À partir du 1er septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA devront être capables de recevoir des factures électroniques. Les grandes entreprises et les ETI devront aussi émettre leurs factures électroniques à cette date. Les PME, TPE et micro-entreprises suivront au 1er septembre 2027 pour l’émission.
La difficulté pratique n’est pas seulement de choisir une plateforme agréée. Elle est de savoir quoi faire lorsqu’une facture est rejetée, bloquée, non rapprochée d’un bon de commande ou marquée comme non conforme par le client professionnel.
Pour un fournisseur, le risque est immédiat : la prestation a été réalisée, la marchandise livrée, mais le client refuse de payer en invoquant un statut technique, un numéro manquant, un mauvais identifiant SIREN, une erreur de TVA, une facture déposée sur la mauvaise plateforme ou une absence de validation interne.
Dans ce cas, il ne faut pas traiter le rejet comme un simple ticket informatique. Il faut constituer un dossier de preuve, corriger ce qui doit l’être, mettre le client en demeure si le paiement est exigible, puis choisir la bonne procédure de recouvrement.
Pour une lecture plus large des litiges entre professionnels, voir aussi la page du cabinet consacrée au droit des affaires à Paris.
Facture électronique rejetée : les premiers contrôles à faire
Le premier réflexe consiste à identifier la nature exacte du blocage.
Une facture peut être rejetée parce qu’elle ne respecte pas le format attendu. Elle peut aussi être refusée parce que le client ne reconnaît pas le bon de commande, conteste la livraison, estime que la prestation est incomplète ou n’a pas encore validé le service fait.
Ces situations n’ont pas la même portée.
Un rejet technique peut parfois être corrigé rapidement : mauvais SIREN, adresse de facturation différente, numéro de bon de commande absent, taux de TVA erroné, format non accepté, doublon ou mauvais canal de transmission.
Une contestation commerciale est plus sérieuse. Le client ne dit plus seulement que la facture est mal déposée. Il conteste l’obligation de payer. Il faut alors revenir au contrat, au devis, au bon de commande, au bon de livraison, aux échanges de validation et aux preuves d’exécution.
Il faut donc récupérer immédiatement :
- le statut de la facture sur la plateforme ;
- le motif exact du rejet ou du blocage ;
- la facture initiale et, si elle existe, la facture corrigée ;
- le bon de commande ou le contrat ;
- les preuves de livraison ou d’exécution ;
- les échanges avec le client et avec le support de la plateforme ;
- les conditions générales applicables ;
- les relances déjà envoyées.
Sans ces pièces, le fournisseur risque de transformer un retard de paiement en contentieux mal préparé.
Le client peut-il refuser de payer parce que la facture est rejetée ?
Le client ne peut pas se contenter d’une formule générale du type : « la facture n’est pas conforme à notre portail ».
En matière commerciale, la question centrale reste la même : existe-t-il une commande, une prestation exécutée ou une marchandise livrée, et une somme exigible ?
L’article 1353 du code civil rappelle que celui qui réclame l’exécution d’une obligation doit la prouver. L’article L. 110-3 du code de commerce permet la preuve par tous moyens entre commerçants, mais cela ne dispense pas le créancier de produire des éléments sérieux.
La facture seule peut être insuffisante si le client conteste l’exécution. La cour d’appel de Versailles l’a rappelé dans un arrêt du 29 janvier 2026 : la seule production de factures ne suffit pas toujours à établir l’obligation de payer lorsque les prestations sont contestées. La décision insiste sur la nécessité de rattacher les factures à des prestations effectivement réalisées.
À l’inverse, lorsque le fournisseur produit des bons de commande signés, des preuves de signature électronique, des factures, des relances et des éléments montrant que la prestation a bien été fournie, le dossier devient beaucoup plus solide. Le Tribunal des activités économiques de Paris l’a admis dans un jugement du 21 janvier 2026, en retenant notamment des bons de commande signés électroniquement, des factures, des relances et les conditions générales.
La leçon pratique est simple : le rejet technique d’une facture ne doit jamais être isolé du dossier commercial. Il faut prouver à la fois la conformité de la facture corrigée et le fondement de la créance.
Quelles erreurs peuvent bloquer le paiement ?
