indemnité forfaitaire pour frais de recouvrement ;
- coûts documentés de correction ou de réémission ;
- frais de personnel ou d’expertise directement liés à l’incident, lorsque leur réparation peut être justifiée ;
- perte de trésorerie ou préjudice commercial, sous réserve de la preuve du lien causal et des clauses limitatives applicables.
Une clause de responsabilité plafonnée dans le contrat de plateforme ou dans la convention de services du groupe doit être relue avant toute demande. Elle peut distinguer les dommages directs, les pertes de données, les interruptions de service, les incidents causés par le client et les obligations de sauvegarde. Elle ne règle pas la question de la dette du client final : un plafond d’indemnisation entre la filiale et son prestataire ne transforme pas une facture impayée en créance irrécouvrable.
À Paris et en Île-de-France, les groupes ont intérêt à organiser une cellule de crise unique, même si les responsabilités restent réparties. La cellule doit réunir la direction financière du groupe, le responsable de la filiale émettrice, le référent comptable, l’interlocuteur de la plateforme et, lorsque le contrat ou le montant le justifie, le conseil chargé du contentieux. Elle doit conserver les versions des conventions, les journaux de flux et les décisions prises. Cette organisation évite que chaque société envoie au client une version différente des faits.
Le tribunal compétent dépend de la nature du litige, de la qualité des parties, du contrat et d’une éventuelle clause attributive de juridiction. Un différend entre sociétés commerciales peut relever du tribunal de commerce lorsque les conditions légales sont réunies, mais une clause mal rédigée, une société non commerçante, un prestataire étranger ou une demande mêlant plusieurs contrats peuvent modifier l’analyse. Le lieu du siège parisien ne suffit pas à lui seul à désigner la juridiction. Avant une assignation, il faut vérifier le contrat de plateforme, la convention de mandat, les conditions générales et les règles de compétence applicables.
La préparation du dossier peut être organisée sur trois horizons :
Dans les quarante-huit heures : identifier les factures touchées, exporter les statuts, sécuriser les copies, vérifier l’échéance et maintenir le traitement des opérations non contestées. Aucune facture ne doit être réémise machinalement avant d’avoir vérifié si l’original est déjà comptabilisé ou en cours de paiement.
Dans les sept jours : obtenir la cause technique du rejet, interroger la plateforme et le prestataire, notifier le client ou la filiale concernée, corriger le mandat ou les données d’identification et établir une chronologie. Les conventions de services doivent être comparées aux pratiques réellement suivies.
Dans les trente jours : apprécier l’impact sur les délais de paiement, calculer les pénalités, demander une indemnisation si le contrat le permet, régulariser les données transmises et décider, si le différend persiste, d’une mise en demeure renforcée ou d’une procédure. Les groupes doivent aussi déterminer si l’incident révèle un défaut structurel : mauvais SIRET, mandat incomplet, absence de séparation des rôles, paramétrage commun incompatible avec les flux des filiales ou absence de procédure de sortie de plateforme.
La question de la preuve est souvent décisive. Un groupe qui produit uniquement une facture PDF et un courriel de relance risque de ne pas expliquer le rejet. Un groupe qui produit la convention de mandat, les données structurées, le statut horodaté, le ticket de support, la correction, le paiement partiel et la régularisation démontre beaucoup mieux la réalité du flux et les diligences de chaque acteur.
La même méthode doit être appliquée aux flux internationaux. Une filiale étrangère, une prestation exportée ou une opération non située en France peuvent relever de règles différentes de la facturation électronique B2B domestique et de l’e-reporting. Il faut identifier la territorialité de la TVA, le lieu d’établissement du client, la société qui contracte et la plateforme réellement utilisée. Une holding française ne doit pas imposer mécaniquement le même circuit à toutes les entités du groupe sans vérifier le régime de chaque opération.
Enfin, la responsabilité personnelle du dirigeant ne se déduit pas d’un incident informatique. Elle peut être discutée si une décision distincte, une abstention grave, une organisation manifestement défaillante ou une utilisation abusive du groupe a causé un dommage, mais elle exige des faits précis. La société doit d’abord documenter la chaîne de décision et le rôle de chacun. Cela protège les filiales, les dirigeants et le prestataire contre les accusations générales qui ne distinguent pas l’erreur de saisie, le défaut de paramétrage et le manquement contractuel.
Conclusion
Le 1er septembre 2026 ne transforme pas une holding et ses filiales en une seule entité. Il impose une organisation électronique qui doit respecter la personnalité de chaque société, la qualification TVA de ses opérations, les mentions de facture, le mandat écrit et la preuve des échanges. Une plateforme choisie au niveau du groupe peut simplifier les flux, mais elle ne répartit pas à elle seule les responsabilités.
En cas de rejet ou d’indisponibilité, l’entreprise doit identifier la cause, conserver les statuts et les messages, corriger le flux, éviter les doubles paiements et poursuivre le traitement d’une dette réelle. Le client ne peut pas confondre une irrégularité de routage avec l’inexistence de la prestation. La holding, la filiale et la plateforme doivent ensuite appliquer leurs contrats respectifs et chiffrer séparément la créance, les pénalités et le dommage éventuellement subi.
Un groupe qui prépare dès maintenant sa matrice des rôles, son mandat de facturation, ses conventions de services et sa procédure d’incident sera mieux armé pour répondre à l’administration, à un client impayé ou à un prestataire défaillant. Cette préparation doit être menée avec les documents réels du groupe, et non avec une architecture théorique qui ne correspond pas aux flux effectivement émis.
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