Arrêt maladie et congés payés : comment l’employeur calcule les droits, le plafond de 24 jours et le report

Le sujet n’est plus seulement théorique. Depuis la loi du 22 avril 2024, les arrêts maladie non professionnels ouvrent des droits à congés payés. Depuis la Cour de cassation du 21 janvier 2026, les services RH et paie disposent d’une indication plus nette sur le calcul du plafond de vingt-quatre jours et sur l’articulation avec les jours reportés.

Pour l’employeur, le risque n’est pas marginal. Un mauvais compteur peut contaminer le bulletin de paie, le planning des absences, la date limite d’utilisation des jours, puis le solde de tout compte. Le contentieux n’arrive donc pas seulement au stade du départ du salarié. Il commence souvent bien avant, à la lecture d’un compteur mal paramétré.

I. La première erreur est de traiter tous les arrêts maladie comme un bloc unique

L’article L. 3141-5 du code du travail assimile désormais au travail effectif, pour la détermination de la durée du congé, les périodes d’arrêt maladie non professionnel aussi bien que les accidents du travail et maladies professionnelles¹.

Mais l’acquisition n’est pas identique.

Pour la maladie ou l’accident non professionnels, l’article L. 3141-5-1 fixe une règle spéciale : deux jours ouvrables par mois, avec un plafond de vingt-quatre jours ouvrables par période de référence².

Pour l’accident du travail ou la maladie professionnelle, on reste dans la logique de droit commun de l’article L. 3141-3³.

Une paie fiable suppose donc, dès l’origine, une ventilation correcte des motifs d’absence. Si le SIRH mélange tout dans une catégorie générique « maladie », le calcul de congés devient mécaniquement suspect.

II. L’arrêt du 21 janvier 2026 oblige à revoir les compteurs qui absorbent les reliquats anciens

Le pourvoi n° 24-22.228 du 21 janvier 2026 règle une difficulté concrète : l’employeur peut-il réduire les nouveaux droits acquis au titre d’une période de référence au motif que le salarié dispose déjà de jours plus anciens reportés⁴ ?

La réponse est non.

La Cour juge que les jours acquis antérieurement puis reportés ne sont pas pris en compte pour calculer les vingt-quatre jours ouvrables dus au titre de la période de référence pendant laquelle le salarié a été absent pour maladie.

Conséquence opérationnelle : un reliquat reporté doit rester identifiable comme reliquat reporté. Il ne doit pas être fusionné avec les droits nouvellement acquis au point de rogner artificiellement le quota ouvert par la période de référence en cours.

Pour la paie et les RH, cela impose trois contrôles :

• dissocier les jours reportés des jours acquis sur la période de référence ;
• identifier la part acquise pendant la maladie non professionnelle ;
• vérifier que le plafond de vingt-quatre jours ne s’applique qu’à cette acquisition-là.

Un compteur global sans sous-catégories peut produire un résultat faux tout en paraissant cohérent.

III. Le report de quinze mois suppose une information traçable après la reprise

L’article L. 3141-19-1 prévoit un report de quinze mois lorsque le salarié n’a pas pu prendre ses congés pour cause de maladie ou d’accident⁵. Mais ce délai ne court pas de manière abstraite. Il démarre lorsque le salarié reçoit, après sa reprise, l’information prévue par l’article L. 3141-19-3⁶.

Dans le mois suivant la reprise, l’employeur doit porter à la connaissance du salarié, par un moyen donnant date certaine :

• le nombre de jours de congé dont il dispose ;
• la date limite jusqu’à laquelle ces jours peuvent être pris.

Ce point est souvent sous-estimé. Un compteur juste mais non notifié correctement laisse subsister un risque sur le point de départ du report. En cas de débat, l’employeur devra prouver non seulement le calcul, mais aussi la date de l’information et son contenu.

Le moyen le plus propre reste une trace individualisée, insérée au besoin dans le bulletin de paie ou dans un document distinct conservé au dossier.

IV. Le risque ne se limite pas à l’acquisition : il touche la planification et la rupture

Un mauvais calcul perturbe d’abord la gestion des absences. Le salarié pense disposer d’un stock. L’employeur pense l’inverse. La discussion sur la pose des congés devient alors un conflit de calendrier qui masque en réalité un problème de dette.

Le risque se déplace ensuite sur la rupture du contrat. Si le compteur est sous-évalué, l’indemnité compensatrice de congés payés le sera aussi. Si le compteur est surévalué, l’entreprise peut être tentée de pratiquer une régularisation brutale, elle-même contestable si la base du calcul n’est pas solide.

Le sujet rejoint alors d’autres zones de risque déjà sensibles pour l’employeur : la gestion de la reprise, la cohérence des plannings et la documentation de la paie. Nos analyses sur la modification de congés déjà validés et sur l’absence de visite de reprise montrent la même difficulté de fond : un circuit RH imprécis finit vite en contentieux prud’homal.

V. La méthode prudente côté employeur

La bonne pratique n’est pas d’attendre la réclamation du salarié. Il faut auditer les compteurs exposés, surtout pour les absences longues intervenues depuis le 24 avril 2024.

Le contrôle minimal doit porter sur :

1. la période de référence réellement applicable dans l’entreprise ;
2. la qualification exacte de chaque arrêt ;
3. les jours acquis hors arrêt ;
4. les jours acquis pendant l’arrêt maladie non professionnel ;
5. les jours reportés d’une période antérieure ;
6. la date et la preuve de l’information adressée après la reprise.

Lorsque le salarié a aussi connu un arrêt pendant une période de congés déjà posée, l’entreprise doit ajouter un second contrôle : l’articulation avec le report des jours coïncidant avec cet arrêt. Sur ce terrain, la chambre sociale a admis le report des jours de congé ayant coïncidé avec la maladie survenue pendant les vacances⁷.

Autrement dit, deux mécanismes peuvent se croiser :

• l’acquisition de nouveaux droits pendant l’arrêt ;
• le report de jours déjà posés mais neutralisés par la maladie.

Une gestion RH sérieuse doit séparer ces deux colonnes.

VI. Le contentieux sera souvent un contentieux de preuve

Le débat judiciaire ne portera pas seulement sur un nombre final. Il portera sur la capacité de l’employeur à expliquer ce nombre.

Il faut pouvoir montrer :

• le paramétrage retenu ;
• les périodes d’arrêt prises en compte ;
• la base légale du plafond appliqué ;
• l’absence d’imputation erronée des reliquats anciens ;
• l’information donnée au salarié dans le mois de sa reprise.

Sans cette traçabilité, un dossier techniquement défendable devient factuellement fragile. Le risque est alors double : rappel d’indemnité de congés payés et perte de maîtrise sur l’organisation des absences.

Le bon sujet n’est donc pas seulement « combien de jours le salarié a ». Le vrai sujet est : l’entreprise peut-elle démontrer comment elle arrive à ce chiffre, à quelle date elle l’a porté à la connaissance du salarié, et jusqu’à quand les jours peuvent être pris.

Notes