Les erreurs les plus fréquentes tiennent rarement à un seul champ.
Le numéro de bon de commande est souvent décisif lorsque le client fonctionne avec un portail fournisseur. L’article L. 441-9 du code de commerce prévoit déjà que la facture mentionne le numéro du bon de commande lorsqu’il a été préalablement établi par l’acheteur. Si le client a communiqué un bon de commande et que la facture ne le reprend pas, le service comptable peut bloquer le traitement.
Le SIREN ou l’identité du client peuvent aussi poser difficulté. Un groupe peut avoir plusieurs sociétés, plusieurs établissements, plusieurs adresses de facturation et plusieurs entités acheteuses. Une facture adressée à la mauvaise société peut être rejetée même si les interlocuteurs opérationnels sont les bons.
La TVA doit également être vérifiée. Une erreur de taux, d’exigibilité, d’autoliquidation, de mention intracommunautaire ou d’exonération peut entraîner un rejet et créer un risque fiscal.
Le format de la facture devient un point autonome. Un PDF envoyé par courriel ne sera pas nécessairement suffisant dans le circuit de facturation électronique. La facture devra passer par une plateforme agréée ou une solution compatible raccordée au bon canal.
Enfin, le statut de traitement doit être conservé. Une facture déposée, rejetée, corrigée puis redéposée laisse une chronologie. Cette chronologie doit être exportée ou capturée. Elle peut devenir utile si le client soutient que la facture n’a jamais été reçue ou qu’elle a été corrigée trop tard.
Que faire si le client bloque le paiement sur son portail ?
Il faut agir en deux temps.
D’abord, corriger sans délai les erreurs objectives. Si le motif de rejet est réel, il ne sert à rien de déclencher immédiatement un conflit. Il faut redéposer une facture conforme, conserver la preuve du nouveau dépôt et demander au client de confirmer la reprise du délai de traitement.
Ensuite, refuser les blocages abusifs. Si le client utilise le portail pour retarder le paiement alors que la prestation est exécutée, il faut formaliser la situation.
La relance doit être précise. Elle doit rappeler la commande, la date d’exécution, la facture, le montant, le motif de rejet invoqué, la correction effectuée et la nouvelle date de dépôt. Elle doit demander au client de confirmer, par écrit, si le paiement est bloqué pour une raison technique ou pour une contestation de fond.
Cette distinction est importante. Si le client ne répond pas ou oppose un motif vague, la mise en demeure devient utile. Elle doit viser la créance, les pièces, la date d’exigibilité, les pénalités de retard et l’indemnité forfaitaire de 40 euros lorsque les conditions sont réunies.
Si le client conteste réellement la prestation, il faut traiter le fond : réserves, livraison incomplète, non-conformité, retard, clause de recette, service fait, avoir, compensation ou exception d’inexécution.
Un fournisseur gagne du temps lorsqu’il isole ces questions dans un tableau simple : facture, commande, livraison, statut plateforme, contestation client, réponse apportée, pièce disponible, action suivante.
Plateforme agréée : quelles clauses vérifier dans le contrat ?
Le contrat avec la plateforme ou le logiciel de facturation ne doit pas être lu seulement comme un abonnement informatique.
Il doit expliquer les flux couverts : réception des factures, émission, e-reporting, données de paiement, avoirs, rejets, corrections, archivage et restitution des historiques.
Il doit préciser les responsabilités. Si la plateforme rejette une facture à tort, transmet tardivement une donnée ou ne permet pas d’exporter les statuts, l’entreprise doit savoir quels recours contractuels sont ouverts. Une clause qui exclut toute responsabilité du prestataire doit être relue avec attention.
Il doit aussi organiser la preuve. En cas de litige, le dirigeant doit pouvoir produire les statuts de dépôt, d’acceptation, de rejet, les horodatages, les versions corrigées et les échanges de support.
La portabilité est un autre point sensible. Changer de plateforme ne doit pas rendre les anciennes factures, les statuts et les historiques inexploitables. Avant de signer, il faut vérifier les formats d’export, les frais de sortie et la durée de conservation.
Enfin, le contrat doit dire comment l’entreprise est alertée. Un rejet silencieux, découvert plusieurs semaines plus tard, peut suffire à désorganiser la trésorerie.
