La Cour administrative d’appel de Marseille a rendu, le 3 juillet 2025, une décision relative à l’assujettissement d’un établissement public portuaire à l’impôt sur les sociétés. Le litige portait sur la taxation de redevances domaniales et de plus-values immobilières perçues par cet organisme au cours de plusieurs exercices fiscaux. L’administration avait initialement fondé son rappel sur le régime des revenus patrimoniaux avant de solliciter une substitution de base légale devant les premiers juges.
L’établissement concerné assure la gestion d’une vaste zone industrielle et portuaire comprenant des activités commerciales, agricoles et énergétiques variées. À la suite de vérifications de comptabilité, les services fiscaux ont réintégré dans la base imposable des loyers d’habitation et des redevances liées à des éoliennes. L’établissement a contesté ces rectifications devant le Tribunal administratif de Marseille qui a rejeté ses demandes de décharge par deux jugements en date du 30 mai 2023.
L’appelant soutient que ses activités relèvent de prérogatives de puissance publique et ne présentent donc aucun caractère lucratif au sens du code général des impôts. Il invoque également une instruction administrative prévoyant une exonération pour les ports autonomes et demande, subsidiairement, la déduction des charges afférentes à ces revenus. La juridiction d’appel devait donc déterminer si la gestion immobilière d’un port maritime constitue une activité lucrative justifiant l’application du régime fiscal de droit commun.
Par cet arrêt, la Cour confirme le bien-fondé des impositions en validant la substitution de base légale demandée par le ministre au profit du régime général. Elle écarte l’application de l’interprétation administrative en raison du caractère non nécessaire des immeubles concernés à l’exploitation proprement dite des installations portuaires.
I. La validation de l’assujettissement au régime général des sociétés
A. La régularité de la substitution de la base légale d’imposition La Cour confirme la possibilité pour l’administration de modifier le fondement juridique de l’imposition en cours d’instance sous réserve du respect des garanties procédurales. Le juge précise que « l’administration peut, à tout moment de la procédure, invoquer un nouveau motif de droit propre à justifier l’imposition ». Cette faculté demeure toutefois encadrée par l’interdiction de priver le contribuable de la saisine d’une commission consultative compétente pour trancher un différend.
Dans cette affaire, la substitution du premier paragraphe de l’article 206 du code général des impôts au cinquième paragraphe n’a pas lésé l’établissement. Les magistrats considèrent que la nature du litige ne soulevait aucune question de fait nouvelle entrant dans le champ de compétence de la commission départementale. La décision souligne ainsi la primauté de la réalité économique de l’activité sur la qualification juridique initialement retenue par les vérificateurs lors du contrôle.
B. La reconnaissance du caractère lucratif des missions portuaires globales L’arrêt définit précisément le régime fiscal applicable aux établissements publics dont les missions présentent un caractère industriel et commercial prépondérant au regard de la loi. La Cour rappelle que l’organisme est chargé de missions qui « relèvent d’une exploitation à caractère lucratif » en dépit de l’exercice concomitant de missions administratives. Cette qualification entraîne l’application des règles de droit commun relatives à la détermination du bénéfice net imposable selon les modalités des articles 38 et suivants.
L’établissement invoquait vainement sa mission de gestion du domaine public pour contester le caractère commercial de ses redevances perçues auprès d’opérateurs privés. La juridiction écarte cette argumentation en soulignant que ces revenus s’inscrivent dans une démarche de valorisation économique dépassant le cadre strict de la souveraineté. L’arrêt consacre ainsi une vision unitaire de l’activité de l’établissement qui justifie son imposition globale à l’impôt sur les sociétés pour l’ensemble de ses produits.
II. Une application rigoureuse des dérogations et des règles de déduction
A. L’exclusion des revenus immobiliers accessoires du bénéfice de l’exonération administrative Le requérant se prévalait d’une interprétation administrative exonérant les ports du paiement de l’impôt pour faciliter la reconstruction des installations historiques détruites par la guerre. La Cour adopte une lecture restrictive de ce texte en limitant son bénéfice aux seuls « immeubles et services nécessaires à l’exploitation des ports ». Elle juge que cette exonération ne saurait s’étendre à tous les biens affectés à l’établissement dans le cadre de ses missions légales de valorisation.
En l’espèce, les redevances issues de centres commerciaux ou de terrains agricoles ne présentent pas le lien de nécessité directe requis par la doctrine administrative. Les juges affirment que ces activités excèdent « la seule exploitation du port » pour constituer des opérations de gestion immobilière classique soumises au droit commun. Cette solution protège le principe d’égalité devant l’impôt en évitant qu’une niche fiscale historique ne soit détournée pour favoriser des investissements fonciers périphériques.
B. Le rejet de la compensation des charges en l’absence de justificatifs probants L’arrêt rappelle enfin les exigences probatoires pesant sur le contribuable qui sollicite la déduction de charges professionnelles pour réduire son bénéfice imposable. L’établissement demandait la prise en compte des frais engagés pour acquérir ses revenus immobiliers mais n’a produit que des documents comptables trop généraux. La Cour constate que ces pièces ne permettent pas de « distinguer les charges afférentes aux produits qui ont été exonérés de celles afférentes aux produits imposables ».
Le rejet de la déduction s’explique par l’impossibilité matérielle d’isoler les coûts directement liés aux activités lucratives litigieuses au sein de la comptabilité globale. La juridiction rejette par ailleurs les griefs constitutionnels relatifs à l’égalité devant les charges publiques pour des raisons de forme liées à la procédure. Le juge administratif confirme ainsi que l’absence de rigueur dans l’individualisation des charges d’exploitation fait obstacle à toute prétention de compensation fiscale.