Quelles sanctions en cas de non-conformité ?
Le sujet ne se limite pas au paiement entre client et fournisseur.
Les textes fiscaux prévoient des sanctions spécifiques en cas de non-respect de certaines obligations liées à la facturation électronique. L’article 1737 du code général des impôts prévoit notamment une amende en cas de non-respect de l’obligation d’émission d’une facture sous forme électronique dans les conditions prévues par l’article 289 bis, ainsi qu’un mécanisme de mise en demeure et d’amende lorsque l’assujetti ne respecte pas l’obligation de recourir à une plateforme agréée pour la réception de factures électroniques.
Pour l’entreprise, le risque est donc double.
D’un côté, une facture rejetée peut retarder ou empêcher le paiement par le client. De l’autre, une organisation défaillante peut exposer l’entreprise à des difficultés fiscales, comptables et contractuelles.
Le dirigeant doit donc éviter deux erreurs.
La première consiste à attendre septembre 2026 pour traiter le sujet. À cette date, les clients importants auront déjà imposé leurs circuits, leurs portails et leurs exigences de données.
La seconde consiste à penser que la plateforme réglera tout. La plateforme transmet. Elle ne remplace pas le contrat, les conditions générales, la preuve de livraison, la relance, la mise en demeure et la stratégie de recouvrement.
Paris et Île-de-France : les entreprises les plus exposées
À Paris et en Île-de-France, beaucoup de TPE, PME, agences, cabinets de conseil, commerces, prestataires informatiques, sociétés de travaux et fournisseurs de groupes travaillent avec des clients structurés.
Ces clients imposent souvent un portail fournisseur, un bon de commande préalable, une validation interne, une adresse de facturation spécifique et une procédure stricte de dépôt.
Le contentieux naît rarement d’une seule facture. Il naît d’une succession d’incidents : bon de commande oublié, facture déposée trop tard, service fait non validé, interlocuteur parti, portail modifié, avoir demandé, puis paiement gelé.
Pour un fournisseur francilien, les pièces à préparer sont les suivantes :
- contrat, devis ou bon de commande ;
- conditions générales acceptées ;
- preuves d’exécution ou de livraison ;
- copies des factures et avoirs ;
- statuts de dépôt sur la plateforme ;
- captures des rejets et tickets de support ;
- relances et réponses du client ;
- calcul des pénalités et de l’indemnité forfaitaire ;
- extrait Kbis et coordonnées exactes de l’entité cliente.
Avec ce dossier, l’avocat peut choisir plus vite entre relance structurée, mise en demeure, injonction de payer, référé-provision ou action au fond.
Plan d’action en cas de facture électronique rejetée
Le plan d’action doit rester court.
Première étape : identifier le motif exact du rejet. Il faut obtenir un statut écrit, une capture ou un export. Un simple appel avec le service comptable du client ne suffit pas.
Deuxième étape : corriger ce qui est objectivement erroné. Le fournisseur doit redéposer une facture conforme, sans modifier artificiellement la date d’exécution ni créer un doublon incontrôlé.
Troisième étape : demander au client s’il conteste le fond. La question doit être posée clairement : la prestation est-elle contestée, ou le paiement est-il seulement bloqué pour une raison de traitement ?
Quatrième étape : mettre en demeure si la créance est exigible. La mise en demeure doit joindre ou viser les pièces utiles et rappeler les conséquences du retard.
Cinquième étape : choisir la procédure. Si la créance est documentée et peu contestable, une injonction de payer ou un référé-provision peut être envisagé. Si le client conteste la prestation, une action au fond peut être préférable.
La facturation électronique ne supprime pas le contentieux commercial. Elle le déplace vers la preuve du dépôt, du rejet, de la correction et de l’exigibilité.
Sources utiles
- DGFiP – facturation électronique et plateformes agréées
- DGFiP – liste des plateformes agréées immatriculées
- Ministère de l’Économie – tout savoir sur la facturation électronique pour les entreprises
- Article L. 441-9 du code de commerce
- Article 1353 du code civil
- Article 1737 du code général des impôts
- Cour d’appel de Versailles, 29 janvier 2026, n° 25/02265
- Tribunal des activités économiques de Paris, 21 janvier 2026, n° 2025047401
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